单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 11761 - 11780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11761 | 2024-08-05 |
Molecular heterogeneity of quiescent melanocyte stem cells revealed by single-cell RNA-sequencing
2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.19.571712
PMID:38187565
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了休眠黑素细胞干细胞的分子异质性 | 确认了休眠黑素细胞干细胞亚群的分子特征，并鉴定了新的亚群 | 研究可能受限于小鼠模型的生物限制 | 研究黑素细胞干细胞的转录组特征及其异质性 | 成人女性C57BL/6J小鼠的休眠黑素细胞干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从小鼠皮肤中分离KIT+/CD45-细胞的样本 |
| 11762 | 2024-08-04 |
SGCAST: symmetric graph convolutional auto-encoder for scalable and accurate study of spatial transcriptomics
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad490
PMID:38171928
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研究论文 | 本文开发了SGCAST，一个高效的自编码器框架，用于识别空间域 | SGCAST采用对称图卷积自编码器，通过整合基因表达相似性和空间点接近性来学习聚合的潜在嵌入 | NA | 研究空间转录组学中的空间域识别与分析 | 空间转录组学数据与图卷积自编码器模型 | 计算机视觉 | NA | 自编码器 | 对称图卷积自编码器 | 转录组学数据 | 多个平台的不同比例的ST数据集 |
| 11763 | 2024-08-05 |
scFed: federated learning for cell type classification with scRNA-seq
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad507
PMID:38221903
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研究论文 | 本文介绍了一种新的统一联邦学习框架scFed，以实现细胞类型分类 | 提出scFed框架，允许在不违反数据隐私的情况下基准四种分类算法 | Transformer模型在scFed框架中的性能稍逊于专门的单细胞模型，并且存在显著的时间复杂性问题 | 探讨如何在保护数据隐私的情况下进行高效的细胞识别 | 使用不同大小、物种和技术的八个公开可用的scRNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | Transformer, 单细胞特定模型 | 数据集 | 八个公开可用的scRNA-seq数据集 |
| 11764 | 2024-08-05 |
GTAD: a graph-based approach for cell spatial composition inference from integrated scRNA-seq and ST-seq data
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad469
PMID:38127088
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研究论文 | 提出GTAD方法，通过图注意力网络从整合的scRNA-seq和ST-seq数据中推断细胞空间组成 | GTAD利用图结构和图注意力网络改善细胞空间关系和形态结构的捕捉 | 未提及具体的限制 | 旨在通过联合分析scRNA-seq和ST-seq数据，精确识别组织中的细胞空间组成 | 研究对象为小鼠大脑皮层、小脑、人类发育心脏和胰腺导管癌中的细胞 | 数字病理学 | 胰腺导管癌 | scRNA-seq和ST-seq | 图注意力网络 | 整合的基因表达数据 | 未提及具体的样本数量 |
| 11765 | 2024-08-05 |
Unraveling Neuronal Identities Using SIMS: A Deep Learning Label Transfer Tool for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.28.529615
PMID:36909548
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞RNA测序分析的深度学习标签转移工具SIMS | 提出了一种高效的数据驱动的机器学习管道SIMS，用于单细胞数据的离散分类，并在复杂数据集中展现出更好的性能 | 未提及具体的局限性 | 开发一种新方法来准确注释复杂的单细胞RNA数据集 | 主要研究成人大脑皮层、海马以及发育中的大脑细胞的分类 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞数据 | 涉及不同多能干细胞系来源的人类皮层类器官及复杂脑组织的单细胞数据集 |
| 11766 | 2024-08-05 |
Inferring therapeutic vulnerability within tumors through integration of pan-cancer cell line and single-cell transcriptomic profiles
2023-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564598
PMID:37961545
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研究论文 | 该文章提出了一种计算框架scIDUC，用于通过整合单细胞转录组数据和全癌种细胞系筛选数据来预测肿瘤内的治疗脆弱性 | 文章创新性地结合了单细胞转录组数据和丰富的细胞系筛选数据，以单细胞为基础预测治疗效果 | 该研究的局限性在于可能未涵盖所有肿瘤亚型和微环境影响的复杂性 | 研究旨在提升对肿瘤异质性的理解，进而改善针对性治疗策略 | 研究对象为不同肿瘤类型的单细胞和细胞系，包括横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含多个细胞亚群，以及特定疾病的细胞系 |
| 11767 | 2024-08-05 |
Mapping pediatric brain tumors to their origins in the developing cerebellum
2023-10-03, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad124
PMID:37534924
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研究论文 | 本研究揭示了三种最常见儿童脑肿瘤的细胞起源 | 通过使用人类发育小脑地图，揭示了儿童脑肿瘤的细胞起源，提供了新的治疗靶点 | 由于仅使用正常发育人类小脑作为参考，可能无法覆盖所有变异情况 | 理解儿童脑肿瘤的起源，以识别潜在的肿瘤特异性疗法 | 主要研究三种儿童脑肿瘤：室管膜瘤、毛细胞星形胶质瘤和小脑神经母细胞瘤 | 数字病理学 | NA | 基因组变异分析，相关性分析，单细胞匹配技术 | NA | 转录组数据 | 使用了4416个肿瘤数据集，包括批量和单细胞转录组数据 |
| 11768 | 2024-08-05 |
An integrated genomic approach identifies follistatin as a target of the p63-epidermal growth factor receptor oncogenic network in head and neck squamous cell carcinoma
2023-Sep, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcad038
PMID:37492374
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研究论文 | 这篇文章通过整合基因组分析确定了follistatin作为头颈部鳞状细胞癌中p63-表皮生长因子受体肿瘤网络的靶点 | 揭示了follistatin作为p63的直接转录靶标，并且其表达还受到EGFR信号的驱动 | 尚未详细阐明这些致癌基因及其下游靶点介导肿瘤进展的具体机制 | 识别与头颈部鳞状细胞癌相关的p63肿瘤相关转录靶点 | 来自HNSCC患者的转录组数据以及代表性细胞系模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 多个转录组数据集，具体样本数未提供 |
| 11769 | 2024-08-04 |
APOL1 kidney risk variants in glomerular diseases modeled in transgenic mice
2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.27.534273
PMID:37090576
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研究论文 | 本文研究了携带APOL1肾脏风险变异的小鼠模型中肾小管病的特征 | 研究提出了两种小鼠模型，以展示APOL1-G1等位基因在肾小管疾病中的作用，并发现了潜在的新的肾小管损伤标记 | 缺乏在人类模型中的直接验证和对比 | 探讨APOL1基因变异对不同小鼠模型中肾脏疾病的影响 | 研究对象是HIV相关肾病（HIVAN）小鼠模型和接收到干扰素-γ的APOL1转基因小鼠 | 数字病理 | 肾脏疾病 | RNA测序 | 转基因小鼠 | RNA序列 | 不同类型的转基因小鼠样本（具体数量未提及） |
| 11770 | 2024-08-04 |
Resveratrol attenuates staphylococcal enterotoxin B-activated immune cell metabolism via upregulation of miR-100 and suppression of mTOR signaling pathway
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1106733
PMID:36909201
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研究论文 | 该研究探讨了白藜芦醇如何通过上调miR-100和抑制mTOR信号通路减轻金黄色葡萄球菌肠毒素B激活的免疫细胞的代谢。 | 发现miR-100在RES处理的肺单核细胞中的上调以及其对mTOR的靶向作用。 | 该研究主要在小鼠模型中进行，可能不完全适用于人类。 | 研究白藜芦醇对金黄色葡萄球菌肠毒素B引发的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）免疫细胞代谢的影响。 | 处理了小鼠模型以研究RES对金黄色葡萄球菌肠毒素B激活的免疫细胞的影响。 | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 小鼠模型，样本数量未具体说明 |
| 11771 | 2024-08-05 |
AhR Activation Leads to Attenuation of Murine Autoimmune Hepatitis: Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Unique Immune Cell Phenotypes and Gene Expression Changes in the Liver
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.899609
PMID:35720411
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研究论文 | 本研究探讨了芳香烃受体（AhR）激活如何通过单细胞RNA测序分析减少小鼠自身免疫性肝炎中的免疫细胞炎症。 | 本文创新性地揭示了AhR激活导致小鼠自身免疫性肝炎中免疫细胞表型和基因表达的变化。 | 研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全反映人类的复杂免疫反应。 | 探讨AhR激活在小鼠自身免疫性肝炎中的作用机制。 | 小鼠模型及其肝脏中的免疫细胞。 | 数字病理学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11772 | 2024-08-07 |
High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell
2019-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0290-0
PMID:31611697
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SNARE-seq的方法，能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性 | SNARE-seq方法能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性，实现了转录调控与其输出结果的直接匹配 | NA | 开发一种能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性的方法 | 新生和成年小鼠大脑皮层的细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 新生小鼠大脑皮层5,081个细胞，成年小鼠大脑皮层10,309个细胞 |
| 11773 | 2024-08-05 |
Whole transcriptome analysis to identify non-coding RNA regulators and hub genes in sperm of non-obstructive azoospermia by microarray, single-cell RNA sequencing, weighted gene co-expression network analysis, and mRNA-miRNA-lncRNA interaction analysis
2024-Jun-11, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10506-9
PMID:38858625
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研究论文 | 本研究通过全转录组分析识别非梗阻性无精症精子中的非编码RNA调节因子和核心基因 | 发现并识别了与非梗阻性无精症相关的新的关键基因和非编码RNA | 样本量仅限于三名无精症患者，可能限制结果的普遍适用性 | 识别参与非梗阻性无精症的关键基因和非编码RNA，改善遗传诊断 | 三名经过遗传筛查未发现精子问题的无精症患者的精子样本 | 数字病理学 | 无精症 | 微阵列技术，单细胞RNA测序，权重基因共表达网络分析 | NA | 转录组数据 | 三名无精症患者的样本 |
| 11774 | 2024-08-04 |
Integrative molecular and spatial analysis reveals evolutionary dynamics and tumor-immune interplay of in situ and invasive acral melanoma
2024-Jun-10, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.04.012
PMID:38759655
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研究论文 | 本研究揭示了体内和侵袭性肢端黑色素瘤的进化动态及肿瘤-免疫相互作用 | 提供了针对147个肢端黑色素瘤的综合分子和空间特征分析，揭示了垂直侵袭和区域扩展模式 | 本研究的样本量和背景可能无法完全代表所有类型的肢端黑色素瘤 | 探讨肢端黑色素瘤从原位到侵袭性发展的进化动态 | 147个肢端黑色素瘤样本 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 基因组学、整体和单细胞转录组学、空间转录组学和蛋白质组学 | NA | NA | 147个肢端黑色素瘤样本 |
| 11775 | 2024-08-05 |
Pathomics and single-cell analysis of papillary thyroid carcinoma reveal the pro-metastatic influence of cancer-associated fibroblasts
2024-Jun-10, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12459-4
PMID:38858612
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研究论文 | 本研究分析了乳头状甲状腺癌中癌相关成纤维细胞对转移的促进影响 | 揭示了CAFs在乳头状甲状腺癌中的新作用，特别是其在转移过程中与肿瘤细胞的相互作用 | 未明确讨论CAFs的具体机制以及在不同患者中的变异性 | 探讨乳头状甲状腺癌中癌相关成纤维细胞的作用及其对淋巴结转移的影响 | 包括984名乳头状甲状腺癌患者的术后病理切片和两种细胞系（TPC1和K1）的体外实验 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | 单细胞RNA测序，HE染色，深度学习 | NA | 病理切片数据，RNA测序数据 | 984名乳头状甲状腺癌患者，2种细胞系 |
| 11776 | 2024-08-05 |
Integrated multi-omics analyses revealed the association between rheumatoid arthritis and colorectal cancer: MYO9A as a shared gene signature and an immune-related therapeutic target
2024-Jun-10, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12466-5
PMID:38858644
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研究论文 | 本研究探讨了类风湿关节炎与结直肠癌之间的关系及共享基因特征 | 本研究首次揭示了MYO9A作为类风湿关节炎与结直肠癌的共享基因标志物及免疫相关治疗靶点的潜力 | 本研究未能详细探讨类风湿关节炎对结直肠癌的精确机制和影响 | 研究目的在于探索类风湿关节炎与结直肠癌之间的关联及其机制 | 研究对象包括类风湿关节炎和结直肠癌相关基因 | 数字病理学 | 类风湿关节炎，结直肠癌 | 单细胞RNA测序，bulk RNA测序，孟德尔随机化分析 | NA | 基因组数据，转录组数据 | NA |
| 11777 | 2024-08-05 |
Comprehensive characterization of B7 family members in breast cancer: B7-H5 switch reverses breast cancer from "immuno-cold" into "immuno-hot" status
2024-Jun-10, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03392-4
PMID:38858701
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研究论文 | 本研究综合分析了B7家族成员在乳腺癌中的表达及其对肿瘤免疫微环境的影响 | 首次阐明了B7-H5在乳腺癌免疫微环境中的重要作用，并提出其作为将肿瘤免疫状态从'免疫冷'转变为'免疫热'的开关 | 样本量较小，仅涉及来自一家医院的10名乳腺癌患者 | 研究B7家族成员在乳腺癌肿瘤免疫微环境中的作用 | 乳腺癌患者的B7家族分子及其与免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和多重免疫组化 (mIHC) | NA | RNA序列数据和组织样本 | 10名乳腺癌患者 |
| 11778 | 2024-08-05 |
Detection of novel PPP1R1B::STARD3 fusion transcript in acute myeloid leukemia: a case report
2024-Jun-05, Journal of medical case reports
IF:0.9Q3
DOI:10.1186/s13256-024-04536-w
PMID:38835078
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case report | 本文首次报告了急性髓性白血病患者中PPP1R1B::STARD3融合转录本的存在 | 首次发现PPP1R1B::STARD3融合转录本在急性髓性白血病中的作用 | 研究仅基于单一病例，缺乏大规模样本支持 | 探索PPP1R1B::STARD3融合转录本在急性髓性白血病中的存在及其可能机制 | 一名12岁男孩急性髓性白血病患者 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | RNA测序 | NA | 转录本 | 1 |
| 11779 | 2024-08-04 |
System analysis based on Anoikis-related genes identifies MAPK1 as a novel therapy target for osteosarcoma with neoadjuvant chemotherapy
2024-Jun-04, BMC musculoskeletal disorders
IF:2.2Q3
DOI:10.1186/s12891-024-07547-2
PMID:38835052
|
研究论文 | 该文章探讨了与Anoikis相关的基因，并确定MAPK1作为神经母细胞瘤的新治疗靶点 | 首创基于Anoikis相关基因的风险评分模型，并鉴定MAPK1作为新的治疗靶点 | 尚未探讨Anoikis在骨肉瘤中的具体机制 | 评估Anoikis相关基因对骨肉瘤患者预后的影响 | 研究对象为骨肉瘤患者，并针对其肿瘤微环境和药物敏感性进行分析 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞测序 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | NA |
| 11780 | 2024-08-05 |
Glucagon-like peptide 1 receptor is a T cell-negative costimulatory molecule
2024-Jun-04, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2024.05.001
PMID:38838642
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研究论文 | 本文研究了GLP-1R在T淋巴细胞免疫应答中的角色 | 发现GLP-1R作为T细胞的负共刺激分子，并且其信号通路可以延长异种移植物存活 | 目前仅在小鼠模型中进行测试，尚未在人类研究中验证 | 探讨GLP-1R在免疫应答中对T淋巴细胞的影响 | 主要针对在异移植过程中表达GLP-1R的T淋巴细胞进行研究 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |