单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11881	2024-08-05	Benchmarking mapping algorithms for cell-type annotating in mouse brain by integrating single-nucleus RNA-seq and Stereo-seq data 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae250 PMID:38796691	研究论文	本文评估了九种映射算法在小鼠大脑空间转录组数据的细胞类型注释中的应用	提出了一种评估映射算法适用性的工作流，能够提高空间数据注释的效率和准确性	关于这些算法在Stereo-seq ST数据上的准确性评估仍未解决	阐明小鼠大脑区域中空间转录组数据的细胞类型注释问题	使用不同分辨率的10个ST数据集和24个伪ST数据集进行算法比较	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据	10个ST数据集和24个伪ST数据集
11882	2024-08-04	A Galectin-9-Driven CD11chigh Decidual Macrophage Subset Suppresses Uterine Vascular Remodeling in Preeclampsia 2024-May-21, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.123.064391 PMID:38314577	研究论文	本研究揭示了CD11chigh胎盘巨噬细胞亚群在先兆子痫的形成中抑制子宫血管重塑的作用	发现了一个独特的CD11chigh dMφ亚群，其通过抑制子宫螺旋动脉重塑发挥作用，并阐明了其与胎盘来源的galectin-9的关系	临床实验证据需要进一步验证以确认galectin-9作为预测先兆子痫的生物标志物的有效性	探讨CD11chigh dMφ在先兆子痫中的作用及其潜在机制	研究对象包括孕妇和小鼠模型，以及相关的免疫细胞亚群	数字病理学	先兆子痫	单细胞RNA测序和空间转录组学	条件性基因敲除小鼠和一种新的先兆子痫小鼠模型	生物样本	多个独立的先兆子痫小鼠模型以及一项回顾性先兆子痫队列研究
11883	2024-08-04	LINC00330/CCL2 axis-mediated ESCC TAM reprogramming affects tumor progression 2024-May-20, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-024-00592-8 PMID:38769475	研究论文	本研究探讨了LINC00330/CCL2轴介导的肿瘤相关巨噬细胞（TAM）重编程在食管鳞状细胞癌进展中的作用	揭示了LINC00330通过破坏CCL2/CCR2轴和其下游信号通路来抑制ESCC进展的新机制	在研究中未提及样本容量和具体的实验设计限制	研究LINC00330在ESCC进展中对TAM重编程的影响	食管鳞状细胞癌相关的长期非编码RNA和肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	食管癌	转录组测序	NA	临床样本和单细胞测序数据	NA
11884	2024-08-05	Serglycin secreted by late-stage nucleus pulposus cells is a biomarker of intervertebral disc degeneration 2024-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44313-9 PMID:38167807	研究论文	本文探讨了晚期髓核细胞分泌的serglycin作为椎间盘退变的生物标志物	首次识别了晚期髓核细胞并确认了serglycin如何调节椎间盘退变的潜在机制	样本量较小，仅包含三名男性和四名女性	研究serglycin在椎间盘退变中的作用及其作为生物标志物的潜力	晚期髓核细胞及其分泌的serglycin	数字病理	NA	单细胞RNA测序	小鼠模型	组织样本	七个（男性三名，女性四名）
11885	2024-08-04	PANoptosis and Autophagy-Related Molecular Signature and Immune Landscape in Ulcerative Colitis: Integrated Analysis and Experimental Validation 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S455862 PMID:38800594	研究论文	本研究调查了与PANoptosis和自噬相关的溃疡性结肠炎(UC)的分子特征和免疫微环境	本研究首次识别并验证了与UC相关的PANoptosis和自噬的新分子特征，可能影响免疫失调和伤口愈合	研究中对候选基因的验证主要基于小鼠模型，缺乏大规模临床样本支持	探讨溃疡性结肠炎中PANoptosis和自噬相关基因的分子特征及免疫微环境	溃疡性结肠炎患者及小鼠模型的相关基因和免疫细胞渗透	数字病理学	溃疡性结肠炎	机器学习	NA	基因表达数据	分析了UC数据集GSE206285，验证了小鼠模型中的关键候选基因表达
11886	2024-08-05	Unveiling the molecular complexity of proliferative diabetic retinopathy through scRNA-seq, AlphaFold 2, and machine learning 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1382896 PMID:38800474	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、非负矩阵因式分解、机器学习和AlphaFold 2方法探索增殖性糖尿病视网膜病变的分子水平	创新点在于结合多种高科技手段对PDR的细胞和分子特征进行深入研究	本研究可能受到样本量和研究设计的限制	探究增殖性糖尿病视网膜病变的复杂分子病理机制	针对增殖性糖尿病视网膜病变患者和健康对照者的单细胞RNA测序数据进行分析	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), AlphaFold 2, 机器学习	NA	基因表达数据	包含增殖性糖尿病视网膜病变患者与健康对照者的样本
11887	2024-08-05	Isolation and Single-Cell Transcriptomic Analysis of Murine Regulatory B Cells 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3754-8_12 PMID:38622400	研究论文	本研究描述了一种针对小鼠调节性B细胞的分离协议，以进行单细胞RNA测序分析	提出了一种新的小鼠调节性B细胞的分离和分析方法，拓展了对调节性B细胞生物学的理解	研究主要集中于小鼠模型，可能在转化到人类时存在局限性	研究调节性B细胞在健康和疾病中的生物学特征	以易患狼疮的小鼠（MRL/lpr小鼠）为研究对象	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
11888	2024-08-05	Lysyl Oxidase Regulates Epithelial Differentiation and Barrier Integrity in Eosinophilic Esophagitis 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.025 PMID:38340809	研究论文	本研究探讨了赖氨酸氧化酶（LOX）在嗜酸性食管炎中的作用，尤其是在上皮细胞分化和屏障完整性方面	本研究首次揭示了LOX在食管上皮中的非经典角色，作为重要的信号分子参与上皮稳态调节	本研究主要基于体外实验，临床应用的直接证据有限	研究LOX在嗜酸性食管炎中的功能作用及其对上皮细胞分化和屏障完整性的影响	人类嗜酸性食管炎患者来源的类器官和细胞文化模型	数字病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序	三维类器官模型	基因组数据	使用了患者来源的类器官
11889	2024-08-05	Precision analysis of mutant U2AF1 activity reveals deployment of stress granules in myeloid malignancies 2022-03-17, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2022.02.025 PMID:35303483	研究论文	该文章研究了U2AF1突变在骨髓恶性肿瘤中的作用及其对应激颗粒的影响。	文章揭示了U2AF1突变带来的新3'剪接位点接触，以及这些突变如何通过影响应激颗粒成分促进癌症发展。	研究主要集中在特定突变，可能无法全面反映所有U2AF1突变的影响。	研究U2AF1突变对剪接和癌症的影响，特别是在骨髓恶性肿瘤中的作用。	研究对象包括U2AF1突变的细胞系和患者来源的骨髓增生异常综合症/急性髓性白血病细胞。	数字病理学	骨髓恶性肿瘤	交联免疫沉淀	NA	RNA-seq	涉及U2AF1突变细胞系和患者来源的细胞
11890	2024-08-05	Pooled CRISPR screening with single-cell transcriptome readout 2017-Mar, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4177 PMID:28099430	研究论文	本文结合了池化CRISPR筛选和单细胞RNA测序的方法	提出了一种CRISPR水滴测序（CROP-seq）方法，能够在单细胞转录组分辨率下进行池化CRISPR筛选	当前方法的提出可能仍受到现有CRISPR技术的限制	旨在促进对复杂调控机制和异质细胞群体的高通量功能解析	针对单个细胞的转录组响应与引导RNA表达进行关联	数字病理学	NA	CRISPR, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成千上个体细胞
11891	2024-08-04	Peripheral nervous system lymphatic vessels: A simple delivery route to promote nerve regeneration 2024-Jul, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2024.114783 PMID:38688418	研究论文	本文阐明了周围神经系统淋巴血管的存在及其在神经再生中的作用	首次证明了外围神经中的淋巴血管在促进神经再生中的独特运输能力	研究主要集中在动物模型上，缺乏临床人类样本的验证	探讨周围神经系统淋巴血管在神经再生中的作用及其输送能力	使用大鼠、PROX1-EGFP转基因小鼠和人类的周围神经样本	数字病理学	周围神经损伤	单细胞测序	NA	组织样本	使用了大鼠和转基因小鼠的样本
11892	2024-08-05	Characteristics of peripheral blood mononuclear cells and potential related molecular mechanisms in patients with autoimmune hepatitis: a single-cell RNA sequencing analysis 2024-Jun, Medical molecular morphology IF:1.2Q3 DOI:10.1007/s00795-024-00380-5 PMID:38340154	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析自身免疫性肝炎患者外周血单核细胞的特征及潜在相关分子机制	首次利用单细胞RNA测序技术系统性分析自身免疫性肝炎患者的外周血单核细胞特征	对免疫细胞群体特征的理解仍然有限，可能没有考虑其他类型的免疫细胞	分析自身免疫性肝炎患者的外周血单核细胞特点及其潜在的分子机制	来自4名健康对照和4名自身免疫性肝炎患者的外周血单核细胞	数字病理学	自身免疫性肝炎	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	3690个来自健康对照和3511个来自自身免疫性肝炎患者的单细胞转录组
11893	2024-08-04	Improving replicability in single-cell RNA-Seq cell type discovery with Dune 2024-May-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05814-6 PMID:38789920	研究论文	本文提出了一种新方法Dune，用于优化单细胞RNA-Seq中细胞类型发现的簇分辨率和可重复性之间的权衡	Dune通过迭代合并簇来最大化不同分区之间的一致性，改善了集群分析的稳健性	本文未提及具体限制因素	旨在提高单细胞转录组测序中细胞分类的可靠性和再现性	涉及单细胞RNA-Seq数据集中的细胞类型分类	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	使用来自不同平台的多个数据集进行验证
11894	2024-08-05	Identifying potential drug targets for keloid: A Mendelian randomization study 2024-May-24, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.04.023 PMID:38797322	研究论文	本文识别了瘢痕疙瘩的潜在药物靶点	通过孟德尔随机化研究发现七种潜在的药物靶点，特别强调了NTM的临床相关性	本研究可能受限于样本量和数据库的可用性	识别瘢痕疙瘩的药物靶点以改进治疗效果	靶向瘢痕疙瘩的七种蛋白质	数字病理学	瘢痕疙瘩	孟德尔随机化分析	NA	蛋白质数据, scRNA-seq数据	NA
11895	2024-08-04	The Identification of RPL4 as a Hub Gene Associated with Goat Litter Size via Weighted Gene Co-Expression Network Analysis 2024-May-15, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14101470 PMID:38791687	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析识别出与山羊窝重相关的枢纽基因RPL4	揭示了RPL4基因在山羊生育能力中的重要作用，为评估山羊窝重提供了生物标志物	未提及样本的地理分布和环境影响因素	探索与山羊生殖性能相关的标志基因	山羊卵母细胞中的基因	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	加权基因共表达网络分析	基因表达数据	卵母细胞数据集GSE136005来自GEO数据库
11896	2024-08-04	Transcriptomic signature, bioactivity and safety of a non-hepatotoxic analgesic generating AM404 in the midbrain PAG region 2024-05-15, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-61791-z PMID:38750093	研究论文	本文开发了一种无肝毒性的非阿片类小分子SRP-001，能够有效管理疼痛且安全性高	SRP-001不会产生肝毒性代谢物，且在高剂量下保护肝脏紧密连接的完整性	研究主要集中在小鼠模型上，临床应用仍需进一步验证	研究一种新的非肝毒性镇痛药SRP-001及其机制	CD-1小鼠及其对SRP-001和ApAP的反应	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	生物医学数据	CD-1小鼠，具体样本量未提及
11897	2024-08-05	Identifying Key Regulatory Genes in Drug Resistance Acquisition: Modeling Pseudotime Trajectories of Breast Cancer Single-Cell Transcriptome 2024-May-15, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16101884 PMID:38791962	研究论文	本文提出了一种结合数学建模和伪时间分析的方法，以研究乳腺癌单细胞转录组中的药物耐药性关键调控基因	创新点在于使用时间序列scRNA-seq数据和单基因数学模型，识别了约560-680个表现多稳定表达状态的基因	对分子系统层面动态细胞转变的理解仍然有限	研究药物耐药性获得的关键调控基因	MCF-7乳腺癌细胞系在他莫昔芬处理下的单细胞转录组数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	单基因数学模型	基因表达数据	6000个基因的多个亚群体
11898	2024-08-05	A Gold Standard-Derived Modular Barcoding Approach to Cancer Transcriptomics 2024-May-15, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16101886 PMID:38791964	研究论文	本文提出了一种灵活条形码的癌症转录组学方法，将癌症特异性基因表达模块组合成便于管理的信息。	创新点在于采用高质量金标准导出的模块捕捉与特定癌症类型相关的功能性基因，提供了快速有效的假设生成和测试方式	本研究的局限性在于未提供与不同癌症类型之间更广泛的数据对比	研究目的在于简化癌症转录组信息，以便于更广泛的研究和临床应用	研究对象为癌症类型特异性的基因表达模块	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
11899	2024-08-05	Deciphering the Genetic Links between Psychological Stress, Autophagy, and Dermatological Health: Insights from Bioinformatics, Single-Cell Analysis, and Machine Learning in Psoriasis and Anxiety Disorders 2024-May-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25105387 PMID:38791423	研究论文	本研究探讨了心理压力、自噬相关基因与皮肤健康之间的关系，特别关注银屑病与焦虑障碍的共病机制	揭示了银屑病与焦虑障碍之间可能存在的共享生物机制及其潜在生物标志物	样本数据来源于GEO数据库，未具体提及样本的多样性和数据的全面性	探索银屑病与焦虑障碍之间的共病机制	银屑病与焦虑障碍相关的数据和基因	机器学习	银屑病	单细胞RNA测序分析	机器学习算法	基因数据	未具体提及样本数量
11900	2024-08-04	Special Issue "Cancer Immunotherapy: Tumor Microenvironment, Biomarker Discovery and Immune Resistance" 2024-May-08, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25105113 PMID:38791152	研究论文	该特刊汇集了癌症免疫治疗领域的最新研究成果和进展	介绍了新型药物开发和机制理解的最新进展	未提及具体的研究限制	推动对癌症免疫治疗领域新的理解和技术应用	癌症免疫治疗相关的肿瘤微环境、生物标志物和免疫耐受性	数字病理学	癌症	人工智能，机器学习，单细胞测序，空间分析	NA	NA	NA