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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11801 | 2025-10-07 | Molecular and cellular morphology of placenta unveils new mechanisms of reproductive immunology 
          2025-Jan-20, Journal of advanced research
          
          IF:11.4Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.jare.2025.01.025
          PMID:39842636
         | 研究论文 | 通过空间转录组学和多色免疫组化技术研究胎盘分子和细胞形态,揭示生殖免疫新机制 | 首次发现胚胎滋养细胞在植入前就表达免疫检查点蛋白,揭示胎儿通过细胞和体液免疫主动维持母胎免疫平衡的新机制 | 样本类型包括正常妊娠和异位妊娠,但具体样本数量未明确说明 | 研究胎盘在早期和晚期的细胞分子特征及母胎免疫调节机制 | 人类正常妊娠、异位妊娠胎盘组织及动物模型 | 空间生物学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学, 多重免疫组织化学, 免疫组化-荧光原位杂交双标记 | NA | 空间转录组数据, 组织图像, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 免疫组织化学, 荧光原位杂交 | NA | NA | 
| 11802 | 2025-10-07 | Integrative single-cell and multi-omics analyses reveal ferroptosis-associated gene expression and immune microenvironment heterogeneity in gastric cancer 
          2025-Jan-17, Discover oncology
          
          IF:2.8Q2
          
         
          DOI:10.1007/s12672-025-01798-8
          PMID:39831925
         | 研究论文 | 通过整合单细胞和多组学分析揭示胃癌中铁死亡相关基因表达和免疫微环境异质性 | 首次在胃癌中系统整合单细胞RNA测序与多组学数据研究铁死亡相关基因表达谱和免疫微环境异质性 | 未明确说明样本数量和具体实验验证细节 | 探究胃癌中铁死亡相关基因表达特征及其与免疫微环境的关系 | 胃癌组织和微环境中的细胞群体 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 机器学习算法, ssGSEA分析, GO/KEGG富集分析 | 机器学习预测模型 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA | 
| 11803 | 2025-10-07 | Acquisition of discrete immune suppressive barriers contributes to the initiation and progression of preinvasive to invasive human lung cancer 
          2025-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2024.12.31.630523
          PMID:39803458
         | 研究论文 | 通过单细胞技术构建肺腺癌从癌前到浸润阶段的高分辨率免疫图谱,揭示免疫抑制屏障的形成机制 | 首次构建个体肺部分实性结节中非实性(癌前)和实性(浸润)区域的高分辨率单细胞图谱,发现4-1BB+ Treg新亚群及其IL2-STAT5抑制通路 | 研究样本量有限,主要聚焦肺腺癌的特定发展阶段 | 揭示肺腺癌从癌前病变向浸润性癌发展的早期决定因素 | 人类肺部分实性结节组织的微解剖样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 多重成像质谱流式, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间成像数据, 转录组数据 | 个体肺部分实性结节的微解剖样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多重成像 | NA | NA | 
| 11804 | 2025-10-07 | Single-cell landscape of the intrahepatic ecosystem in alcohol-related liver disease 
          2025-Jan, Clinical and translational medicine
          
          IF:7.9Q1
          
         
          DOI:10.1002/ctm2.70198
          PMID:39834100
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了酒精相关肝病肝内生态系统的细胞景观,发现具有干细胞特性和恶性转化潜能的ALBKRT7上皮细胞群 | 首次在人类ALD肝脏中发现同时表达肝细胞和胆管标记的ALBKRT7上皮细胞群,并证明其通过Wnt/β-catenin信号通路促进肿瘤生长 | NA | 阐明酒精相关肝病的分子机制和恶性转化过程 | 酒精相关肝病患者和健康供体的肝脏组织 | 单细胞生物学 | 酒精相关肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 11805 | 2025-10-07 | Comprehensive Analysis of Programmed Cell Death-Related Genes in Diagnosis and Synovitis During Osteoarthritis Development: Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 
          2025, Journal of inflammation research
          
