单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11921	2024-08-04	Deconvoluting multi-person biological mixtures and accurate characterization and identification of separated contributors using non-targeted single-cell DNA sequencing 2024-Jul, Forensic science international. Genetics DOI:10.1016/j.fsigen.2024.103030 PMID:38513339	研究论文	本文探讨了如何利用非靶向单细胞DNA测序解决多个人生物混合物的去卷积及个体特征鉴定问题	首次应用非靶向单细胞DNA测序(scDNA-seq)结合scATAC-seq技术，克服了RNA降解及测序限制，实现复杂血液混合物的去卷积和个体鉴定	RNA易降解可能导致信息丢失，且基于RNA的测序限制了可用于基因混合物去卷积的单核苷酸多态性(SNP)数量	研究如何在法医学背景下实现多个人混合物的去卷积及个体识别	涉及多达五个个体的复杂血液混合物，及来源多样的个体特征	数字病理学	NA	非靶向单细胞DNA测序（scDNA-seq）	NA	基因数据	涉及最多11个个体的高度复杂混合物和包含20个细胞的平衡及不平衡混合物
11922	2024-08-05	CellMarkerPipe: cell marker identification and evaluation pipeline in single cell transcriptomes 2024-06-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-63492-z PMID:38849445	研究论文	提出了一种自动化细胞类型特异性标记基因识别和评估的平台CellMarkerPipe	开发了一个统一的计算平台，能够自动识别和评估标记基因，提高效率	具体局限性未在摘要中体现	旨在简化单细胞转录组数据中细胞标记基因的识别和评估过程	涉及多种样本的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	数据集	多种样本
11923	2024-08-04	A single-cell and spatial RNA-seq database for Alzheimer's disease (ssREAD) 2024-Jun-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49133-z PMID:38844475	研究论文	本研究介绍了一个针对阿尔茨海默病的单细胞和空间RNA测序数据库(ssREAD)	该数据库提供了更广泛的AD相关数据集，优化的分析流程和更高的可用性	NA	开发一个全面且用户友好的阿尔茨海默病单细胞和空间RNA-seq数据库	包含来自67个AD相关的scRNA-seq和snRNA-seq研究的1,053个样本	数字病理学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq, 空间转录组学	NA	细胞数据, 数据集	1,053个样本，包括277个整合数据集，涉及7,332,202个细胞
11924	2024-08-04	Unravelling the metabolic landscape of cutaneous melanoma: Insights from single-cell sequencing analysis and machine learning for prognostic assessment of lactate metabolism 2024-Jun, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15119 PMID:38881438	研究论文	本文全面探讨了乳酸代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的潜在预后作用	该研究利用单细胞测序和机器学习构建了乳酸代谢的预后模型，并验证了关键基因NDUFS7的生物学功能	样本量和 cohorts 的多样性可能限制了模型的普适性	旨在评估乳酸代谢相关基因在皮肤黑色素瘤中的预后价值	涉及的研究对象为皮肤黑色素瘤患者的肿瘤组织样本	机器学习	皮肤黑色素瘤	单细胞测序，机器学习	NA	转录组数据	多个 cohort，具体样本量未提及
11925	2024-08-05	TGF-β signalling limits effector function capacity of NK cell anti-tumour immunity in human bladder cancer 2024-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105176 PMID:38810560	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号如何限制NK细胞在膀胱癌中的抗肿瘤免疫功能	本研究揭示了TGF-β信号通路通过下调CD16抑制NK细胞介导的抗体依赖性细胞毒性（ADCC）机制	本研究的局限性在于仅使用了一种小鼠模型，可能无法全面反映人类膀胱癌中的所有免疫机制	研究TGF-β信号在膀胱癌中对NK细胞功能的影响	膀胱癌患者中的肿瘤浸润性NK细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和高维流式细胞术	人源化小鼠模型	基因表达数据	NA
11926	2024-08-05	Ketogenic diet modifies ribosomal protein dysregulation in KMT2D Kabuki syndrome 2024-Jun, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105156 PMID:38768529	研究论文	本研究探讨了生酮饮食如何改变KMT2D卡布基综合症中的核糖体蛋白功能失调	本研究首次揭示了赖氨酸甲基转移酶缺陷与核糖体蛋白功能障碍之间的关联，并展示了生酮饮食对改善认知功能的潜在影响	样本量较小，仅涉及八名参与者，可能影响结果的普适性	研究生酮饮食对KMT2D卡布基综合症相关的分子机制和临床结果的影响	对4名卡布基综合症患者与4名对照组进行比较分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和基于质谱的蛋白质组学	NA	RNA和蛋白质数据	8名参与者（4名卡布基综合症患者和4名对照组）
11927	2024-08-04	A Single-cell and Spatial RNA-seq Database for Alzheimer's Disease (ssREAD) 2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.08.556944 PMID:37745592	研究论文	本文介绍了针对阿尔茨海默病的单细胞与空间RNA测序数据库ssREAD	创建了一个用户友好的数据库，整合了广泛的阿尔茨海默病相关数据集，并优化了分析流程	NA	建立一个全面的数据库以满足阿尔茨海默病相关数据管理和分析需求	阿尔茨海默病相关的单细胞RNA测序和空间转录组研究	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	细胞数据集	1,053个样本（277个整合数据集），共计7,332,202个细胞和381个空间转录组数据集
