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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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11721 | 2025-10-07 |
Single-cell protein activity analysis identifies recurrence-associated renal tumor macrophages
2021-05-27, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.038
PMID:34019793
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研究论文 | 通过单细胞蛋白活性分析鉴定与肾癌复发相关的肿瘤巨噬细胞亚群 | 首次应用VIPER算法量化单细胞蛋白活性,发现传统基因表达分析无法检测的TREM2/APOE/C1Q阳性巨噬细胞亚群与肾癌复发相关 | 研究基于治疗初期的肾癌切除样本,未涉及治疗后的肿瘤微环境变化 | 构建透明细胞肾癌肿瘤微环境图谱并鉴定预后相关细胞亚群 | 透明细胞肾癌患者的肿瘤和癌旁组织中的造血和非造血细胞亚群 | 单细胞生物学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 空间分辨定量多光谱免疫荧光 | VIPER算法 | 单细胞转录组数据, 蛋白活性数据, 影像数据 | 治疗初期肾癌切除样本的肿瘤和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11722 | 2025-10-07 |
Targeting In Vivo Metabolic Vulnerabilities of Th2 and Th17 Cells Reduces Airway Inflammation
2021-03-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2001029
PMID:33558372
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研究论文 | 本研究通过靶向Th2和Th17细胞的代谢脆弱性来减轻气道炎症 | 首次揭示Th2和Th17细胞在气道炎症中的代谢依赖性,并证明靶向葡萄糖和谷氨酰胺代谢可增强糖皮质激素疗效 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 探索Th2和Th17细胞的代谢特性及其在气道炎症中的作用 | 哮喘患者外周血T细胞、小鼠肺部T细胞 | 免疫代谢 | 哮喘 | 单细胞RNA测序、质谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据 | 哮喘患者和健康对照的外周血T细胞,两种小鼠气道炎症模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11723 | 2025-10-07 |
Recent advances in sarcoidosis genomics: epigenetics, gene expression, and gene by environment (G × E) interaction studies
2020-09, Current opinion in pulmonary medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/MCP.0000000000000719
PMID:32701681
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综述 | 本文综述了结节病基因组学的最新研究进展,包括表观遗传学、基因表达和基因-环境相互作用研究 | 识别了新的风险基因位点,应用机器学习技术提出药物重定位建议,首次开展表观基因组学研究 | 缺乏大规模多样化队列研究,需要更多先进测序方法和分析技术的应用 | 总结结节病基因组学最新发现并指出该领域的研究空白 | 结节病及其亚型(如世贸中心相关病例和眼结节病) | 基因组学 | 结节病 | 全外显子组测序,表观基因组学,基因表达分析,机器学习 | 机器学习 | 基因组数据,表观遗传数据,基因表达数据 | NA | NA | 全基因组测序,单细胞RNA测序,表观基因组学 | NA | NA |
11724 | 2025-01-15 |
Characterizing tertiary lymphoid structures associated single-cell atlas in breast cancer patients
2025-Jan-13, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03635-y
PMID:39806382
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,研究了乳腺癌患者中与三级淋巴结构(TLS)相关的区域,并识别了18种细胞类型及其相互作用 | 首次在单细胞水平上详细描述了乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和细胞间通讯,揭示了巨噬细胞在TLS中的谱系转变和特定T细胞与B细胞的强相互作用 | 研究主要依赖于高分辨率技术,可能受限于样本量和技术的覆盖范围 | 探索乳腺癌中TLS相关区域的细胞组成和功能,以增强对免疫治疗反应的理解 | 乳腺癌患者的TLS相关区域 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),空间转录组学(ST) | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 四个独立的乳腺癌数据集,包括一个来自10×Xenium平台的细胞级分辨率数据集和三个来自10×Visium平台的斑点级数据集 | NA | NA | NA | NA |
11725 | 2025-01-15 |
Rapid and quantitative functional interrogation of human enhancer variant activity in live mice
2025-Jan-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-55500-7
PMID:39762235
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研究论文 | 本文介绍了一种名为dual-enSERT的Cas9双色荧光报告系统,用于快速定量比较活体小鼠中增强子等位基因的活性 | 开发了dual-enSERT系统,能够在不到两周的时间内对活体小鼠中的增强子等位基因活性进行快速定量比较,并结合单细胞转录组学分析基因表达 | NA | 研究非编码变异在先天性障碍中的功能影响 | 增强子变异 | 基因功能分析 | 先天性障碍、自闭症谱系障碍、颅面畸形 | Cas9双色荧光报告系统、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 十五种未表征的罕见和常见非编码变异 | NA | NA | NA | NA |
11726 | 2025-01-15 |
CORTADO: Hill Climbing Optimization for Cell-Type Specific Marker Gene Discovery
2024-Dec-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.23.630040
PMID:39763976
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研究论文 | 本文介绍了一种基于爬山优化的计算框架CORTADO,用于高效发现细胞类型特异性标记基因 | CORTADO通过优化差异表达、基因表达谱的独特性和稀疏性,确保所选标记基因在保持生物学相关性的同时,唯一代表其所属的细胞群,相比传统方法具有更高的敏感性和特异性 | NA | 解决标记基因选择中的挑战,提高细胞类型特异性标记基因的发现效率和准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚群及其分子标记 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 爬山优化 | 单细胞RNA测序数据 | 多个数据集,包括DLPFC 151507数据集、Zeisel小鼠脑数据集和外周血单核细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
11727 | 2025-01-15 |
Mechanisms of HIF1A-mediated immune evasion in gastric cancer and the impact on therapy resistance
2024-10-10, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09917-x
PMID:39384651
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌中静止癌细胞(QCCs)通过HIF1A介导的免疫逃逸机制及其对治疗抵抗的影响 | 揭示了QCCs通过HIF1A介导的糖酵解相关基因上调来抵抗T细胞介导的免疫反应的分子机制,并展示了HIF1A沉默在增强免疫治疗效果方面的潜力 | 研究主要依赖于小鼠模型和体外实验,需要进一步在人类临床试验中验证这些发现 | 探索胃癌中QCCs的免疫抑制机制及其对免疫治疗抵抗的影响,以改进治疗策略 | 胃癌中的静止癌细胞(QCCs)及其与免疫细胞的相互作用 | 癌症研究 | 胃癌 | 基因编辑技术、转录组测序、单细胞测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据、细胞实验数据 | 未明确提及具体样本数量,但使用了小鼠模型和体外细胞实验 | NA | NA | NA | NA |
11728 | 2025-01-15 |
The role of GDF15 in attenuating noise-induced hidden hearing loss by alleviating oxidative stress
2024-09-18, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09912-2
PMID:39289208
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研究论文 | 本研究探讨了GDF15在减轻噪声引起的隐性听力损失(HHL)中的作用,通过缓解氧化应激来保护耳蜗 | 首次揭示了GDF15在HHL中的保护作用,并提出了针对GDF15的治疗策略 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中进行验证 | 研究GDF15在噪声引起的隐性听力损失中的作用 | 小鼠耳蜗 | 生物医学 | 听力损失 | 单细胞转录组分析 | 小鼠模型 | 转录组数据 | HHL小鼠的耳蜗细胞 | NA | NA | NA | NA |
11729 | 2025-01-15 |
Single-cell transcriptomics reveals antigen-presenting capacity and therapeutic resistance potential of immunomodulatory endothelial cells in colorectal cancer
2024-06, Immunity, inflammation and disease
DOI:10.1002/iid3.1311
PMID:38874280
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学揭示了结直肠癌中免疫调节内皮细胞的抗原呈递能力和治疗耐药潜力 | 首次聚焦于免疫调节内皮细胞(IMECs)在肿瘤免疫平衡调节中的作用及其对抗血管生成疗法(AATs)的影响 | 研究主要基于公开数据库的单细胞转录组数据,缺乏实验验证 | 探讨结直肠癌中免疫调节内皮细胞的功能及其对抗血管生成疗法的影响 | 结直肠癌中的免疫调节内皮细胞(IMECs) | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 基于公开数据库的结直肠癌样本 | NA | NA | NA | NA |
11730 | 2025-10-07 |
Single-cell analysis reveals insights into epithelial abnormalities in ovarian endometriosis
2024-03-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.113716
PMID:38412094
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析卵巢子宫内膜异位症中上皮细胞的异常变化 | 首次在单细胞水平揭示子宫内膜异位症中纤毛细胞比例增加及其抗凋亡机制,发现NNMT-FOXO1-BIM信号通路和HLA II类分子介导的慢性炎症新机制 | 样本量相对有限(34例),需要进一步功能验证实验确认分子机制 | 探究卵巢子宫内膜异位症的病理生理机制 | 34例个体的正常、在位和异位子宫内膜组织 | 单细胞组学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 34例个体,涵盖增殖期和分泌期子宫内膜 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 高精度单细胞RNA测序 |
11731 | 2025-01-15 |
Single-cell RNA-seq reveals keratinocyte and fibroblast heterogeneity and their crosstalk via epithelial-mesenchymal transition in psoriasis
2024-03-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06583-z
PMID:38472183
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了银屑病中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性及其通过上皮-间质转化的相互作用 | 首次在单细胞水平上揭示了银屑病皮肤中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性,并发现它们通过上皮-间质转化相互作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的验证仍需进一步研究 | 探索银屑病的发病机制,特别是角质形成细胞和成纤维细胞在其中的作用 | 银屑病模型小鼠和野生型小鼠的皮肤细胞 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 13个样本中的94,759个细胞 | NA | NA | NA | NA |
11732 | 2025-10-07 |
Gasdermin E promotes translocation of p65 and c-jun into nucleus in keratinocytes for progression of psoriatic skin inflammation
2024-03-01, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06545-5
PMID:38429278
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研究论文 | 本研究探讨了Gasdermin E在角质形成细胞中通过促进p65和c-jun核转位推动银屑病皮肤炎症进展的机制 | 首次揭示GSDME以不依赖细胞焦亡的方式通过促进p65和c-jun核转位参与银屑病发病机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,需要进一步临床验证 | 阐明角质形成细胞中GSDME在银屑病发病机制中的具体作用 | 银屑病患者皮肤样本、IMQ诱导的银屑病样皮炎小鼠模型、角质形成细胞 | 分子生物学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, GEO数据分析, 基因敲除 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | GEO数据集中的银屑病患者样本和IMQ诱导的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11733 | 2025-10-07 |
Endocardium gives rise to blood cells in zebrafish embryos
2024-02-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.113736
PMID:38308842
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研究论文 | 本研究通过斑马鱼胚胎模型证实心内膜能够产生血细胞 | 首次在斑马鱼胚胎中通过实时成像和谱系追踪证实心内膜来源的髓系细胞生成 | 研究仅针对斑马鱼胚胎模型,在哺乳动物中的保守性需要进一步验证 | 探究心内膜在造血过程中的贡献 | 斑马鱼胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序,实时成像,谱系追踪,表达分析 | NA | 基因表达数据,成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11734 | 2025-10-07 |
Spatiotemporal role of SETD2-H3K36me3 in murine pancreatic organogenesis
2024-02-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.113703
PMID:38265933
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研究论文 | 本研究通过多组学技术揭示了SETD2-H3K36me3在小鼠胰腺器官发生中的时空调控作用 | 首次系统阐明SETD2介导的H3K36me3修饰在胰腺发育过程中的动态变化及其对内外分泌谱系分化的调控机制 | 研究局限于小鼠模型,尚未在人类胰腺发育中验证 | 探究组蛋白修饰H3K36me3在胰腺器官发生中的调控作用 | 小鼠胚胎胰腺发育过程 | 表观遗传学 | 胰腺疾病 | CUT&Tag, ATAC-seq, bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组学数据,转录组数据,表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,染色质可及性测序,靶向切割标记技术 | NA | NA |
11735 | 2025-10-07 |
The single-cell transcriptome program of nodule development cellular lineages in Medicago truncatula
2024-02-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.113747
PMID:38329875
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了蒺藜苜蓿根瘤发育过程中细胞谱系的转录重编程机制 | 首次在蒺藜苜蓿中构建了根瘤发育的单细胞转录组图谱,鉴定了参与共生响应的表皮根毛和中柱亚细胞类型,并发现新的根瘤形成调控因子STYLISH 4 | 研究主要关注早期根瘤发育阶段,对成熟根瘤的功能研究相对有限 | 解析豆科植物与根瘤菌共生过程中根瘤发育的细胞类型特异性转录调控网络 | 蒺藜苜蓿野生型Jemalong A17及其超结瘤突变体sunn-4的根组织细胞 | 植物单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断,基因调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 野生型和突变体苜蓿根组织细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11736 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing of cervical exfoliated cells reveals potential biomarkers and cellular pathogenesis in cervical carcinogenesis
2024-02-12, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06522-y
PMID:38346944
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析宫颈脱落细胞,揭示宫颈癌发生过程中的潜在生物标志物和细胞发病机制 | 首次在单细胞分辨率下描绘宫颈癌发生过程中免疫细胞和上皮细胞的动态变化,鉴定出脂质相关巨噬细胞作为预测LSIL向HSIL进展的生物标志物 | 样本量相对有限(15个样本),需要在更大队列中验证研究结果 | 探索宫颈癌发生过程中的细胞异质性和潜在生物标志物 | 宫颈脱落细胞 | 单细胞测序 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序,免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 15个样本(包含正常宫颈、LSIL、HSIL和恶性肿瘤),56,173个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11737 | 2025-10-07 |
Rapid and Quantitative Functional Interrogation of Human Enhancer Variant Activity in Live Mice
2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.10.570890
PMID:38105996
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研究论文 | 开发了一种基于Cas9的双色荧光报告系统dual-enSERT,用于在活体小鼠中快速定量比较增强子等位基因活性 | 首次实现活体小鼠中增强子变体功能的快速定量分析,可在两周内完成从候选变异识别到胚胎活体分析的全流程 | 主要依赖小鼠模型,在人类疾病直接应用方面存在局限性 | 开发高效分析人类非编码变体功能的方法 | 与肢体多指症、自闭症和颅面畸形相关的增强子变体 | 功能基因组学 | 先天性畸形 | CRISPR-Cas9基因编辑,单细胞转录组测序 | 双色荧光报告系统 | 荧光成像数据,单细胞RNA测序数据 | 活体小鼠胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11738 | 2025-10-07 |
Identification of cancer-associated fibroblast subtypes and prognostic model development in breast cancer: role of the RUNX1/SDC1 axis in promoting invasion and metastasis
2025-01-03, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-024-09950-w
PMID:39753834
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别乳腺癌相关成纤维细胞亚型并开发预后模型,揭示RUNX1/SDC1轴促进乳腺癌侵袭转移的机制 | 首次系统鉴定CAF分子亚型并构建CAF相关预后模型,发现RUNX1转录调控SDC1促进细胞外基质重塑的新机制 | 未明确说明样本量及临床验证队列规模,机制研究缺乏体内实验验证 | 探索乳腺癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 乳腺癌组织和癌症相关成纤维细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 预后预测模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11739 | 2025-10-07 |
Genetic analysis uncovers potential mechanisms linking juvenile ldiopathic arthritisto breast cancer: A Bioinformatic Pilot study
2025-Jan, Cancer genetics
IF:1.4Q4
DOI:10.1016/j.cancergen.2024.09.004
PMID:39729926
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研究论文 | 通过生物信息学方法探索青少年特发性关节炎与乳腺癌风险的潜在关联机制 | 首次整合WGCNA、共识机器学习标记和单细胞RNA测序分析,识别出PRRG4等关键基因在JIA和乳腺癌中的共同作用 | 这是一项初步研究,样本量有限,需要进一步实验验证 | 研究青少年特发性关节炎对癌症风险的潜在影响机制 | 青少年特发性关节炎和乳腺癌相关的基因表达数据 | 生物信息学 | 青少年特发性关节炎,乳腺癌 | Bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, WGCNA, 机器学习 | 共识机器学习 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的批量测序数据及单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
11740 | 2025-10-07 |
Immune Dysregulation and Cellular Composition in Lichen Sclerosus Revealed by Integrative Epigenetic Analysis with Cell Type Deconvolution
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S481324
PMID:39802516
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研究论文 | 通过整合表观遗传分析和细胞类型反卷积揭示硬化性苔藓中的免疫失调和细胞组成变化 | 首次结合DNA甲基化和单细胞RNA测序分析硬化性苔藓,使用EpiSCORE反卷积方法识别细胞类型特异性变化 | 样本数量未明确说明,研究结果需要更大规模验证 | 探究硬化性苔藓的发病机制和潜在治疗靶点 | 硬化性苔藓患者与正常皮肤组织的比较 | 表观遗传学 | 皮肤炎症性疾病 | DNA甲基化测序, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | EpiSCORE反卷积模型 | 表观遗传数据, 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, DNA甲基化测序 | NA | NA |