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当前共找到 40811 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2026-06-23 |
Integrated Analysis of Macrophage-Associated Necroptosis in Alopecia Areata
2026-Jun, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70305
PMID:42325069
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研究论文 | 通过整合转录组学和组织学分析，研究斑秃中巨噬细胞相关的坏死性凋亡特征 | 首次结合批量RNA-seq和单细胞RNA-seq揭示斑秃中巨噬细胞亚群（IL4I1 macrophages_1）与坏死性凋亡信号的特异性关联，并发现TGFβ、ITGB2和GAS6信号通路在巨噬细胞-成纤维细胞通讯中的作用 | 样本量有限且主要来自公共数据库，缺乏功能性验证实验 | 探究坏死性凋亡在斑秃发病机制中的作用 | 斑秃患者和健康对照的头皮样本 | 生物信息学 | 斑秃 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 图像 | 191个头皮样本（来自斑秃患者和健康对照） | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 102 | 2026-06-23 |
scDIG: An R Shiny Application for Interactive Density-Based Gating of Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Data
2026-May-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.20.726609
PMID:42239256
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研究论文 | scDIG是一个基于R Shiny的交互式密度门控应用程序，用于单细胞蛋白质组和转录组数据分析 | 结合双模态索引驱动特征选择、特征加权核密度估计和交互式等高线门控，可直接在scRNA-seq和CITE-seq数据的二维投影中定义细胞群 | 未提及 | 开发一种平衡专家指导与可重复性的单细胞嵌入空间细胞群划分方法 | 人类CITE-seq外周血单核细胞数据（来自CAVA队列） | 计算生物学 | 心血管疾病 | CITE-seq, scRNA-seq | 核密度估计 | 单细胞蛋白质组和转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, CITE-seq | NA | NA |
| 103 | 2026-06-23 |
Adrenal Gland Macrophage-derived TGF-β Governs Vascular Permeability to Drive Monocyte Recruitment during Stress
2026-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.18.726080
PMID:42239159
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研究论文 | 本研究揭示肾上腺巨噬细胞通过分泌TGF-β调控血管通透性，从而驱动压力状态下单核细胞募集 | 首次发现肾上腺巨噬细胞-TGFβ-内皮细胞轴在压力适应中的关键作用，揭示了巨噬细胞通过调控血管特性支持免疫细胞募集的先前未被识别的机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类肾上腺中的相关机制有待进一步验证；仅关注了巨噬细胞来源的TGFβ，其他细胞来源的TGFβ可能也有贡献 | 探究肾上腺巨噬细胞在协调压力诱导的免疫重塑和血管功能中的作用 | 肾上腺巨噬细胞、内皮细胞和单核细胞之间的免疫-血管相互作用 | 机器学习和生物信息学 | 压力相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四种不同压力模型（急性冷暴露、慢性社交挫败、慢性炎症和全身感染）的小鼠肾上腺样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台，用于生成四种压力模型的单细胞转录组数据 |
| 104 | 2026-06-23 |
Once yearly cell-based therapy for sustained and dose tunable delivery of monoclonal antibodies
2026-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.19.726224
PMID:42239463
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研究论文 | 开发了一种基于免疫调节封装的细胞“生物制剂工厂”，能够从单次给药中持续产生治疗性抗体长达一年 | 通过筛选化学修饰的海藻酸盐生物材料，开发出能维持稳定血清抗体滴度一年的免疫调节配方，并结合可回收的宏观装置实现剂量可调的按需治疗终止 | 未提及长期安全性和大规模临床试验数据 | 开发一种单次给药即可持续递送单克隆抗体的细胞疗法，替代传统频繁注射 | HIV中和抗体3BNC117、ipilimumab、pembrolizumab、adalimumab、PGT121等多种单克隆抗体 | 数字病理学 | 艾滋病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 免疫活性小鼠和非人灵长类动物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 105 | 2026-06-23 |
From time-course expression to gene regulation: direct linear ODE inference without finite-difference approximation
2026-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.18.726023
PMID:42239317
|
研究论文 | 开发了一种无需有限差分近似的线性常微分方程直接推断方法，用于从时间序列表达数据中推断基因调控关系 | 首个不依赖有限差分近似而直接学习线性常微分方程模型进行基因调控推断的计算方法，利用闭合解优化问题并通过高效的高阶泰勒近似计算梯度 | 方法依赖于线性常微分方程模型假设，可能无法完全捕捉非线性调控关系；高计算需求在极大规模基因网络下可能受限 | 从时间序列基因表达数据中推断基因调控关系，准确理解细胞状态转变机制 | 时间序列基因表达数据，包括模拟数据和真实单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 线性常微分方程 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 106 | 2026-05-21 |
Pan-cancer analysis of spatial transcriptomics reveals heterogeneous tumor spatial microenvironment
2026-May-19, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102751
PMID:41999752
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研究论文 | 对12种癌症类型373个样本进行泛癌空间转录组分析，揭示肿瘤空间微环境的异质性 | 首次大规模泛癌空间转录组分析，识别出56个局部细胞程序和13个重现性微环境，并发现肿瘤细胞和巨噬细胞的基因表达高度依赖于其空间位置 | 样本量和癌症类型覆盖仍有局限，部分微环境的临床关联需进一步验证 | 系统解析肿瘤空间微环境的异质性及其对临床结局的影响 | 12种癌症类型的373个肿瘤样本 | 数字病理学 | 多种癌症（泛癌） | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 373个肿瘤样本（12种癌症类型） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 107 | 2026-06-23 |
Neuroprotection following FLASH-RT may be mediated by sustained glutamate receptor AMPAR activation in CA3 neurons
2026-May-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.15.725423
PMID:42239092
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学分析揭示了FLASH放疗后CA3神经元的AMPA受体持续激活介导神经保护作用的早期机制 | 首次发现FLASH放疗通过上调Gria基因表达导致AMPAR蛋白水平持续升高，提出钙离子内流和AMPAR持续激活介导长期认知保护的机制 | 未提供具体限制信息 | 阐明FLASH放疗对正常大脑长期神经保护作用的早期机制 | C57BL/6J小鼠脑部CA3和DG区域神经元及神经祖细胞 | 机器学习 | 中枢神经系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | C57BL/6J小鼠，接受全脑照射，包括1或3次10 Gy剂量，每组照射条件分别采用FLASH（5.6×10 Gy/s）或常规剂量率（0.1 Gy/s） | Nanostring | 空间转录组学 | Nanostring平台 | 空间转录组学分析（Nanostring） |
| 108 | 2026-06-23 |
High-quality acinar cell isolation enables single-cell analysis of healthy and injured pancreas
2026-May-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101415
PMID:42013858
|
研究论文 | 开发了一种高效分离高质量腺泡细胞的方法，实现健康和损伤胰腺的单细胞分析 | 提出一种快速消化胰腺组织获得高质量单细胞的方案，克服了腺泡细胞分离困难，实现了对急性胰腺炎模型和胰腺导管腺癌模型中腺泡细胞的全面表征 | 未提及具体局限性 | 开发改善胰腺腺泡细胞分离的方法，以便进行单细胞RNA测序分析 | 小鼠胰腺腺泡细胞 | 数字病理学 | 急性胰腺炎, 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康小鼠胰腺和雨蛙素诱导的急性胰腺炎组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 109 | 2026-06-23 |
SpatialArtifacts: a computational framework for tissue artifact detection in spatial transcriptomics data
2026-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.15.725260
PMID:42239246
|
研究论文 | SpatialArtifacts是一个检测空间转录组数据中组织伪影的计算框架，结合MAD离群值检测和数学形态学操作来识别和分类空间连续的伪影区域 | 提出了一种结合MAD离群值检测与数学形态学操作的框架，并利用焦点操作（3×3填充、5×5轮廓和星形连接）保留真实生物域，同时进行边缘与内部伪影、大区域与小区域的层次分类 | NA | 开发用于空间转录组数据中组织伪影检测与分类的计算框架 | 人海马体、背外侧前额叶皮层和结直肠癌组织样本 | 数字病理 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 人海马体、背外侧前额叶皮层和结直肠癌组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium, 10x VisiumHD | 10x Visium和VisiumHD平台 |
| 110 | 2026-06-23 |
SOX9 and SEMA7A regulate cell plasticity in the postpartum mammary gland with implications for breast cancer
2026-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.05.14.725155
PMID:42239249
|
研究论文 | 该研究利用单细胞RNA测序分析产后乳腺退化过程中SOX9和SEMA7A的表达及其对乳腺癌发展的影响 | 首次发现SOX9和SEMA7A在正常乳腺上皮中的调控轴，并揭示其失调导致间质样去分化状态，且在三阴性乳腺癌中表达升高，增加了雌激素受体阴性和阳性乳腺癌的转移风险 | 研究主要基于小鼠模型和少量人类样本，缺乏大规模临床验证；机制研究仅通过体外细胞实验进行，未开展体内功能验证 | 探究SOX9在产后乳腺退化过程中的作用及其与SEMA7A的关系，并评估其对乳腺癌进展的影响 | 小鼠乳腺组织、正常人类供体乳腺组织样本、乳腺癌数据集 | 机器学习和数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠乳腺组织样本（具体数量未说明）和一组健康人类供体乳腺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 111 | 2026-06-23 |
Integration of Genome-Wide Association Studies With Single-Cell and Bulk Expression Quantitative Trait Locus to Identify Stroke Susceptibility Genes
2026-May-05, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.125.046208
PMID:42003665
|
研究论文 | 整合全基因组关联研究与单细胞和批量表达数量性状位点数据，识别中风易感基因 | 首次将单细胞eQTL数据与中风亚型GWAS整合，发现许多新基因，并揭示细胞类型特异性的因果基因 | 未明确说明，但可能受限于单细胞eQTL数据的规模和同质性 | 识别中风易感基因，探索细胞类型特异性因果变异，确定潜在治疗靶点 | 7种脑细胞类型的eQTL数据、5种中风表型的GWAS数据、小鼠中风样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究、表达数量性状位点分析、孟德尔随机化、共定位分析、单细胞RNA测序、蛋白质-蛋白质相互作用、药物可及性分析、全表型组关联研究 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 112 | 2026-06-23 |
CD163 and Tim-4 identify resident intestinal macrophages that are spatially regulated by TGF-β
2026-May-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20240801
PMID:42012484
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，鉴定出CD163和Tim-4作为肠道常驻巨噬细胞的标志物，并发现TGF-β信号在维持其空间分布和特性中起关键作用 | 挑战了肠道巨噬细胞仅存在于肌肉层的传统观念，发现长寿巨噬细胞也存在于固有层，并揭示了TGF-β信号对固有层而非黏膜下/肌肉层巨噬细胞特性的差异化调控 | 研究主要基于小鼠模型，人类肠道巨噬细胞的适用性需进一步验证；实验未完全排除其他肠道微环境因子的潜在影响 | 探究肠道不同组织层中长寿巨噬细胞的表型特征及其调控机制 | 野生型和Ccr2基因敲除小鼠的肠道组织层细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和Ccr2-/-小鼠肠道组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 113 | 2026-06-23 |
Single cell RNA sequencing reveals transitional states and signaling shifts in nephron progenitor cells of the late-gestation rhesus macaque kidney
2026-May-04, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-026-12908-3
PMID:42071182
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析晚期妊娠恒河猴肾脏的肾单位祖细胞，揭示其过渡状态和信号变化 | 首次在晚期妊娠恒河猴肾脏中识别出晚期妊娠特异的肾单位祖细胞诱导分支，并发现WNT和SEMA信号成分的组成变化 | 这些变化是时间依赖还是物种依赖尚待确定 | 探究晚期妊娠中肾单位形成（侧支肾单位发生）的潜在机制 | 晚期妊娠（第二和第三孕期）恒河猴胎儿肾脏组织 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-seq, RNAScope | NA | 基因表达数据 | 9个恒河猴肾脏样本（scRNA-seq）和8个人类肾脏样本（公开数据） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 114 | 2026-06-23 |
Empowering multifaceted analysis of spatial transcriptomics data with RGAST
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag298
PMID:42302280
|
研究论文 | 提出RGAST框架，利用关系图注意力自编码器统一分析空间转录组数据，实现空间域识别、细胞相互作用重建等多种下游任务 | 通过引入关系图注意力自编码器联合建模空间邻近性和基因表达相似性，在单一框架内实现多种空间转录组分析任务，显著提升空间域识别准确率（调整兰德指数提高约10%）并捕捉远程信号通路 | 未提及局限性 | 开发一个统一框架以空间转录组数据进行多层面分析，解决当前分析方法分散的问题 | 空间转录组数据，包括小鼠下丘脑、人脑皮层等组织样本 | 机器学习 | NA | 空间转录组测序 | 关系图注意力自编码器 | 转录组数据 | 包含背外侧前额叶皮层数据集、小鼠下丘脑、人脑皮层等样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 115 | 2026-06-23 |
STORM: spatial transcriptomics optimization by resolution via matrix factorization
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag324
PMID:42328842
|
研究论文 | 提出STORM，一种通过矩阵分解优化空间转录组学的机器学习框架，能在严重稀疏数据下提升数据保真度 | 将空间转录组恢复建模为低秩张量分解问题，并通过正则化策略整合多模态生物学先验，包括空间连续性、组织形态学和基因-基因相互作用结构 | NA（摘要未明确提及） | 改进空间转录组学数据在高度稀疏条件下的恢复精度，保留有生物学意义的空间结构 | 肺组织样本（包括健康和恶性样本）的空间转录组数据 | 机器学习 | 肺癌 | 空间转录组学 | 低秩张量分解模型 | 空间转录组数据、组织病理学图像 | 多种肺组织剖面（包括健康和恶性样本） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 116 | 2026-06-23 |
ST2HE: enhancing spatial transcriptomics interpretability via virtual staining for histological annotation
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag326
PMID:42328841
|
研究论文 | 提出ST2HE框架，通过虚拟染色从高分辨率空间转录组数据合成H&E图像，实现组织学注释 | 首次利用一步扩散模型将细胞核形态与空间转录坐标整合，实现跨平台、跨组织的虚拟H&E染色，支持已知和新颖组织背景的注释 | 需要更大上下文窗口、平衡损失函数和多色转录可视化的优化；可能受限于特定组织类型的泛化能力 | 增强高分辨率空间转录组数据的组织学注释可解释性和可扩展性 | 乳腺癌、非小细胞肺癌和卡波西肉瘤组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌、非小细胞肺癌、卡波西肉瘤 | 空间转录组学 | 扩散模型 | 组织图像和空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 117 | 2026-06-23 |
ModelistsGCN: a multimodal graph convolutional network framework for single-cell spatial transcriptomic cell typing
2026-May-04, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbag340
PMID:42328843
|
研究论文 | 提出一种半监督多模态图卷积网络框架ModelistsGCN，整合基因表达、空间邻近性和细胞形态学特征，用于单细胞空间转录组学中的细胞类型鉴定 | 首次将基因表达、空间邻域结构和可解释的形态学特征三者整合到图卷积网络中，弥补单细胞空间转录组数据分子覆盖度有限的不足，提升细胞类型鉴别能力 | NA | 提高单细胞空间转录组数据中细胞类型推断的准确性，特别是在基因覆盖稀疏的条件下 | 小鼠视觉皮层数据集和转移性乳腺癌组织样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 空间转录组学，MERFISH，ExSeq | 图卷积网络 | 空间转录组数据 | 小鼠视觉皮层数据集和转移性乳腺癌组织样本 | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 118 | 2026-06-23 |
Reconstructing cell-cell interaction network in single-cell spatial transcriptomics via directed heterogeneous graph autoencoder
2026-May-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag130
PMID:41999209
|
研究论文 | 提出基于有向异构图自编码器的DualCellChat方法，从单细胞空间转录组数据中重建完整且准确的细胞间相互作用网络 | 首次利用有向异构图自编码器框架直接建模细胞相互作用的方向性，并引入下游分析从重建网络中推断特征基因和显著配体-受体对 | 仅基于已知配体-受体对进行推断，可能遗漏未知的相互作用机制；未涉及多模态数据整合或大规模临床应用验证 | 开发一种能够从单细胞空间转录组数据中重建完整、准确且具有方向性的细胞间相互作用网络的深度学习方法 | 来自四种不同技术的五个单细胞空间数据集中的细胞相互作用关系 | 数字病理学 | NA | 空间转录组测序 | 图自编码器 | 空间转录组数据（基因表达与空间位置信息） | 五个单细胞空间数据集 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 119 | 2026-06-23 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals novel lncRNA macromolecules associated with PARP11, LMF1, and RRM2 regulatory axes in non-small cell lung cancer
2026-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.151932
PMID:41997320
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示非小细胞肺癌中与PARP11、LMF1和RRM2调控轴相关的新型lncRNA大分子 | 鉴定了三种新型lncRNA大分子（AC005842.1、AC009041.2、AC007240.1），并开发了开源Shiny应用lncScape，引入lncRNA动态评分（LDS）和TF-lncRNA动态评分（TLD）两种新策略 | 未在更大样本量或体内模型中验证，且lncRNA功能分析主要基于计算预测和体外实验 | 探索非小细胞肺癌中lncRNA大分子在肿瘤异质性和免疫微环境中的调控作用 | 非小细胞肺癌中的肿瘤细胞和免疫细胞群体 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 实时定量PCR | 伪时间轨迹模型 | 单细胞转录组数据 | 非小细胞肺癌细胞系（具体数量未明确） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 120 | 2026-06-23 |
Identification of tissue plasminogen activator (PLAT) as a potential target linking osteoarthritis and psoriasis: Integrated bioinformatics analysis and molecular dynamics simulation
2026-May, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2026.152038
PMID:41997321
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研究论文 | 通过整合生物信息学分析和分子动力学模拟，鉴定组织型纤溶酶原激活物（PLAT）作为骨关节炎与银屑病共病的潜在共同靶点 | 首次利用多组学整合策略（WGCNA、机器学习、单细胞RNA-seq等）结合分子模拟，发现PLAT是OA与PSO共病的共同分子靶点，并预测核黄素为潜在抑制剂 | 未在临床样本或更广泛的疾病模型中验证PLAT与共病的直接因果关系；分子模拟和体外实验的初步结果需进一步体内验证 | 探索骨关节炎与银屑病共同的分子机制并鉴定潜在治疗靶点 | 骨关节炎和银屑病相关的基因表达数据及分子互作网络 | 机器学习 | 骨关节炎，银屑病 | WGCNA，LASSO，随机森林，人工神经网络，单细胞RNA-seq，分子对接，分子动力学模拟，MM/PBSA计算，RT-qPCR，CCK-8实验 | LASSO，随机森林，人工神经网络 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |