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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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11761 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics reveals gene interactions and signaling pathway dynamics in rat embryos with anorectal malformation
2024-05-21, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09878-1
PMID:38769159
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析了大鼠胚胎肛门直肠畸形的基因表达特征和信号通路动态 | 首次在胚胎发育过程中应用空间转录组学技术,揭示了肛门直肠畸形中位置特异性基因表达模式和信号通路协同作用 | 研究仅针对GD14-GD16胚胎期,缺乏更早期或更晚期的发育阶段分析 | 探究肛门直肠畸形的分子机制和基因调控网络 | 大鼠胚胎(正常组和肛门直肠畸形组) | 空间转录组学 | 肛门直肠畸形 | 空间转录组学,免疫荧光染色,WGCNA,GSEA,PROGENy | NA | 空间基因表达数据,图像数据 | GD14-GD16胚胎期大鼠样本(包含正常和畸形病例) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
11762 | 2025-10-07 |
Bioinformatics and system biology analysis revealed the crosstalk between COVID-19 and osteoarthritis
2023-12, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.1123
PMID:38156385
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研究论文 | 通过生物信息学和系统生物学分析揭示COVID-19与骨关节炎之间的相互作用机制 | 首次通过生物信息学方法系统识别COVID-19与骨关节炎的共同病理机制,发现4个关键枢纽基因及相关调控网络 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 探索COVID-19与骨关节炎之间的共同病理机制和潜在治疗靶点 | COVID-19患者和骨关节炎患者的基因表达数据,以及OA小鼠模型 | 生物信息学 | COVID-19, 骨关节炎 | 差异表达基因分析, 蛋白互作网络分析, 功能富集分析, qPCR, Western Blot, 单细胞RNA测序 | OA小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
11763 | 2025-10-07 |
Transcriptomic research in atherosclerosis: Unravelling plaque phenotype and overcoming methodological challenges
2023-Dec, Journal of molecular and cellular cardiology plus
DOI:10.1016/j.jmccpl.2023.100048
PMID:39802625
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综述 | 本文探讨转录组学在动脉粥样硬化斑块表型研究中的应用价值及方法论挑战 | 系统阐述整合多组学数据与机器学习在动脉粥样硬化研究中的创新价值 | 研究结果可重复性低且缺乏标准化流程 | 通过转录组学研究揭示动脉粥样硬化斑块表型及推进精准医疗 | 动脉粥样硬化斑块 | 自然语言处理 | 心血管疾病 | bulk sequencing, single-cell sequencing | 机器学习 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
11764 | 2025-10-07 |
Size matters: the impact of nucleus size on results from spatial transcriptomics
2023-04-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04129-z
PMID:37081484
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研究论文 | 本研究探讨了连续切片数据整合方法对空间转录组学分析结果的影响 | 提出了连续切片数据整合方法,解决了细胞核尺寸超过组织切片厚度时对转录组数据捕获的负面影响 | 研究仅针对人类死后大脑组织,未验证在其他组织类型中的适用性 | 评估连续切片数据整合对空间转录组学spot聚类和解卷积准确性的影响 | 人类死后大脑组织切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单核RNA测序 | 无监督聚类 | 空间基因表达数据,组织学图像 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium Spatial Gene Expression |
11765 | 2025-10-07 |
The role of histone lactylation genes in hepatocellular carcinoma prognostic models and their immune cell infiltration features: a comprehensive analysis of single-cell, spatial transcriptome, Mendelian randomization and experiment
2025-Jan-10, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01775-1
PMID:39789404
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研究论文 | 本研究通过综合分析构建了组蛋白乳酸化基因相关的肝细胞癌预后模型,并探讨其与免疫细胞浸润特征的关系 | 首次整合单细胞分析、空间转录组、孟德尔随机化和实验验证,系统研究组蛋白乳酸化基因在肝细胞癌中的作用 | 研究样本量有限,需要更大规模的数据验证模型的普适性 | 开发肝细胞癌的新型诊断生物标志物和识别模型 | 肝细胞癌患者和细胞系(Huh7, LO2) | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组, 孟德尔随机化, qRT-PCR | 多种机器学习方法, Cox回归, 决策曲线 | 基因表达数据, 单细胞数据, 空间转录组数据 | 多个数据库整合数据,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA |
11766 | 2025-10-07 |
An antagonistic role of clock genes and lima1 in kidney regeneration
2025-Jan-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07455-8
PMID:39789202
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了时钟基因与lima1在斑马鱼肾脏再生中的拮抗作用机制 | 首次发现时钟基因通过抑制lima1a表达促进肾脏祖细胞形成和肾单位再生的新机制 | 研究仅限于斑马鱼模型,尚未在哺乳动物中验证 | 探究时钟基因在肾脏再生过程中的作用机制 | 斑马鱼急性肾损伤模型中的近端小管上皮细胞 | 单细胞生物学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除斑马鱼模型 | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11767 | 2025-10-07 |
Rapamycin improves satellite cells' autophagy and muscle regeneration during hypercapnia
2025-Jan-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182842
PMID:39589836
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研究论文 | 本研究探讨高碳酸血症如何损害卫星细胞自噬和肌肉再生,并验证雷帕霉素的治疗效果 | 首次在体内证实高碳酸血症导致卫星细胞自噬功能障碍和肌生成受损,并发现雷帕霉素可通过AMPK/mTOR通路改善这些缺陷 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床环境中验证 | 研究高碳酸血症对骨骼肌卫星细胞功能和肌肉再生的影响及治疗策略 | 骨骼肌卫星细胞、小鼠模型、培养的成肌细胞 | 细胞生物学 | 危重症肌病 | 单细胞测序、批量测序、卫星细胞移植、谱系追踪 | NA | 基因表达数据、细胞功能数据 | 小鼠模型和细胞培养样本 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
11768 | 2025-10-07 |
Idebenone Protects Photoreceptors Impaired by Oxidative Phosphorylation Disorder in Retinal Detachment
2025-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.1.17
PMID:39774627
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和动物实验探讨了视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍对视网膜细胞的损伤机制,并验证了艾地苯醌的治疗效果 | 首次在视网膜脱离研究中系统分析氧化磷酸化通路异常,并发现艾地苯醌可通过改善氧化磷酸化功能保护光感受器 | 研究主要基于动物模型,缺乏人类临床试验验证 | 探究视网膜脱离后氧化磷酸化功能障碍机制及艾地苯醌的治疗潜力 | 人类视网膜样本和小鼠视网膜脱离模型 | 单细胞基因组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11769 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics of pediatric Burkitt lymphoma reveals intra-tumor heterogeneity and markers of therapy resistance
2025-Jan, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-024-02431-3
PMID:39424708
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析儿童伯基特淋巴瘤,揭示肿瘤异质性和治疗耐药性标志物 | 首次在儿童伯基特淋巴瘤中应用单细胞转录组学技术,发现TPM2作为独立于TP53突变的治疗耐药性生物标志物 | 研究样本仅限EBV阴性伯基特淋巴瘤患者,样本量相对有限 | 探究伯基特淋巴瘤的肿瘤异质性特征及治疗耐药机制 | 儿童伯基特淋巴瘤患者的诊断标本(EBV阴性) | 单细胞组学 | 伯基特淋巴瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 儿童伯基特淋巴瘤患者诊断标本(未明确具体数量) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11770 | 2025-10-07 |
Autophagy Associated Genes (ARGs) -Based Predictive Model AIDPS for Prostate Cancer
2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70213
PMID:39789383
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研究论文 | 本研究基于自噬相关基因构建了前列腺癌预后预测模型AIDPS | 首次结合自噬相关基因和人工智能算法构建前列腺癌预后模型,并在多个数据集中验证其优于现有模型 | 使用公开数据库数据,缺乏外部验证队列 | 识别和评估自噬相关特征以预测前列腺癌患者的临床结局 | 前列腺癌患者 | 机器学习 | 前列腺癌 | 单细胞测序, RNA测序 | Ridge, 101种机器学习算法 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
11771 | 2025-10-07 |
Miltefosine reinvigorates exhausted T cells by targeting their bioenergetic state
2024-Dec-17, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101869
PMID:39657666
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研究论文 | 本研究通过筛选FDA批准的小分子库,发现米替福新能够通过改善T细胞的生物能量状态来逆转T细胞耗竭 | 首次发现米替福新能够以不依赖PD-1/PD-L1的方式逆转T细胞耗竭,即使在PD-1抗体治疗无效的终末耗竭状态下仍能增强CAR-T细胞活性 | 研究主要基于体外模型和动物模型,尚未进行临床试验验证 | 开发针对T细胞耗竭的新型免疫治疗策略 | 耗竭的CAR-T细胞和T细胞 | 免疫治疗 | 肿瘤 | 单细胞测序,小分子筛选 | CAR-T细胞模型,同种异体和同基因肿瘤模型 | 基因表达数据,细胞功能数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11772 | 2025-10-07 |
Upregulation of multiple key molecules is correlated with poor prognosis and immune infiltrates in hepatocellular carcinoma by bulk and single-cell RNA-seq
2024-Nov-12, Aging
DOI:10.18632/aging.206151
PMID:39537209
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研究论文 | 本研究通过bulk和单细胞RNA-seq分析,构建了基于关键基因的肝细胞癌预后预测模型 | 首次结合三种差异分析方法和单细胞测序技术鉴定肝细胞癌关键基因,并建立与免疫细胞浸润相关的预后模型 | 研究主要基于TCGA数据库,缺乏外部验证队列 | 构建肝细胞癌预后预测模型并探索关键基因与免疫浸润的关系 | 肝细胞癌患者组织和细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组织化学 | LASSO回归, Cox回归 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA数据库的肝细胞癌样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11773 | 2025-10-07 |
Sex specific molecular networks and key drivers of Alzheimer's disease
2023-06-20, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-023-00624-5
PMID:37340466
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研究论文 | 通过系统生物学方法研究阿尔茨海默病中性别特异性分子网络和关键驱动因子 | 首次通过多组学网络分析识别LRP10作为AD性别差异的关键网络调节因子,并验证其在性别和APOE基因型特异性中的作用机制 | 研究主要基于死后脑组织样本,可能无法完全反映疾病发展过程中的动态变化 | 阐明阿尔茨海默病性别差异的分子机制 | 人类死后脑组织样本和AD小鼠模型 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 转录组学、单细胞RNA测序、酵母双杂交系统、基因扰动实验 | 网络分析、共表达网络 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 两个队列(MSBB和ROSMAP)的大规模人类死后脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11774 | 2025-10-07 |
Defining the nature of human pluripotent stem cell-derived interneurons via single-cell analysis
2021-10-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.08.006
PMID:34506726
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研究论文 | 通过单细胞分析比较人类多能干细胞来源的中间神经元与体内中间神经元的异同 | 首次应用单核和单细胞转录组学直接比较体外培养与体内来源的人类中间神经元 | 干细胞来源的中间神经元仅能模拟妊娠中期前的发育阶段,且仅代表脑内潜在亚型的一小部分 | 评估体外培养方法生成人类中间神经元的完整性和相似性 | 人类皮质中间神经元和多能干细胞来源的中间神经元 | 单细胞分析 | NA | 单核转录组学, 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11775 | 2025-10-07 |
Transcriptome analysis of heterogeneity in mouse model of metastatic breast cancer
2021-09-27, Breast cancer research : BCR
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s13058-021-01468-x
PMID:34579762
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研究论文 | 通过MMTV-PyMT小鼠模型研究转移性乳腺癌细胞转录组异质性 | 结合批量RNA测序和单细胞RNA测序分析转移性乳腺癌的器官趋向性和克隆异质性 | 研究仅使用小鼠模型,结果向人类临床转化的适用性需要进一步验证 | 研究乳腺癌转移过程中肿瘤异质性和器官趋向性的分子机制 | MMTV-PyMT转基因小鼠模型的转移性乳腺癌细胞 | 转录组学 | 乳腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | Monocle2, Seurat | RNA测序数据 | 10只雌性MMTV-PyMT小鼠的器官来源转移细胞系 | Illumina, BioRad | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NextSeq 500, ddSeq | Illumina NextSeq 500平台用于批量RNA测序,BioRad ddSeq平台用于单细胞RNA测序 |
11776 | 2025-10-07 |
Identification of cancer cell-intrinsic biomarkers associated with tumor progression and characterization of SFTA3 as a tumor suppressor in lung adenocarcinomas
2025-Jan-08, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-13395-z
PMID:39780110
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别肺腺癌进展相关基因特征,发现SFTA3作为新型肿瘤抑制因子 | 构建了包含8个基因的预后模型,首次系统阐明SFTA3在肺腺癌中的肿瘤抑制功能及其在液体活检中的潜在价值 | SFTA3在肺腺癌中的具体分子机制仍需进一步验证,临床样本量有限 | 识别肺腺癌进展相关的癌症细胞内在生物标志物并研究其功能 | 肺腺癌患者血清样本和肺癌细胞系 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 细胞活力检测, 划痕愈合实验, 集落形成实验 | 预后模型 | 基因表达数据, 血清样本数据 | 肺腺癌患者血清样本 | NA | 单细胞RNA测序, 液体活检 | NA | NA |
11777 | 2025-10-07 |
Tokay gecko tail regeneration involves temporally collinear expression of HOXC genes and early expression of satellite cell markers
2025-Jan-08, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-02111-9
PMID:39780185
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研究论文 | 本研究通过比较壁虎尾部再生与胚胎尾部发育的分子机制,揭示了壁虎尾部再生的独特特征 | 发现壁虎尾部再生缺乏顶端生长区,HOXC基因呈现时间共线性表达,且卫星细胞标记物早期激活 | 研究仅针对壁虎模型,结论是否适用于其他蜥蜴物种尚需验证 | 探究壁虎尾部再生的分子机制及其与胚胎发育的差异 | 壁虎尾部再生组织和胚胎尾部组织 | 发育生物学 | 组织再生 | 转录组学,单细胞测序,原位杂交 | NA | 基因表达数据,单细胞测序数据 | 7个尾部再生阶段和3个胚胎尾部发育阶段 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11778 | 2025-10-07 |
Role and mechanism of LINC02390 and its potential target genes, CLECL1 and CD69, in immune microenvironment of lung adenocarcinoma
2025, Technology and health care : official journal of the European Society for Engineering and Medicine
IF:1.4Q3
DOI:10.3233/THC-241452
PMID:39269874
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研究论文 | 探讨LINC02390及其潜在靶基因CLECL1和CD69在肺腺癌免疫微环境中的作用机制 | 首次发现LINC02390通过调控CLECL1和CD69影响免疫细胞浸润,可能成为肺腺癌免疫治疗新靶点 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 寻找能预测肺腺癌预后的生物标志物并探索其在免疫微环境中的作用 | 肺腺癌患者和相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 生存分析、GO/KEGG富集分析、基因突变分析、免疫组化染色、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、临床组织样本、单细胞测序数据 | 使用GSE111894单细胞测序数据集和临床组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11779 | 2025-10-07 |
Tertiary Lymphoid Structure in Dental Pulp: The Role in Combating Bacterial Infections
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202406684
PMID:39465672
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示牙髓中三级淋巴结构在细菌感染免疫应答中的形成机制 | 首次在牙髓组织中鉴定出三级淋巴结构,发现CCL3可能是驱动其形成的关键因子 | 牙髓特殊组织结构可能限制研究结果的普适性 | 探究三级淋巴结构在牙髓细菌感染免疫应答中的作用和形成机制 | 健康与发炎的人类牙髓组织及小鼠牙髓炎模型 | 单细胞生物学 | 牙髓炎 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | 人类健康与发炎牙髓组织,小鼠牙髓炎模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11780 | 2025-10-07 |
Targeting SLITRK4 Restrains Proliferation and Liver Metastasis in Colorectal Cancer via Regulating PI3K/AKT/NFκB Pathway and Tumor-Associated Macrophage
2025-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202400367
PMID:39499724
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研究论文 | 本研究揭示SLITRK4通过调控PI3K/AKT/NFκB通路和肿瘤相关巨噬细胞促进结直肠癌肝转移的机制 | 首次发现SLITRK4在结直肠癌肝转移中显著上调并通过PI3K/AKT/NFκB通路调控肿瘤微环境 | 未明确说明样本量大小及具体实验模型数量 | 探索结直肠癌肝转移的新驱动因子及治疗靶点 | 结直肠癌患者组织样本及多种体外体内模型 | 癌症研究 | 结直肠癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,siRNA递送 | 体外细胞模型,体内动物模型,共培养模型 | 基因表达数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |