单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-09-06	Targeting Ferroptosis Restores the Antiviral Activity of CD8+ T Cells During Chronic Hepatitis B Virus Infection 2025-Aug-11, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101612 PMID:40803501	研究论文	本研究揭示慢性乙型肝炎病毒感染中CD8+ T细胞通过铁死亡机制导致功能失调，并探索靶向铁死亡恢复抗病毒能力的治疗策略	首次发现HBV特异性CD8+ T细胞发生铁死亡，并阐明棕榈酸和TGF-β1通过调控CD36和GPX4协同促进铁死亡的分子机制	NA	探究慢性HBV感染中CD8+ T细胞铁死亡现象及其与功能失调的关系，并开发干预策略	慢性乙型肝炎患者的CD8+ T细胞，特别是HBV特异性CD8+ T细胞	免疫学	乙型肝炎	流式细胞术、电子显微镜、单细胞RNA测序、MHC I四聚体技术	NA	细胞实验数据、测序数据、临床样本数据	慢性乙型肝炎患者CD8+ T细胞样本（具体数量未明确说明）
102	2025-09-06	The urokinase receptor/uPAR is a major effector of p53 gain-of-function mutations in gemcitabine-treated pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Aug-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110561 PMID:40759369	研究论文	本研究揭示p53功能获得性突变通过上调uPAR表达促进胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的机制	首次发现TP53功能获得性突变直接调控PLAUR/uPAR表达，并阐明其在吉西他滨化疗后持续激活ERK信号通路和促进肿瘤恶性表型的作用机制	主要基于细胞系实验，临床样本验证仍需扩大；EGFR与uPAR协同作用的特定条件尚未完全阐明	探究胰腺导管腺癌化疗耐药和侵袭转移的分子机制	胰腺导管腺癌细胞系（PANC1、MIA PaCa-2）和人类PDAC单细胞测序数据	肿瘤生物学	胰腺癌	scRNA-Seq、基因沉默、TCGA数据挖掘	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	两种PDAC细胞系及TCGA数据库中的PDAC样本
103	2025-09-06	Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500722 PMID:40492378	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的重塑机制，并发现GLO1基因的关键作用	首次利用单细胞RNA测序绘制乳腺癌淋巴结转移的完整生态系统图谱，发现GLO1通过调控GSH/ROS平衡促进淋巴管生成和转移的新机制	样本量相对有限（23名患者的28个淋巴结样本），需要更大规模研究验证发现	探究乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境重塑的分子机制	乳腺癌患者的淋巴结样本和肿瘤微环境中的各种细胞类型	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序，多组学分析	NA	单细胞转录组数据，多组学数据	23名乳腺癌患者的28个淋巴结样本
104	2025-09-06	β-Mangostin Attenuates TET2-Mediated DNA Demethylation of Prkcg in the Prevention of Intervertebral Disc Degeneration 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202505077 PMID:40558107	研究论文	研究发现β-芒果苷通过调控TET2-Prkcg轴减轻椎间盘退变	首次揭示β-芒果苷通过维持Prkcg的DNA甲基化（而非羟甲基化）促进线粒体自噬，并发现TET2-Prkcg轴作为新型治疗靶点	NA	探索β-芒果苷在椎间盘退变治疗中的作用机制	椎间盘细胞（特别是髓核细胞）和巨噬细胞	分子生物学	椎间盘退行性疾病	单细胞测序分析	NA	基因组学数据	NA
105	2025-09-06	Advances in Single-Cell Sequencing for Infectious Diseases: Progress and Perspectives 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415678 PMID:40613694	综述	本文回顾了单细胞测序技术在传染病研究中的最新进展与应用	总结了真核、原核（如MATQ-seq和BacDrop）及双端（如PatH-Cap）单细胞测序技术如何揭示宿主-病原体互作机制	NA	促进传染病精准医疗策略的开发	传染病病原体与宿主细胞	基因组学	传染病	单细胞测序（包括MATQ-seq, BacDrop, PatH-Cap）	NA	基因组数据	NA
106	2025-09-06	Single-Cell RNA Sequencing Identifies MMP11+ Cancer-Associated Fibroblasts as Drivers of Angiogenesis and Bladder Cancer Progression 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502774 PMID:40552583	研究论文	通过单细胞RNA测序识别MMP11+癌症相关成纤维细胞作为膀胱癌血管生成和进展的关键驱动因素	发现新型MMP11 mCAF亚群，揭示其通过WNT5A-MCAM轴调控血管生成并招募SPP1巨噬细胞的机制	NA	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤进展中的调控作用	膀胱癌组织中的细胞亚群（包括CAFs、内皮细胞、巨噬细胞和肿瘤细胞）	单细胞测序分析	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
107	2025-09-06	Identification of Schwann Cells in Human Intracranial Arteries: Potential Regulatory Role in Atherosclerotic Plaque Progression 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503033 PMID:40574459	研究论文	通过多模态分析揭示人颅内动脉中雪旺细胞的存在及其在动脉粥样硬化斑块进展中的潜在调控作用	首次在人类颅内动脉中鉴定雪旺细胞，并发现其通过髓鞘形成和细胞间通讯参与斑块病理生物学	样本量较小（n=16），且依赖死后组织，可能限制临床推广性	探究雪旺细胞在颅内动脉粥样硬化中的角色及神经血管相互作用的机制	人类颅内动脉样本（含斑块与非斑块区域）	神经血管生物学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、超微结构定量分析、细胞间通讯分析	NA	组织样本、基因表达数据	16名捐赠者的颅内动脉样本
108	2025-09-06	Tracking clonal dynamics of CD8 T cells and immune dysregulation in progression of systemic lupus erythematosus with nephritis 2025-Aug, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01504-2 PMID:40744996	研究论文	通过单细胞测序技术研究系统性红斑狼疮肾炎进展中CD8 T细胞的克隆动态和免疫失调机制	首次整合单细胞RNA和TCR测序揭示CD8效应T细胞克隆扩增是疾病恶化的关键驱动因素，并发现干扰素信号通路与细胞毒性T细胞功能障碍的关联	样本量较小（6名SLE患者），需要更大规模研究验证发现	探究系统性红斑狼疮疾病进展中的免疫机制和生物标志物	系统性红斑狼疮患者和健康对照者的外周血单核细胞	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 批量RNA测序	NA	单细胞测序数据, 批量测序数据	6名SLE患者（19个样本）和32名健康供体，外加两个外部验证数据集（141名SLE患者和178名对照）
109	2025-09-06	Computational methods for alternative polyadenylation and splicing in post-transcriptional gene regulation 2025-Aug, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01496-z PMID:40804481	综述	本文全面回顾了用于选择性多聚腺苷酸化和选择性剪接检测与差异分析的计算方法	系统总结了单细胞RNA测序专用技术，并提供了群体和单细胞水平基因调控的新见解	NA	探讨转录后基因调控中APA和AS的计算分析方法	选择性多聚腺苷酸化(APA)和选择性剪接(AS)事件	生物信息学	NA	RNA测序（包括bulk和single-cell RNA sequencing）	NA	RNA测序数据	NA
110	2025-09-06	Progress in the Application of Single-Cell Sequencing in Neoadjuvant Therapy for Esophageal Cancer 2025-Jul, Cureus DOI:10.7759/cureus.89163 PMID:40895953	综述	本文探讨单细胞测序技术在食管癌新辅助治疗中的应用进展及其对肿瘤微环境和治疗策略的启示	提供了评估新辅助治疗有效性的新视角，并通过单细胞水平分析揭示个体细胞差异	未明确提及具体研究限制，但属于技术应用综述而非实证研究	推动食管癌新辅助治疗策略的优化和个性化治疗发展	食管癌肿瘤微环境及接受新辅助治疗的患者群体	数字病理学	食管癌	单细胞测序（sc-seq）	NA	转录组数据	NA
111	2025-09-06	Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf063 PMID:40391086	研究论文	介绍了一个用于整合分析scRNA-seq和scTCR-seq数据的全面且灵活的分析流程immunopipe	提供命令行工具和用户友好的Web界面，支持无编程经验的研究人员进行配置和执行监控	NA	增强对T细胞介导免疫的理解并促进免疫治疗发展	单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	基因组测序数据	NA
112	2025-09-06	A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655666 PMID:40475598	研究论文	构建了一个整合多模态单核人类肺图谱，涵盖健康成人肺部的空间和表观基因组特征	首次通过整合snRNA-seq和SNARE-seq2技术，在单核水平同时分析染色质可及性和基因表达，并利用空间转录组学技术MERFISH精确定位细胞亚型	研究仅基于11名健康成年人样本，样本多样性可能有限	开发高分辨率的人类肺部空间参考图谱，以研究肺部疾病的发病机制	人类成人肺部组织，特别是远端气道、肺泡和间质区域	数字病理学	肺部疾病	snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光	NA	基因组数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据	49个肺组织块，746,047个细胞核，来自11名健康成年人
113	2025-09-06	Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults 2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.30.651528 PMID:40654992	研究论文	研究揭示老年人对流感疫苗的CD4+ T细胞和髓系细胞抗病毒反应减弱	通过单细胞转录组学发现老年人T辅助细胞和髓系细胞中干扰素转录特征减弱，并首次提出针对髓系细胞反应定制疫苗的必要性	研究主要基于体外和离体实验，需要进一步体内验证；样本规模和多样性未明确说明	探究不同年龄群体对流感疫苗的B细胞、CD4+ T细胞和髓系细胞免疫反应差异	老年人和年轻成年人的免疫细胞对流感疫苗抗原的反应	免疫学	老年性疾病	单细胞转录组学、体外和离体实验	NA	人类样本数据、转录组数据	NA
114	2025-09-06	Adhesion-Related Pathways and Functional Polarization of Astrocytes in Traumatic Brain Injury: Insights from Single-cell RNA Sequencing 2025-04-27, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-025-08858-w PMID:40287916	研究论文	通过单细胞RNA测序分析创伤性脑损伤后星形胶质细胞的功能异质性和粘附相关通路的调控作用	首次在TBI模型中系统识别星形胶质细胞A1/A2亚型的功能分化轨迹，并揭示细胞粘附通路在功能极化中的关键调控作用	研究基于小鼠模型，人类TBI中的适用性需要进一步验证	解析创伤性脑损伤后星形胶质细胞的功能异质性及其调控机制	小鼠皮层和海马区的星形胶质细胞	生物信息学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	伪时间轨迹分析	基因表达数据	创伤性脑损伤小鼠模型的皮层和海马组织样本
115	2025-09-06	Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment 2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.29.542774 PMID:37398280	研究论文	开发并验证了一种使用人血浆样培养基和稳定同位素示踪技术，在体外研究胶质母细胞瘤微环境中代谢与免疫相互作用的新方法	首次将人血浆样培养基（HPLM）与稳定同位素示踪技术结合，在保留肿瘤微环境完整性的条件下研究胶质瘤代谢	体外模型仍可能无法完全模拟体内复杂的微环境条件	研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢特征和免疫代谢串扰	人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系	癌症代谢研究	胶质母细胞瘤	稳定同位素示踪技术（15N2-谷氨酰胺示踪）、空间转录组学	体外细胞培养模型	代谢组学数据、转录组学数据	人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和胶质瘤干细胞系
116	2025-09-06	scooby: Modeling multi-modal genomic profiles from DNA sequence at single-cell resolution 2025-Mar-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.19.613754 PMID:39345504	研究论文	提出首个从DNA序列建模单细胞分辨率多模态基因组谱的框架scooby	首次实现单细胞分辨率下从序列直接预测scRNA-seq和scATAC-seq谱，引入细胞特异性解码器并利用预训练基础模型Borzoi	NA	构建能够捕捉细胞异质性的基因调控统一模型	单细胞多模态基因组数据（scRNA-seq和scATAC-seq）	基因组学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 多模态基因组分析	基于Borzoi的深度学习框架	基因组序列数据，单细胞多组学数据	造血系统数据集（具体样本量未明确说明）
117	2025-09-06	A Phase I Clinical Trial Adding OX40 Agonism to In Situ Therapeutic Cancer Vaccination in Patients with Low-Grade B-cell Lymphoma Highlights Challenges in Translation from Mouse to Human Studies 2025-Mar-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2770 PMID:39745391	临床试验	本研究评估了在低级别B细胞淋巴瘤患者中，将OX40激动剂加入原位癌症疫苗疗法的安全性和初步疗效	首次在人体试验中测试OX40激动剂与TLR9激动剂SD101及低剂量放疗的联合疗法，并揭示了临床前模型与人类研究间的转化挑战	样本量较小（14例患者），临床效果不如单独使用TLR9激动剂和放疗，且存在T细胞亚群异质性和可溶性OX40的复杂生物学效应	测试OX40激动剂联合TLR9激动剂和低剂量放疗在低级别B细胞淋巴瘤患者中的安全性和疗效	低级别B细胞淋巴瘤患者	肿瘤免疫治疗	淋巴瘤	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	临床数据、分子生物学数据	14例患者
118	2025-09-06	Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.05.592608 PMID:38766132	研究论文	提出基于Transformer的自监督工作流CellTransformer，用于小鼠大脑空间转录组数据的细粒度区域发现	开发新型编码器-解码器架构CellTransformer，能够分层学习组织特征并发现数百个未标注脑区	NA	解决器官级空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现可扩展的自我监督空间域检测	小鼠大脑组织	空间转录组学	NA	MERFISH, Slide-seqV2, 空间转录组学	Transformer, 编码器-解码器架构	空间转录组数据	四个个体小鼠的900万个细胞，跨越200多个组织切片
119	2025-09-06	Annexin A's Life in Pan-Cancer: Especially in Glioma Immune Cells 2025-02-26, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08827-9 PMID:40011350	研究论文	本研究通过整合多组学数据，全面评估ANXA2和ANXA4在泛癌及胶质瘤中的表达模式、功能影响及与免疫细胞的关联	首次通过单细胞测序分析揭示ANXA2和ANXA4在GBM中主要由M2巨噬细胞表达，并发现其表达水平与巨噬细胞和CD4+静止记忆T细胞存在强相关性	分析工具之间存在不一致性，凸显了需要采用多种方法准确识别差异表达基因的必要性	探究Annexin A家族在癌症特别是胶质瘤免疫细胞中的预后意义和功能作用	多种癌症类型，特别关注胶质母细胞瘤(GBM)和低级别胶质瘤	生物信息学	胶质瘤	多组学数据分析、单细胞测序分析、差异表达基因鉴定、生存分析、共表达研究	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞测序数据	基于TCGA数据库的泛癌样本和胶质瘤样本
120	2025-09-06	A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf101 PMID:40910795	研究论文	提出并验证了一个优化框架，用于挖掘基于激光显微切割的组学数据，以揭示胰腺癌异质性的调控因子	开发了增强低表达基因检测灵敏度的LMD-seq方法，优于单细胞RNA-seq，并能识别罕见肿瘤细胞群体和低表达转录程序	NA	阐明胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤内异质性的分子机制和调控网络	胰腺导管腺癌(PDAC)的空间分辨肿瘤区域	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 激光显微切割(LMD)	NA	转录组数据	NA