单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11741	2024-08-05	Single-cell analysis of senescent epithelia reveals targetable mechanisms promoting fibrosis 2022-11-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.154124 PMID:36509292	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了促纤维化的可靶向机制。	首次使用单细胞RNA测序揭示了衰老上皮细胞在促进纤维化中的作用及其潜在的治疗靶点。	研究主要集中在小鼠模型，具体在人类疾病中的机制需要进一步验证。	探讨衰老细胞如何影响器官纤维化和修复的机制。	研究对象包括小鼠模型和人类的肾脏与肝脏疾病。	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	使用了2个小鼠模型及验证人类样本
11742	2024-08-05	Estimation of tumor cell total mRNA expression in 15 cancer types predicts disease progression 2022-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-022-01342-x PMID:35697807	研究论文	本文提出了一种从肿瘤样本中量化特定肿瘤总mRNA表达的方法	该研究开发了一种考虑转录物比例、纯度和倍性的新方法，以量化肿瘤特异性总mRNA表达	技术和分析挑战仍然存在，可能会影响大规模的全癌症总mRNA内容检查	研究总mRNA表达与肿瘤表型和临床结果之间的关系	6,590个患者肿瘤，涵盖15种癌症类型	数字病理学	NA	bulk sequencing	NA	转录组数据	6,590例患者肿瘤
11743	2024-08-05	LSD1/KDM1A and GFI1B repress endothelial fate and induce hematopoietic fate in induced pluripotent stem cell-derived hemogenic endotheliums 2024-Jul-04, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2024.285214 PMID:38961746	研究论文	本研究探讨了转录因子GFI1B及其共因子LSD1/KDM1A在胚胎内皮转化过程中的作用	揭示了LSD1/KDM1A和GFI1B在不同细胞亚群中的时间点功能对血液生成的影响	未能在未分化的HE细胞中检测到GFI1B的表达	理解诱导多能干细胞转化为血液生成细胞的机制	使用患者来源的iPSC线和健康的iPSC线进行对比研究	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多条患者来源的iPSC线和健康iPSC线
11744	2024-08-04	Spatial Dissection of the Immune Landscape of Solid Tumors to Advance Precision Medicine 2024-Jul-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0699 PMID:38657223	综述	本论文概述了在实体肿瘤中空间免疫景观的分析方法，以促进精准医疗。	介绍了空间转录组学和蛋白质组学的最新进展及其在肿瘤免疫细胞组成分析中的应用	未提及具体的研究限制	深入了解实体肿瘤的异质性免疫景观，以改善预后和治疗反应预测	重点研究实体肿瘤中的免疫细胞成分及其在肿瘤微环境中的角色	数字病理学	固体恶性肿瘤	空间多组学技术	NA	RNA和蛋白质数据	NA
11745	2024-08-04	Single-Cell RNA Sequencing: Technological Progress and Biomedical Application in Cancer Research 2024-Jul, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-023-00777-0 PMID:37322261	综述	本文总结了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术及其在癌症研究中的应用	强调了scRNA-seq在肿瘤异质性分析和个性化医学中的潜在应用	未提及具体的技术局限性	探讨单细胞RNA测序在癌症研究中的应用和技术进展	单细胞RNA测序技术及其对癌症和疾病的影响	数字病理学	肺癌	RNA-seq	NA	基因组数据	NA
11746	2024-08-04	Comprehensive investigation of malignant epithelial cell-related genes in clear cell renal cell carcinoma: development of a prognostic signature and exploration of tumor microenvironment interactions 2024-Jul-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05426-x PMID:38951896	研究论文	本文全面研究了透明细胞肾细胞癌中的恶性上皮细胞相关基因及其临床相关性	建立了一个预后模型MECRGS，并在多个队列中显示出优越的预测性能	未提及具体的样本来源和大小	探讨恶性上皮细胞相关基因在透明细胞肾细胞癌中的功能和临床相关性	透明细胞肾细胞癌中的219个恶性上皮细胞相关基因	数字病理	肾癌	单细胞测序	机器学习模型	基因组数据	NA
11747	2024-08-05	Single-cell analysis of Crohn's disease: Unveiling heterogeneity and evaluating ustekinumab outcomes 2024-Jul, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3715 PMID:38962887	研究论文	本研究旨在通过单细胞RNA测序揭示克罗恩病的细胞复杂性，识别关键细胞群体及其转录组特征	揭示了克罗恩病中八种不同细胞类型及其重要的成纤维细胞和T细胞相互作用，为疾病机制和治疗靶点提供了新见解	未提及具体的样本大小和长期疗效评估	探究克罗恩病的细胞组成及其与健康对照的差异	克罗恩病患者与健康对照者的细胞组成	数字病理学	克罗恩病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
11748	2024-08-05	Exploring the role of CD8+ T cells in clear renal cell carcinoma metastasis 2024-Jul, FEBS open bio IF:2.8Q3 DOI:10.1002/2211-5463.13819 PMID:38872260	研究论文	本研究探讨了CD8+ T细胞在透明细胞肾细胞癌转移中的作用	首次将CD8 T细胞根据其基因特征分类为四个亚群，并发现其与预后差相关	缺乏临床样本的直接验证	揭示透明细胞肾细胞癌转移中CD8 T细胞的功能和特征	透明细胞肾细胞癌中的CD8 T细胞亚群	数字病理学	肾癌	scRNA-seq	NA	基因组数据	NA
11749	2024-08-05	Combining single-cell and bulk RNA sequencing, NK cell marker genes reveal a prognostic and immune status in pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-07-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65917-1 PMID:38951569	研究论文	该研究探讨了NK细胞标记基因与胰腺导管腺癌患者的预后和免疫反应之间的关系	本研究首次通过构建NK细胞标记基因的签名预测胰腺癌患者的预后，并与免疫状态显示了强相关性	本研究的局限性在于样本主要依赖于公开数据库，可能存在选择偏倚	研究NK细胞在胰腺导管腺癌中的作用及其对患者预后的影响	研究胰腺导管腺癌患者中的NK细胞标记基因及其相关性	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和RNA测序	Cox分析	基因表达数据	纳入7个NK细胞标记基因，验证了6个GEO数据集的预测能力
11750	2024-08-04	Advances in single-cell long-read sequencing technologies 2024-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae047 PMID:38774511	综述	本文讨论了单细胞长读长测序技术的最新进展	提供了针对细胞复杂性来源的新见解，并强调了单细胞RNA异构体测序(scRiso-seq)的显著进展	主要集中在下游分析的实际考虑和操作挑战上	探讨单细胞测序技术在转录组和基因组研究中的应用	长读长测序技术在单细胞中的应用	数字病理学	NA	长读长测序	NA	RNA和DNA序列	NA
11751	2024-08-05	Determination of permissive and restraining cancer-associated fibroblast (DeCAF) subtypes 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594197 PMID:38798565	研究论文	本研究确定了与癌症相关的成纤维细胞亚型，特别是在胰腺导管腺癌中	开发了一个单样本分类器DeCAF，用于分类临床上限制性和允许性成纤维细胞亚型	虽然验证了DeCAF在多种肿瘤类型中的有效性，但对CAF亚型的临床相关性仍然不完全明确	研究与癌症相关的成纤维细胞亚型的临床相关性及其在多种肿瘤类型中的应用	不同肿瘤类型（如PDAC、间皮瘤、膀胱癌和肾细胞癌）中的CAF亚群体	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	分类器	转录组数据	19个独立的总体转录组数据集
11752	2024-08-04	scRNA-seq Reveals Novel Genetic Pathways and Sex Chromosome Regulation in Tribolium Spermatogenesis 2024-03-02, Genome biology and evolution IF:3.2Q2 DOI:10.1093/gbe/evae059 PMID:38513111	研究论文	该研究揭示了赤面粉甲虫中生殖细胞发生的新遗传通路和性染色体调控机制	首次展示了棉果科昆虫中生殖细胞发生的特异性标记和分子通路	研究主要集中在非模式生物，可能缺乏与已知编码分子的直接比较	探索赤面粉甲虫的生殖细胞发生过程及其分子基础	研究对象为赤面粉甲虫的成年雄性睾丸中的细胞群体	数字病理	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	成年雄性赤面粉甲虫的睾丸样本
11753	2024-08-05	Tyrosine Kinase Inhibition Activates Intratumoral γδ T Cells in Gastrointestinal Stromal Tumor 2024-01-03, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0061 PMID:37922405	研究论文	本研究探讨酪氨酸激酶抑制对胃肠道间质瘤中γδ T细胞的影响	发现酪氨酸激酶抑制能够进一步刺激肿瘤内γδ T细胞，并揭示其在免疫疗法中的潜在靶向作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的生物反应	探讨酪氨酸激酶抑制对胃肠道间质瘤中γδ T细胞的作用机制	使用转基因小鼠模型研究γδ T细胞及其在胃肠道间质瘤中的作用	数字病理学	胃肠道间质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	转基因小鼠模型	基因表达数据	包括转基因小鼠模型和新鲜人类胃肠道间质瘤标本
11754	2024-08-04	ENGEP: advancing spatial transcriptomics with accurate unmeasured gene expression prediction 2023-12-21, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03139-w PMID:38129866	研究论文	本研究介绍了ENGEP，这是一个基于集成学习的工具，用于在空间转录组数据中预测未测量的基因表达	ENGEP能够通过多个单细胞RNA测序数据集作为参考，准确预测未测量的基因表达，超越了当前的先进工具	本文未提及具体的限制	旨在提高空间转录组技术的基因表达预测能力	研究对象为空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	集成学习	转录组数据	多个单细胞RNA测序数据集
11755	2024-08-05	A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation 2023-12-14, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03120-7 PMID:38098113	研究论文	本文分析了不同T细胞群体在激活过程中的时间模式，以开发共识基因特征	本研究首次描述了不同T细胞群体的时间解析基因表达模式	研究未提及样本的具体来源和数量限制	本研究旨在识别和验证用于评估T细胞激活的生物标志物特征	研究对象为不同类型的激活T细胞	数字病理学	NA	NA	NA	基因表达数据	包括521个基因和最多10个不同时间点的激活样本
11756	2024-08-04	Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data 2023-11-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03099-1 PMID:37974276	研究论文	本文开发了一种可重复的准确的CyTOF数据模拟算法Cytomulate	Cytomulate在捕捉CyTOF数据特性和学习数据分布上优于现有方法	缺乏对现有分析工具的客观评估	为CyTOF数据的未来方法开发和评估提供基础	CyTOF数据及其分析方法	数字病理学	NA	CyTOF	NA	数据分布	NA
11757	2024-08-05	Autophagy contributes to homeostasis in esophageal epithelium where high autophagic vesicle content marks basal cells with limited proliferation and enhanced self-renewal potential 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558614 PMID:37781581	研究论文	本研究旨在定义自噬在食管上皮中的作用，特别是在稳态条件下。	揭示了高自噬小泡含量的食管基底细胞与有限的增殖能力和增强的自我更新潜力之间的关联。	本研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类生理状态。	探讨自噬在食管上皮稳态中的作用。	主要研究对象为食管基底细胞，特别是自噬小泡含量对其增殖和自我更新能力的影响。	数字病理学	食管疾病	RNA测序，电子显微镜，流式细胞术	NA	组织样本，RNA	使用了转基因小鼠及单细胞（sc）RNA测序分析
11758	2024-08-05	Sub-Cluster Identification through Semi-Supervised Optimization of Rare-Cell Silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing 2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad449 PMID:37498558	研究论文	本研究提出了SCISSORS框架，用于在单细胞RNA测序数据中识别稀有细胞类型的亚簇。	SCISSORS通过轮廓评分评估簇的异质性，并通过多步骤半监督重聚类过程揭示异质簇中的稀有细胞，提供了一种高特异性标记基因的识别方法。	本研究可能受到现有聚类方法的局限，尤其是在分析和参数选择上可能影响结果的稳定性。	研究的目的是通过改进的聚类方法来提升稀有细胞类型的识别能力。	研究对象为使用单细胞RNA测序技术获得的生物异质样本中的细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	半监督聚类	基因表达数据	数千到数百万个细胞
11759	2024-08-04	An information theoretic approach to detecting spatially varying genes 2023-06-26, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100507 PMID:37426750	研究论文	本文采用信息论方法检测空间变异基因的表达模式	提出了一种新的算法Maxspin，以提高空间转录组技术的准确性和可扩展性	未提及具体的局限性	识别具有空间变异表达模式的基因	肾细胞癌样本中的空间转录组数据	数字病理学	肾细胞癌	空间转录组技术	Maxspin	空间转录组数据	肾细胞癌样本的空间转录组数据
11760	2024-08-05	Intracellular pH dynamics regulates intestinal stem cell lineage specification 2023-06-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-39312-9 PMID:37353491	研究论文	本文报告了细胞内pH动态对成人干细胞谱系特征的调节作用	发现细胞内pH梯度在小鼠小肠隐窝中存在，并与干细胞谱系特征关联	实验主要基于小鼠模型，可能对人类的适用性存在局限性	探讨细胞内pH动态在成人干细胞谱系特征中的作用	小鼠小肠中的隐窝干细胞及其谱系特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA