单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11581	2024-08-05	Lysine acetyltransferase 14 mediates TGF-β-induced fibrosis in ovarian endometrioma via co-operation with serum response factor 2024-Jun-12, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05243-2 PMID:38867256	研究论文	这篇文章探讨了赖氨酸乙酰转移酶14在TGF-β诱导的卵巢内膜囊肿纤维化中的作用	揭示了KAT14通过与血清反应因子SRF的合作，促进组蛋白H4乙酰化并增加ECM生成的机制	尚未深入探讨KAT14在其他类型内膜异位症中的作用及其潜在临床应用	研究TGF-β诱导的卵巢内膜囊肿相关纤维化的分子机制	研究对象为卵巢内膜囊肿患者的内膜活检样本及人类内膜间质细胞	数字病理学	卵巢内膜囊肿	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	组织样本，细胞系	涉及卵巢内膜囊肿患者的内膜活检样本及人类间质细胞
11582	2024-08-05	Fibroblast Diversity and Epigenetic Regulation in Cardiac Fibrosis 2024-May-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25116004 PMID:38892192	综述	本文探讨了心脏纤维化中成纤维细胞的多样性和表观遗传调控机制	强调了表观遗传调控在心脏纤维化发病机制中的关键作用，尤其是针对DNA甲基转移酶和组蛋白去乙酰化酶的靶向治疗潜力	研究主要集中在分子和细胞机制的探索上，具体的临床验证和应用尚需进一步研究	旨在阐明心脏纤维化中成纤维细胞的多样性及其激活过程的调控机制	研究对象为心脏成纤维细胞及其在心脏纤维化中的作用	心血管疾病	心脏纤维化	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
11583	2024-08-04	Ablation of Vitamin D Signaling in Cardiomyocytes Leads to Functional Impairment and Stimulation of Pro-Inflammatory and Pro-Fibrotic Gene Regulatory Networks in a Left Ventricular Hypertrophy Model in Mice 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115929 PMID:38892126	研究论文	本研究 aimed to clarify vitamin D 信号在左心室肥厚和功能障碍发展中的角色	本研究首次显示在小鼠心肌细胞中去除维生素 D 受体会导致心脏功能损害及促炎和促纤维化基因网络的刺激	研究主要在小鼠模型中进行，可能难以直接推广到人类	阐明维生素 D 信号在左心室肥厚和功能障碍中的作用	主要研究对象为小鼠，包括野生型小鼠和心肌细胞特异性 VDR 敲除小鼠	心血管疾病	心血管疾病	横向主动脉缩窄术（TAC）	NA	心脏组织切片转录组数据	4 个月大的雄性小鼠，包括多种基因型
11584	2024-08-05	Based on scRNA-seq and bulk RNA-seq to establish tumor immune microenvironment-associated signature of skin melanoma and predict immunotherapy response 2024-May-25, Archives of dermatological research IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s00403-024-03080-3 PMID:38795156	研究论文	本研究基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据建立了与皮肤黑色素瘤相关的肿瘤免疫微环境标志，并预测了免疫治疗反应	通过对SKCM的scRNA-seq数据分析，识别出五个肿瘤免疫微环境相关基因，并构建了TIMAS用于预测免疫治疗结果	研究未提及样本规模及其可能影响结果的局限性	探索与皮肤黑色素瘤相关的肿瘤微环境的预后指标以提高免疫治疗的有效性	分析皮肤黑色素瘤患者的肿瘤免疫微环境及其基因表达	数字病理学	皮肤癌	scRNA-seq 和 bulk RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
11585	2024-08-04	Differential gene expression analysis of spatial transcriptomic experiments using spatial mixed models 2024-05-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-61758-0 PMID:38744956	研究论文	本文探讨了使用空间混合模型进行空间转录组实验的差异基因表达分析	使用线性混合模型与空间相关结构来有效处理数据中的空间自相关性，降低了第一类错误率	没有提到具体的局限性	研究如何有效分析空间转录组数据中的差异基因表达	空间转录组数据中的细胞和组织领域	数字病理学	NA	空间转录组学	线性混合模型	基因数据	NA
11586	2024-08-05	CD276 regulates the immune escape of esophageal squamous cell carcinoma through CXCL1-CXCR2 induced NETs 2024-May-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008662 PMID:38724465	研究论文	本研究揭示了CD276在食管鳞状细胞癌中的免疫逃逸机制	首次阐明了CD276通过CXCL1-CXCR2信号通路调节NET形成及自然杀伤细胞的作用	本研究主要基于小鼠模型的实验结果，缺乏临床试验数据支持	探讨CD276在食管鳞状细胞癌中的功能及其调节免疫监视机制	研究对象为食管鳞状细胞癌患者的组织样本及相应的小鼠模型	数字病理	食管癌	免疫组化(IHC), 流式细胞术, 单细胞RNA测序	小鼠模型	组织样本, 细胞数据	多名食管鳞状细胞癌患者的组织及实验小鼠
11587	2024-08-04	Single-cell landscape of idiopathic multicentric Castleman disease in identical twins 2024-May-02, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021992 PMID:38170173	研究论文	该文章呈现了在同卵双胞胎中发生的特异性多中心卡斯尔曼病的罕见案例，并研究了受影响的淋巴器官和宿主循环中的免疫环境	通过同卵双胞胎模型提供了IL-6信号潜在来源细胞的证据，并描述了独特的单核细胞宿主免疫反应表型	未提及该研究的具体限制	研究特发性多中心卡斯尔曼病的免疫环境	同卵双胞胎中的特发性多中心卡斯尔曼病患者	数字病理学	特发性多中心卡斯尔曼病	空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq）	NA	单细胞测序数据	同卵双胞胎的单核细胞
11588	2024-08-05	Suppression of Type I Interferon Signaling in Myeloid Cells by Autoantibodies in Severe COVID-19 Patients 2024-Apr-22, Journal of clinical immunology IF:7.2Q1 DOI:10.1007/s10875-024-01708-7 PMID:38647550	研究论文	本文研究了自身抗体对一型干扰素信号传导的抑制作用，以及其在重症COVID-19患者中的机制	首次揭示了重症COVID-19患者中一型干扰素自身抗体如何通过阻止干扰素与其受体结合来抑制信号传导	研究中缺乏对自身抗体对临床特征的具体影响的深入分析	探索自身抗体对一型干扰素在COVID-19加重中的作用机制	重症和危重症COVID-19患者的外周血单核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	血浆样本	123名COVID-19患者的血浆
11589	2024-08-04	CellsFromSpace: a fast, accurate, and reference-free tool to deconvolve and annotate spatially distributed omics data 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae081 PMID:38915885	研究论文	提出了一种名为CellsFromSpace的新分析框架，用于分析空间转录组数据	CellsFromSpace无需依赖单细胞参考数据集，通过独立成分分析(ICA)有效分析多种技术的空间转录组数据	尚未提及具体的局限性	旨在提高空间转录组学数据的分析准确性和效率	空间转录组学数据和不同类型细胞的分析	数字病理学	NA	独立成分分析(ICA)	NA	空间转录组数据	使用真实样本进行验证，具体样本数量未提及
11590	2024-08-05	Glyoxalase 1: Emerging biomarker and therapeutic target in cervical cancer progression 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0299345 PMID:38870176	研究论文	本研究探讨了甘油醛酶-1（GLO1）在宫颈癌进展中的关键角色，提出其作为生物标志物和治疗靶点的潜力	本研究首次系统性地评估了GLO1在宫颈癌中的表达模式及其对细胞存活和迁移的影响	本研究的样本量有限，进一步的研究需要更大规模的临床数据支持	探讨GLO1在宫颈癌进展中的作用，以期为个性化治疗方案提供依据	研究对象为58名宫颈癌患者的样本	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化	NA	组织样本	58个宫颈癌患者的样本
11591	2024-08-05	ALOX5 acts as a key role in regulating the immune microenvironment in intrahepatic cholangiocarcinoma, recruiting tumor-associated macrophages through PI3K pathway 2023-12-20, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04804-1 PMID:38124204	研究论文	研究ALOX5在调控肝内胆管癌免疫微环境中的关键作用	揭示了ALOX5通过其代谢产物LTB4招募M2型巨噬细胞的机制	未明确提出在临床应用中的具体限制	探讨ALOX5调控肿瘤相关巨噬细胞的潜在机制及其靶向治疗的转化效果	ALOX5及其代谢产物与肝内胆管癌中肿瘤相关巨噬细胞的相互作用	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，多重免疫荧光分析	NA	组织样本，细胞培养模型	在小鼠异种移植肿瘤实验中使用的样本数量未详细说明
11592	2024-08-04	Research progress on the application of single-cell sequencing in autoimmune diseases 2023-10, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-023-00216-9 PMID:37550409	综述	该文章总结了单细胞RNA测序技术在自身免疫疾病领域的应用进展	提供了对单细胞RNA测序技术的发展和在自身免疫疾病研究中的应用的系统性回顾	尚未完全理解自身免疫疾病的病因和发病机制	提供对自身免疫疾病发病机制、诊断和治疗的理解参考	自身免疫疾病	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
11593	2024-08-04	PFKFB3-Mediated Glycolysis Boosts Fibroblast Activation and Subsequent Kidney Fibrosis 2023-08-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12162081 PMID:37626891	研究论文	该研究探讨了PFKFB3在肾纤维化中的作用，揭示其对成纤维细胞激活的影响	首次探索了PFKFB3在肾纤维化中的角色，强调其在成纤维细胞激活和肾纤维化进程中的重要性	本研究主要基于小鼠模型，尚需在人类样本中验证	研究PFKFB3在肾纤维化中的作用及其机制	主要研究对象为肾成纤维细胞和小鼠模型	数字病理学	慢性肾病	单细胞测序	小鼠模型	生物样本数据	小鼠模型研究中采取了多个样本，包括野生型和缺失PFKFB3的小鼠
11594	2024-08-05	A stem cell epigenome is associated with primary nonresponse to CD19 CAR T cells in pediatric acute lymphoblastic leukemia 2023-08-08, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2022008977 PMID:36607839	研究论文	这篇文章探讨了干细胞表观基因组与儿童急性淋巴细胞白血病中CD19 CAR T细胞治疗的初级非应答之间的关联	本研究首次揭示了干细胞表观基因组与CD19-CAR治疗初级非应答的关联，为理解白血病抵抗机制提供了新见解	研究样本规模有限，仅为14名患者，可能影响结果的广泛适用性	旨在探讨儿童急性淋巴细胞白血病中，与CD19-CAR疗法相关的初级非应答的机制	研究对象为14名参与PLAT-02试验的儿童急性淋巴细胞白血病患者，包括7例初级非应答和7例初级敏感	数字病理学	急性淋巴细胞白血病	长读长PacBio测序和单细胞RNA测序	NA	基因组数据	14名患者（7名初级非应答和7名初级敏感）
11595	2024-08-05	Systematic characterization of therapeutic vulnerabilities in Multiple Myeloma with Amp1q reveals increased sensitivity to the combination of MCL1 and PI3K inhibitors 2023-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.01.551480 PMID:37577538	研究论文	本研究系统性地表征了具有Amp1q的多发性骨髓瘤的治疗脆弱性	揭示了MCL1和PI3K抑制剂组合对具有Amp1q的多发性骨髓瘤的增加敏感性	未提及具体限制	开发针对具有Amp1q的多发性骨髓瘤患者的靶向治疗	带有和不带有Amp1q的多发性骨髓瘤亚克隆	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	使用相同患者肿瘤中的不同亚克隆进行比较，具体样本数量未提及
11596	2024-08-04	scKINETICS: inference of regulatory velocity with single-cell transcriptomics data 2023-06-30, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad267 PMID:37387147	研究论文	本研究提出了scKINETICS，一个用于推断细胞速度的基因表达动态模型	引入了同时学习每个细胞转录速度和基因调控网络的期望最大化方法，揭示了新的调控因子	没有提及具体的限制因素	研究转录动态与基因表达变异之间的关系	急性胰腺炎数据集中的细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	动态模型	基因表达数据	NA
11597	2024-08-04	Late-Stage Metastatic Melanoma Emerges through a Diversity of Evolutionary Pathways 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-1427 PMID:36977461	研究论文	本研究揭示了晚期转移性黑色素瘤的多样性进化路径	提供了迄今为止最全面的黑色素瘤转移数据集，并揭示了不同克隆来源和基因组变化在转移中的作用	样本来源仅限于14名接受免疫检查点抑制剂治疗的患者，可能影响结果的普遍适用性	研究转移路径及免疫检查点抑制剂的抵抗机制，以改善黑色素瘤的预后	来自14名接受ICI治疗患者的222个外显子组测序，493个面板测序，161个RNA测序，以及22个单细胞全基因组测序样本	数字病理	黑色素瘤	外显子组测序、面板测序、RNA测序、单细胞全基因组测序	NA	基因组数据	共涉及14名患者的数据，包括222个外显子组样本，493个面板样本，161个RNA样本，和22个单细胞样本
11598	2024-08-04	Transcriptomic landscapes of effective and failed liver regeneration in humans 2023-Apr, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100683 PMID:36950091	研究论文	本文系统评估了人类肝脏再生过程中的早期转录变化及其与功能障碍肝脏再生的差异	首次在人类中探索功能性与功能障碍性肝脏再生相关的转录组变化，揭示了DUSP4减少与肝内炎症反应之间的关系	研究主要集中于术后肝脏再生的早期阶段，未能覆盖全面的康复过程	旨在探讨人类肝脏再生过程中的转录组变化及相关机制	154名患者的血样和46名进行肝切除手术患者的组织样本	数字病理学	肝病	RNA测序	NA	血液样本和组织样本	154名患者的血样和46名患者的组织样本
11599	2024-08-05	Mimicking Tumor Cell Heterogeneity of Colorectal Cancer in a Patient-derived Organoid-Fibroblast Model 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.02.014 PMID:36868311	研究论文	本文开发了一种结合匹配的上皮细胞和间质成纤维细胞的结直肠癌类器官模型	创新点在于该模型反映了肿瘤微环境的复杂性，并提供了更贴近体内肿瘤形态的细胞异质性	此模型可能未能完全再现所有肿瘤微环境的复杂因素	研究结直肠癌中肿瘤细胞与间质成纤维细胞的相互作用	本研究对象为结直肠癌样本中分离的肿瘤细胞和成纤维细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	3D类器官模型	细胞	来自结直肠癌样本的主要成纤维细胞和肿瘤细胞
11600	2024-08-05	Single-cell sequencing of human midbrain reveals glial activation and a Parkinson-specific neuronal state 2022-04-29, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awab446 PMID:34919646	研究论文	该研究揭示了人类中脑的胶质细胞激活和特定于帕金森病的神经元状态	首次通过单核RNA测序揭示了特定于帕金森病的神经元细胞集群及其在运动障碍中的作用	研究仍需更多探讨以确认免疫信号和免疫调节治疗在帕金森病中的作用	表征所有中脑细胞类型在帕金森病病理中的贡献	来自六例特发性帕金森病患者及五例年龄/性别匹配对照的中脑单核样本	数字病理学	帕金森病	单核RNA测序	NA	基因表达数据	41,000多单核转录组，来自六例特发性帕金森病患者和五例匹配对照