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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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11601 | 2024-12-11 |
Improved tool for scRNA-seq analysis
2024-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02040-x
PMID:39653731
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
11602 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics elucidates medulla niche supporting germinal center response in myasthenia gravis-associated thymoma
2024-09-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114677
PMID:39180749
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研究论文 | 通过空间转录组学分析揭示重症肌无力相关胸腺瘤中支持生发中心反应的髓质微环境特征 | 首次利用空间转录组技术系统描绘胸腺瘤中髓质区域的特殊微环境,发现MG特异性生发中心结构与神经肌肉髓质胸腺上皮细胞的定位特征 | 样本量有限,主要聚焦胸腺瘤和胸腺增生样本,需要更大规模研究验证 | 阐明重症肌无力在胸腺中的病理机制 | 胸腺瘤和胸腺增生样本 | 空间转录组学 | 重症肌无力 | 空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
11603 | 2025-10-07 |
Regulatory mechanisms orchestrating cellular diversity of Cd36+ olfactory sensory neurons revealed by scRNA-seq and scATAC-seq analysis
2024-09-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114671
PMID:39215999
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析揭示Cd36+嗅觉感觉神经元细胞多样性的调控机制 | 首次发现Cd36+/-嗅觉感觉神经元的分化差异发生在未成熟阶段,并鉴定出Mef2a和Hdac9作为发育分岔的重要调控因子 | NA | 揭示嗅觉系统中细胞多样性的调控机制 | Cd36+和Cd36-嗅觉感觉神经元 | 单细胞组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
11604 | 2025-10-07 |
DCX knockout ferret reveals a neurogenic mechanism in cortical development
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114508
PMID:39018244
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研究论文 | 本研究通过建立DCX基因敲除雪貂模型,揭示了无脑回畸形皮质发育的神经发生机制 | 首次建立DCX基因敲除雪貂模型,准确再现人类无脑回畸形表型,并利用单核RNA测序和空间转录组学绘制了无脑回皮质图谱 | 未明确说明样本规模和模型验证的局限性 | 探究无脑回畸形的细胞和分子机制,以及DCX在皮质发育中的作用 | DCX基因敲除雪貂模型及其脑组织 | 神经科学 | 无脑回畸形 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 基因敲除 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
11605 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals dynamics of gene expression for 2D elongation and 3D growth in Physcomitrium patens
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114524
PMID:39046878
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小立碗藓从2D伸长到3D生长过程中基因表达的动态变化 | 首次在单细胞分辨率下系统分析苔藓植物2D向3D生长转变的细胞异质性和分子特征 | 研究仅针对小立碗藓,结果在其他植物中的普适性有待验证 | 探究植物从2D向3D生长转变的分子机制和细胞异质性 | 小立碗藓(Physcomitrium patens)的所有主要营养组织 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析、加权基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 超过17,000个单细胞,涵盖2D丝状体(叶绿丝和茎丝)和3D结构(芽和配子体) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11606 | 2025-10-07 |
Transcriptional noise, gene activation, and roles of SAGA and Mediator Tail measured using nucleotide recoding single-cell RNA-seq
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114593
PMID:39102335
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研究论文 | 开发了一种时间分辨的新生单细胞RNA测序方法,用于测量酿酒酵母中基因特异性转录噪声和活跃基因比例 | 首次使用时间分辨的新生单细胞RNA测序方法量化转录噪声和基因激活状态,揭示了SAGA和Mediator Tail在调控基因激活中的新功能 | 研究仅限于酿酒酵母模型,未在其他生物系统中验证 | 测量基因特异性转录噪声和活跃基因比例,研究转录调控机制 | 酿酒酵母基因转录过程 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11607 | 2025-10-07 |
Lipid-associated macrophages for osimertinib resistance and leptomeningeal metastases in NSCLC
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114613
PMID:39116206
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现脂质相关巨噬细胞RNASE1_M与奥希替尼耐药和肺癌软脑膜转移相关 | 首次在EGFR突变非小细胞肺癌患者脑脊液中鉴定出与奥希替尼耐药和软脑膜转移相关的特定巨噬细胞亚型RNASE1_M | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证发现 | 探索非小细胞肺癌奥希替尼耐药后软脑膜转移的免疫机制 | EGFR突变非小细胞肺癌伴中枢神经系统转移患者的脑脊液样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11608 | 2025-10-07 |
A human fetal cerebellar map of the late second trimester reveals developmental molecular characteristics and abnormality in trisomy 21
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114586
PMID:39137113
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序绘制人类胎儿小脑在妊娠晚期第二季度的发育图谱,揭示正常发育特征及21三体综合征异常 | 首次系统描绘人类胎儿小脑在妊娠18-25周的关键发育期细胞图谱,发现UBC祖细胞分布规律及胶质细胞发育轨迹,并揭示21三体综合征的分子异常 | 研究样本仅涵盖特定发育阶段(GW18-25),样本量有限,且未验证功能机制 | 解析人类胎儿小脑在妊娠晚期第二季度的正常与异常发育分子特征 | 人类胎儿小脑组织样本(包括正常和21三体综合征样本) | 单细胞基因组学 | 21三体综合征(唐氏综合征) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 妊娠18-25周人类胎儿小脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11609 | 2025-10-07 |
Human liver sinusoidal endothelial cells support the development of functional human pluripotent stem cell-derived Kupffer cells
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114629
PMID:39146183
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研究论文 | 本研究通过人类多能干细胞成功培育出功能性的库普弗细胞,并证实肝窦内皮细胞对其发育的关键支持作用 | 首次证明人类多能干细胞来源的卵黄囊样造血祖细胞可在肝窦内皮细胞支持下发育为功能性库普弗细胞 | 研究主要基于小鼠模型,在人类体内的实际应用效果仍需进一步验证 | 研究人类库普弗细胞的发育机制 | 人类多能干细胞、肝窦内皮细胞、卵黄囊样造血祖细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NSG小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11610 | 2025-10-07 |
Identification and Characterization of ATOH7-Regulated Target Genes and Pathways in Human Neuroretinal Development
2024-07-03, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13131142
PMID:38994994
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研究论文 | 本研究通过人类诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官,鉴定和表征了ATOH7调控的靶基因及其在神经视网膜发育中的作用 | 首次在人类诱导多能干细胞模型中系统研究ATOH7调控的靶基因网络,结合CUT&RUN-seq、RNA-seq和scRNA-seq多组学方法 | 研究基于体外类器官模型,可能与体内真实发育环境存在差异 | 阐明ATOH7转录因子在人类神经视网膜发育中的调控机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官 | 发育生物学 | 视神经发育异常 | CUT&RUN-seq, RNA-seq, scRNA-seq | 基因敲除和报告基因干细胞模型 | 基因组学数据,转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | NA |
11611 | 2025-10-07 |
ScRNA-Seq Analyses Define the Role of GATA3 in iNKT Cell Effector Lineage Differentiation
2024-06-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13121073
PMID:38920701
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了转录因子GATA-3在调控iNKT细胞效应谱系分化中的关键作用 | 首次系统阐明GATA-3缺失导致iNKT2和iNKT17细胞亚群缺失,并发现Icos表达恢复可挽救iNKT细胞发育 | 研究局限于小鼠模型,尚未在人类iNKT细胞中验证 | 探究GATA-3转录因子对iNKT细胞效应谱系分化的调控机制 | 小鼠胸腺iNKT细胞及其亚群(iNKT1、iNKT2、iNKT17) | 免疫学 | NA | 流式细胞术, 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | GATA-3缺陷型小鼠胸腺iNKT细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11612 | 2025-10-07 |
Preliminary Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Uncovers Adipocyte Heterogeneity in Lipedema
2024-06-13, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13121028
PMID:38920656
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示脂水肿中脂肪细胞的异质性 | 首次在脂水肿组织中鉴定出三种不同的脂肪细胞亚群 | 初步研究,样本量有限,需要进一步验证 | 探索脂水肿疾病中脂肪细胞的异质性 | 脂水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本 | 单细胞组学 | 脂水肿 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 脂水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本(具体数量未说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序技术,使用条形码磁珠进行单细胞捕获 |
11613 | 2025-10-07 |
Identifying gene expression programs in single-cell RNA-seq data using linear correlation explanation
2024-06, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2024.104644
PMID:38631462
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研究论文 | 本研究开发了一种基于线性相关解释的方法,用于从单细胞RNA测序数据中识别与细胞表型和活性程序相关的基因表达程序 | 采用总相关优化函数和迁移学习方法,能够同时识别细胞类型特异性基因表达程序和与生物过程及刺激响应相关的程序 | 方法在模拟数据和有限真实数据集上验证,需要更广泛的应用验证 | 从单细胞RNA测序数据中推断具有生物学意义的基因表达程序 | 小鼠齿状回和胚胎结肠发育的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性CorEx(相关解释) | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11614 | 2025-10-07 |
Ly6Chi Monocytes Are Metabolically Reprogrammed in the Blood during Inflammatory Stimulation and Require Intact OxPhos for Chemotaxis and Monocyte to Macrophage Differentiation
2024-05-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13110916
PMID:38891050
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了Ly6Chi单核细胞在炎症刺激过程中的代谢重编程机制 | 发现单核细胞在血液中经历代谢重编程,且氧化磷酸化对其趋化性和向巨噬细胞分化至关重要 | 研究基于小鼠模型和体外实验,人类体内的直接证据仍需进一步验证 | 探究单核细胞在急性炎症过程中的代谢重编程机制 | 小鼠和人类单核细胞 | 免疫学 | 炎症性疾病 | 单细胞转录组学,细胞趋化实验,细胞分化实验 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11615 | 2025-10-07 |
25-Hydroxycholesterol regulates lysosome AMP kinase activation and metabolic reprogramming to educate immunosuppressive macrophages
2024-05-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.021
PMID:38640930
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研究论文 | 本研究揭示了25-羟基胆固醇通过调控溶酶体AMPK激活和代谢重编程来诱导免疫抑制性巨噬细胞形成的机制 | 首次发现IL-4/IL-13通过STAT6诱导Ch25h表达产生25HC,并阐明25HC通过竞争性结合GPR155抑制mTORC1、激活AMPKα的分子机制 | NA | 探究胆固醇代谢物在肿瘤微环境中调控巨噬细胞免疫抑制功能的机制 | 巨噬细胞、CD8 T细胞、肿瘤微环境 | 免疫代谢 | 泛癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11616 | 2025-10-07 |
Circulating myeloid-derived MMP8 in stress susceptibility and depression
2024-Feb, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-07015-2
PMID:38326622
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研究论文 | 研究发现循环髓系细胞来源的MMP8在应激易感性和抑郁症中起关键作用 | 首次揭示外周免疫细胞来源的MMP8蛋白能够直接渗透到大脑伏隔核区域并调控细胞外空间超微结构 | 机制研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索应激相关精神疾病中外周免疫系统与中枢神经系统功能的关联机制 | 重度抑郁症患者和经历慢性社交挫败应激的小鼠 | 神经免疫学 | 抑郁症 | 质谱流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 血清样本,脑组织样本,行为学数据 | 人类MDD患者和应激小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11617 | 2025-10-07 |
Metabolic reprogramming and macrophage expansion define ACPA-negative rheumatoid arthritis: insights from single-cell RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1512483
PMID:39830504
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示ACPA阴性类风湿关节炎的代谢重编程和巨噬细胞扩增特征 | 首次在单细胞水平系统揭示ACPA阴性类风湿关节炎的独特代谢特征和免疫细胞相互作用 | 样本量有限,需要更大规模验证 | 阐明ACPA阴性类风湿关节炎的细胞和代谢特征以寻找诊断标志物和治疗靶点 | ACPA阴性和阳性类风湿关节炎患者及健康对照的外周血单核细胞和滑膜组织 | 单细胞组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 单细胞转录组数据 | ACPA阴性RA患者、ACPA阳性RA患者和健康对照的PBMC和滑膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11618 | 2025-10-07 |
Myeloid dendritic cells and periodontal disease association: integrated study of single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1522281
PMID:39830509
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研究论文 | 通过单细胞测序和孟德尔随机化分析研究髓系树突状细胞与牙周病的关联 | 首次结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析揭示LIMA1基因在牙周病进展中的因果作用 | 研究依赖于公共数据集,样本来源有限 | 探索牙周病发病机制中的关键细胞类型和基因 | 牙周病患者免疫细胞亚型 | 生物信息学 | 牙周病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析 | Seurat, CellChat, ClusterProfilerR | 单细胞转录组数据, GWAS数据 | GSE152042数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11619 | 2025-10-07 |
scRNA-seq reveals elevated interferon responses and TNF-α signaling via NFkB in monocytes in children with uncomplicated malaria
2024, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.)
DOI:10.3389/ebm.2024.10233
PMID:39830896
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析儿童非复杂性疟疾患者单核细胞的免疫反应特征 | 首次在儿童非复杂性疟疾中发现单核细胞中干扰素反应和TNF-α/NFκB信号通路上调 | 样本量有限(仅11名参与者进行单细胞测序),仅针对非复杂性疟疾 | 确定与症状性疟疾相关的宿主-寄生虫因素和免疫反应差异 | 224名疟疾感染者(134名患者和90名无症状对照) | 单细胞基因组学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 224名参与者,其中11名进行单细胞测序(18,176个外周血单核细胞) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11620 | 2025-10-07 |
Unveiling and validating biomarkers related to the IL-10 family in chronic sinusitis with nasal polyps: insights from transcriptomics and single-cell RNA sequencing analysis
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1513951
PMID:39830981
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研究论文 | 通过转录组学和单细胞RNA测序分析识别并验证与IL-10家族相关的慢性鼻窦炎伴鼻息肉生物标志物 | 首次系统探索IL-10家族在CRSwNP中的生物学作用,通过多算法筛选和单细胞测序验证发现四个新型生物标志物 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证生物标志物的功能机制 | 识别和验证与IL-10家族相关的慢性鼻窦炎伴鼻息肉生物标志物 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者组织样本 | 生物信息学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | LASSO, SVM-RFE, Boruta算法 | 基因表达数据 | 三个GEO数据集(GSE136825, GSE179265, GSE196169) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |