单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27585 篇文献，本页显示第 11681 - 11700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11681 | 2024-08-05 |
Elevated type I IFN signalling directly affects CD8+ T-cell distribution and autoantigen recognition of the skeletal muscles in active JDM patients
2024-Jun, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2024.103232
PMID:38692172
|
研究论文 | 这项研究探讨了I型干扰素信号对活跃型青少年皮肌炎患者CD8 T细胞的影响 | 本研究首次揭示了I型干扰素信号在活跃型青少年皮肌炎患者CD8 T细胞分化和功能中的重要作用 | 该研究的样本量较小，且主要集中于特定患者群体 | 探讨I型干扰素信号如何影响活跃型青少年皮肌炎患者的CD8 T细胞与肌肉损伤 | 涉及6名活跃型青少年皮肌炎患者及对照组 | 数字病理学 | 青少年皮肌炎 | 流式细胞术, RT-PCR, scRNA-seq | NA | 细胞, 组织活检 | 12名青少年皮肌炎患者及3名健康儿童对照 |
| 11682 | 2024-08-05 |
Comprehensive analysis and prediction model of mitophagy and ferroptosis in primary immune thrombocytopenia
2024-Jun, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19489
PMID:38665119
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研究论文 | 本研究对原发性免疫性血小板减少症（ITP）中线粒体自噬和铁死亡的关系进行了综合分析和预测模型构建 | 提出了四个与ITP相关的新生物标志物，并探索了它们在疾病发病机制中的作用 | 未能深入探讨其他潜在的发病机制以及生物标志物的临床应用 | 识别ITP的新生物标志物并探究线粒体自噬与铁死亡在ITP发生机制中的作用 | 主要关注ITP患者中的关键基因及其表达和功能 | 数字病理学 | 原发性免疫性血小板减少症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、基因集富集分析等 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11683 | 2024-08-05 |
A 4-gene prognostic index for enhancing acute myeloid leukaemia survival prediction
2024-Jun, British journal of haematology
IF:5.1Q1
DOI:10.1111/bjh.19472
PMID:38651345
|
研究论文 | 本研究提出了一种由4个基因组成的预后指标，以增强急性髓性白血病的生存预测 | 首次发现将CYP2E1、DHCR7、IL2RA和SQLE组合成的4基因预后指数能够有效分层急性髓性白血病患者的风险 | 研究主要集中在非急性前髓细胞白血病化疗治疗的患者上，可能限制了其推广至其他类型的急性髓性白血病患者 | 提高急性髓性白血病患者的生存预测准确性 | 经过化疗治疗的急性髓性白血病患者的转录组 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 实时定量聚合酶链反应 | NA | 转录组 | 975个样本用于模型开发和671个样本用于验证 |
| 11684 | 2024-08-05 |
Integrated multiomics implicates dysregulation of ECM and cell adhesion pathways as drivers of severe COVID-associated kidney injury
2024-Mar-19, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.03.18.24304401
PMID:38562892
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研究论文 | 本研究探讨了导致严重COVID相关肾损伤的机制，结合深度尿液蛋白组学和机器学习进行分析 | 通过整合多种组学数据，揭示了细胞外基质及细胞黏附通路在严重COVID肾损伤中的独特影响 | 研究样本及机制分析的复杂性可能限制了结果的普遍适用性 | 旨在理解严重COVID相关肾损伤的机制 | 住院COVID-19患者的尿液样本与肾小管细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 深度蛋白组学, 单细胞RNA测序 | 随机森林算法 | 尿液蛋白质, 血浆蛋白质, 单细胞RNA测序 | 多个中心住院COVID-19患者的尿液样本 |
| 11685 | 2024-08-05 |
Cross-Omic Transcription Factor Analysis: An Insight on Transcription Factor Accessibility and Expression Correlation
2024-02-21, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15030268
PMID:38540327
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研究论文 | 本文探讨了不同功能基因组区域内转录因子的表达与模体信息之间的相关性 | 提出了对基因活动矩阵（GAM）和基因组注释基因活动矩阵（GAGAM）贡献的元分析，并探讨了转录因子的动态 | 对可及区域如何影响基因表达的概念缺乏明确的定义 | 研究转录因子表达与转录因子在不同细胞类型中的动态如何相关 | 不同功能基因组区域内的转录因子 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 11686 | 2024-08-04 |
LIMD2 is the Signature of Cell Aging-immune/Inflammation in Acute Myocardial Infarction
2024, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 这项研究确定了LIMD2作为急性心肌梗死中的细胞老化-免疫/炎症相关中心基因 | 首次探讨了急性心肌梗死中细胞老化-免疫/炎症的标志物 | 该研究可能存在样本选择的局限性以及未涵盖所有相关基因 | 探索急性心肌梗死中细胞老化与免疫/炎症之间的关系 | 急性心肌梗死患者中的细胞亚群和相关基因 | 心血管疾病 | 心肌梗死 | miRNA测序, mRNA测序, 单细胞测序 | NA | 基因数据 | 基于GEO数据库的多组数据 |
| 11687 | 2024-08-05 |
Distinct cuproptosis patterns in hepatocellular carcinoma patients correlate with unique immune microenvironment characteristics and cell-cell communication, contributing to varied overall survival outcomes
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1379690
PMID:38868777
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研究论文 | 本研究探讨了与肝细胞癌相关的杯死亡模式与免疫微环境特征的关系 | 首次揭示了杯死亡在肝细胞癌预后中的作用及其对肿瘤微环境的影响 | 研究的样本主要来自TCGA和GEO数据库，可能存在数据偏倚 | 探索细胞杯死亡与肝细胞癌免疫微环境之间的关系 | 主要研究对象为肝细胞癌患者及其免疫微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO Cox回归分析 | 基因表达数据 | 使用TCGA和GEO数据库的数据，具体样本量未说明 |
| 11688 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals different chondrocyte states in femoral cartilage between osteoarthritis and healthy individuals
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1407679
PMID:38868774
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了骨关节炎患者与健康个体之间股骨软骨中软骨细胞的不同状态 | 文章筛选出两个新的软骨细胞亚型，并提出了对每个亚型的创新分类 | 研究未提及样本的地理来源和临床特征 | 研究软骨细胞在骨关节炎进展和软骨再生中的不同作用 | 健康及骨关节炎患者的股骨软骨细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 共包含75,104个细胞 |
| 11689 | 2024-08-05 |
Molecular heterogeneity of quiescent melanocyte stem cells revealed by single-cell RNA-sequencing
2023-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.19.571712
PMID:38187565
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了休眠黑素细胞干细胞的分子异质性 | 确认了休眠黑素细胞干细胞亚群的分子特征，并鉴定了新的亚群 | 研究可能受限于小鼠模型的生物限制 | 研究黑素细胞干细胞的转录组特征及其异质性 | 成人女性C57BL/6J小鼠的休眠黑素细胞干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从小鼠皮肤中分离KIT+/CD45-细胞的样本 |
| 11690 | 2024-08-04 |
SGCAST: symmetric graph convolutional auto-encoder for scalable and accurate study of spatial transcriptomics
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad490
PMID:38171928
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研究论文 | 本文开发了SGCAST，一个高效的自编码器框架，用于识别空间域 | SGCAST采用对称图卷积自编码器，通过整合基因表达相似性和空间点接近性来学习聚合的潜在嵌入 | NA | 研究空间转录组学中的空间域识别与分析 | 空间转录组学数据与图卷积自编码器模型 | 计算机视觉 | NA | 自编码器 | 对称图卷积自编码器 | 转录组学数据 | 多个平台的不同比例的ST数据集 |
| 11691 | 2024-08-05 |
scFed: federated learning for cell type classification with scRNA-seq
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad507
PMID:38221903
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的统一联邦学习框架scFed，以实现细胞类型分类 | 提出scFed框架，允许在不违反数据隐私的情况下基准四种分类算法 | Transformer模型在scFed框架中的性能稍逊于专门的单细胞模型，并且存在显著的时间复杂性问题 | 探讨如何在保护数据隐私的情况下进行高效的细胞识别 | 使用不同大小、物种和技术的八个公开可用的scRNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | Transformer, 单细胞特定模型 | 数据集 | 八个公开可用的scRNA-seq数据集 |
| 11692 | 2024-08-05 |
GTAD: a graph-based approach for cell spatial composition inference from integrated scRNA-seq and ST-seq data
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad469
PMID:38127088
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研究论文 | 提出GTAD方法，通过图注意力网络从整合的scRNA-seq和ST-seq数据中推断细胞空间组成 | GTAD利用图结构和图注意力网络改善细胞空间关系和形态结构的捕捉 | 未提及具体的限制 | 旨在通过联合分析scRNA-seq和ST-seq数据，精确识别组织中的细胞空间组成 | 研究对象为小鼠大脑皮层、小脑、人类发育心脏和胰腺导管癌中的细胞 | 数字病理学 | 胰腺导管癌 | scRNA-seq和ST-seq | 图注意力网络 | 整合的基因表达数据 | 未提及具体的样本数量 |
| 11693 | 2024-08-05 |
Unraveling Neuronal Identities Using SIMS: A Deep Learning Label Transfer Tool for Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.28.529615
PMID:36909548
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞RNA测序分析的深度学习标签转移工具SIMS | 提出了一种高效的数据驱动的机器学习管道SIMS，用于单细胞数据的离散分类，并在复杂数据集中展现出更好的性能 | 未提及具体的局限性 | 开发一种新方法来准确注释复杂的单细胞RNA数据集 | 主要研究成人大脑皮层、海马以及发育中的大脑细胞的分类 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞数据 | 涉及不同多能干细胞系来源的人类皮层类器官及复杂脑组织的单细胞数据集 |
| 11694 | 2024-08-05 |
Inferring therapeutic vulnerability within tumors through integration of pan-cancer cell line and single-cell transcriptomic profiles
2023-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564598
PMID:37961545
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研究论文 | 该文章提出了一种计算框架scIDUC，用于通过整合单细胞转录组数据和全癌种细胞系筛选数据来预测肿瘤内的治疗脆弱性 | 文章创新性地结合了单细胞转录组数据和丰富的细胞系筛选数据，以单细胞为基础预测治疗效果 | 该研究的局限性在于可能未涵盖所有肿瘤亚型和微环境影响的复杂性 | 研究旨在提升对肿瘤异质性的理解，进而改善针对性治疗策略 | 研究对象为不同肿瘤类型的单细胞和细胞系，包括横纹肌肉瘤、胰腺导管腺癌和去势抵抗前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 包含多个细胞亚群，以及特定疾病的细胞系 |
| 11695 | 2024-08-05 |
Mapping pediatric brain tumors to their origins in the developing cerebellum
2023-10-03, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad124
PMID:37534924
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研究论文 | 本研究揭示了三种最常见儿童脑肿瘤的细胞起源 | 通过使用人类发育小脑地图，揭示了儿童脑肿瘤的细胞起源，提供了新的治疗靶点 | 由于仅使用正常发育人类小脑作为参考，可能无法覆盖所有变异情况 | 理解儿童脑肿瘤的起源，以识别潜在的肿瘤特异性疗法 | 主要研究三种儿童脑肿瘤：室管膜瘤、毛细胞星形胶质瘤和小脑神经母细胞瘤 | 数字病理学 | NA | 基因组变异分析，相关性分析，单细胞匹配技术 | NA | 转录组数据 | 使用了4416个肿瘤数据集，包括批量和单细胞转录组数据 |
| 11696 | 2024-08-05 |
An integrated genomic approach identifies follistatin as a target of the p63-epidermal growth factor receptor oncogenic network in head and neck squamous cell carcinoma
2023-Sep, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcad038
PMID:37492374
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研究论文 | 这篇文章通过整合基因组分析确定了follistatin作为头颈部鳞状细胞癌中p63-表皮生长因子受体肿瘤网络的靶点 | 揭示了follistatin作为p63的直接转录靶标，并且其表达还受到EGFR信号的驱动 | 尚未详细阐明这些致癌基因及其下游靶点介导肿瘤进展的具体机制 | 识别与头颈部鳞状细胞癌相关的p63肿瘤相关转录靶点 | 来自HNSCC患者的转录组数据以及代表性细胞系模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 多个转录组数据集，具体样本数未提供 |
| 11697 | 2024-08-04 |
APOL1 kidney risk variants in glomerular diseases modeled in transgenic mice
2023-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.27.534273
PMID:37090576
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研究论文 | 本文研究了携带APOL1肾脏风险变异的小鼠模型中肾小管病的特征 | 研究提出了两种小鼠模型，以展示APOL1-G1等位基因在肾小管疾病中的作用，并发现了潜在的新的肾小管损伤标记 | 缺乏在人类模型中的直接验证和对比 | 探讨APOL1基因变异对不同小鼠模型中肾脏疾病的影响 | 研究对象是HIV相关肾病（HIVAN）小鼠模型和接收到干扰素-γ的APOL1转基因小鼠 | 数字病理 | 肾脏疾病 | RNA测序 | 转基因小鼠 | RNA序列 | 不同类型的转基因小鼠样本（具体数量未提及） |
| 11698 | 2024-08-04 |
Resveratrol attenuates staphylococcal enterotoxin B-activated immune cell metabolism via upregulation of miR-100 and suppression of mTOR signaling pathway
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1106733
PMID:36909201
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研究论文 | 该研究探讨了白藜芦醇如何通过上调miR-100和抑制mTOR信号通路减轻金黄色葡萄球菌肠毒素B激活的免疫细胞的代谢。 | 发现miR-100在RES处理的肺单核细胞中的上调以及其对mTOR的靶向作用。 | 该研究主要在小鼠模型中进行，可能不完全适用于人类。 | 研究白藜芦醇对金黄色葡萄球菌肠毒素B引发的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）免疫细胞代谢的影响。 | 处理了小鼠模型以研究RES对金黄色葡萄球菌肠毒素B激活的免疫细胞的影响。 | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 小鼠模型，样本数量未具体说明 |
| 11699 | 2024-08-05 |
AhR Activation Leads to Attenuation of Murine Autoimmune Hepatitis: Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Unique Immune Cell Phenotypes and Gene Expression Changes in the Liver
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.899609
PMID:35720411
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研究论文 | 本研究探讨了芳香烃受体（AhR）激活如何通过单细胞RNA测序分析减少小鼠自身免疫性肝炎中的免疫细胞炎症。 | 本文创新性地揭示了AhR激活导致小鼠自身免疫性肝炎中免疫细胞表型和基因表达的变化。 | 研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全反映人类的复杂免疫反应。 | 探讨AhR激活在小鼠自身免疫性肝炎中的作用机制。 | 小鼠模型及其肝脏中的免疫细胞。 | 数字病理学 | 自身免疫性肝炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11700 | 2024-08-07 |
High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell
2019-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0290-0
PMID:31611697
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SNARE-seq的方法，能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性 | SNARE-seq方法能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性，实现了转录调控与其输出结果的直接匹配 | NA | 开发一种能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性的方法 | 新生和成年小鼠大脑皮层的细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 新生小鼠大脑皮层5,081个细胞，成年小鼠大脑皮层10,309个细胞 |