单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-12	Characterization of T-bet expressing B cells in lupus patients indicates a putative prognostic and therapeutic value of these cells for the disease 2025-Jan-21, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxaf008 PMID:39918986	研究论文	研究系统性红斑狼疮(SLE)患者中T-bet+ B细胞作为预后和/或治疗工具的潜力	首次提出T-bet+ B细胞可作为SLE严重程度的预后生物标志物，并可能成为新的治疗靶点	样本量较小(10名健康供体和22名活动性SLE患者)，需要更大规模研究验证	探索T-bet+ B细胞在SLE中的预后和治疗价值	系统性红斑狼疮患者和健康供体的外周血B细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	流式细胞术、全血培养实验、scRNA-seq数据分析	NA	流式细胞数据、scRNA-seq数据	10名健康供体和22名活动性SLE患者
102	2025-05-12	Multiomics analysis provides insights into musk secretion in muskrat and musk deer 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf006 PMID:40036429	研究论文	通过多组学分析探讨麝鼠和麝香鹿麝香分泌的分子机制	首次为麝鼠和麝香鹿生成了染色体级别的基因组组装，并构建了首个麝香分泌哺乳动物的多组学数据库平台MuskDB	研究仅针对两种麝香分泌哺乳动物，可能无法完全代表所有相关物种的麝香分泌机制	揭示麝香分泌的分子机制及其进化驱动因素	麝鼠(Ondatra zibethicus Linnaeus)和中华林麝(Moschus berezovskii Flerov)	基因组学	NA	多组学分析(基因组学、转录组学、单细胞RNA测序)	NA	基因组数据、转录组数据	2个物种的染色体级别基因组组装和168个麝鼠组织转录组
103	2025-05-12	A novel classification method for LUAD that guides personalized immunotherapy on the basis of the cross-talk of coagulation- and macrophage-related genes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1518102 PMID:40018029	研究论文	本研究提出了一种基于凝血和巨噬细胞相关基因的新型分类方法，用于指导肺腺癌（LUAD）患者的个性化免疫治疗	通过交叉分析凝血相关基因和巨噬细胞相关基因，定义了COMAR基因，并基于这些基因构建了预测模型，为LUAD患者的精准治疗提供了新方法	研究依赖于外部数据队列和临床样本的验证，样本来源和数量可能影响模型的普遍适用性	探索基于凝血和巨噬细胞的LUAD新型分类方法，以指导精准治疗	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	WGCNA, scRNA-seq分析, MSigDB和KEGG数据库分析	预后风险评分模型	基因表达数据	涉及多个外部数据队列和临床样本，具体数量未明确说明
104	2025-05-12	Modulation of double-negative T cells by Huang-Lian-Jie-Du Decoction attenuates neuroinflammation in ischemic stroke: insights from single-cell transcriptomics 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1537277 PMID:40018035	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探讨了黄连解毒汤对双阴性T细胞的调节作用及其在缺血性中风中的神经保护机制	首次揭示了黄连解毒汤通过调节双阴性T细胞的亚型平衡来减轻缺血性中风的神经炎症	需要进一步研究阐明双阴性T细胞介导的免疫反应机制及黄连解毒汤在其他神经炎症疾病中的潜在应用	探讨黄连解毒汤对缺血性中风神经炎症的调节作用及其机制	双阴性T细胞（DNTs）	神经免疫学	缺血性中风	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
105	2025-05-12	Elevated levels of IRF1 and CASP1 as pyroptosis-related biomarkers for intestinal epithelial cells in Crohn's disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1551547 PMID:40018047	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，确定了克罗恩病中与细胞焦亡相关的关键生物标志物IRF1和CASP1	首次将IRF1和CASP1鉴定为克罗恩病肠道上皮细胞中与细胞焦亡相关的特异性生物标志物	研究样本量有限，且未探讨这些生物标志物在疾病治疗中的潜在应用	探索克罗恩病中肠道上皮细胞焦亡的分子机制	克罗恩病患者样本和TNBS诱导的结肠炎大鼠模型	生物信息学	克罗恩病	基因表达差异分析、机器学习算法、单细胞测序分析	NA	基因表达数据	临床样本和动物模型（具体数量未明确说明）
106	2025-05-12	Cytotoxic KLRG1+ IL-7R- effector CD8+ T cells distinguish kidney transplant recipients controlling cytomegalovirus reactivation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1542531 PMID:40028342	研究论文	通过单细胞RNA测序研究肾移植受者中CD8+ T细胞对巨细胞病毒再激活的免疫反应	揭示了CD8+ T细胞在巨细胞病毒初次感染和再激活过程中的不同分化轨迹，并发现CD28lo KLRG1hi IL-7Rlo HLA-DRhi CD8+ T细胞可作为预测巨细胞病毒再激活的生物标志物	样本量较小（8例单细胞RNA测序，62例免疫表型验证），且仅针对肾移植受者	研究肾移植受者中CD8+ T细胞对巨细胞病毒再激活的免疫反应机制	肾移植受者中的CD8+ T细胞	免疫学	巨细胞病毒感染	单细胞RNA测序，免疫表型分析	NA	RNA测序数据，免疫表型数据	8例肾移植受者（单细胞RNA测序），62例肾移植受者（免疫表型验证）
107	2025-05-12	Single-cell dual-omics reveals translational and transcriptional landscapes and regulations in oocytes from ovarian endometriosis patients 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1534648 PMID:40034233	研究论文	通过单细胞双组学技术揭示卵巢子宫内膜异位症患者卵母细胞的翻译和转录景观及其调控机制	首次在GV期卵母细胞中表征了卵巢子宫内膜异位症患者的翻译和转录谱，并发现卵巢子宫内膜异位症显著改变了人类卵母细胞的整体翻译活性	研究仅针对GV期卵母细胞，未涵盖其他发育阶段的卵母细胞	探究卵巢子宫内膜异位症患者卵母细胞质量下降的分子机制	卵巢子宫内膜异位症患者及因输卵管或男性因素不孕的对照者的卵母细胞	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞转录组和翻译组测序	NA	单细胞RNA-seq数据	卵巢子宫内膜异位症患者和对照者的卵母细胞样本
108	2025-05-12	An integrated transcriptomic analysis unveils the regulatory roles of RNA binding proteins during human spermatogenesis 2025, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2025.1522394 PMID:40034235	研究论文	本研究通过整合转录组分析揭示了RNA结合蛋白在人类精子发生中的调控作用	首次全面解析了RNA结合蛋白在睾丸发育和精子发生中的表达动态，并发现其与非梗阻性无精症（NOA）的关联	研究主要基于已发表的单细胞RNA测序数据，缺乏实验验证	探究RNA结合蛋白在睾丸发育和精子发生中的调控机制及其在男性不育中的作用	人类睾丸发育过程中的各种细胞类型及非梗阻性无精症患者	生殖生物学	男性不育症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	基于已发表的单细胞和批量RNA测序数据集
109	2025-05-12	The role of macrophages in liver metastasis: mechanisms and therapeutic prospects 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1542197 PMID:40034694	综述	本文探讨了巨噬细胞在肝转移中的作用机制及其治疗前景	深入分析了巨噬细胞在肿瘤微环境中的极化机制及其与肿瘤细胞的相互作用，提出了基于单细胞测序技术的潜在治疗靶点	未提及具体实验数据或样本量，理论探讨较多	研究巨噬细胞在肝转移中的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	巨噬细胞、肿瘤微环境中的其他免疫细胞、肿瘤细胞	肿瘤生物学	肝癌、结直肠癌、胰腺癌、胃癌、前列腺癌	单细胞测序技术	NA	NA	NA
110	2025-05-12	Deciphering ovarian cancer heterogeneity through spatial transcriptomics, single-cell profiling, and copy number variations 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0317115 PMID:40036264	研究论文	通过空间转录组学、单细胞分析和拷贝数变异解析高级别浆液性卵巢癌的异质性	综合分析了单细胞转录组和空间转录组数据，揭示了肿瘤异质性在基因表达、拷贝数变异和单细胞层面的全面视图，并发现MDK-NCL配体-受体对在肿瘤细胞通讯中的关键作用	样本量较小（8名患者），且仅针对高级别浆液性卵巢癌，结果可能不适用于其他类型的卵巢癌	阐明高级别浆液性卵巢癌异质性的复杂机制	高级别浆液性卵巢癌患者的肿瘤组织	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、拷贝数变异分析	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、拷贝数变异数据	8名高级别浆液性卵巢癌患者的5个单细胞转录组和8个空间转录组
111	2025-05-12	New hopes and challenges in targeted therapy and immunotherapy for primary central nervous system lymphoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1438001 PMID:40040699	综述	本文综述了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）在靶向治疗和免疫治疗方面的最新进展，探讨了其疗效与挑战，并对未来治疗策略的发展进行了展望	总结了PCNSL的分子病理学进展，识别了新的治疗靶点，并介绍了小分子靶向药物、免疫调节药物、免疫检查点抑制剂和CAR-T细胞疗法等新治疗策略	NA	探讨PCNSL的靶向治疗和免疫治疗的最新进展及其挑战	原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）患者，特别是复发/难治性（R/R）PCNSL患者	NA	原发性中枢神经系统淋巴瘤	基因测序、转录组测序、单细胞测序	NA	NA	NA
112	2025-05-12	Integration of bulk RNA-seq and scRNA-seq reveals transcriptomic signatures associated with deep vein thrombosis 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1551879 PMID:40342960	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，揭示了与深静脉血栓形成(DVT)相关的转录组特征，并识别了潜在的遗传标记	结合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术，识别了DVT相关的8个高度特征性基因，并验证了CXCR4作为潜在遗传标记的作用	样本量相对较小(内部测试集11例患者+6例对照，外部测试集12例患者+6例对照)，需要更大规模研究验证	识别和验证与深静脉血栓形成(DVT)相关的最具特征性的基因	DVT患者和对照组的全血样本	生物信息学	心血管疾病	bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习算法, 免疫荧光	WGCNA, 机器学习算法	RNA-seq数据	内部测试集17例(11患者+6对照)，外部测试集18例(12患者+6对照)，scRNA-seq 6例(3患者+3对照)
113	2025-05-12	Decoding immune cell interactions during cardiac allograft vasculopathy: insights derived from bioinformatic strategies 2025, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2025.1568528 PMID:40342971	review	本文综述了单细胞和多组学方法在心脏同种异体移植血管病变（CAV）研究中的应用，总结了最新发现并讨论了其对理解CAV发病机制的意义	总结了单细胞RNA测序等先进技术在揭示CAV中免疫-内皮-基质相互作用方面的突破性发现	目前将这些技术应用于CAV的研究仍然较少，限制了这些发现向临床实践的转化	理解心脏移植后慢性同种异体移植血管病变（CAV）的发病机制	心脏移植受者的血管病变	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据	NA
114	2025-05-12	PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration 2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2025.1578410 PMID:40343206	research paper	研究通过scRNA-seq发现PDGF(+)间充质亚群具有增强的血管生成特征，并通过过表达PDGF-BB的DPSCs改善牙髓再生中的血管生成	通过scRNA-seq识别PDGF(+)亚群并验证其与血管的关联，以及通过基因工程增强DPSCs的血管生成能力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验	改善牙髓再生中的血管生成问题	牙髓干细胞（DPSCs）和PDGF(+)间充质亚群	digital pathology	dental disease	scRNA-seq, 多重免疫组化, 慢病毒载体转染	NA	RNA-seq数据, 免疫组化图像	人类牙髓样本和大鼠肾囊移植模型
115	2025-05-12	Leveraging transcriptome-wide association studies identifies the relationship between upper respiratory flora and cell type-specific gene expression in severe respiratory disease 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322864 PMID:40343915	研究论文	本研究利用转录组范围关联研究（TWAS）探讨了上呼吸道菌群与严重流感样疾病（ILI）中免疫细胞特异性基因表达的关系	首次结合GWAS数据和scRNA-seq数据，通过TWAS方法揭示了上呼吸道菌群与免疫细胞基因表达的关联，并识别了影响ILI进展的关键免疫细胞类型和通路	研究样本量相对有限（1195例GWAS数据），且仅关注了严重ILI患者	探究上呼吸道菌群如何通过调节免疫细胞功能影响ILI的疾病进展	上呼吸道菌群和免疫细胞（如CD4+T效应记忆细胞、cDCs、NK细胞等）	基因组学与免疫学	呼吸道疾病	GWAS、scRNA-seq、LDSC、MAGMA、scDRS、FUSION	TWAS	基因组数据和单细胞转录组数据	1195例严重ILI相关的GWAS数据
116	2025-05-12	scRNA-seq and scATAC-seq analyses highlight the role of TNF signaling pathway in chronic obstructive pulmonary disease model mice 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322538 PMID:40343927	研究论文	通过scRNA-seq和scATAC-seq分析，研究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病模型小鼠中的作用	结合scRNA-seq和scATAC-seq技术，揭示了TNF信号通路在COPD模型小鼠中的重要作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证	探究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制中的作用	C57BL/6小鼠的肺组织样本	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	COPD小鼠模型	单细胞测序数据	未明确说明数量的小鼠肺组织样本
117	2025-05-12	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出了一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组学数据	RASP是一种新颖的空间感知降维方法，比现有技术快几个数量级，能够扩展到具有数十万个位置的空间转录组数据，并支持非转录组协变量的灵活整合	NA	开发一种计算高效的降维方法，以促进高分辨率空间转录组数据的分析	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学（ST）	随机两阶段主成分分析（PCA）	空间转录组数据	四个公开可用的ST数据集（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 和10x Xenium）
118	2025-05-12	scMitoMut for calling mitochondrial lineage-related mutations in single cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf072 PMID:40036721	研究论文	介绍了一个名为scMitoMut的R包，用于在单细胞水平准确识别与线粒体谱系相关的突变	利用基于beta-二项分布的统计方法为每个突变分配质量q值，提高了谱系相关突变检测的敏感性和精确度	未提及具体的局限性	开发一个高效的工具，用于单细胞测序中线粒体DNA突变的检测，以促进细胞谱系追踪	线粒体DNA（mtDNA）	生物信息学	结直肠癌	单细胞DNA测序、scATAC测序、10× Genomics单细胞多组学测序	NA	单细胞测序数据	混合细胞系群体、人类结直肠癌scATAC数据集、血液或脑组织细胞
119	2025-05-12	Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone 2024-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1 PMID:39149484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（ApoE）是生长板静息区软骨细胞的新标记物	首次发现ApoE作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标记物，解决了该领域缺乏特异性标记物的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	寻找生长板静息区软骨细胞的特异性标记物	小鼠和人类生长板静息区软骨细胞	分子生物学	骨骼发育疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、荧光原位杂交（FISH）	ApoE-mCherry敲入小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类生长板样本
120	2025-05-12	STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295 PMID:40031511	研究论文	提出了一种名为STFormer的深度学习方法，用于从结直肠癌组织学图像预测空间转录组学数据	引入了Style-Aug模块增强特征泛化能力，并采用Cross-WSI Transformer模块高效捕获跨WSI的斑点关系	未明确提及具体局限性	开发一种更准确预测空间转录组学数据的深度学习方法	结直肠癌组织学图像和空间转录组学数据	数字病理学	结直肠癌	深度学习	Transformer	图像	内部和外部数据集（具体数量未提及）