单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 11941 - 11960 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11941 | 2025-01-04 |
Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression
2024-Aug, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01802-x
PMID:39048792
|
研究论文 | 本文通过单细胞多组学和空间分析技术，研究了人类肾脏在健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境在肾脏疾病进展中的作用 | 结合单细胞、单核、空间RNA表达和单核开放染色质数据，首次全面绘制了人类肾脏的空间分子图谱，并揭示了纤维化微环境在疾病分类和预后中的临床价值 | 研究样本数量有限（81个），且主要关注糖尿病和高血压相关的肾脏疾病，可能无法完全代表其他类型的肾脏疾病 | 揭示肾脏健康和疾病状态下的空间和分子特征，特别是纤维化微环境的作用 | 人类肾脏样本（健康、糖尿病和高血压相关疾病） | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞多组学、空间RNA表达（Visium、CosMx）、单核开放染色质分析 | NA | 单细胞RNA表达数据、空间RNA表达数据、单核开放染色质数据 | 81个样本（包括健康、糖尿病和高血压相关疾病的肾脏样本） | NA | NA | NA | NA |
| 11942 | 2025-01-04 |
Deciphering the heterogeneity of neutrophil cells within circulation and the lung cancer microenvironment pre- and post-operation
2024-02-06, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09850-z
PMID:38319415
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了非小细胞肺癌患者手术前后血液和肿瘤组织中的中性粒细胞亚群的分布，并开发了一种过表达率（OER）计算方法来评估中性粒细胞亚群的特异性 | 开发了过表达率（OER）计算方法，用于评估中性粒细胞亚群的特异性，并识别出具有潜在临床应用价值的基因组合 | 研究样本量有限，且仅针对非小细胞肺癌患者，未涵盖其他类型的癌症 | 评估非小细胞肺癌患者手术前后中性粒细胞亚群的分布及其特异性，以帮助诊断和预后评估 | 非小细胞肺癌患者手术前后的血液和肿瘤组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤和癌旁组织、手术前后血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 11943 | 2025-01-03 |
Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications
2025-Jan, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2561-0
PMID:39060615
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综述 | 本文全面总结了单细胞组学技术的最新进展，特别是方法学部分 | 单细胞组学技术在生物医学领域具有突破性进展，提供了对复杂疾病（如癌症）的深刻理解 | NA | 指导研究人员选择适当的单细胞测序及相关数据分析方法 | 单细胞组学技术 | 生物医学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11944 | 2025-01-03 |
A specific inflammatory suppression fibroblast subpopulation characterized by MHCII expression in human dilated cardiomyopathy
2025-Jan, Molecular and cellular biochemistry
IF:3.5Q3
DOI:10.1007/s11010-024-04939-9
PMID:38462549
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，识别了人类扩张型心肌病（DCM）中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群，并探讨了其在炎症抑制中的作用 | 首次识别并描述了DCM中一种特定的抗原呈递成纤维细胞亚群（apFB），并揭示了其在炎症抑制中的关键作用 | 研究样本量较小，仅包括4个健康供体和6个DCM患者的心脏组织 | 探讨扩张型心肌病（DCM）中成纤维细胞的异质性及其与免疫细胞的相互作用 | 人类左心室组织，包括健康供体和DCM患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（ScRNA-Seq） | NA | RNA测序数据 | 10个心脏组织（4个健康供体和6个DCM患者） | NA | NA | NA | NA |
| 11945 | 2025-01-03 |
The heterogeneity of cellular metabolism in the tumour microenvironment of hepatocellular carcinoma with portal vein tumour thrombus
2025-Jan, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13738
PMID:39189673
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研究论文 | 本研究通过多组学组合全面分析了肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本的代谢异质性 | 首次在多组学水平上描绘了HCC和PVTT中非恶性细胞的代谢异质性景观，并确定了PVTT形成和发展的代谢特征 | NA | 研究肝细胞癌及其门静脉癌栓的代谢异质性 | 肝细胞癌（HCC）、门静脉癌栓（PVTT）和正常肝样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、荧光多重免疫组化 | NA | RNA测序数据、空间转录组数据、免疫组化数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11946 | 2025-01-03 |
Dissecting the cell microenvironment of ovarian endometrioma through single-cell RNA sequencing
2025-Jan, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2638-9
PMID:39470923
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术解析卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境 | 首次在单细胞水平上对卵巢子宫内膜异位囊肿的细胞微环境进行了全面解析，并识别了与疾病相关的关键细胞类型和分子特征 | 研究样本量相对较小，且未涉及长期随访数据 | 揭示卵巢子宫内膜异位囊肿的分子和细胞机制，以改善诊断和治疗策略 | 卵巢子宫内膜异位囊肿患者的子宫内膜组织 | 数字病理学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 超过52,000个单细胞，来自卵巢子宫内膜异位囊肿患者和健康捐赠者的子宫内膜组织 | NA | NA | NA | NA |
| 11947 | 2025-01-03 |
Resolving the developmental mechanisms of cardiac microthrombosis of SARS-CoV-2 based on single-cell transcriptome analysis
2025-Jan, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2624-9
PMID:39470924
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，探讨了SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的发育机制 | 首次通过单细胞测序技术揭示了SARS-CoV-2感染心脏微血栓形成过程中，MYO1ERASGEF1B单核细胞衍生巨噬细胞在免疫系统过度激活和外在凝血途径启动中的关键作用 | 研究样本量有限，且仅针对右心室游离壁组织，可能无法全面反映心脏其他部位的情况 | 研究SARS-CoV-2感染引起的心脏微血栓形成的分子机制 | 健康供体、在特征性凝血异常（CAC）高凝期死亡的患者、在CAC纤溶期死亡的患者的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 61,187个细胞，包含24种免疫细胞亚群和13种心脏驻留细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 11948 | 2025-01-03 |
Bayesian Phylogenetic Lineage Reconstruction with Loss of Heterozygosity Mutations Derived from Single-Cell RNA Sequencing
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_1
PMID:39745633
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于单细胞RNA测序的贝叶斯方法，用于从推断的杂合性缺失（LOH）事件重建细胞谱系 | 使用单细胞RNA测序数据，结合贝叶斯方法重建细胞谱系，并标注细胞表型和发育时间点 | 该方法目前仅应用于特定小鼠模型，尚未广泛验证 | 研究细胞谱系重建方法，以了解细胞发育历史 | Emx1+皮质投射神经元和胶质细胞谱系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | RNA测序数据 | C57Bl/6J (B6) 和 CAST/EiJ (CA) 杂交F1小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 11949 | 2025-01-03 |
Lineage Recording in Human Brain Organoids with iTracer
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_5
PMID:39745637
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研究论文 | 本文详细介绍了iTracer在人类大脑类器官中记录细胞谱系的应用协议 | iTracer结合了报告基因条形码和可诱导的CRISPR-Cas9标记，与单细胞和空间转录组学兼容，用于探索大脑类器官发育过程中的克隆性和谱系动态 | NA | 研究人类器官发育过程中的细胞谱系关系 | 人类大脑类器官 | 生物医学工程 | NA | iTracer, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 单细胞和空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11950 | 2025-01-03 |
Clonal Tracking in the Mouse Brain with Single-Cell RNA-Seq
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_6
PMID:39745638
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研究论文 | 本文介绍了一种利用单细胞RNA测序技术在小鼠大脑中进行克隆追踪的方法 | 与传统基于稀疏荧光标记的方法相比，使用遗传条形码和单细胞RNA测序的克隆追踪方法具有超过100倍的吞吐量，并且使用的老鼠数量减少了10倍以上 | NA | 开发一种高吞吐量的克隆追踪方法，用于研究哺乳动物大脑中的细胞谱系关系 | 小鼠大脑中的细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 2周大的小鼠脑组织 | NA | NA | NA | NA |
| 11951 | 2025-01-03 |
LINNAEUS: Simultaneous Single-Cell Lineage Tracing and Cell Type Identification
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_12
PMID:39745644
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研究论文 | 本文介绍了一种名为LINNAEUS的策略，用于在数千个单细胞中同时进行谱系追踪和转录组分析 | LINNAEUS结合了单细胞RNA测序和谱系条码的计算分析，能够重建生物体范围内的单细胞谱系树 | NA | 理解细胞类型在发育、再生和疾病等过程中的起源 | 单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 数千个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 11952 | 2025-01-03 |
Paired Single-Cell Transcriptome and DNA Barcode Detection in Zebrafish Using ScarTrace
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_11
PMID:39745643
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研究论文 | 本文介绍了一种基于CRISPR/Cas9的遗传谱系追踪方法ScarTrace，用于在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行DNA条形码标记，并通过单细胞cDNA扩增和基因组DNA嵌套PCR分别捕获转录组和条形码序列 | ScarTrace方法结合了CRISPR/Cas9技术和单细胞转录组分析，能够在斑马鱼胚胎发育过程中对单细胞进行独特的DNA条形码标记，并实现克隆追踪和谱系树重建 | 该方法目前仅应用于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中进行验证 | 研究斑马鱼胚胎发育过程中的细胞命运决定 | 斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞 | 遗传学 | NA | CRISPR/Cas9, 单细胞cDNA扩增, 基因组DNA嵌套PCR | NA | DNA序列, 转录组数据 | 斑马鱼胚胎和成体组织中的单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 11953 | 2025-01-03 |
GEMLI: Gene Expression Memory-Based Lineage Inference from Single-Cell RNA-Sequencing Datasets
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_19
PMID:39745651
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研究论文 | 本文介绍了一种基于基因表达记忆的细胞谱系推断工具GEMLI，该工具仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系 | GEMLI通过基因表达记忆现象预测细胞谱系，无需依赖遗传标记或物理细胞分离，极大地简化并扩展了谱系注释 | NA | 开发一种仅需单细胞RNA测序数据即可预测细胞谱系的工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达矩阵 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11954 | 2025-01-03 |
Intervention of Tanshinone IIA on the PGK1-PDHK1 Pathway to Reprogram Macrophage Phenotype After Myocardial Infarction
2024-Dec, Cardiovascular drugs and therapy
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10557-023-07520-6
PMID:37991600
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研究论文 | 本研究探讨了丹参酮IIA通过调节巨噬细胞的能量代谢和表型变化来改善心肌梗死的机制 | 首次提出丹参酮IIA通过PGK1-PDHK1信号通路调节巨噬细胞能量代谢和表型变化的机制 | 研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探讨丹参酮IIA在心肌梗死治疗中的药理作用及其机制 | 心肌梗死模型中的巨噬细胞 | 心血管疾病 | 心肌梗死 | RT-PCR, ELISA, 免疫荧光, JC-1, 钙离子浓度检测, 活性氧检测, 线粒体电子显微镜分析, 单细胞转录组数据挖掘, 细胞转录组测序, 分子对接技术 | 心肌梗死模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞表型数据 | 心肌梗死模型中的巨噬细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 11955 | 2025-01-03 |
Tcf21 as a Founder Transcription Factor in Specifying Foxd1 Cells to the Juxtaglomerular Cell Lineage
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.25.586641
PMID:38585851
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研究论文 | 本文探讨了Tcf21在Foxd1+基质祖细胞向肾小球旁细胞（JG细胞）分化中的关键作用 | 首次揭示了Tcf21在早期肾脏发育中对Foxd1+细胞向JG细胞分化的关键作用，并通过单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序分析了Tcf21的表达动态 | Tcf21在已确立的肾素表达细胞中的作用未被充分探讨 | 研究Tcf21在Foxd1+祖细胞向JG细胞分化中的作用 | Foxd1+基质祖细胞和肾小球旁细胞（JG细胞） | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞基因表达数据，染色质可及性数据 | 2,054个GFP+细胞（基质谱系） | NA | NA | NA | NA |
| 11956 | 2025-01-03 |
A cost-effective protocol for single-cell RNA sequencing of human skin
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1393017
PMID:39539550
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研究论文 | 本文介绍了一种成本效益高的人类皮肤单细胞RNA测序（scRNAseq）和流式细胞术分析的新协议 | 提出了一种无标签样本多重化策略，结合souporcell算法，实现了配对血液和皮肤样本的scRNAseq分析，并提供了同时进行流式细胞术分析的详细步骤 | 未明确提及具体局限性 | 开发一种成本效益高的方法，使更多研究者能够进行皮肤样本的scRNAseq和流式细胞术分析 | 人类皮肤样本 | 单细胞RNA测序 | NA | scRNAseq, 流式细胞术 | souporcell算法 | RNA序列数据, 流式细胞术数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 11957 | 2025-01-03 |
Single-Cell Sequencing in Neurodegenerative Disorders
2023-09, Molecular diagnosis & therapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1007/s40291-023-00668-9
PMID:37552451
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综述 | 本文回顾了单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其最新进展 | 利用单细胞组学技术深入探索神经退行性疾病中的细胞异质性，为诊断和治疗提供新视角 | 目前主要关注转录组变化，未来需要进一步技术发展以更好地理解和操纵相关通路 | 探讨单细胞测序技术在神经退行性疾病中的应用及其潜力 | 帕金森病、阿尔茨海默病、亨廷顿病和多发性硬化症等常见神经退行性疾病 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11958 | 2025-01-02 |
Score matching for differential abundance testing of compositional high-throughput sequencing data
2024-Dec-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.05.627006
PMID:39713439
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研究论文 | 本文提出了一种扩展的a-b幂交互模型，用于处理包含协变量信息的稀疏组合计数数据，并结合差异丰度测试方法cosmoDA，以减少相关特征导致的假阳性检测 | 扩展了a-b幂交互模型以包含协变量信息，并提出了新的差异丰度测试方法cosmoDA，显著降低了相关特征的假发现率 | 未明确提及具体局限性 | 开发一种能够准确表征异质群体中协变量依赖关系的模型，并减少差异丰度测试中的假阳性检测 | 稀疏组合计数数据，特别是单细胞RNA测序和扩增子测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，扩增子测序 | a-b幂交互模型 | 计数数据 | 模拟数据和真实数据 | NA | NA | NA | NA |
| 11959 | 2025-01-02 |
Neutrophils drive sexual dimorphism in experimental periodontitis
2024-Dec-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.27.625678
PMID:39677749
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研究论文 | 本研究旨在通过阐明性别特异性的牙周病进展机制，改善牙周病的治疗 | 揭示了中性粒细胞在牙周病性别二态性中的机制作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证有限 | 改善牙周病的治疗 | C57BL/6j小鼠和人类牙周病患者 | NA | 牙周病 | 流式细胞术、单细胞测序 | NA | 实验数据、临床数据 | ≥5只小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 11960 | 2025-01-02 |
Pan-cancer analysis of the immunological and oncogenic roles of ATAD2 with verification in papillary thyroid carcinoma
2024-09-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-73274-2
PMID:39333272
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研究论文 | 本文通过泛癌分析探讨了ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的角色，并在甲状腺乳头状癌中进行了验证 | 首次在泛癌范围内系统分析了ATAD2的表达、突变及其与免疫浸润的关系，并在甲状腺乳头状癌中验证了其致癌功能 | 研究主要依赖于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证 | 探讨ATAD2在肿瘤进展和免疫相互作用中的共同角色，并验证其在甲状腺乳头状癌中的致癌功能 | ATAD2基因及其在多种肿瘤中的表达和突变情况 | 肿瘤学 | 甲状腺乳头状癌 | 单细胞测序、MTT、伤口愈合、transwell、流式细胞术 | NA | 基因表达数据、突变数据、单细胞测序数据 | 利用TCGA、GTEx、CPTAC、HPA和cBioPortal数据库中的泛癌数据 | NA | NA | NA | NA |