单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-05-24	A novel NFKB1 agonist remodels tumor microenvironment and activates dendritic cells to promote anti-tumor immunity in colorectal cancer 2025-May-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06576-2 PMID:40394677	研究论文	研究发现一种新型NFKB1激动剂F1929-1458，通过重塑肿瘤微环境并激活树突状细胞来促进抗肿瘤免疫	首次鉴定出F1929-1458作为NFKB1激动剂，通过激活NF-κB信号通路诱导肿瘤细胞释放DAMPs，进而激活树突状细胞的cGAS-STING和NLRP3炎症小体通路，增强T细胞介导的抗肿瘤免疫	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索能够同时靶向癌症干细胞和肿瘤微环境的治疗剂，以克服结直肠癌治疗抵抗	结直肠癌细胞系CT26和小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞测序、小分子下拉质谱、细胞热位移实验、药物亲和实验、分子对接	小鼠结直肠癌移植瘤模型	测序数据、蛋白质互作数据	NA
102	2025-05-24	Non-variable RNA deletion using the CRISPR-Cas9 technique demonstrated improved outcomes in human intestine single-cell RNA sequencing data, even at half sequencing depths 2025-May-20, Genomics & informatics DOI:10.1186/s44342-025-00043-6 PMID:40394729	研究论文	本研究提出了一种基于CRISPR-Cas9技术的方法，用于选择性去除单细胞RNA测序数据中的非可变RNA，以提高数据质量并降低测序成本	首次将CRISPR-Cas9技术应用于单细胞RNA测序数据中非可变RNA的去除，相比计算方法更有效且不损害生物相关数据	研究仅针对人类肠道组织样本，未在其他组织类型中验证	提高单细胞RNA测序数据质量并降低测序成本	人类肠道组织的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	17名患者的肠道组织样本
103	2025-05-24	HMG Box-Containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025-May-20, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	research paper	该研究探讨了HMG盒包含蛋白1（HBP1）在急性胰腺炎（AP）和胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	首次揭示了HBP1在胰腺炎和胰腺肿瘤进展中的双重作用，既保护胰腺免受炎症损伤，又促进肿瘤前病变的进展	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类样本验证有限	阐明HBP1在胰腺炎发生发展和胰腺肿瘤早期进展中的功能角色	人类胰腺炎样本、小鼠AP模型、条件性HBP1敲除小鼠、致癌KRAS突变小鼠、人胰腺导管上皮细胞	分子病理学	胰腺癌、胰腺炎	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型、致癌KRAS突变模型	组织样本、细胞实验数据	人类慢性胰腺炎样本、小鼠模型（具体数量未明确说明）
104	2025-05-24	Comprehensive study of the murine MASH models' applicability by comparing human liver transcriptomes 2025-May-20, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123723 PMID:40404118	研究论文	通过比较人类肝脏转录组，全面研究小鼠MASH模型的适用性	建立了三种小鼠MASH模型，并通过转录组分析比较其与人类MASH的相似性，提出了模型组合使用的策略	未涵盖所有现有小鼠MASH模型，且未考虑其他可能影响模型适用性的因素	评估不同小鼠MASH模型在模拟人类MASH疾病特征方面的适用性	小鼠MASH模型和人类MASH肝脏转录组	数字病理学	代谢功能障碍相关脂肪性肝炎(MASH)	RNA测序（bulk和单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	三种小鼠MASH模型（HFD、MCD和CDA-HFD）及CCl₄诱导模型和人类MASH数据集
105	2025-05-24	Neoadjuvant with low-dose radiotherapy, tislelizumab, albumin-bound paclitaxel, and cisplatin for resectable locally advanced head and neck squamous cell carcinoma: phase II single-arm trial 2025-May-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59865-1 PMID:40382318	研究论文	评估低剂量放疗联合替雷利珠单抗、白蛋白结合型紫杉醇和顺铂作为新辅助治疗在可切除局部晚期头颈部鳞状细胞癌中的疗效和安全性	首次将低剂量放疗与免疫治疗和化疗联合应用于头颈部鳞状细胞癌的新辅助治疗，并展示了较高的病理完全缓解率	单臂试验设计，样本量较小（28例患者）	提高局部晚期头颈部鳞状细胞癌新辅助治疗的病理完全缓解率和主要病理缓解率	未经治疗的III-IVB期头颈部鳞状细胞癌患者	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据	28例患者
106	2025-05-24	The greater splanchnic nerve preferentially regulates neutrophils over macrophages in a rat model of septic peritonitis 2025-May-17, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2025.05.015 PMID:40389038	研究论文	本研究探讨了大内脏神经（SplancX）在大肠杆菌诱导的脓毒性腹膜炎大鼠模型中对细菌负荷和免疫功能的调控作用	揭示了大内脏神经通过选择性调节中性粒细胞的活性亚群与静止亚群之间的平衡，显著影响感染急性期的细菌清除	研究仅在大鼠模型中进行，结果是否适用于人类尚需进一步验证	阐明大内脏神经在感染过程中对免疫调节的具体作用	大肠杆菌诱导的脓毒性腹膜炎大鼠模型	免疫学	脓毒性腹膜炎	流式细胞术、单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据、蛋白质标记数据	脓毒性腹膜炎大鼠模型
107	2025-05-24	Cancer-associated fibroblasts and metabolic reprogramming predict pathologic response to neoadjuvant PD-1 blockade in resected non-small cell lung cancer 2025-May-13, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01067-4 PMID:40358847	研究论文	通过单细胞RNA测序分析癌症相关成纤维细胞和T细胞的功能变化，预测非小细胞肺癌患者对新辅助PD-1阻断治疗的病理反应	揭示了CAFs和T细胞在免疫治疗反应中的相互作用及代谢异质性，提出了甲硫氨酸循环作为T细胞分化和病理反应的预测因子	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索非小细胞肺癌患者对新辅助免疫治疗反应的潜在机制	非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	两个已发表的scRNA-seq数据集和一个局部III期NSCLC队列及4个公共ICI转录组队列
108	2025-05-24	Integrating HiTOP and RDoC frameworks part II: shared and distinct biological mechanisms of externalizing and internalizing psychopathology 2025-May-09, Psychological medicine IF:5.9Q1 DOI:10.1017/S0033291725000819 PMID:40340892	研究论文	该研究通过多组学方法探讨了HiTOP的精神病理学谱系（外化[EXT]、内化[INT]及共享的EXT+INT）如何映射到RDoC的分析单元上	整合HiTOP和RDoC框架，揭示外化和内化精神病理学的共享和独特生物学机制	研究依赖于基因组关联研究和影像数据，可能受限于样本量和数据质量	探讨精神病理学的跨诊断和机制方面	外化和内化精神病理学谱系	精神病理学	精神疾病	多组学方法、全基因组关联研究(GWAS)、单细胞RNA测序、磁共振成像(MRI)	NA	基因组数据、影像数据	NA
109	2025-05-24	T cell-mediated SIV dissemination into the CNS: a single-cell transcriptomic analysis 2025-May-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6537361/v1 PMID:40386405	研究论文	通过单细胞转录组分析研究T细胞介导的SIV进入中枢神经系统的机制	发现了一种共表达髓系和淋巴系基因的独特细胞簇，揭示了CD4+细胞毒性样T细胞在SIV进入大脑中的关键作用	研究仅基于三只急性SIV感染的恒河猴，样本量较小	表征急性感染期间脑淋巴细胞的作用以及将SIV传播至中枢神经系统的原发性CD4+T细胞表型	急性SIV感染的恒河猴的脑和血细胞	单细胞转录组学	HIV感染	scRNA-seq, 生物信息学分析, 体外共培养实验	NA	单细胞转录组数据	三只急性SIV感染的恒河猴
110	2025-05-24	Spatially Resolved Panoramic in vivo CRISPR Screen via Perturb-DBiT 2025-May-08, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6481967/v1 PMID:40386382	research paper	介绍了一种名为Perturb-DBiT的新方法，用于在体内进行空间分辨的全景CRISPR筛选，整合基因编辑与空间转录组学	Perturb-DBiT能够同时共测序空间总RNA全转录组和单导向RNA（sgRNA），在同一组织切片上实现无偏见的发现	当前方法仅限于小型扰动面板和检测少量蛋白质编码RNA	研究基因扰动如何影响RNA调控、细胞动力学和组织结构	人类癌症转移模型和免疫能力小鼠模型	基因编辑与空间转录组学	癌症	CRISPR筛选，空间转录组学，总RNA全转录组测序	NA	RNA转录组数据，sgRNA数据	人类癌症转移模型和免疫能力小鼠模型的组织切片
111	2025-05-24	OLS4: a new Ontology Lookup Service for a growing interdisciplinary knowledge ecosystem 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf279 PMID:40323307	research paper	介绍了一个新的本体查找服务OLS4，旨在支持不断增长的跨学科知识生态系统	实现了完整的OWL2规范，支持多语言国际化，并提供了新的用户界面和用户体验增强功能	NA	开发一个能够支持当前本体规模和复杂性的新型本体查找服务	生物信息学和化学领域的本体	生物信息学	NA	OWL2规范	NA	本体数据	NA
112	2025-05-24	Fate mapping in mouse demonstrates early secretory differentiation directly from Lgr5+ intestinal stem cells 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.023 PMID:39793582	research paper	该研究通过结合定量命运映射、数学建模和单细胞RNA测序，揭示了小鼠肠道上皮细胞更新的细胞水平机制	研究首次展示了Lgr5+肠道干细胞直接分化为早期分泌细胞的过程，并验证了数学模型的预测	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类肠道组织中验证	探究肠道上皮细胞更新的细胞水平机制及干细胞行为如何确保组织维持	小鼠肠道上皮细胞	细胞生物学	NA	定量命运映射, 数学建模, 单细胞RNA测序	数学建模	基因表达数据	三种互补的小鼠模型
113	2025-05-24	Single-cell RNA-seq identifies protracted mouse germline X chromosome reactivation dynamics directed by a PRC2-dependent mechanism 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.028 PMID:39798575	研究论文	通过单细胞RNA测序和染色质分析，研究了小鼠原始生殖细胞中X染色体再激活的动态过程及其机制	首次在单细胞水平上精确评估了X染色体再激活的动力学，并揭示了PRC2依赖的机制在促进女性减数分裂中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究女性原始生殖细胞中X染色体再激活的分子机制及其与生殖细胞性别二态性的关系	小鼠胚胎中的原始生殖细胞和性腺生殖细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序、染色质分析	NA	RNA-seq数据、染色质数据	从小鼠胚胎的迁移期原始生殖细胞到性腺生殖细胞
114	2025-05-24	Stemness in flux: Dissecting intestinal crypt organization with multimodal approaches 2025-05-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.003 PMID:40328226	research paper	通过整合谱系追踪、单细胞RNA测序和数学模型，揭示了隐窝基底干细胞在分泌和吸收谱系决定中的核心作用	结合多种方法揭示隐窝基底Lgr5细胞在维持肠道上皮稳态中的核心作用	NA	研究隐窝组织中干细胞在谱系决定中的作用	肠道隐窝基底干细胞	developmental biology	NA	lineage tracing, single-cell RNA sequencing, mathematical modeling	NA	RNA-seq data	NA
115	2025-05-24	Single-Cell Transcriptomics Uncovers Core Signature for Regulating Mitochondrial Homeostasis During Testicular Ageing 2025-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13797 PMID:39731228	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了睾丸衰老过程中线粒体稳态调控的核心特征	首次在果蝇模型中利用单细胞RNA测序技术揭示了睾丸衰老过程中线粒体功能失调的特征及其调控机制	研究仅基于果蝇模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索睾丸衰老过程中线粒体稳态的调控机制	年轻和年老果蝇的睾丸组织	单细胞转录组学	生殖系统衰老	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	年轻和年老果蝇睾丸样本
116	2025-05-24	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-May, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	研究论文	本文利用空间转录组学探究了阿尔茨海默病（AD）患者中淀粉样蛋白-β（Aβ）免疫治疗后的清除机制	揭示了不同免疫方法下小胶质细胞状态的差异及其与Aβ清除的关系，并发现了TREM2和APOE的上调与抗体反应及Aβ清除的正相关性	研究样本量有限，且仅针对特定免疫治疗方法（如lecanemab）	探究Aβ免疫治疗后AD患者脑中Aβ清除的分子机制	AD患者（免疫治疗与非免疫治疗）及神经健康对照者	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	免疫治疗AD患者、非免疫治疗AD患者及健康对照者
117	2025-05-24	KLRG1 identifies regulatory T cells with mitochondrial alterations that accumulate with aging 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00855-9 PMID:40307497	研究论文	本文基于单细胞RNA测序数据，提出了一种流式细胞术面板，用于识别小鼠中与年龄相关的T细胞亚群，并评估了这些亚群的线粒体和衰老标志	发现了一种表达KLRG1的调节性T细胞亚群，该亚群随衰老在人类和小鼠中积累，并表现出线粒体改变等衰老特征	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	探究与年龄相关的T细胞亚群在衰老过程中的作用	CD4 T细胞亚群，特别是表达KLRG1的调节性T细胞	免疫学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	小鼠和人类样本（具体数量未提及）
118	2025-05-24	Single-Cell RNA and Transcriptome Sequencing to Analyze the Role of Lactate Metabolism in Traumatic Brain Injury Astrocytes 2025-May, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70428 PMID:40395067	research paper	通过单细胞RNA和转录组测序分析乳酸代谢在创伤性脑损伤（TBI）星形胶质细胞中的作用	首次在单细胞水平上探索TBI后乳酸代谢在脑细胞中的角色，并鉴定出与TBI相关的乳酸代谢关键基因Ndufb9和Cox8a	研究仅使用小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索创伤性脑损伤后乳酸代谢在脑细胞中的作用	10周龄雄性C57BL/6J小鼠的额叶皮层组织	digital pathology	traumatic brain injury	scRNA-seq, transcriptome sequencing	NA	single-cell RNA sequencing data	C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明）
119	2025-05-24	Optineurin Cooperates With NRF2 to Regulate Tooth Root Morphogenesis by Controlling Mitochondrial Dynamics and Apoptosis 2025-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13799 PMID:39762159	research paper	研究OPTN与NRF2在牙齿根部形态发生中的作用，特别是通过调控线粒体动力学和细胞凋亡来影响牙本质发育	首次揭示了OPTN通过与NRF2合作调控线粒体分裂和细胞凋亡，从而在牙齿根部发育中发挥关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类牙齿样本的应用仍需进一步验证	探究OPTN在牙齿根部发育中的具体作用机制	小鼠和人类的牙齿组织，特别是根尖乳头干细胞（SCAPs）	发育生物学	牙齿发育异常	单细胞测序、RNA-seq分析、体外和离体器官培养	小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	胚胎期16.5天（E16.5）、出生后1天（P1）和P7的小鼠牙齿，以及胚胎和成人的人类牙齿样本
120	2025-05-24	Single-Cell RNA Sequencing of the Primary Visual Cortex in Mice With Optic Nerve Injury 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.31 PMID:40408096	research paper	通过单细胞RNA测序研究小鼠视神经损伤后初级视皮层（V1区）的损伤变化及胶质细胞异质性	首次利用scRNA-seq技术揭示视神经损伤后V1区胶质细胞的异质性及其在神经炎症中的关键分支	研究仅针对小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究视神经损伤后V1区的损伤机制及胶质细胞的作用	小鼠初级视皮层（V1区）的胶质细胞（星形胶质细胞和小胶质细胞）	digital pathology	optic nerve injury	scRNA-seq, H&E染色, 免疫荧光染色, qPCR, Western blot	NA	RNA测序数据, 图像数据	小鼠V1区单细胞悬液