11928	2024-08-04	Digital pathology and spatial omics in steatohepatitis: Clinical applications and discovery potentials 2024-Mar-22, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000866 PMID:38517078	review	本文回顾了数字病理学和空间组学在脂肪肝炎中的临床应用和发现潜力	文章创新点在于探讨了利用人工智能增强的数字病理学和空间组学方法，如何提高脂肪肝炎组织学解读的准确性	文章指出现有空间转录组学和蛋白组学技术的局限性，以及对这些工具和技术的知识空白	研究旨在探讨数字病理学与空间生物学的多模式整合对改善脂肪肝炎组织学解读的潜力	研究对象是肝病患者的组织样本，特别是与脂肪肝炎相关的组织切片	数字病理学	脂肪肝炎	数字病理学，空间转录组学，空间蛋白组学	人工智能算法，机器学习算法	图像，基因和蛋白表达数据	NA
11929	2024-08-05	cellMarkerPipe: Cell Marker Identification and Evaluation Pipeline in Single Cell Transcriptomes 2024-Jan-17, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3844718/v1 PMID:38313296	研究论文	开发了一种名为cellMarkerPipe的计算平台，用于自动化识别和评估单细胞转录组中的细胞特征基因	提出了一种集成常用工具的统一计算平台，提升了细胞标记基因的识别和评估效率	在摘要中没有提到具体的局限性	优化单细胞转录组数据中细胞特征基因的识别和系统评估过程	scRNA-seq数据中的细胞类型特异性标记基因	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因组数据	多样本的严格测试
11930	2024-08-04	Deciphering the Immune Microenvironment at the Forefront of Tumor Aggressiveness by Constructing a Regulatory Network with Single-Cell and Spatial Transcriptomic Data 2024-01-15, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15010100 PMID:38254989	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组数据解析肿瘤侵袭前沿的免疫微环境	开发了构建细胞间基因调控网络的软件管道，提高了细胞通信信号选择的可靠性	可能存在样本异质性对结果的影响	探索肿瘤微环境中恶性细胞的调控关系及其在疾病进展中的作用	ER阳性乳腺癌患者的恶性细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（ST）	NA	基因表达数据	ER阳性乳腺癌患者的多个样本
11931	2024-08-05	PathFinder: a novel graph transformer model to infer multi-cell intra- and inter-cellular signaling pathways and communications 2024-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.13.575534 PMID:38293243	研究论文	本文介绍了一种名为PathFinder的新型图变换模型，用于推断多细胞内和细胞间信号通路及通讯	PathFinder利用分而治之策略，将复杂的信号网络分为信号通路，并利用新颖的图变换架构进行评分和排序	目前只在APOE4基因型特异性阿尔茨海默病小鼠模型的scRNA-seq数据上进行了评估	旨在利用scRNA-seq数据推断阿尔茨海默病微环境中复杂的信号通讯机制	研究对象为不同细胞类型的信号传递和相互作用网络，包括神经元、星形胶质细胞和小胶质细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	scRNA-seq	图变换模型	基因表达数据	使用APOE4基因型特异性阿尔茨海默病小鼠模型的scRNA-seq数据
11932	2024-08-05	Liquid Biopsy: A New Avenue for the Diagnosis of Kidney Disease: Diabetic Kidney Disease, Renal Cancer, and IgA Nephropathy 2024-01-07, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15010078 PMID:38254967	综述	该论文介绍了液体活检在肾脏疾病诊断中的应用	强调了液体活检与表观遗传学变化在肾脏疾病评估中的重要性	NA	介绍现代肾脏疾病的诊断方法	三种常见的肾脏疾病：糖尿病肾病、肾癌和IgA肾病	数字病理学	肾病	液体活检，DNA甲基化，微小RNA检测，piRNA和lncRNA表达，单细胞转录组测序	NA	NA	NA
11933	2024-08-04	Skin γδ T cell inflammatory responses are hardwired in the thymus by oxysterol sensing via GPR183 and calibrated by dietary cholesterol 2023-03-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2023.01.025 PMID:36842431	研究论文	本研究探讨了胆固醇代谢物氧化甾醇如何影响γδ T细胞的组织常驻性和功能。	首次揭示了GPR183在皮肤γδ T细胞发育和炎症反应中的重要作用，以及饮食对其调控的影响。	研究中未提及样本的多样性以及长期胆固醇摄入对结果的潜在影响。	探讨胆固醇代谢物在γδ T细胞中的作用及其对皮肤免疫和炎症的影响。	对γδ T细胞在皮肤中的发育和功能进行研究，尤其是Tγδ17细胞。	免疫学	银屑病	单细胞转录组测序	小鼠模型	细胞实验数据	暂未提供样本数量
11934	2024-08-05	Genotype-phenotype profile of global ASPH-associated ectopia lentis and clinical findings from a Chinese cohort 2024-Oct-20, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148600 PMID:38788814	研究论文	本研究揭示了与ASPH相关的眼部异位晶状体的基因型-表型特征。	识别了一种新的错义变异和一种重复出现的无义变异，并探讨了ASPH的表达模式与临床特征的关系。	由于这种状况的罕见性，基因型-表型的理解仍然不够全面。	研究ASPH变异与异位晶状体的临床表现之间的关系。	主要研究中国一组异位晶状体患者的基因型和临床特征。	数字病理学	眼睛疾病	靶向下一代测序和单细胞RNA测序	NA	基因组数据和单细胞表达数据	包括来自中国的两个家系的样本
11935	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveal the microenvironment landscape of perfluorooctane sulfonate-induced liver injury in female mice 2024-Aug-25, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2024.173562 PMID:38825197	研究论文	该研究探讨了PFOS对雌性小鼠肝脏微环境的影响	首次通过单细胞转录组学揭示PFOS诱导的肝损伤微环境全景	研究只针对雌性小鼠，可能不适用于其他性别或物种	了解PFOS对雌性小鼠肝脏微环境的影响	以C57BL/6雌性小鼠为研究对象	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	使用了36529个细胞
11936	2024-08-04	Integrated analysis of multiple transcriptomic approaches and machine learning integration algorithms reveals high endothelial venules as a prognostic immune-related biomarker in bladder cancer 2024-Jul-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112184 PMID:38824904	研究论文	该文章整合了多种转录组分析和机器学习算法，以高内皮静脉作为膀胱癌的预后免疫相关生物标志物	首次将高内皮静脉与膀胱癌治疗的免疫反应和预后关联起来，并提出 LDLRAD3 作为 HEV 诱导的重要靶点	尚未深入探讨 HEV 在其他类型癌症中的作用和机制	探索提高膀胱癌免疫治疗效率的新靶点	对膀胱癌患者的高内皮静脉进行分析	数字病理学	膀胱癌	转录组分析，RNA测序	集成机器学习算法	转录组数据	涉及的样本数量和类型未明确具体说明
11937	2024-08-04	Multi-omic profiling reveals potential biomarkers of hepatocellular carcinoma prognosis and therapy response among mitochondria-associated cell death genes in the context of 3P medicine 2024-Jun, The EPMA journal DOI:10.1007/s13167-024-00362-8 PMID:38841626	研究论文	该研究揭示了与线粒体相关的细胞死亡基因在肝细胞癌预后和治疗反应中的潜在生物标志物	构建了一种新的线粒体细胞死亡指数（MCDI），集成了多种机器学习算法以预测肝细胞癌的预后	缺乏全面可靠的模型可能影响某些预测和个性化医学策略的效果	研究肝细胞癌的预后生物标志物和对免疫治疗及靶向治疗的反应	肝细胞癌（LIHC）患者的线粒体相关细胞死亡基因	数字病理学	肝细胞癌	RT-qPCR, western blotting, 免疫组化染色	机器学习	基因组数据	在体外临床队列中进行了验证的患者样本
11938	2024-08-05	Single-cell landscape reveals the epithelial cell-centric pro-inflammatory immune microenvironment in dry eye development 2024-Jun, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2023.11.008 PMID:38007004	研究论文	本研究揭示了干眼病发展中的以上皮细胞为中心的促炎免疫微环境	通过单细胞转录组测序，我们识别出在干眼病急性阶段出现的一种具有纤维母细胞特征的上皮亚型	本研究主要基于环境诱导的干眼小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况	探讨干眼病的免疫学改变与发病机制	采用环境诱导的干眼小鼠的结膜组织进行单细胞转录组测序	数字病理学	干眼病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	使用了环境诱导的干眼小鼠的结膜组织
11939	2024-08-05	A multi-organ map of the human immune system across age, sex and ethnicity 2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.08.542671 PMID:38746418	研究论文	本文创建了一个全面的健康人类免疫系统组成和转录的地图，涵盖不同年龄、性别和种族的免疫细胞分布和互动	创新点在于使用了新的多层建模方法来追踪免疫衰老并测试性别和种族的差异	尚未提及具体的局限性	研究目的在于填补关于人免疫系统在不同人群中分布和交互的知识空白	研究对象包括来自45个解剖部位的12,981个单细胞RNA测序样本和2900万细胞	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	多层建模	细胞	12,981个单细胞RNA测序样本，来自45个不同的解剖部位
11940	2024-08-04	Characterization of Chemotaxis-Associated Gene Dysregulation in Myeloid Cell Populations in the Lungs during Lipopolysaccharide-Mediated Acute Lung Injury 2023-06-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2200822 PMID:37163318	研究论文	本研究探讨了在脂多糖介导的急性肺损伤中的化学趋向因子及其受体对骨髓细胞群体的调节作用	揭示了化学趋向因子配体与受体相互作用导致骨髓细胞异质性及细胞招募至肺部的机制	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类情况	研究脂多糖介导的急性肺损伤中化学趋向因子的作用	C57BL/6J小鼠中的骨髓细胞群体	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq	C57BL/6J小鼠，未具体说明样本数量