单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-07-04	Ensemble machine learning-based pre-trained annotation approach for scRNA-seq data using gradient boosting with genetic optimizer 2025-Jul-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06151-y PMID:40596854	研究论文	提出了一种基于集成机器学习的预训练注释框架，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	结合梯度提升和遗传优化进行特征选择，利用集成学习提高数据稀缺情况下的注释准确性	未明确说明方法在特定细胞类型或复杂组织中的表现	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和泛化能力	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	集成学习（梯度提升+遗传优化）	基因表达数据	多种生物背景下的综合基准测试（未明确具体数量）
102	2025-07-04	A dynamic molecular landscape in colorectal cancer progression at single-cell resolution 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06785-9 PMID:40597160	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究结直肠癌发展过程中的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序技术全面分析结直肠癌不同病理阶段的分子特征，揭示了配体-受体基因在调控免疫反应和微环境变化中的重要作用	样本量相对较小，需要更大规模的验证研究	理解结直肠癌发生和发展的分子机制	结直肠癌临床样本	数字病理	结直肠癌	scRNA-seq, 免疫荧光, 免疫组化, 生物信息学分析	NA	RNA测序数据, 临床样本数据	10个临床结直肠样本，外加独立的验证队列和公共TCGA与GEO数据集
103	2025-07-04	A rare IDH-Mutant glioma case: insights from single-cell transcriptomic analysis of tumor recurrences 2025-Jul-01, World journal of surgical oncology IF:2.5Q1 DOI:10.1186/s12957-025-03913-z PMID:40597255	研究论文	通过单细胞转录组分析研究一例罕见IDH突变胶质瘤复发病例的肿瘤异质性和克隆演化	首次对IDH突变胶质瘤多灶性复发病例进行单细胞测序分析，揭示不同病灶间的细胞组成差异和谱系关系	仅为单病例研究，样本量有限，结果需更大队列验证	探究IDH突变胶质瘤多灶性复发的分子机制	一例36岁男性IDH突变少突胶质细胞瘤患者的原发和复发肿瘤组织	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序	NA	转录组数据	1例患者的2个复发肿瘤病灶
104	2025-07-04	Gremlin1 repression-mediated mitochondrial network hyperfunction contributes to TCE-induced zebrafish cardiac defects 2025-Jul-01, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02314-9 PMID:40597303	研究论文	研究三氯乙烯（TCE）通过抑制Gremlin1基因导致线粒体功能亢进，进而引发斑马鱼心脏缺陷的机制	首次揭示了TCE通过抑制grem1a基因导致线粒体网络功能亢进，从而干扰心肌细胞发育的新机制	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究TCE诱发先天性心脏病的分子机制	斑马鱼胚胎和人类多能干细胞来源的心肌细胞（hPSC-CMs）	发育生物学	先天性心脏病	bulk RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR/dCas9系统	斑马鱼模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用斑马鱼胚胎和hPSC-CMs
105	2025-07-04	Multiple cell types guided by neurocytes orchestrate horn bud initiation in dairy goats 2025-Jul-01, Genetics, selection, evolution : GSE DOI:10.1186/s12711-025-00981-3 PMID:40597626	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了山羊早期角芽形成过程中的细胞异质性和命运轨迹，揭示了关键基因表达谱	首次揭示了神经细胞在角芽起始中的引导作用，以及多种细胞类型协同工作的分子机制	研究仅针对山羊胎儿特定发育阶段(E50-E70)，结果可能不适用于其他物种或发育时期	阐明山羊角芽发育的细胞和分子机制	山羊胎儿角芽组织	发育生物学	NA	scRNA-seq, HE染色, 免疫组织化学分析	NA	单细胞转录组数据, 组织学图像	山羊胎儿角芽组织在诱导期(E50)、器官发生期(E60)和细胞分化期(E70)的样本
106	2025-07-04	Single-cell transcriptomics and time-series metabolite profiling reveal the spatiotemporal regulation of flavonoid biosynthesis genes and phytohormone homeostasis by PAP1 in Arabidopsis 2025-Jul-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02297-6 PMID:40598113	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和时间序列代谢物分析，揭示了PAP1在拟南芥中调控类黄酮生物合成和植物激素稳态的时空特异性	首次结合单细胞转录组学和代谢组学技术，揭示了PAP1在不同细胞类型中对苯丙烷途径基因的时空特异性调控及其与植物激素稳态的复杂互作	研究仅针对拟南芥模型，结果在其他植物中的普适性有待验证	解析植物次生代谢的时空调控机制	拟南芥的叶片细胞	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，代谢组学	NA	转录组数据，代谢物数据	拟南芥野生型和pap1-D突变体的叶片细胞
107	2025-07-04	Construction of a prostate adenocarcinoma molecular classification: integrating spatial transcriptomics with retrospective cohort validation 2025-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06661-6 PMID:40598508	研究论文	该研究通过空间转录组分析构建了前列腺腺癌的分子分类系统，并验证了其预后预测价值	结合空间转录组学与回顾性队列验证，定义了恶性细胞分化相关预后基因（MDPGs），并构建了基于恶性细胞分化的前列腺腺癌分类系统（MDPC）	研究依赖于回顾性队列验证，可能存在选择偏差	构建前列腺腺癌的精确分子分类系统以改善患者预后	前列腺腺癌（PRAD）患者	数字病理学	前列腺癌	空间转录组分析, Monocle 2分析, Kaplan-Meier分析, 单变量Cox回归	ConsensusClusterPlus算法	转录组数据, 临床数据	TCGA-PRAD队列及回顾性队列
108	2025-07-04	Spatially informed phenotyping by cyclic-in-situ-hybridisation identifies novel fibroblast populations and their pathogenic niches in systemic sclerosis 2025-Jul-01, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.06.002 PMID:40603206	研究论文	本研究利用循环原位杂交技术（cISH）进行单细胞空间转录组分析，识别了系统性硬化症（SSc）皮肤中新的成纤维细胞亚群及其致病性微环境	首次采用cISH技术实现单细胞分辨率下的原位转录组分析，并结合BANKSY算法进行空间信息聚类，发现了SFRP2+网状真皮成纤维细胞和CCL19+非血管周围成纤维细胞两个新亚群	研究样本可能不足以代表所有SSc亚型，且机制验证主要基于转录组数据	解析系统性硬化症皮肤纤维化过程中成纤维细胞亚群的时空特征与致病机制	系统性硬化症患者和健康人的皮肤成纤维细胞	数字病理学	系统性硬化症	循环原位杂交（cISH）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	BANKSY聚类算法	空间转录组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（SSc患者和健康对照的皮肤样本）
109	2025-07-04	Innovative Single-Cell Sequencing Techniques for B-Cell Analysis and Their Implications for Rational HIV-1 Vaccine Design 2025-Jul-01, Current HIV research IF:0.8Q4 DOI:10.2174/011570162X362655250620115404 PMID:40605159	综述	本文综述了单细胞测序技术在B细胞分析中的最新进展及其在HIV-1疫苗设计中的应用	介绍了革命性的单细胞分析技术，能够以前所未有的方式探索免疫细胞多样性，特别是在B细胞反应方面的详细表征	NA	促进下一代疫苗的设计，特别是针对HIV-1的疫苗	B细胞及其在感染和疫苗接种中的反应	生物信息学	HIV-1感染	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
110	2025-07-04	Diversity of mast cell subpopulations in the tumor microenvironment of colorectal cancer and their prognostic implications 2025-Jun-30, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04119-8 PMID:40586903	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和生物信息学分析，探讨了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其与预后的关系	首次揭示了结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的功能异质性及其在肿瘤进展中的不同作用，并鉴定了亚群特异性标记基因	样本量相对较小（40例CRC肿瘤样本），且未进行实验验证	探索结直肠癌肿瘤微环境中肥大细胞亚群的异质性及其预后意义	结直肠癌肿瘤微环境中的肥大细胞亚群	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、生物信息学分析	非负矩阵分解（NMF）	RNA测序数据	40例CRC肿瘤样本（单细胞数据）及HMU、GEO和TCGA队列的批量RNA-seq数据
111	2025-07-04	Spatial Transcriptome Analysis of B7-H4 in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma: A Novel Therapeutic Target for Anti-Immune Checkpoint Inhibitors 2025-Jun-30, Head and neck pathology DOI:10.1007/s12105-025-01815-w PMID:40586978	研究论文	本研究通过免疫组化和空间转录组学分析，探讨了B7-H4在头颈部鳞状细胞癌中的治疗潜力	发现B7-H4与PD-L1在肿瘤细胞中呈现互斥表达模式，并证实B7-H4与低CD8+ T细胞浸润显著相关	样本量较小（空间转录组学仅分析6例HNSCC），且未进行功能验证实验	探索头颈部鳞状细胞癌中B7-H4作为免疫检查点抑制剂耐药治疗靶点的潜力	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）组织样本	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	免疫组化（IHC）、空间转录组学（ST）	NA	组织微阵列图像、空间转录组数据	94例HNSCC、94例相邻鳞状上皮内瘤变、69例正常口腔黏膜（IHC）；6例HNSCC及其配对的瘤变和正常组织（ST）
112	2025-07-04	Low-dose radiotherapy enhances the efficacy of PD-L1 blockade and induces the abscopal effect 2025-Jun-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011487 PMID:40588370	research paper	该研究探讨了低剂量放疗（RT）如何增强PD-L1阻断的疗效并诱导远隔效应	研究发现低剂量RT与抗PD-L1联合治疗在远隔未照射肿瘤中产生与高剂量RT相当的远隔效应，并揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在此过程中的关键作用	研究仅在免疫健全小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索低剂量RT与免疫检查点抑制剂联合治疗在癌症治疗中的优化策略	携带MC38或CT26小鼠肿瘤模型的免疫健全小鼠	癌症治疗	癌症	单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	RNA测序数据	使用不同剂量RT处理的小鼠肿瘤模型
113	2025-07-04	The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy 2025-Jun-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01498-6 PMID:40588764	research paper	该研究探讨了CAR T细胞疗法中免疫效应细胞相关神经毒性综合征(ICANS)的潜在机制，特别是CXCL16/CXCR6轴在其中的作用	首次揭示了CXCL16/CXCR6轴在招募细胞毒性CAR CD4+T细胞至中枢神经系统中的作用，并发现其与ICANS严重程度相关	样本量较小(n=11)，且部分数据来自单个死亡病例的尸检组织	探究CAR T细胞疗法中ICANS的发病机制	接受CAR T细胞治疗后出现ICANS的患者(11例)及其生物样本	免疫治疗	肿瘤免疫治疗并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、多模态空间转录组学、免疫荧光	NA	外周血和脑脊液样本、尸检脑组织	11例ICANS患者(不同严重程度分级)及对照组患者
114	2025-07-04	Prediction and validation based on scRNA-seq: ETS2 targets CEBPB to mediate osteoclast differentiation in osteoarthritis progression 2025-Jun-30, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.145639 PMID:40602581	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析发现ETS2是促进骨关节炎（OA）进展中破骨细胞（OC）分化的关键基因，并揭示了ETS2通过调控CEBPB表达来影响OC分化的机制	首次发现ETS2通过靶向CEBPB调控OC分化，为OA的发病机制和治疗提供了新的见解	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中进行验证	识别驱动OC介导的OA进展的关键分子靶点并探索其机制	破骨细胞（OC）和骨关节炎（OA）	生物医学	骨关节炎	scRNA-seq, ATAC-seq, Cut&Tag	DMM模型小鼠	基因表达数据	未明确说明样本数量
115	2025-07-04	Peritoneal cavity-derived GATA6+ macrophages inhibit fibrosis through IL33 in endometrium 2025-Jun-29, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.06.088 PMID:40592367	研究论文	本研究通过单细胞测序技术，识别并验证了GATA6+巨噬细胞在子宫内膜损伤修复和抑制纤维化中的关键作用	首次发现腹膜腔来源的GATA6+巨噬细胞通过IL33抑制子宫内膜纤维化的机制	研究样本可能仅限于特定类型的子宫内膜损伤患者，未涉及其他病因的子宫内膜疾病	探究子宫内膜损伤后修复过程中巨噬细胞的来源及其功能机制	正常子宫内膜和宫腔粘连(IUA)患者的子宫内膜组织	生殖医学	宫腔粘连	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但包括正常子宫内膜和IUA患者的样本
116	2025-07-04	The progress and trends of the mechanism of cardiopulmonary bypass-associated acute lung injury: A narrative review 2025-Jun-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000043019 PMID:40587734	综述	本文回顾了心肺转流相关急性肺损伤机制的研究进展与趋势	强调未来研究应聚焦于炎症关键靶点（如中性粒细胞、巨噬细胞和糖萼细胞外衣）以及基因编辑和单细胞测序等先进技术	多年来该领域未取得突破性进展，导致管理策略和临床医学措施停滞不前	揭示心肺转流相关急性肺损伤的潜在机制并寻找有效的预防和治疗策略	心肺转流相关急性肺损伤的机制	临床医学	心血管疾病	基因编辑、单细胞测序	NA	NA	NA
117	2025-07-04	Chromatin accessibility module identified by single-cell sequencing underlies the diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun-27, World journal of hepatology IF:2.5Q2 DOI:10.4254/wjh.v17.i6.107329 PMID:40606924	研究论文	通过单细胞测序技术识别染色质可及性模块，揭示其在肝细胞癌诊断和预后中的作用	结合多组学单细胞分析，解析多层染色质调控如何维持致癌转录和肿瘤-间质相互作用	NA	解析肝细胞癌中多层染色质调控机制及其在肿瘤进展中的作用	肝细胞癌（HCC）样本	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、单细胞ATAC-seq、批量RNA测序	NA	测序数据	来自The Cancer Genome Atlas、Liver Cancer Institute和GSE25907队列的样本
118	2025-07-04	Elevated Stanniocalcin-1 Expression in Uveal Melanoma Predicts Poor Patient Prognosis 2025-Jun-26, Cancer genomics & proteomics IF:2.6Q3 DOI:10.21873/cgp.20526 PMID:40571316	研究论文	该研究探讨了Stanniocalcin-1 (STC-1)在葡萄膜黑色素瘤(UVM)中的表达及其与患者预后的关系	首次揭示了STC-1在UVM中的预后意义及其在肿瘤微环境中的细胞来源	样本量较小，特别是IV期肿瘤仅4例，需要更大规模的研究验证	探索UVM的预后生物标志物和潜在治疗靶点	葡萄膜黑色素瘤患者	肿瘤学	葡萄膜黑色素瘤	转录组数据分析(GEPIA2和UALCAN)，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据，单细胞RNA测序数据	40例UVM肿瘤样本(IV期4例，III期36例)
119	2025-07-04	Cardiolipin-mimic lipid nanoparticles without antibody modification delivered senolytic in vivo CAR-T therapy for inflamm-aging 2025-Jun-26, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102209 PMID:40602406	研究论文	本研究开发了一种基于卡迪奥脂类似物的脂质纳米颗粒，用于体内递送senolytic CAR-T疗法，以治疗炎症性衰老相关疾病	首次使用无需抗体修饰的卡迪奥脂类似物脂质纳米颗粒实现体内T细胞转染，并延长mRNA表达时间	未提及临床前研究的样本量及长期安全性数据	开发更高效的体内CAR-T细胞工程递送系统，治疗衰老相关炎症性疾病	T细胞、衰老相关炎症性疾病（如肝纤维化和类风湿关节炎）	生物医学工程	类风湿关节炎、肝纤维化	mRNA递送、单细胞测序	CAR-T	RNA序列数据	NA
120	2025-07-04	Sp140L functions as a herpesvirus restriction factor suppressing viral transcription and activating interferon-stimulated genes 2025-Jun-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426339122 PMID:40526717	研究论文	该研究揭示了Sp140L作为一种疱疹病毒限制因子，通过抑制病毒转录和激活干扰素刺激基因来发挥作用	首次发现Sp140L作为疱疹病毒的限制因子，并揭示了其在干扰素非依赖性先天免疫反应中的作用	研究主要基于EBV病毒模型，对其他疱疹病毒的普适性需要进一步验证	探究疱疹病毒如何逃避宿主防御机制以及宿主限制因子的作用	EB病毒（EBV）及其与宿主B细胞的相互作用	病毒学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	EBNA-LP敲除（LPKO）模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，使用EBNA-LP敲除感染的B细胞