单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1161	2025-05-02	SenPred: a single-cell RNA sequencing-based machine learning pipeline to classify deeply senescent dermal fibroblast cells for the detection of an in vivo senescent cell burden 2025-Jan-14, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01418-0 PMID:39810225	研究论文	介绍了一种基于单细胞RNA测序的机器学习流程SenPred，用于分类深度衰老的皮肤成纤维细胞，以检测体内衰老细胞负担	开发了SenPred流程，利用单细胞转录组数据准确预测成纤维细胞衰老，特别是在3D培养条件下提高了体内衰老细胞的检测能力	模型仅适用于人类皮肤成纤维细胞的衰老检测，对肺成纤维细胞或全皮肤样本的衰老检测效果不佳	开发一个机器学习流程来准确检测和分类衰老的成纤维细胞	深度衰老的皮肤成纤维细胞	数字病理学	老年疾病	scRNA-seq	机器学习流程	单细胞转录组数据	2D和3D培养的深度衰老成纤维细胞的scRNA-seq数据
1162	2025-05-02	Integrative analysis of Ewing's sarcoma reveals that the MIF-CD74 axis is a target for immunotherapy 2025-Jan-13, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-02020-y PMID:39800691	研究论文	通过整合分析尤文肉瘤，发现MIF-CD74轴是免疫治疗的潜在靶点	揭示了MIF-CD74轴作为免疫治疗新靶点的重要性，并通过MIF阻断重塑肿瘤免疫微环境	研究主要基于单细胞RNA测序和人类化模型，临床前模型的转化效果尚需进一步验证	寻找尤文肉瘤的免疫治疗新靶点	尤文肉瘤及其免疫微环境中的细胞群	肿瘤免疫学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序、细胞功能实验、人类化模型	NA	基因表达数据、细胞功能数据	未明确提及具体样本数量，但涉及配对样本分析
1163	2025-05-02	Robust single-nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2025-Jan-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97981 PMID:39804687	研究论文	本文提出了一种稳健的单核RNA测序技术，用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群动态	开发了一种新的单核RNA测序技术，显著提高了数据质量，并揭示了脂肪细胞亚群在肥胖过程中的不同轨迹和功能	技术挑战包括获取高质量核和RNA，这可能限制了其在某些组织类型中的应用	研究肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态和分子机制	小鼠脂肪组织中的各种细胞类型	基因组学	肥胖	单核RNA测序（snRNA-seq）和批量核RNA测序	NA	RNA测序数据	多种组织类型的小鼠脂肪组织样本
1164	2025-05-02	Neutrophil adhesion to vessel walls impairs pulmonary circulation in COVID-19 pathology 2025-Jan-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55272-0 PMID:39805823	研究论文	研究探讨了中性粒细胞黏附于血管壁如何通过影响肺部循环加重COVID-19病理	揭示了SARS-CoV-2感染小鼠模型中中性粒细胞黏附分子表达增加导致肺灌注障碍的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	阐明COVID-19严重程度与微血栓形成之间的详细机制	SARS-CoV-2感染的小鼠模型和COVID-19患者外周血单核细胞	病理学	COVID-19	双光子活体成像系统、scRNA-seq	小鼠感染模型	图像数据、基因表达数据	未明确说明具体样本数量，包括SARS-CoV-2感染小鼠和COVID-19患者外周血单核细胞
1165	2025-05-02	Exploring the comorbidity mechanisms between atherosclerosis and hashimoto's thyroiditis based on microarray and single-cell sequencing analysis 2025-Jan-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85112-0 PMID:39805933	research paper	本研究通过微阵列和单细胞测序分析探讨动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	识别了PTPRC和TYROBP作为关键潜在生物标志物和治疗靶点，揭示了异常免疫反应可能是AS和HT的共同致病机制	研究依赖于公开数据集，可能需要进一步实验验证	探索动脉粥样硬化与桥本甲状腺炎之间的共病机制	动脉粥样硬化(AS)和桥本甲状腺炎(HT)患者	生物信息学	动脉粥样硬化和桥本甲状腺炎	微阵列分析、单细胞测序分析、WGCNA、CIBERSORT	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集，具体样本量未明确说明
1166	2025-05-02	Single-cell sequencing in diabetic retinopathy: progress and prospects 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06066-x PMID:39806376	综述	本文综述了单细胞测序技术在糖尿病视网膜病变研究中的进展和前景	单细胞RNA测序克服了传统批量RNA测序的局限性，提供了单个细胞水平的转录组数据，并区分了新的细胞亚型、发育轨迹和细胞间通讯	NA	探讨单细胞测序技术在糖尿病视网膜病变研究中的应用和进展	视网膜细胞、视网膜类器官和单个细胞外囊泡	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序、单细胞多组学测序、立体测序	NA	转录组数据、基因表达和时空数据	NA
1167	2025-05-02	Integrin α8 is a useful cell surface marker of alveolar lipofibroblasts 2025-Jan-13, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03103-1 PMID:39806390	research paper	该研究通过细胞表面标记物鉴定小鼠肺成纤维细胞的亚群，并探讨了ITGA8+成纤维细胞作为肺泡脂成纤维细胞的特性	首次将ITGA8+成纤维细胞鉴定为肺泡脂成纤维细胞，并比较了其与SCA-1+成纤维细胞在脂质含量、转录组特征和肺泡干细胞生态位能力上的差异	未明确肺成纤维细胞亚群之间的功能区分，需要进一步研究	探索小鼠肺成纤维细胞的异质性及其在肺泡干细胞生态位中的作用	小鼠肺成纤维细胞亚群	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、LipidTOX染色、Oil Red O染色	NA	基因表达数据、细胞图像数据	野生型小鼠肺组织
1168	2025-05-02	Amantadine modulates novel macrophage phenotypes to enhance neural repair following spinal cord injury 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05916-y PMID:39806436	研究论文	该研究探讨了金刚烷胺如何通过调节巨噬细胞表型来促进脊髓损伤后的神经修复	首次发现金刚烷胺能调节巨噬细胞表型转变，促进从炎症性巨噬细胞向修复性巨噬细胞的转化，并通过HIF-1α和NF-κB通路发挥作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索脊髓损伤后巨噬细胞表型变化的分子机制及金刚烷胺的治疗潜力	脊髓损伤小鼠模型中的巨噬细胞	神经科学	脊髓损伤	微阵列分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高维基因共表达网络分析(hdWGCNA)、弹弓轨迹分析、免疫荧光染色、流式细胞术、Western blotting	小鼠脊髓损伤模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	未明确说明具体数量，使用小鼠脊髓损伤模型
1169	2025-05-02	The microenvironment cell index is a novel indicator for the prognosis and therapeutic regimen selection of cancers 2025-Jan-13, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05950-w PMID:39806464	研究论文	研究基于微环境细胞（MCs）浸润构建预后预测模型，并探索三阴性乳腺癌（TNBC）的新治疗策略	提出微环境细胞指数（MCI）作为TNBC预后和治疗方案选择的新指标，并构建了MCI增强模型（MCI-e）以提高预测准确性	研究主要基于TNBC患者数据，可能不适用于其他癌症类型	建立基于MCs浸润的预后预测模型并探索TNBC的新治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者和荷瘤小鼠	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq, SRT, mIF	LASSO-Cox回归分析	RNA测序数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	TNBC患者和荷瘤小鼠
1170	2025-05-02	Lipid nanoparticles deliver DNA-encoded biologics and induce potent protective immunity 2025-Jan-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02211-8 PMID:39806486	研究论文	本研究比较了不同脂质纳米颗粒（LNP）配方在递送DNA编码生物制剂方面的效果，评估了其表达效率和在不同模型中产生的保护性免疫	发现Moderna的Spikevax mRNA疫苗中使用的LNP配方（LNP-M）在递送DNA疫苗时表现出稳定的纳米颗粒结构、高表达效率和低毒性，并能诱导更强的抗原特异性抗体和T细胞免疫反应	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚待验证	探索LNP递送DNA编码生物制剂的效率和免疫效果	脂质纳米颗粒（LNP）、DNA编码的疫苗和抗体	生物医学工程	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠模型
1171	2025-05-02	TRIAGE: an R package for regulatory gene analysis 2025-Jan-12, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf004 PMID:39800877	研究论文	介绍了一个名为TRIAGE的R包，用于分析批量及单细胞RNA-seq数据中的调控元件	利用H3K27me3数据富集细胞类型特异性调控区域，构建高效且适应性强的转录组数据分析流程	未提及具体的数据集规模或性能比较	解决标准RNA-seq分析工作流程在揭示细胞身份和功能的调控基础方面的局限性	调控基因及其在细胞反应中的作用	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	三个独立的转录组数据集
1172	2025-05-02	inDrops-2: a flexible, versatile and cost-efficient droplet microfluidic approach for high-throughput scRNA-seq of fresh and preserved clinical samples 2025-Jan-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1312 PMID:39797728	研究论文	介绍了一种开源的高通量单细胞RNA测序技术inDrops-2，用于分析新鲜和保存的临床样本	inDrops-2技术具有与最先进商业系统相匹配的灵敏度，但成本降低了6倍，适用于大规模研究	未明确提及具体限制，但可能需要进一步验证其在更多样本类型中的应用	开发一种灵活、多功能且成本效益高的高通量单细胞RNA测序技术	人类肺癌样本	单细胞测序	肺癌	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	多个人类肺癌样本
1173	2025-05-02	Unraveling the potential mechanism and prognostic value of pentose phosphate pathway in hepatocellular carcinoma: a comprehensive analysis integrating bulk transcriptomics and single-cell sequencing data 2025-Jan-11, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01521-w PMID:39798003	研究论文	本研究通过整合大量转录组学和单细胞测序数据，探索了磷酸戊糖途径在肝细胞癌中的潜在机制和预后价值	构建了一个基于PPP相关基因的风险评估和预后预测模型，并验证了其在免疫微环境中的预测潜力	研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了体外功能验证，但缺乏体内实验验证	探索磷酸戊糖途径在肝细胞癌中的作用机制并开发预后预测模型	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	LASSO惩罚的Cox回归模型	转录组数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的肝细胞癌患者数据
1174	2025-05-02	Deterministic patterns in single-cell transcriptomic data 2025-Jan-11, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-025-00490-5 PMID:39799124	研究论文	本文报告了在单细胞转录组数据的统计图中存在确定性模式，并提出了解释这些模式的理论	揭示了单细胞转录组数据中确定性模式的存在，并证明这些模式既非测量过程引入的伪影，也非生物学机制所致，而是由有限样本量效应自然产生	未提及具体应用场景或实际生物学意义	探究单细胞转录组数据中统计模式的形成机制	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	多重误差稳健荧光原位杂交和五种单细胞测序平台	理论模型	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本量
1175	2025-05-02	The role of mitophagy-related genes in prognosis and immunotherapy of cutaneous melanoma: a comprehensive analysis based on single-cell RNA sequencing and machine learning 2025-Jan-11, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-025-09593-x PMID:39799269	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法，探讨了线粒体自噬相关基因在皮肤黑色素瘤预后和免疫治疗中的作用，并开发了一个预测模型	结合单细胞RNA测序和多种机器学习算法，开发了一个包含7个基因的预后模型，并揭示了不同风险患者的生物学特征和免疫治疗敏感性差异	研究依赖于公开数据库数据，需要进一步实验验证模型的临床适用性	阐明线粒体自噬相关基因在皮肤黑色素瘤中的作用并开发预后预测模型	皮肤黑色素瘤患者和细胞系	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR	机器学习(10种不同算法)	RNA测序数据, 临床数据	公开数据库中的皮肤黑色素瘤scRNA-seq数据、批量转录组数据和临床数据
1176	2025-05-02	Comprehensive analysis pinpoints CCNA2 as a prognostic and immunological biomarker in non-small cell lung cancer 2025-Jan-11, BMC pulmonary medicine IF:2.6Q2 DOI:10.1186/s12890-025-03490-7 PMID:39799294	研究论文	通过综合分析确定CCNA2作为非小细胞肺癌的预后和免疫生物标志物	首次将CCNA2确定为非小细胞肺癌的预后和免疫生物标志物，并验证其与病理分期和淋巴结转移的相关性	研究基于三个微阵列数据集，样本量可能有限，且未涉及CCNA2的具体作用机制	探索CCNA2在非小细胞肺癌中的表达及其与预后和免疫细胞浸润的关系	非小细胞肺癌患者和肺癌细胞系	生物标志物研究	非小细胞肺癌	微阵列分析、qRT-PCR、免疫组化、单细胞测序	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	三个GEO数据集（GSE18842、GSE101929、GSE116959）和肺癌细胞系
1177	2025-05-02	Ferroptosis-related genes participate in the microglia-induced neuroinflammation of spinal cord injury via NF-κB signaling: evidence from integrated single-cell and spatial transcriptomic analysis 2025-Jan-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06095-0 PMID:39799354	研究论文	该研究通过整合单细胞和空间转录组分析，揭示了铁死亡相关基因通过NF-κB信号通路参与小胶质细胞诱导的脊髓损伤神经炎症	发现了一种新的M1极化小胶质细胞亚群，具有铁死亡表型，并揭示了其在脊髓损伤中的作用机制	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	探究脊髓损伤中铁死亡和免疫反应的分子和细胞机制	脊髓损伤中的小胶质细胞和铁死亡相关基因	生物信息学	脊髓损伤	RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组分析, ChIP-seq	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE45006, GSE69334, GSE151371, GSE214349, GSE184369, GSE162610, GSE226286）
1178	2025-05-02	FAP-targeted radioligand therapy with 68Ga/177Lu-DOTA-2P(FAPI)2 enhance immunogenicity and synergize with PD-L1 inhibitors for improved antitumor efficacy 2025-Jan-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010212 PMID:39800373	研究论文	本研究探讨了FAP靶向放射性配体疗法与PD-L1抑制剂联合使用的抗肿瘤效果及其机制	首次报道了新型二聚体FAP靶向放射性药物68Ga/177Lu-DOTA-2P(FAPI)2与PD-L1免疫疗法联合使用的治疗效果和机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	评估FAP靶向放射性配体疗法与PD-L1免疫疗法联合使用的抗肿瘤效果及其作用机制	CT26-FAP肿瘤细胞和小鼠模型	肿瘤治疗	癌症	放射性配体疗法、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序	小鼠肿瘤模型	实验数据、测序数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠模型进行研究
1179	2025-05-02	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	研究论文	一项关于sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab治疗晚期透明细胞肾细胞癌的I期临床试验	首次评估sitravatinib与nivolumab和ipilimumab三联疗法在未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和有效性	样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	NA	肾细胞癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	22例患者（其中12例进行了肿瘤活检的单细胞RNA测序）
1180	2025-05-02	Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer 2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00485-8 PMID:39794360	研究论文	提出了一种基于Transformer的动态深度学习模型TraCSED，用于模拟乳腺癌中的克隆选择和表达动态，揭示耐药机制	开发了TraCSED模型，能够从单细胞基因表达数据中识别可解释的基因程序及其与克隆选择的时间关联	研究仅针对两种特定药物处理的细胞，可能无法涵盖所有耐药机制	研究乳腺癌细胞的转录异质性及其对治疗反应的影响，以揭示耐药机制	乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	NA