单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1161	2025-04-19	Differences in transcriptome characteristics and drug repositioning of Alzheimer's disease according to sex 2025-Apr-10, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106909 PMID:40220916	research paper	该研究通过RNA测序和转录组分析，探讨了阿尔茨海默病（AD）在不同性别间的转录组差异及药物重定位潜力	首次在AD患者外周血和前额叶皮层组织中系统揭示了性别相关的转录组差异，并预测了性别特异性潜在治疗药物	样本量较小（共54例），且外周血样本可能无法完全反映中枢神经系统变化	探究阿尔茨海默病在性别维度上的转录组特征差异及个性化治疗策略	阿尔茨海默病患者（含轻度认知障碍患者）及健康对照者的外周血和前额叶皮层组织	转录组学	阿尔茨海默病	RNA-seq, snRNA-seq, 转录组分析	NA	基因表达数据	54例外周血样本（含AD/MCI患者及健康对照），另加GEO数据库中的前额叶皮层snRNA-seq数据
1162	2025-04-19	Single cell-resolved cellular, transcriptional, and epigenetic changes in mouse T cell populations linked to age-associated immune decline 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2425992122 PMID:40163732	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和单细胞TCR测序技术，全面分析了小鼠脾脏T细胞在不同年龄阶段的细胞、转录和表观遗传变化	首次在多时间点对小鼠脾脏T细胞进行全面的单细胞多组学分析，揭示了年龄相关的T细胞功能衰退的具体机制	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明年龄相关的T细胞生物学变化及其对免疫功能衰退的影响	小鼠脾脏T细胞	免疫学	老年性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单细胞ATAC测序(scATAC-seq), 单细胞TCR测序	NA	单细胞多组学数据	10个不同年龄组的小鼠脾脏T细胞
1163	2025-04-19	Dual genetic tracing demonstrates the heterogeneous differentiation and function of neuromesodermal progenitors in vivo 2025-Apr-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2402305122 PMID:40178900	研究论文	本研究开发了一种双重组酶介导的遗传系统，用于在体内特异性追踪和消融BrachyurySox2神经中胚层祖细胞（NMPs）	开发了一种新的双重组酶介导的遗传系统，用于在体内特异性追踪和消融NMPs，揭示了NMPs的异质性及其在胚胎发育中的功能	缺乏有效的遗传工具用于NMPs的谱系追踪和功能评估	研究神经中胚层祖细胞（NMPs）在胚胎发育中的异质性分化及功能	神经中胚层祖细胞（NMPs）	发育生物学	NA	双重组酶介导的遗传系统，单细胞RNA测序	NA	遗传数据，RNA测序数据	NA
1164	2025-04-19	scAMZI: attention-based deep autoencoder with zero-inflated layer for clustering scRNA-seq data 2025-Apr-07, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11511-2 PMID:40197174	研究论文	提出了一种基于注意力自编码器和零膨胀层的深度学习模型scAMZI，用于单细胞RNA测序数据的聚类	结合了SimAM注意力模块、自编码器、ZINB模型和零膨胀层，能够更好地利用细胞特征和处理数据中的零值	未明确提及具体局限性	改进单细胞RNA测序数据的聚类方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器(SimAM, ZINB)	基因表达数据	14个基准scRNA-seq数据集(从数百到数万个细胞)
1165	2025-04-19	Decoding B Cells in Autoimmune Diseases Through ScRNA + BCR-Seq: Current Knowledge and Future Directions 2025-04-03, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14070539 PMID:40214492	综述	本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞B细胞受体测序(scBCR-seq)在自身免疫性疾病中B细胞免疫病理机制研究中的应用	揭示了B细胞亚群转录组与B细胞受体(BCR)克隆之间的动态关联，并探讨了双BCR B细胞和B/T双表型细胞在自身免疫中的潜在作用	NA	推动自身免疫性疾病多组学研究和精准治疗范式的创新	B细胞在自身免疫性疾病中的作用	免疫学	自身免疫性疾病	scRNA-seq, scBCR-seq	NA	单细胞转录组数据, B细胞受体序列数据	NA
1166	2025-04-19	Lipid metabolism-related genes are involved in the formation of macrophage extracellular traps in allergic airway inflammation 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00319-5 PMID:39789299	研究论文	本研究探讨了脂质代谢相关基因在过敏性气道炎症中巨噬细胞胞外陷阱（METs）形成中的作用	首次揭示了脂质代谢基因ABCA1、SLC44A2和C3在METs形成中的关键作用，并发现ABCA1在急性和慢性哮喘中表达趋势相反	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏更深入的机制研究	探究脂质代谢是否参与巨噬细胞胞外陷阱的形成及其在哮喘中的作用	巨噬细胞胞外陷阱（METs）和哮喘患者样本	生物信息学与免疫学	哮喘	WGCNA、LASSO回归、Xcell和CIBERSORT算法、单细胞转录组分析、免疫荧光、SYTOX Green染色、Western blot	NA	基因表达数据	多个GEO数据集（GSE40885、GSE42606、GSE27066、GSE137268、GSE256534）和Tabula Muris数据库数据
1167	2025-04-19	Comprehensive analysis of autophagy status and its relationship with immunity and inflammation in ischemic stroke through integrated transcriptomic and single-cell sequencing 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00320-y PMID:39827328	研究论文	通过整合转录组和单细胞测序技术，全面分析缺血性卒中中自噬状态及其与免疫和炎症的关系	构建了一个具有良好临床效能的卒中诊断模型（AUC=0.87），并鉴定了两种具有不同基因表达模式和免疫细胞浸润的IS亚型	研究中使用的数据集来自公共数据库，可能存在样本选择和偏倚问题	探讨自噬及自噬相关基因在缺血性卒中中的作用	缺血性卒中患者和小鼠模型	生物信息学	缺血性卒中	转录组测序、单细胞测序（scRNA-seq）、WGCNA	机器学习算法	基因表达数据、单细胞数据	来自GEO数据库的IS数据集、外部队列和IS小鼠模型
1168	2025-04-19	Integrative analysis of genetic variability and functional traits in lung adenocarcinoma epithelial cells via single-cell RNA sequencing, GWAS, bayesian deconvolution, and machine learning 2025-Apr, Genes & genomics IF:1.6Q3 DOI:10.1007/s13258-025-01621-2 PMID:39992528	研究论文	通过单细胞RNA测序、GWAS、贝叶斯反卷积和机器学习技术，综合分析肺腺癌上皮细胞的遗传变异和功能特征	整合多种高通量技术揭示肺腺癌上皮细胞的遗传和功能复杂性，特别关注免疫检查点标志物如PD-L1和CTLA-4	研究主要关注上皮细胞，可能未完全涵盖肿瘤微环境中其他细胞类型的作用	解析肺腺癌的遗传和功能复杂性，为个性化治疗策略提供依据	肺腺癌上皮细胞	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, GWAS, 贝叶斯反卷积, 机器学习	机器学习模型	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	NA
1169	2025-04-19	Single-cell and spatial genomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastases 2025-Apr, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03530-z PMID:40016452	研究论文	本研究通过多模态单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组和全基因组测序，探讨了非小细胞肺癌脑转移的基因组和肿瘤微环境特征	揭示了脑转移瘤中染色体不稳定性（CIN）的基因组特征，并发现了一个在脑转移瘤中显著富集的神经样转录程序	研究主要基于治疗初期的患者样本，未涉及治疗后复发的脑转移瘤	探索非小细胞肺癌脑转移的分子生物学机制	非小细胞肺癌患者的脑转移瘤和原发肿瘤	基因组学	非小细胞肺癌	单核RNA测序、T细胞受体测序、单细胞空间转录组、全基因组测序、多重免疫荧光	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	4,869名独立患者和12,275名非小细胞肺癌患者的新队列
1170	2025-04-19	Annexin A1 regulates inflammatory-immune response and reduces pancreatic and extra- pancreatic injury during severe acute pancreatitis 2025-Apr, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00321-x PMID:40025269	研究论文	本研究探讨了Annexin A1（Anxa1）在急性胰腺炎中调节炎症反应的作用	揭示了Anxa1在髓系细胞中的动态表达调控及其对胰腺和胰腺外器官损伤的保护作用，并验证了合成肽Ac2-26的治疗潜力	研究主要基于动物模型，尚未在人类临床中进行验证	探究Anxa1在急性胰腺炎炎症反应调控中的作用及其治疗潜力	髓系细胞、胰腺及胰腺外器官（肺、肝、肾）	免疫学	急性胰腺炎	流式细胞术、单细胞RNA测序、基因表达分析	动物模型	基因表达数据、细胞表型数据	多种动物模型（具体数量未明确说明）
1171	2025-04-19	HISSTA: a human in situ single-cell transcriptome atlas 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf142 PMID:40163697	research paper	介绍了一个名为HISSTA的数据库，用于存储和分析人类组织中的单细胞分辨率原位转录组数据	HISSTA数据库首次整合了多种高分辨率原位成像技术生成的数据，并提供了交互式可视化工具	NA	构建一个全面的单细胞分辨率原位转录组数据库，以促进生物学和医学研究	人类组织中的单细胞转录组数据	digital pathology	NA	MERFISH, CosMx SMI, Xenium	NA	spatial transcriptome data	112个样本，2800万个细胞，覆盖16种组织类型，来自63项研究
1172	2025-04-19	uHAF: a unified hierarchical annotation framework for cell type standardization and harmonization 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf149 PMID:40172934	研究论文	开发了一个统一的层次注释框架uHAF，用于标准化和协调单细胞转录组学中的细胞类型注释	提出了一个包含器官特异性层次细胞类型树和基于大型语言模型的映射工具的统一框架，以解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题	NA	解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题，促进数据整合和机器学习应用	单细胞转录组学中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞转录组学，大型语言模型	GPT-4	单细胞转录组数据	涵盖38个器官的标准化层次参考
1173	2025-04-19	Single-cell sequencing analysis reveals the essential role of the m 6A reader YTHDF1 in retinal visual function by regulating TULP1 and DHX38 translation 2025-Mar-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.399 PMID:40116022	研究论文	本文通过单细胞测序分析揭示了m6A阅读器YTHDF1通过调控TULP1和DHX38翻译在视网膜视觉功能中的关键作用	发现了YTHDF1在成熟视网膜功能维持中的新作用，揭示了m6A阅读器蛋白在视网膜变性中的新调控机制	研究主要基于基因敲除模型，人类视网膜中的具体作用机制尚需进一步验证	探究m6A阅读器YTHDF1在视网膜功能维持中的作用机制	视网膜细胞（特别是视杆细胞）	分子生物学	视网膜变性	单细胞RNA测序、甲基化RNA免疫沉淀测序(MeRIP-seq)、RIP测序	基因敲除模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量（使用基因敲除模型视网膜组织）
1174	2025-04-19	Integrated single-cell transcriptomic map of pig kidney cells across various periods and anatomical sites 2025-Mar-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2024.335 PMID:40116025	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对猪肾脏在不同生理时期和不同解剖部位的细胞进行了转录组分析，鉴定了29种细胞类型，并揭示了近端小管细胞、厚升支细胞和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性	首次构建了猪肾脏在不同生理时期和不同解剖部位的单细胞转录组图谱，揭示了近端小管细胞代谢相关转录因子的表达特征，以及厚升支细胞和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性	研究样本量相对较小（12个样本），且仅针对猪肾脏，人类肾脏的验证需要进一步研究	探索猪肾脏在不同生理时期和不同解剖部位的细胞类型和功能异质性，为人类肾脏生理学研究提供参考	猪肾脏细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	12个猪肾脏样本，共138,469个细胞
1175	2025-04-19	Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 contributes to liver fibrosis by enabling IL-7 signaling in HSC 2025-Mar-13, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001302 PMID:40080840	研究论文	本研究探讨了Pre-B-cell白血病转录因子1（PBX1）在肝纤维化中的作用及其通过IL-7信号通路激活肝星状细胞（HSC）的机制	揭示了PBX1在HSC激活中的新作用，并提出了靶向IL-7信号通路干预肝纤维化的概念验证	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本相关性研究较少	探究PBX1在肝纤维化中的作用及其分子机制	肝星状细胞（HSC）和小鼠模型	分子生物学	肝纤维化	单细胞RNA-seq、Ingenuity通路分析、报告基因检测、染色质免疫沉淀检测	NA	基因表达数据	小鼠模型和肝硬化患者样本
1176	2025-04-19	Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy 2025-03-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14060393 PMID:40136642	研究论文	本研究探讨了半乳糖神经酰胺（GalCer）在糖尿病周围神经病变（DPN）进展中对卫星胶质细胞（SGCs）功能障碍及神经元-胶质细胞相互作用的影响	首次揭示了GalCer代谢在SGC功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的核心作用，并指出GalCer代谢作为潜在治疗靶点	研究仅基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究GalCer在糖尿病周围神经病变（DPN）进展中的作用机制	糖尿病周围神经病变（PDPN）大鼠模型中的卫星胶质细胞（SGCs）和神经元	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、靶向质谱分析、免疫荧光分析	NA	基因表达数据、质谱数据、图像数据	NA
1177	2025-04-19	Microglial mechanisms drive amyloid-β clearance in immunized patients with Alzheimer's disease 2025-Mar-06, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03574-1 PMID:40050704	研究论文	本文利用空间转录组学探讨了阿尔茨海默病（AD）患者中主动和被动Aβ免疫对大脑的影响，揭示了与Aβ清除相关的特定小胶质细胞状态	发现了空间上不同的小胶质细胞反应，揭示了TREM2和APOE在小胶质细胞中的上调与抗体反应和Aβ清除的正相关性，以及补体信号在Aβ清除中的作用	研究样本量有限，且仅针对特定免疫疗法（如lecanemab治疗）的效果进行了分析	探索Aβ免疫疗法在AD患者中清除Aβ的分子机制	AD患者（包括免疫和非免疫）及神经健康对照者	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	免疫和非免疫AD患者及健康对照者（具体数量未明确说明）
1178	2025-04-19	Selective Depletion of CCR8+Treg Cells Enhances the Antitumor Immunity of Cytotoxic T Cells in Lung Cancer by Dendritic Cells 2025-Mar-06, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2025.02.029 PMID:40056978	研究论文	该研究探讨了通过选择性耗竭CCR8+Treg细胞增强细胞毒性T细胞在肺癌中的抗肿瘤免疫效果	研究发现抗CCR8疗法与PD1抑制剂联合使用能显著减少肿瘤生长，并通过重塑肿瘤微环境增强CD8+ T细胞的细胞毒性活性	研究主要基于小鼠模型，临床患者数据有限	评估抗CCR8单药及其与PD1抑制剂联合治疗在非小细胞肺癌(NSCLC)中的疗效和安全性	NSCLC小鼠模型及临床晚期NSCLC患者	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、单细胞T细胞受体测序分析、流式细胞术、多色免疫荧光、Luminex检测	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	四个NSCLC小鼠模型及临床患者数据
1179	2025-04-19	Mechanistic elucidation of human pancreatic acinar development using single-cell transcriptome analysis on a human iPSC differentiation model 2025-02-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88690-1 PMID:39920294	研究论文	通过单细胞转录组分析人类iPSC分化模型，阐明人类胰腺腺泡细胞的发育机制	利用hiPSC分化模型和单细胞RNA-seq技术，发现REG4作为胰腺腺泡祖细胞的候选标记物，并揭示cAMP相关信号通路在分化过程中的作用	研究依赖于小鼠模型，可能不完全反映人类体内的真实情况	阐明胰腺外分泌腺泡细胞系的发育机制，建立从hiPSC定向分化胰腺腺泡细胞的方法	人类诱导多能干细胞（hiPSC）分化的胰腺腺泡细胞	细胞生物学	胰腺外分泌障碍	单细胞RNA-seq	hiPSC分化模型	转录组数据	NA
1180	2025-04-19	Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Circadian Rhythm Disruption-Related Genes Associated with Prognosis and Drug Resistance in Colorectal Cancer Patients 2025, ImmunoTargets and therapy IF:6.2Q1 DOI:10.2147/ITT.S499806 PMID:40241740	研究论文	本研究通过整合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据，揭示了结直肠癌中昼夜节律紊乱相关基因与预后及药物耐药性的关联	首次系统揭示了CRDGs在结直肠癌中的表达特征及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系	研究结果需要更多数据集进行验证	探索昼夜节律相关基因在结直肠癌中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	结直肠癌患者	生物信息学	结直肠癌	scRNA-Seq, Bulk RNA-Seq, WGCNA, GSEA	预后模型	RNA测序数据	GSE178318数据集中的样本