单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2025-06-01	Semaglultide targets Spp1+ microglia/macrophage to attenuate neuroinflammation following perioperative stroke 2025-May-27, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03465-9 PMID:40426210	研究论文	本文研究了semaglutide如何通过靶向Spp1+小胶质细胞/巨噬细胞来减轻围手术期卒中后的神经炎症	发现了一种新的保护性Spp1Mac/MG亚群，并证明semaglutide可以上调这一亚群，从而减轻神经炎症	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探索semaglutide在围手术期缺血性卒中(PIS)中的神经保护机制	围手术期缺血性卒中(PIS)小鼠模型中的Spp1+小胶质细胞/巨噬细胞	神经科学	缺血性卒中	单细胞RNA测序、免疫荧光染色、高参数流式细胞术、RNA测序	小鼠围手术期缺血性卒中(PIS)模型	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像数据	PIS小鼠模型
102	2025-06-01	scE2EGAE: enhancing single-cell RNA-Seq data analysis through an end-to-end cell-graph-learnable graph autoencoder with differentiable edge sampling 2025-May-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00616-z PMID:40426257	research paper	提出了一种名为scE2EGAE的端到端可学习图自编码器，用于增强单细胞RNA测序数据分析	通过可微分边缘采样学习细胞间关系图，避免了传统固定图构建方法的信息丢失问题	仅在8个公共scRNA-Seq数据集上进行了验证，需要更多数据集验证泛化能力	改进单细胞RNA测序数据的分析方法	单细胞RNA测序数据	bioinformatics	NA	scRNA-Seq	graph autoencoder (GAE) with GNN	gene expression data	8个公共scRNA-Seq数据集
103	2025-06-01	Dual roles of IRE1α inhibition in reversing mitochondrial ROS-induced CD8+ T-cell senescence and exerting direct antitumor effects in multiple myeloma 2025-May-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011044 PMID:40425229	研究论文	本研究探讨了IRE1α抑制在逆转线粒体ROS诱导的CD8+ T细胞衰老及在多发性骨髓瘤中发挥直接抗肿瘤作用的双重机制	揭示了IRE1α抑制通过NPR2-cGMP-PKG通路恢复T细胞功能，并直接抑制骨髓瘤细胞的双重作用机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探索IRE1α抑制在逆转T细胞衰老和抗骨髓瘤中的双重作用机制	多发性骨髓瘤患者的CD8+ T细胞和骨髓瘤细胞	肿瘤免疫学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术、RNA测序	Vk*MYC小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	患者来源的CD8+ T细胞和健康供体的外周血单个核细胞
104	2025-06-01	SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes 2025-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf431 PMID:40433981	research paper	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	NA	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育及与疾病相关的细胞身份失调	单细胞中的细胞身份基因	machine learning	NA	单细胞RNA-seq	NA	遗传序列数据和基因表达数据	NA
105	2025-06-01	Integrative genome-wide association studies, proteome-wide Mendelian randomization, and single-cell RNA sequencing identify interleukin-6 receptor protein as a therapeutic target in aortic aneurysm 2025-May-21, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.144380 PMID:40409638	研究论文	本研究通过整合全基因组关联研究(GWAS)、蛋白质组范围内的孟德尔随机化(PW-MR)和单细胞RNA测序数据，识别出白细胞介素-6受体(IL6R)作为主动脉瘤(AA)的潜在治疗靶点	首次整合GWAS、PW-MR和单细胞RNA测序数据，系统性地识别IL6R作为AA的新治疗靶点，并建议使用托珠单抗等靶向药物	靶向IL6R治疗可能存在副作用，需要进一步考虑	寻找主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	主动脉瘤患者	基因组学	心血管疾病	GWAS, PW-MR, 单细胞RNA测序	孟德尔随机化	基因组数据, 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据	8125名AA患者和381,977名对照