          IF:4.2Q2
          
         
          DOI:10.2147/JIR.S491203
          PMID:39839184
         | 研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据,系统分析了程序性细胞死亡相关基因在骨关节炎滑膜炎中的作用 | 首次结合bulk和单细胞RNA测序技术,系统研究PCD相关基因在OA滑膜炎中的表达模式及其与免疫微环境的相互作用 | 研究样本来源于公共数据库,需要进一步实验验证 | 探讨程序性细胞死亡相关基因在骨关节炎诊断和滑膜炎发展中的作用 | 骨关节炎患者的滑膜组织样本 | 生物信息学 | 骨关节炎 | RNA测序, qRT-PCR, 机器学习算法, 单细胞RNA测序 | 机器学习诊断模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的OA滑膜样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA | 
| 11806 | 2025-10-07 | Analysis and Validation of Autophagy-Related Gene Biomarkers and Immune Cell Infiltration Characteristic in Bronchopulmonary Dysplasia by Integrating Bioinformatics and Machine Learning 
          2025, Journal of inflammation research
          
          IF:4.2Q2
          
         
          DOI:10.2147/JIR.S495132
          PMID:39839185
         | 研究论文 | 通过整合生物信息学和机器学习方法,分析与验证支气管肺发育不良中自噬相关基因生物标志物及免疫细胞浸润特征 | 首次对BPD中自噬相关基因和免疫浸润进行生物信息学分析,并采用三种机器学习算法识别枢纽基因 | 研究基于单一数据集GSE8586,样本来源有限 | 筛选和验证支气管肺发育不良的特征基因 | 支气管肺发育不良患者基因表达数据和高压氧大鼠模型 | 生物信息学 | 支气管肺发育不良 | 基因表达分析,单细胞测序,免疫组织化学 | Lasso,MCC,Degree,MCODE | 基因表达数据 | GSE8586数据集样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 11807 | 2025-10-07 | BIOTIC: a Bayesian framework to integrate single-cell multi-omics for transcription factor activity inference and improve identity characterization of cells 
          2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
          
          IF:6.8Q1
          
         
          DOI:10.1093/bib/bbaf013
          PMID:39833103
         | 研究论文 | 提出一种名为BIOTIC的贝叶斯框架,通过整合单细胞多组学数据推断转录因子活性并改善细胞身份表征 | 开发了首个基于生物机制的贝叶斯模型,通过变分推理整合单细胞多组学数据来推断转录因子活性 | NA | 在基因调控水平推断转录因子活性并阐明细胞身份状态 | 细胞身份表征和基因调控机制 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学测序,单细胞转录组测序 | 贝叶斯模型,变分推理 | 单细胞多组学数据,基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞多组学,单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 11808 | 2025-10-07 | Comparative analysis of rhesus macaque and human placental organoids highlights evolutionary differences in placentation 
          2024-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2024.10.11.617873
          PMID:39416122
         | 研究论文 | 通过建立猕猴和人类胎盘类器官模型,比较分析两者在胎盘形成过程中的进化差异 | 首次建立猕猴胎盘类器官模型,并通过单细胞RNA测序揭示猕猴与人类滋养细胞转录特征的异同 | 仅比较了猕猴和人类两个物种,可能无法完全代表所有灵长类的胎盘进化特征 | 探究灵长类胎盘进化的分子机制和物种间差异 | 猕猴和人类的胎盘组织及衍生的类器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 猕猴和人类胎盘类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11809 | 2025-10-07 | Unveiling contact-mediated cellular crosstalk 
          2024-Oct, Trends in genetics : TIG
          
          IF:13.6Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.tig.2024.05.010
          PMID:38906738
         | 综述 | 探讨细胞间接触介导的通讯机制及其对细胞功能调控的前沿研究方法 | 整合单细胞测序与空间转录组学等新兴技术,系统揭示细胞接触对基因表达的影响机制 | NA | 解析细胞间接触如何调控复杂的细胞反应网络 | 多细胞生物中的细胞间相互作用 | 空间生物学 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学, 生物工程技术 | NA | 基因表达数据, 空间位置信息 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 11810 | 2025-10-07 | Unraveling the phenotypic states of human innate-like T cells: Comparative insights with conventional T cells and mouse models 
          2024-09-24, Cell reports
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.celrep.2024.114705
          PMID:39264810
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术比较了人类先天样T细胞与传统T细胞的转录特征 | 揭示了人类先天样T细胞不分化成多个效应亚群而是发展混合型1/型17效应潜能的独特特征,并发现人类缺乏2型T细胞的物种特异性差异 | 研究主要关注人类和小鼠的比较,可能不适用于其他物种的免疫机制 | 探索先天样T细胞与传统T细胞的转录特征差异及其发育途径 | 人类胸腺和血液中的先天样T细胞和传统T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 11811 | 2025-10-07 | Molecular and spatial signatures of human and rat corpus cavernosum physiopathological processes at single-cell resolution 
          2024-09-24, Cell reports
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.celrep.2024.114760
          PMID:39299236
         | 研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组测序,绘制了人类和大鼠阴茎海绵体在正常和疾病状态下的空间细胞图谱 | 首次在分子水平揭示了人类和大鼠阴茎海绵体的空间异质性,并发现了机械力信号在不同区域的分布差异 | 研究仅涉及人类和大鼠两个物种,且体外实验条件可能与体内环境存在差异 | 探究阴茎海绵体在生理和病理状态下的分子解剖结构和细胞异质性 | 人类和大鼠的阴茎海绵体组织 | 单细胞生物学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类和大鼠阴茎海绵体样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | NA | 
| 11812 | 2025-10-07 | Bioinformatics and machine learning approaches reveal key genes and underlying molecular mechanisms of atherosclerosis: A review 
          2024-Aug-02, Medicine
          
          IF:1.3Q2
          
         
          DOI:10.1097/MD.0000000000038744
          PMID:39093811
         | 综述 | 通过生物信息学和机器学习方法探索动脉粥样硬化的关键基因及分子机制 | 整合多种生物信息学工具和机器学习算法识别动脉粥样硬化的关键基因,并首次分析其与铁死亡基因的关联 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 揭示动脉粥样硬化的遗传调控机制和潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化相关基因表达数据和免疫细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因表达分析 | LASSO回归,随机森林 | 基因表达数据 | GSE20129和GSE90074数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11813 | 2025-10-07 | Cell-cell communication and initial population composition shape the structure of potato spindle tuber viroid quasispecies 
          2024-Mar-29, The Plant cell
          
         
          DOI:10.1093/plcell/koae012
          PMID:38252648
         | 研究论文 | 本研究探讨细胞间通讯和初始种群组成如何影响马铃薯纺锤块茎类病毒准种结构的形成 | 首次通过比较缺乏胞间连丝的成熟保卫细胞和离体培养的叶肉原生质体,揭示细胞间通讯对类病毒准种结构的影响 | 研究仅针对马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系,结果可能不适用于其他类病毒或病毒 | 阐明类病毒准种结构的形成机制 | 马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)及其变异体 | 植物病理学 | 植物病毒感染 | 单细胞测序,共感染实验 | NA | 基因组序列数据 | 番茄植株的保卫细胞和叶肉原生质体 | NA | NA | NA | NA | 
| 11814 | 2025-10-07 | Magnetically functionalized hydrogels for high-throughput genomic applications 
          2024-Jan-22, Advanced materials technologies
          
          IF:6.4Q1
          
         
          DOI:10.1002/admt.202301155
          PMID:38645306
         | 研究论文 | 本研究开发了一种磁功能化水凝胶珠用于简化单细胞基因组学中的分池方法 | 首次实现水凝胶珠的磁功能化,显著提高分池方法的纯化效率和自动化潜力 | 未明确说明磁功能化珠在长期稳定性或大规模生产中的表现 | 开发自动化单细胞基因组学工作流程的新方法 | 磁功能化水凝胶珠 | 单细胞基因组学 | NA | BAG-Seq单细胞测序 | NA | 基因组序列数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 11815 | 2025-10-07 | GMFGRN: a matrix factorization and graph neural network approach for gene regulatory network inference 
          2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics
          
          IF:6.8Q1
          
         
          DOI:10.1093/bib/bbad529
          PMID:38261340
         | 研究论文 | 提出一种基于矩阵分解和图神经网络的基因调控网络推断新方法GMFGRN | 结合图神经网络进行矩阵分解学习基因表征嵌入,能有效消除传递性相互作用且计算资源需求低 | NA | 从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN), 矩阵分解 | 基因表达数据 | 8个静态单细胞RNA测序数据集和4个时间序列数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11816 | 2025-10-07 | The lysosome-related characteristics affects the prognosis and tumor microenvironment of lung adenocarcinoma 
          2024, Frontiers in medicine
          
          IF:3.1Q1
          
         
          DOI:10.3389/fmed.2024.1497312
          PMID:39839650
         | 研究论文 | 本研究通过构建溶酶体风险特征来预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次系统研究溶酶体相关基因在肺腺癌中的作用,构建了7个关键基因的风险特征,并在单细胞水平验证其功能 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证和临床样本确认 | 探索溶酶体相关基因在肺腺癌预后和肿瘤微环境中的作用 | 肺腺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 体外实验 | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 11817 | 2025-10-07 | Comparative evaluation of ACetic - MEthanol high salt dissociation approach for single-cell transcriptomics of frozen human tissues 
          2024, Frontiers in cell and developmental biology
          
          IF:4.6Q1
          
         
          DOI:10.3389/fcell.2024.1469955
          PMID:39839668
         | 研究论文 | 评估ACME HS方法在冷冻人体组织中单细胞转录组学的应用效果 | 首次将ACME方法优化应用于人类内分泌组织,并使用高盐洗涤缓冲液替代标准PBS以稳定RNA | 主要针对人类内分泌组织,在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 开发适用于冷冻组织的单细胞分离方法,提高单细胞RNA测序质量 | 人类内分泌组织样本 | 单细胞转录组学 | 内分泌系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 41个组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 
| 11818 | 2025-10-07 | Exploring the shared gene signatures and mechanism among three autoimmune diseases by bulk RNA sequencing integrated with single-cell RNA sequencing analysis 
          2024, Frontiers in molecular biosciences
          
          IF:3.9Q2
          
         
          DOI:10.3389/fmolb.2024.1520050
          PMID:39840076
         | 研究论文 | 通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析探索三种自身免疫疾病的共享基因特征和机制 | 首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析三种自身免疫疾病的共享基因特征,并利用机器学习算法筛选诊断生物标志物 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探究多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿关节炎三种自身免疫疾病的共享基因特征,识别早期诊断生物标志物 | 多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿关节炎患者及EAE小鼠模型 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, WGCNA, 机器学习算法, Cibersort算法 | 机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA | 
| 11819 | 2025-10-07 | Using single-cell RNA sequencing to generate predictive cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development 
          2023-08-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
          
          IF:9.4Q1
          
         
          DOI:10.1073/pnas.2307451120
          PMID:37523539
         | 研究论文 | 本研究开发了一种基于单细胞RNA测序的预测性管道,用于在发育过程中生成细胞类型特异性的split-GAL4试剂 | 利用发育单细胞RNA测序数据集选择基因对用于split-GAL4系统,创建了高效预测性管道scMarco,能够基于天然基因调控元件在发育任何时期生成细胞类型特异性工具 | NA | 开发细胞类型特异性遗传工具用于神经环路功能研究 | 果蝇视觉系统发育过程中的细胞类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR敲入 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 11820 | 2025-10-07 | Therapy-associated remodeling of pancreatic cancer revealed by single-cell spatial transcriptomics and optimal transport analysis 
          2023-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
          
         
          DOI:10.1101/2023.06.28.546848
          PMID:37425692
         | 研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学结合最优输运分析揭示了胰腺癌治疗相关的肿瘤微环境重塑 | 开发了空间约束最优输运相互作用分析(SCOTIA)模型,整合空间距离和配体-受体基因表达来解析细胞间相互作用 | NA | 解析胰腺癌治疗过程中肿瘤微环境的多细胞区域和细胞间相互作用的重塑机制 | 人类胰腺癌组织 | 空间生物学 | 胰腺癌 | 单细胞空间转录组学,最优输运分析,肿瘤类器官共培养系统 | 最优输运模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |