单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 11701 - 11720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11701 | 2024-08-05 |
Assessing transcriptomic heterogeneity of single-cell RNASeq data by bulk-level gene expression data
2024-Jun-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05825-3
PMID:38867193
|
研究论文 | 本文提出了一种模型框架，整合了Bulk级别和单细胞RNA测序数据，以解决数据的不足之处。 | 提出了逆向去卷积的框架，同时采用了多种去卷积算法进行Bulk级别数据的分解。 | 研究中对于Bulk级别数据的混合系数未知，且对于零条目的入选标准需要进一步研究。 | 研究的目的是整合不同类型的转录组数据，以更全面地推断转录组异质性。 | 研究对象包括小鼠的单细胞RNASeq数据、自闭症谱系障碍和正常对照、大肠癌和低级别胶质瘤的数据。 | 数字病理学 | 乳腺癌、低级别胶质瘤、自闭症谱系障碍 | RNA测序 | 去卷积算法 | 基因表达数据 | 涉及五个数据集的验证 |
| 11702 | 2024-08-05 |
Linearly Amplified Single-Stranded RNA-Derived Transcriptome Sequencing (LAST-seq)
2024-Jun-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4998
PMID:38873015
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研究论文 | 本文开发了一种新方法LAST-seq，可以直接扩增原始的单链RNA，以提高RNA检测的灵敏度 | LAST-seq无需逆转录和第二链合成，提供高灵敏度的RNA检测，并降低单细胞转录组分析中的技术噪声 | 本文没有提及LAST-seq在临床应用或更大样本规模中的表现 | 研究单细胞转录组分析中RNA的检测灵敏度和转录爆发动力学 | 人类细胞中的转录爆发动力学 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 单细胞水平 |
| 11703 | 2024-08-04 |
Spatial transition tensor of single cells
2024-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02266-x
PMID:38755322
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法STT，用于表征单细胞的空间状态转变和动力学 | 引入空间转移张量，通过多尺度动态模型结合信使RNA剪接和空间转录组技术，能够捕获多种细胞状态和转变路径的动力学 | 尚未提及STT方法的具体局限性 | 研究单细胞转录组数据中空间状态转变的特征 | 使用转录组数据对不同细胞状态的动态及其相关基因进行重建 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 四维转移张量 | 转录组数据 | 多个转录组数据集 |
| 11704 | 2024-08-04 |
Anoikis and SPP1 in idiopathic pulmonary fibrosis: integrating bioinformatics, cell, and animal studies to explore prognostic biomarkers and PI3K/AKT signaling regulation
2024-Jun, Expert review of clinical immunology
IF:3.9Q2
DOI:10.1080/1744666X.2024.2315218
PMID:38318669
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研究论文 | 本研究探讨了在特发性肺纤维化中anoikis的相关性，并识别相关的生物标志物和信号通路 | 揭示了与anoikis相关的两种亚型并建立了预后签名，强调了SPP1作为PI3K/AKT信号通路的关键调节因子 | 研究限制在于样本量和受试者的多样性可能影响结果的普遍适用性 | 探讨anoikis在特发性肺纤维化中的相关性及其预后生物标志物的识别 | 特发性肺纤维化患者及其相关的生物标志物和信号通路 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞测序，Lasso回归，多变量Cox回归 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11705 | 2024-08-05 |
Single-cell proteomics by mass spectrometry: Advances and implications in cancer research
2024-Jun, Proteomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1002/pmic.202300210
PMID:38727198
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review | 此综述总结了质谱法单细胞蛋白组学在癌症研究中的应用 | 介绍了质谱法单细胞蛋白组学技术的最新进展和应用前景 | 未具体提到该研究的局限性 | 总结单细胞蛋白组学在癌症研究中的应用和技术进步 | 单细胞蛋白组学及其在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 质谱法 | NA | NA | NA |
| 11706 | 2024-08-05 |
Unveiling blood pressure-associated genes in aortic cells through integrative analysis of GWAS and RNA modification-associated variants
2024-Jun, Chronic diseases and translational medicine
DOI:10.1002/cdt3.124
PMID:38872756
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研究论文 | 本研究通过GWAS和RNA修饰相关的单核苷酸多态性（RNAm-SNPs）阐明了与血压（BP）相关的主动脉功能基因。 | 本研究识别了355个与m6A及其他RNA修饰相关的RNAm-SNPs，并强调m6A在影响血压的生理过程中的潜在功能相关性。 | 本研究主要集中在主动脉细胞，可能未能涵盖其他类型细胞中的相关基因功能。 | 阐明与主动脉中血压相关的潜在功能基因。 | 对来自UK Biobank和国际血压联盟的757,601个个体的遗传数据进行分析。 | 数字病理学 | 主动脉夹层 | RNA修饰相关单核苷酸多态性（RNAm-SNPs） | 无 | 基因组数据 | 757,601个个体 |
| 11707 | 2024-08-05 |
Therapeutic Inducers of Natural Killer cell Killing (ThINKK): preclinical assessment of safety and efficacy in allogeneic hematopoietic stem cell transplant settings
2024-May-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-008435
PMID:38754915
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研究论文 | 该研究评估了自然杀伤（NK）细胞杀伤的治疗诱导剂（ThINKK）在异基因造血干细胞移植中的安全性和有效性 | 本研究首次展示了ThINKK细胞具有产量型I干扰素的特性，并且在异基因T细胞激活能力较低 | 未明确指出研究的限制 | 本研究旨在改善异基因HSCT后早期的移植物抗白血病效应 | 该研究的对象为从造血干细胞扩增和分化而来的ThINKK细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序和流式细胞术 | 人类小鼠异种移植模型 | 细胞数据 | NA |
| 11708 | 2024-08-04 |
[Mechanism of Fuzheng Huayu Tablets against hepatic fibrosis based on transcriptome and single-cell sequencing]
2024-May, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica
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研究论文 | 本研究探讨了复正化瘤片(FZHY)在肝纤维化治疗中巨噬细胞极化的作用 | 识别出与肝纤维化巨噬细胞极化相关的26个潜在基因，并筛选出10个核心蛋白 | 未提及具体的局限性 | 研究FZHY在肝纤维化治疗中的机制 | 主要研究肝纤维化相关的巨噬细胞及其极化 | 数字病理学 | 肝纤维化 | 单细胞测序、转录组测序 | 小鼠模型 | 基因组数据 | 小鼠模型的具体样本数量未提及 |
| 11709 | 2024-08-05 |
Reanalysis of single-cell RNA sequencing data does not support herpes simplex virus 1 latency in non-neuronal ganglionic cells in mice
2024-Apr-16, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01858-23
PMID:38445887
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研究论文 | 本研究重新分析了单细胞RNA测序数据，未能支持小鼠非神经节细胞中的疱疹病毒1型潜伏状态 | 提出了原有结论的几项方法论缺陷，挑战了HSV-1可以在免疫细胞中建立潜伏的现有观点 | 使用的方法导致了神经元的严重破坏，干扰了数据的分析 | 研究疱疹病毒1型在小鼠非神经节细胞中是否存在潜伏状态 | 小鼠的免疫细胞和神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 11710 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing reveals Hippo signaling as a driver of fibrosis in hidradenitis suppurativa
2024-Feb-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI169225
PMID:38051587
|
研究论文 | 这篇文章整合了单细胞RNA测序、空间转录组学和免疫染色，为慢性脓肿性皮肤病的发病机制提供了前所未有的视角 | 首次揭示了Hippo信号通路在脓肿性皮肤病纤维化中的核心作用 | 尚未明确临床验证和实际应用的效果 | 研究脓肿性皮肤病的发病机制及其纤维化反应 | 主要关注脓肿性皮肤病中的细胞参与者及其相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 11711 | 2024-08-05 |
Epigenetic and transcriptional responses in circulating leukocytes are associated with future decompensation during SARS-CoV-2 infection
2024-Jan-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108288
PMID:38179063
|
研究论文 | 本研究探讨了SARS-CoV-2感染期间循环白血球的表观遗传和转录反应与未来失代偿之间的关联 | 该研究首次将单细胞RNA测序和单细胞可接近染色质测定结合，用于识别COVID-19患者中即将失代偿的早期免疫失调 | 该研究的样本主要来自住院患者，可能不适用于轻症病例 | 研究SARS-CoV-2感染期间即将失代偿的宿主反应元素 | 招募了因COVID-19住院的被试，他们在入院时的疾病严重程度和合并症相匹配 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq和scATAC-seq | NA | 单细胞基因组数据 | NA |
| 11712 | 2024-08-04 |
A deep learning method for classification of HNSCC and HPV patients using single-cell transcriptomics
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1395721
PMID:38872916
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研究论文 | 本研究开发了一种使用单细胞转录组学对HNSCC和正常样本进行分类的深度学习方法 | 提出了一种新颖的模型来区分HNSCC样本和正常样本，并将HNSCC样本分为HPV阳性和HPV阴性类别 | 只有20个HNSCC原发癌样本，样本量较小可能影响结果的泛化性 | 旨在通过机器学习和深度学习技术提高HNSCC的早期检测能力 | 研究对象为HNSCC样本和正常组织样本 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞转录组学 | 人工神经网络 | 基因数据 | 20个HNSCC原发癌样本和9个正常组织样本 |
| 11713 | 2024-08-04 |
Unlocking ovarian cancer heterogeneity: advancing immunotherapy through single-cell transcriptomics
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1388663
PMID:38873253
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综述 | 本文讨论了利用单细胞转录组学解析卵巢癌异质性以提高免疫疗法效果 | 探索单细胞测序技术在卵巢癌免疫细胞群体和肿瘤微环境中的应用以解决异质性问题 | 当前研究可能未能全面覆盖卵巢癌的所有形态学组和其免疫逃逸机制 | 旨在理解卵巢癌的异质性及其对免疫治疗的影响 | 主要研究卵巢癌及其相关免疫细胞和微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 11714 | 2024-08-05 |
Identification of novel biomarkers related to neutrophilic inflammation in COPD
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1410158
PMID:38873611
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研究论文 | 本研究旨在通过生物信息学预测和实验验证识别与COPD中中性粒细胞炎症相关的新型中心基因 | 发现了9个与COPD相关的新型中心基因，并确定了其中两个基因为 COPD 的风险因素 | 数据分析依赖于现有的数据库和特定的样本，可能不完全代表所有COPD患者的特征 | 识别与慢性阻塞性肺病（COPD）中中性粒细胞炎症相关的新型生物标志物 | 本研究的研究对象是COPD患者的细胞和基因组数据 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq） | 无 | 基因表达数据 | 在COPD患者和对照组中使用了临床样本和公共数据库数据 |
| 11715 | 2024-08-05 |
Systematic Analysis of Tumor Stem Cell-related Gene Characteristics to Predict the PD-L1 Immunotherapy and Prognosis of Gastric Cancer
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究开发了一种与肿瘤干性相关的基因预后模型，用于评估胃癌患者的预后和免疫治疗反应性 | 提出了一种基于9个基因的干性标志物，以进行胃癌预后的准确预测 | 本研究局限于单细胞RNA测序数据，可能未全面涵盖所有相关的生物标志物 | 开发一种基于干性相关基因的预后模型，评估胃癌的预后和免疫治疗反应性 | 胃癌患者的肿瘤干性相关基因 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 预后模型 | 基因表达数据 | 使用了GEO数据库中的胃癌患者数据 |
| 11716 | 2024-08-04 |
Immune profiling of murine cardiac leukocytes identifies triggering receptor expressed on myeloid cells 2 as a novel mediator of hypertensive heart failure
2023-10-24, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvad093
PMID:37314125
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研究论文 | 本文探讨了小鼠模型中Trem2在高血压性心力衰竭中的新型介导作用 | 发现Trem2在高血压性心力衰竭中的心脏保护作用，并表明其在心脏免疫细胞中的调控 | 尚未确定Trem2在高血压性心力衰竭具体机制的详细信息 | 研究心脏免疫细胞在HFpEF中的改变及其潜在的治疗策略 | 高血压性心力衰竭小鼠模型及其心脏免疫细胞 | 数字病理学 | 心力衰竭 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用小鼠模型进行实验 |
| 11717 | 2024-08-04 |
MuDCoD: multi-subject community detection in personalized dynamic gene networks from single-cell RNA sequencing
2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad592
PMID:37740957
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研究论文 | 本文提出MuDCoD算法用于在个性化动态基因网络中进行多主体社区检测 | 本研究开发了MuDCoD，通过谱聚类框架促进不同主体及时间点网络之间的信息共享 | 暂无明显的研究限制信息 | 研究如何利用scRNA-seq数据在基因共表达网络水平上进行个性化动态社区检测 | 个性化动态基因网络中的基因簇和社区 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 谱聚类 | 基因表达数据 | 涉及多名个体的群体规模单细胞RNA-seq数据集 |
| 11718 | 2024-08-05 |
Gene signature from cutaneous autoimmune diseases provides potential immunotherapy-relevant biomarkers in melanoma
2023-09-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-42238-3
PMID:37700026
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研究论文 | 本研究探讨了自身免疫性皮肤病中T细胞基因特征在黑色素瘤免疫治疗中的应用潜力 | 提出了自身免疫性皮肤病的基因特征可以作为预测黑色素瘤免疫治疗反应的生物标志物 | 研究可能限制于特定类型的自身免疫性皮肤病，样本数量和多样性尚需进一步验证 | 探讨自身免疫性皮肤病的免疫细胞在黑色素瘤免疫治疗中的有效性 | 自身免疫性皮肤病（系统性红斑狼疮、特应性皮炎、银屑病）中的T细胞基因特征 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自多种自身免疫性皮肤病的样本，具体数量未在摘要中明确 |
| 11719 | 2024-08-05 |
Reanalysis of single-cell RNA sequencing data does not support herpes simplex virus 1 latency in non-neuronal ganglionic cells in mice
2023-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.17.549345
PMID:37503290
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研究论文 | 本文重新分析了单细胞RNA测序数据，未能支持小鼠非神经节细胞中存在单纯疱疹病毒1型的潜伏感染。 | 研究证明了在小鼠模型中，数据分析的不准确性导致了对潜伏病毒存在的错误结论。 | 该研究依赖于现有数据，未能提供新的实验数据。 | 重新分析与单纯疱疹病毒潜伏感染相关的RNA测序数据。 | 小鼠模型中的非神经节细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | RNA测序数据 | NA |
| 11720 | 2024-08-07 |
Chemoenzymatic Measurement of LacNAc in Single-Cell Multiomics Reveals It as a Cell-Surface Indicator of Glycolytic Activity of CD8+ T Cells
2023-06-14, Journal of the American Chemical Society
IF:14.4Q1
DOI:10.1021/jacs.3c02602
PMID:37276352
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研究论文 | 本文报道了一种化学酶法用于单细胞水平检测N-乙酰乳糖胺（LacNAc），并通过特定DNA条形码标记LacNAc，揭示了其在CD8+ T细胞中的糖酵解活性指示作用。 | 开发了一种新的化学酶法用于单细胞水平的LacNAc检测，该方法与多种单细胞RNA测序平台兼容，并能与TCR序列和细胞表面表位信息（如scTCR和CITE-seq）结合进行多组学分析。 | NA | 研究单细胞水平上LacNAc作为CD8+ T细胞糖酵解活性指示的生物学作用。 | CD8+ T细胞的糖酵解活性和LacNAc水平。 | 生物化学 | NA | 化学酶法 | NA | 单细胞RNA测序 | 未具体说明样本数量 |