106	2025-06-01	Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Regional Differences in the Prefrontal and Entorhinal Cortex of Alzheimer's Disease Brain 2025-May-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104841 PMID:40429980	研究论文	通过单细胞转录组分析比较阿尔茨海默病患者前额叶皮层和内嗅皮层的细胞和转录变化	揭示了前额叶皮层和内嗅皮层在阿尔茨海默病中的区域性差异，并识别了与疾病进展相关的LINC01099调控网络	研究仅基于三个单细胞RNA测序数据集，样本量可能有限	比较阿尔茨海默病患者不同脑区的细胞和转录变化，寻找新的生物标志物和治疗策略	阿尔茨海默病患者的前额叶皮层和内嗅皮层	数字病理学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, RT-qPCR	NA	单细胞转录组数据	124,658个细胞核，31个细胞簇
107	2025-06-01	Human and Mouse Bone Marrow CD45+ Erythroid Cells Have a Constitutive Expression of Antibacterial Immune Response Signature Genes 2025-May-17, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13051218 PMID:40427045	research paper	该研究通过蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、细胞因子分泌分析和单细胞免疫蛋白质组学分析，全面探索了人类和小鼠骨髓CD45+红细胞的特征及其在抗菌免疫反应中的作用	发现人类和小鼠骨髓CD45+红细胞具有组成型表达抗菌免疫反应特征基因的能力，并证实其分泌的细胞因子和条件培养基在体外能抑制细菌生长	研究主要基于体外实验和公开数据的再分析，缺乏体内实验验证	探究骨髓CD45+红细胞在抗菌免疫反应中的作用	人类和小鼠骨髓CD45+红细胞	免疫学	NA	蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、流式细胞术、scRNA-seq数据分析	NA	转录组数据、蛋白质组数据	公开的人类和小鼠骨髓红细胞转录组数据
108	2025-06-01	High KYNU Expression Is Associated with Poor Prognosis, KEAP1/STK11 Mutations, and Immunosuppressive Metabolism in Patient-Derived but Not Murine Lung Adenocarcinomas 2025-May-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17101681 PMID:40427178	研究论文	该研究旨在发现与患者预后相关的双峰表达基因，揭示潜在的致癌基因型并为肺腺癌（LUAD）提供新的治疗见解	发现KYNU作为肺腺癌的预后生物标志物，并揭示其在免疫抑制代谢中的作用，尤其是在KEAP1/STK11共突变肿瘤中	小鼠模型中KYNU表达与人类肿瘤存在差异，提示临床前模型的局限性	探索肺腺癌中与预后相关的双峰表达基因及其潜在治疗靶点	肺腺癌患者和小鼠模型	癌症研究	肺腺癌	meta分析、转录组学、代谢组学、单细胞测序	NA	转录组数据、代谢组数据、单细胞数据	多个LUAD数据集及小鼠模型数据
109	2025-06-01	GSNCASCR: An R Package to Identify Differentially Co-Expressed Curated Gene Sets with Single-Cell RNA-Seq Data 2025-May-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104771 PMID:40429912	研究论文	介绍了一个名为GSNCASCR的R包，用于识别单细胞RNA-Seq数据中差异共表达的预定义基因集	结合CSCORE和GSNCA两种算法的优势，能够量化并检查通路内细胞类型特异性的共表达变化，且在模拟和真实数据中表现优于GSCA和GSNCA	未明确提及具体局限性	开发一个生物信息学工具，用于分析单细胞RNA测序数据中的差异共表达通路并评估基因在通路中的重要性	预定义的基因集和单细胞RNA-Seq数据	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	CSCORE和GSNCA	基因表达数据	模拟数据集和真实COVID-19数据集
110	2025-06-01	Mapping Inherited Genetic Variation with Opposite Effects on Autoimmune Disease and Four Cancer Types Identifies Candidate Drug Targets Associated with the Anti-Tumor Immune Response 2025-May-14, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050575 PMID:40428397	research paper	通过基因组关联研究（GWAS）和功能基因组学分析，识别出与自身免疫性疾病和四种癌症风险相反的遗传变异，并评估这些基因编码的蛋白质作为癌症免疫治疗靶点的潜力	系统性搜索具有自身免疫性疾病和癌症风险相反效应的遗传变异，并利用人类遗传学识别潜在的癌症免疫治疗靶点	研究仅关注了四种癌症类型和七种自身免疫性疾病，可能未涵盖所有相关疾病	识别与自身免疫性疾病和癌症风险相反的遗传变异，并评估其作为癌症免疫治疗靶点的潜力	乳腺癌、前列腺癌、卵巢癌和子宫内膜癌患者（240,540例病例/317,000例对照）及七种自身免疫性疾病患者（112,631例病例/895,386例对照）	genetics	breast cancer, prostate cancer, ovarian cancer, endometrial cancer, autoimmune disease	GWAS, RNA-Seq, single-cell RNA-Seq	NA	genomic data, RNA-Seq data	240,540例癌症病例/317,000例对照；112,631例自身免疫性疾病病例/895,386例对照
111	2025-06-01	Constructing a Prognostic Model for Non-Small-Cell Lung Cancer Risk Based on Genes Characterising the Differentiation of Myeloid-Derived Suppressor Cells 2025-May-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104679 PMID:40429821	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，构建了一个基于髓源性抑制细胞（MDSCs）分化状态的NSCLC预后风险模型	首次基于MDSCs分化状态构建NSCLC预后风险模型，并筛选靶向预后基因的小分子化合物作为潜在治疗策略	模型验证主要依赖回顾性数据，需要前瞻性临床研究进一步验证	阐明MDSCs在NSCLC肿瘤微环境中的调控机制并构建预后预测模型	非小细胞肺癌（NSCLC）患者和髓源性抑制细胞（MDSCs）	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, Bulk RNA-seq	Elastic Net回归, 多变量Cox回归	RNA测序数据	未明确说明样本数量（使用内部和外部验证集）
112	2025-06-01	Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomics with Machine Learning Reveals a Heme Metabolism-Based Panel for Lung Adenocarcinoma Chemotherapy Resistance 2025-May-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104685 PMID:40429829	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞转录组数据与机器学习，揭示了基于血红素代谢的肺腺癌化疗耐药性评估面板	开发了血红素代谢风险评分（HMRS）面板，用于患者分层，并鉴定ABCC2作为克服顺铂耐药的关键调控因子	研究依赖于公开数据库数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制	探讨血红素代谢在肺腺癌中的临床意义，特别是其与铁死亡和药物敏感性的关联	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），LASSO回归，多变量Cox回归分析	机器学习	转录组数据	来自TCGA-LUAD、GEO数据库和一个单细胞RNA测序队列的多组学数据
113	2025-06-01	Arhgap29 Deficiency Directly Leads to Systemic and Craniofacial Skeletal Abnormalities 2025-May-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104647 PMID:40429791	research paper	本研究探讨了Arhgap29基因缺失如何导致小鼠出现系统性及颅面骨骼异常，特别是与综合征性唇腭裂（SCL/P）相关的特征	首次揭示了Arhgap29在骨骼发育中的双重作用，即维持基质稳态和调节骨吸收平衡，并通过空间转录组学将其缺失与骨分化缺陷联系起来	Arhgap29缺失导致骨骼异常的具体分子机制尚未完全阐明	探究Arhgap29基因在骨骼发育中的作用及其与综合征性唇腭裂的关联	Arhgap29基因敲除小鼠模型	发育生物学	唇腭裂	micro-CT成像、组织学分析、转录组学方法、免疫组化分析、空间转录组学	基因敲除小鼠模型	图像数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量
114	2025-06-01	Fitness and transcriptional plasticity of human breast cancer single-cell-derived clones 2025-May-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115699 PMID:40359107	研究论文	通过单细胞RNA测序和细胞条形码技术，研究人类乳腺癌单细胞衍生克隆的适应性和转录可塑性	首次将单细胞转录组与体内克隆生长直接关联，揭示了罕见传播克隆的高度保守模型特异性分化程序	研究仅基于5个模型的数据，样本量相对有限	探究乳腺癌克隆适应性和可塑性对癌症异质性的影响	人类乳腺癌单细胞衍生克隆	癌症生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序, 细胞条形码技术	NA	单细胞转录组数据	来自26个患者来源的乳腺癌异种移植模型的110个异种移植体中的20,000多个单细胞衍生克隆，以及5个模型中的167,375个单细胞RNA图谱
115	2025-06-01	NetLnc: A Network-Based Computational Framework to Identify Immune Checkpoint-Related lncRNAs for Immunotherapy Response in Melanoma 2025-May-09, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26104557 PMID:40429702	research paper	开发了一个基于网络的计算框架NetLnc，用于识别与免疫检查点相关的长链非编码RNA（lncRNA），以预测黑色素瘤的免疫治疗反应	利用基于交互网络的分析方法，首次开发了一个多步骤计算框架NetLnc，用于识别癌症和免疫背景下与免疫检查点相关的lncRNA	仅针对黑色素瘤进行研究，未在其他癌症类型中验证	识别与免疫检查点相关的lncRNA，以预测免疫治疗反应	长链非编码RNA（lncRNA）和黑色素瘤	computational biology	melanoma	bulk and single-cell RNA sequencing	machine learning algorithms	RNA sequencing data	独立数据集中的黑色素瘤样本
116	2025-06-01	Long Non-Coding RNAs and RNA-Binding Proteins in Pancreatic Cancer Development and Progression 2025-May-08, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17101601 PMID:40427100	review	本文综述了长链非编码RNA（lncRNAs）和RNA结合蛋白（RBPs）在胰腺导管腺癌（PDAC）发展和进展中的作用	探讨了lncRNAs和RBPs作为非基因组生物标志物和替代分子靶点在PDAC临床管理中的潜力	未提及具体lncRNAs和RBPs的临床应用效果或试验数据	探索lncRNAs和RBPs在PDAC发展、进展及药物反应中的作用，以推动个性化治疗策略的发展	胰腺导管腺癌（PDAC）	分子生物学	胰腺癌	基因表达分析、单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
117	2025-06-01	The Key Role and Mechanism of Oxidative Stress in Hypertrophic Cardiomyopathy: A Systematic Exploration Based on Multi-Omics Analysis and Experimental Validation 2025-May-07, Antioxidants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antiox14050557 PMID:40427439	研究论文	本研究基于多组学分析和实验验证，系统探索了氧化应激在肥厚型心肌病中的关键作用及机制	通过整合转录组学数据、机器学习算法和单细胞RNA测序，识别了四个与氧化应激相关的特征基因，并验证了它们在HCM中的功能意义	NA	阐明氧化应激在肥厚型心肌病发病机制中的作用并探索潜在治疗靶点	肥厚型心肌病(HCM)患者样本	生物医学	心血管疾病	多组学分析、单细胞RNA测序、分子对接	LASSO回归、SVM-RFE、Random Forest	转录组数据	NA
118	2025-06-01	TissueViewer: a web-based multiplexed image viewer 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf246 PMID:40279289	research paper	介绍了一个名为TissueViewer的基于网络的多重图像查看器，旨在解决空间生物学技术生成的大型数据集查看和共享的难题	开发了一个易于设置和使用的基于网络的查看器，能够在低带宽需求下高速传输高分辨率图像	上传数据大小限制为50 GB，可能不适合处理超大规模数据集	解决空间生物学技术生成的大型数据集的查看和共享问题	由多重免疫荧光染色或空间转录组学分析产生的组织学切片数据集	digital pathology	NA	multiplex immunofluorescence staining, spatial transcriptomics profiling	NA	image	NA
119	2025-06-01	scACCorDiON: a clustering approach for explainable patient level cell-cell communication graph analysis 2025-May-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf288 PMID:40327499	research paper	提出了一种名为scACCorDiON的聚类方法，用于分析患者级别的细胞间通信图，以解释疾病状态	使用最优传输算法探索马尔可夫链上的节点距离，作为有向加权图之间的基础度量，优于使用无向图的竞争方法	未明确提及具体限制，但可能涉及大规模患者队列中单细胞RNAseq数据集的高变异性	开发一种能够分析样本特异性细胞间通信事件的计算方法	患者特异性单细胞RNAseq数据集中的细胞间通信事件	digital pathology	pancreas adenocarcinoma	single-cell sequencing, ligand-receptor (LR) analysis	optimal transport algorithm	single-cell RNAseq data	NA
120	2025-06-01	Leveraging Spatial Transcriptomics to Decode Craniofacial Development 2025-May-03, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes16050557 PMID:40428379	review	本文综述了空间转录组学在解码颅面发育中的应用，特别关注了腭和牙齿发育的细胞和分子事件	利用空间转录组学技术，能够在原位评估大量基因的表达，为理解正常和异常条件下的颅面发育提供了前所未有的深度和广度	文章指出这是一项进行中的工作，仍需进一步研究以更深入地理解基因表达的时空动态	揭示颅面发育中独特的生物系统复杂性，为正常发育的细胞和分子事件提供有意义的生物学见解	腭和牙齿的发育过程	空间转录组学	腭裂和牙齿缺失	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA