本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1161 | 2026-06-05 |
CEMUSA: a graph-based integrative metric for evaluating clusters in spatial transcriptomics
2026-Feb-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btag056
PMID:41663910
|
研究论文 | 提出了一种基于图论的综合性空间聚类评估指标CEMUSA,用于解决现有评估指标仅关注标签一致性或空间组织而导致的偏倚问题 | 首次将标签一致性、空间组织和错误严重性三个因素整合到一个统一评估框架中,并通过图论方法实现 | 文中未明确提及局限性 | 开发一种能够同时考虑标签一致性、空间组织和错误严重性的有效指标,以评估空间转录组学中的聚类结果 | 空间转录组学数据中的聚类结果 | 机器学习和数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 模拟和真实数据集,具体数量未提及 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1162 | 2026-06-05 |
SPP1+ Macrophage-POSTN+ Fibroblast-Endothelial Triad Dictates Immunotherapy Response in Bladder Cancer
2026-Feb-28, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202504456RR
PMID:41653034
|
研究论文 | 该研究整合空间转录组学、单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术,揭示了膀胱癌免疫治疗反应中由SPP1+巨噬细胞-POSTN+成纤维细胞-内皮细胞组成的空间三联体结构及其对免疫治疗抵抗的作用机制 | 首次发现并验证了膀胱癌免疫治疗耐药的肿瘤微环境中由SPP1阳性肿瘤相关巨噬细胞、POSTN阳性癌症相关成纤维细胞和内皮细胞形成的空间三联体结构,并证实靶向SPP1可增强抗PD-1治疗效果 | 研究主要基于有限样本的观察性分析,临床前模型对SPP1抑制的效果验证尚需更大规模临床试验进一步确认 | 探究膀胱癌免疫治疗应答差异的肿瘤微环境空间结构机制,寻找克服免疫治疗耐药的新靶点 | 膀胱癌患者肿瘤组织样本及临床前模型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 空间转录组学、单细胞RNA测序、多重免疫荧光 | NA | 基因表达数据、图像数据 | 膀胱癌患者肿瘤组织样本(具体数量未在摘要中提及) | 10x Genomics | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium空间转录组学平台, 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 1163 | 2026-06-05 |
DMC-BrainMap is an open-source, end-to-end tool for multi-feature brain mapping in different species
2026-Feb-23, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2026.101302
PMID:41666930
|
研究论文 | DMC-BrainMap 是一款开源端到端工具,用于跨物种的多特征脑图谱绘制 | 提供无需编程的完整端到端流程,支持多物种、多发育阶段、多种脑解剖特征的映射与量化 | 未提及具体限制 | 为神经科学研究开发一个用户友好的开源工具,用于解剖数据的全自动处理与分析 | 小鼠、大鼠和斑马鱼的脑组织图像数据 | 计算机视觉 | NA | 组织学图像分析、染色、空间转录组学 | NA | 图像 | 涵盖小鼠、大鼠和斑马鱼的多品种样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1164 | 2026-06-05 |
ETV2-ECSCR-mTOR pathways regulate reprogramming to the endothelial lineage
2026-Feb-23, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf075
PMID:41652899
|
研究论文 | 本研究揭示了ETV2-ECSCR-mTOR通路在重编程至内皮细胞谱系中的调控机制 | 首次发现ECSCR是ETV2的直接转录靶点,并通过mTORC1信号通路调控ETV2介导的细胞重编程速率 | 未明确提及样本量和临床转化验证 | 阐明ETV2下游靶点在调控内皮细胞重编程中的作用机制 | 小鼠胚胎体细胞和胚胎成纤维细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、凝胶迁移实验、转录活性分析 | NA | 基因表达数据、染色质可及性数据、转录因子结合数据 | NA | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, ChIP-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析ETV2过表达的胚状体分化和胚胎成纤维细胞重编程 |
| 1165 | 2026-06-05 |
Spatiotemporal histogenesis of the developing human cerebellum reveals dynamic layering of Bergmann glia
2026-Feb-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2525673123
PMID:41665992
|
研究论文 | 结合组织病理学分析、空间转录组学和单核RNA测序,绘制人类小脑伯格曼胶质细胞的发育图谱,揭示其时空组织动态及分子特征 | 首次揭示人类小脑伯格曼胶质细胞在11孕周出现,并发现其与浦肯野细胞形成独特的三层结构(含层间分离层),该结构可能为人类特有 | 研究主要基于组织样本的转录组分析,未进行功能验证实验 | 解析人类小脑发育过程中伯格曼胶质细胞的时空起源、分子身份及细胞谱系 | 人类小脑发育过程中的伯格曼胶质细胞及其前体细胞 | 数字病理学, 单细胞组学 | 神经发育疾病 | 空间转录组学, 单核RNA测序, 组织病理学, 伪时间分析 | NA | 基因表达数据, 组织图像 | 多个发育时间点的人类小脑组织样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 空间转录组学, 单核RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium 空间转录组学平台, 10x Chromium 单核RNA测序平台 |
| 1166 | 2026-06-05 |
TNF-⍺-mediated myeloid-instructed CD14+CD4+ T cells are associated with poor survival in lung adenocarcinoma
2026-Feb-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2026.102593
PMID:41666923
|
研究论文 | 本文通过空间多组学分析非小细胞肺癌,发现TNF-α介导的CD14+CD4+ T细胞与患者生存率低相关 | 首次发现髓系细胞通过吞噬作用诱导形成CD14+CD4+ T细胞,并揭示TNF-α信号在此过程中的关键作用 | 未明确描述局限性 | 探究髓系驱动的免疫抑制机制,为改善肺癌免疫治疗提供新靶点 | 非小细胞肺癌组织及邻近非恶性肺组织中的免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学、空间多组学 | NA | 图像、文本 | 非小细胞肺癌患者样本(具体数量未提及) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1167 | 2026-06-05 |
GPR35 protects against reperfusion injury in ischemic stroke by binding with the CR2 domain of Raf1
2026-Feb-10, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-026-03726-1
PMID:41664072
|
研究论文 | 研究发现GPR35通过与Raf1的CR2结构域结合,在缺血性脑卒中中保护免受再灌注损伤 | 首次揭示GPR35通过与Raf1的CR2结构域直接结合来调节Raf1/ERK1/2/MAPK信号通路,从而减轻缺血再灌注损伤和神经炎症 | 该研究主要基于小鼠模型,有待在人体中验证;且未完全阐明GPR35活化的下游分子机制细节 | 探究GPR35在缺血性脑卒中小鼠模型再灌注损伤中的作用及其分子机制 | 缺血性脑卒中小鼠模型中的小胶质细胞 | 生物医学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞测序,共免疫沉淀 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1168 | 2026-06-05 |
Integration of Multi-Omics and Machine Learning Identifies TGFB1 and SERPINE1 as Biomarkers of Vascular Smooth Muscle Cell Senescence in Intracranial Aneurysms
2026-Feb-10, Translational stroke research
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s12975-026-01419-8
PMID:41665703
|
research paper | 通过整合多组学数据和机器学习,识别出TGFB1和SERPINE1作为颅内动脉瘤中血管平滑肌细胞衰老的生物标志物 | 首次探究血管平滑肌细胞衰老在颅内动脉瘤发病机制中的作用,并利用多组学整合和机器学习方法鉴定出关键衰老相关基因TGFB1和SERPINE1 | TGFB1和SERPINE1的具体机制仍需进一步研究和验证 | 识别颅内动脉瘤中血管平滑肌细胞衰老的关键调控基因及潜在生物标志物 | 颅内动脉瘤患者和弹性蛋白酶诱导的小鼠动脉瘤模型 | machine learning | cerebrovascular disease | RNA-seq | NA | single-cell RNA sequencing data, bulk RNA sequencing data, microarray data | 小鼠颅内动脉瘤模型(GSE193533)和人类组织样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1169 | 2026-06-05 |
Combining Spatial Transcriptomics and Machine Learning Unravels Fibroblast-Related Biomarkers in Ulcerative Colitis
2026-Feb-10, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02387-1
PMID:41665828
|
研究论文 | 结合空间转录组学和机器学习揭示溃疡性结肠炎中成纤维细胞相关的生物标志物 | 首次将空间转录组学与机器学习联合分析,鉴定出成纤维细胞相关生物标志物ANGPTL2,并通过体内外实验验证其作为非侵入性诊断指标和治疗靶点的潜力 | 未提供明确的局限性说明 | 探索成纤维细胞在溃疡性结肠炎发病机制中的作用并鉴定诊断生物标志物 | 溃疡性结肠炎患者和DSS诱导的UC小鼠模型 | 机器学习 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, WGCNA, 机器学习, IF, ELISA, WB | 机器学习模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | 多个数据集(GSE114374, GSE231993, GSE189184)及UC患者血清样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1170 | 2026-06-05 |
Cellular and transcriptional trajectories of neural fate specification in sea anemone uncover two modes of adult neurogenesis
2026-Feb-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-68802-9
PMID:41667466
|
研究论文 | 通过报告基因追踪和单细胞转录组学,揭示了海葵中成年神经发生的两种不同机制 | 首次在海葵中发现两种不同的成年神经发生模式:多能祖细胞直接分化为肽能神经元,以及刺细胞(特化的刺胞动物神经细胞)的逐步成熟过程 | 对神经命运决定过程中转录调控机制的详细解析仍有待深入 | 阐明刺胞动物成年神经发生的细胞谱系和转录程序 | 海葵(Nematostella vectensis) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年海葵样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1171 | 2026-06-05 |
Seq-Scope-eXpanded: spatial omics beyond optical resolution
2026-Feb-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69346-8
PMID:41667485
|
研究论文 | 提出了Seq-Scope-X技术,通过组织膨胀突破光学分辨率限制,实现了亚微米级空间转录组和蛋白质组分析 | 首次将组织膨胀与亚微米级空间测序结合,显著减少转录扩散效应并将空间特征密度提高一个数量级,同时兼容空间蛋白质组学分析 | 未详细说明组织膨胀对RNA完整性的潜在影响及不同组织类型的适用性差异 | 开发超越光学分辨率的超高通量空间组学技术以解析细胞微环境 | 小鼠肝脏、脑、结肠组织及人类扁桃体组织中的单细胞和空间亚细胞结构 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学,组织膨胀技术 | NA | 空间基因表达数据,空间蛋白标记数据 | 小鼠肝脏、脑、结肠组织样本及人类扁桃体组织样本(具体数量未说明) | NA | 空间转录组学,空间蛋白质组学 | Seq-Scope-X | 基于Seq-Scope平台的亚微米分辨率空间组学技术,结合组织膨胀实现超越光学分辨率的分析 |
| 1172 | 2026-06-05 |
A single-cell transcriptomic dataset profiling traumatic brain injury and NeuroD1-based gene therapy in mice
2026-Feb-10, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-026-06788-1
PMID:41667502
|
研究论文 | 通过单细胞转录组数据集分析了小鼠创伤性脑损伤及基于NeuroD1的基因治疗的效果 | 首次利用单细胞RNA测序揭示NeuroD1基因治疗在创伤性脑损伤中对细胞组成和星形胶质细胞亚型的显著影响,并阐明了其恢复线粒体和代谢功能、抑制异常突触和髓鞘化过程的分子机制 | 论文未明确说明局限性,但可能包括样本量较小、仅使用小鼠模型以及未完全阐明所有潜在机制 | 阐明创伤性脑损伤中基于NeuroD1的基因治疗的分子和细胞机制 | 小鼠创伤性脑损伤模型及NeuroD1基因治疗后的脑组织细胞 | 机器学习 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用皮质刺伤小鼠模型的创伤性脑损伤样本,具体数量未提及 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1173 | 2026-06-05 |
ICE: robust detection of cellular senescence from weak single-cell signatures using imputation-based marker refinement
2026-Feb-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-026-03997-0
PMID:41668152
|
研究论文 | 提出了一种基于插值的细胞衰老检测框架ICE,用于从弱单细胞信号中稳健识别衰老细胞 | 通过整合表达插值与标记物细化,克服了经典衰老标记物表达弱且非特异性的限制,实现了对单细胞RNA-seq数据中衰老细胞的准确检测 | 可能依赖于特定插值方法,且在异质性较高的组织中的表现有待进一步验证 | 开发一种能可靠检测单细胞RNA-seq数据中衰老细胞的计算方法 | 胰腺β细胞和阿尔茨海默病样本中的小胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 计算框架(插值与标记物细化) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1174 | 2026-06-05 |
Mouse skeletal muscle satellite cells co-opt the tenogenic gene Scleraxis to instruct regeneration
2026-Feb-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.95854
PMID:41660703
|
研究论文 | 本研究揭示小鼠骨骼肌卫星细胞利用腱生成相关基因Scleraxis指导肌肉再生过程 | 首次证明腱生成相关转录因子Scx在成体肌肉干细胞中激活并功能性地调控肌肉再生,为肌肉再生与肌腱发育共享分子机制提供新视角 | 仅基于小鼠模型,尚需验证在人类肌肉再生中的保守性;未完全解析Scx在卫星细胞与其他细胞类型间的协同机制 | 探究腱生成相关基因Scleraxis在成体骨骼肌再生中的表达模式与功能作用 | 成年小鼠骨骼肌卫星细胞及其再生过程中的肌肉、肌腱组织 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、CUT&RUN | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠骨骼肌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1175 | 2026-06-05 |
DANST enables cell-type deconvolution in spatial transcriptomics using deep domain adversarial neural networks
2026-Feb-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09659-y
PMID:41663685
|
研究论文 | DANST框架利用深度域对抗神经网络实现空间转录组学中的细胞类型反卷积 | 首次将深度域对抗神经网络应用于空间转录组学细胞类型反卷积,通过整合单细胞RNA测序与推断空间坐标构建伪空间数据,并利用变分自编码器和域对抗架构实现特征对齐与准确标签迁移 | 未提及具体局限性 | 开发一种能够从混合基因表达数据中恢复细胞类型比例的空间转录组学反卷积框架 | 人类和小鼠数据集 | 机器学习 | 肿瘤微环境分析 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 深度域对抗神经网络, 变分自编码器 | 基因表达数据, 空间坐标 | 人类和小鼠数据集(未提供具体样本数量) | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1176 | 2026-06-05 |
Loss of mechanical stress induces synovitis, fibrosis and articular cartilage degeneration via distinct synovial cell subsets
2026-Feb-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-39416-4
PMID:41663755
|
研究论文 | 本研究揭示了机械应力缺失如何通过不同的滑膜细胞亚群导致滑膜炎、纤维化和关节软骨退化 | 利用最小机械应力小鼠模型首次阐明滑膜和软骨变化的时序机制,并识别出Lrrc15肌成纤维细胞和Mmp9巨噬细胞作为关键亚群 | 未说明具体限制 | 探究机械应力缺失导致关节功能障碍的分子机制 | 最小机械应力小鼠模型的关节组织 | 数字病理学 | 骨关节炎 | RNA-seq, scRNA-seq, 组织学检查 | NA | 基因表达数据, 组织学图像 | 小鼠模型,具体样本数量未说明 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | 用于bulk RNA-seq和scRNA-seq的测序平台 |
| 1177 | 2026-06-05 |
A novel nanotherapeutic strategy: rescuing nucleus pulposus cells from fatty acid metabolic disorder and pyroptosis through ACOT13 by Chinese herbal formula nanoparticles
2026-Feb-08, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04104-y
PMID:41656235
|
research paper | 通过单细胞测序和多组学分析,研究脂肪酸代谢在椎间盘退变中的作用,并开发基于中药方剂的纳米颗粒治疗策略 | 首次发现ACOT13通过抑制AMPK/ACC信号通路导致脂肪酸代谢紊乱和细胞焦亡,加速椎间盘退变;创新性利用中药方剂自组装纳米颗粒调控ACOT13功能 | 未提及 | 探索脂肪酸代谢在椎间盘退变中的新机制并开发基于中药纳米颗粒的逆转退变疗法 | 临床样本中的髓核细胞 | machine learning | 椎间盘退变 | 单细胞测序, 多组学分析, 分子动力学模拟 | NA | 序列数据, 临床样本数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, 多组学 | NA | NA |
| 1178 | 2026-06-05 |
Integrating multi-omics analysis identifies DNA damage-related gene CLSPN as a biomarker in gastric cancer
2026-Feb-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-39387-6
PMID:41656416
|
研究论文 | 通过多组学分析识别胃腺癌中DNA损伤相关基因CLSPN作为生物标志物 | 首次整合批量RNA测序、单细胞RNA测序和免疫组化实验,系统筛选并验证CLSPN在胃腺癌中的诊断潜力,突出其细胞类型特异性表达 | 仍需在临床评估中进一步验证其在胃腺癌管理策略中的实际价值 | 探索DNA损伤相关基因与胃腺癌的关联,为其分子机制和潜在生物标志物提供见解 | 胃腺癌患者样本 | 机器学习、数字病理学 | 胃腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | 多种机器学习方法(未具体指定) | 基因表达数据,单细胞表达数据,免疫组化图像 | NA | NA | 批量RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1179 | 2026-06-05 |
Spatial transcriptomics identifies IL-32 as a lipid droplet-associated cytokine linked to tubular injury in human diabetic kidney disease
2026-Feb-07, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-026-02192-y
PMID:41653322
|
研究论文 | 通过空间转录组学技术发现脂滴相关细胞因子IL-32与人糖尿病肾病肾小管损伤相关 | 首次将IL-32鉴定为脂滴相关细胞因子,并揭示其作为脂质代谢与炎症反应之间的分子桥梁在糖尿病肾病进展中的作用 | NA | 探究脂质积累与炎症信号在糖尿病肾病肾小管损伤中的分子联系 | 不同病理等级的糖尿病肾病患者肾活检样本 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学、数字空间分析、RNA scope、免疫荧光显微镜 | NA | 空间转录组数据、图像数据 | 14例不同病理等级的糖尿病肾病患者样本 | NA | 空间转录组学、单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 1180 | 2026-06-05 |
Mitochondria-targeted nanozyme system for psoriasis treatment
2026-Feb-07, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-026-04068-z
PMID:41652629
|
研究论文 | 开发了一种多功能脂质体水凝胶纳米平台用于银屑病的靶向治疗,通过抗氧化和抗炎双重机制发挥作用 | 首次将线粒体靶向纳米酶与网络药理学、转录组学和单细胞测序技术相结合,揭示ROS/mTOR/HIF-1α轴在银屑病中性粒细胞调控中的关键作用 | 研究仅基于IMQ诱导的银屑病小鼠模型,尚需在人类临床样本中验证疗效 | 开发一种新型纳米治疗策略用于银屑病及相关慢性炎症性皮肤病的治疗 | 银屑病样皮肤炎症的机制及CMH@lip@Res-TCeO纳米平台的疗效 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, 网络药理学, 转录组学 | NA | 转录组数据 | IMQ诱导的银屑病样小鼠模型(具体样本数量未提供) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |