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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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11581 | 2025-10-07 |
Magnetically functionalized hydrogels for high-throughput genomic applications
2024-Jan-22, Advanced materials technologies
IF:6.4Q1
DOI:10.1002/admt.202301155
PMID:38645306
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研究论文 | 本研究开发了一种磁功能化水凝胶珠用于简化单细胞基因组学中的分池方法 | 首次实现水凝胶珠的磁功能化,显著提高分池方法的纯化效率和自动化潜力 | 未明确说明磁功能化珠在长期稳定性或大规模生产中的表现 | 开发自动化单细胞基因组学工作流程的新方法 | 磁功能化水凝胶珠 | 单细胞基因组学 | NA | BAG-Seq单细胞测序 | NA | 基因组序列数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
11582 | 2025-10-07 |
GMFGRN: a matrix factorization and graph neural network approach for gene regulatory network inference
2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad529
PMID:38261340
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研究论文 | 提出一种基于矩阵分解和图神经网络的基因调控网络推断新方法GMFGRN | 结合图神经网络进行矩阵分解学习基因表征嵌入,能有效消除传递性相互作用且计算资源需求低 | NA | 从单细胞RNA测序数据中准确推断基因调控网络 | 基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图神经网络(GNN), 矩阵分解 | 基因表达数据 | 8个静态单细胞RNA测序数据集和4个时间序列数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11583 | 2025-10-07 |
The lysosome-related characteristics affects the prognosis and tumor microenvironment of lung adenocarcinoma
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1497312
PMID:39839650
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研究论文 | 本研究通过构建溶酶体风险特征来预测肺腺癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次系统研究溶酶体相关基因在肺腺癌中的作用,构建了7个关键基因的风险特征,并在单细胞水平验证其功能 | 研究主要基于公共数据库数据,需要更多实验验证和临床样本确认 | 探索溶酶体相关基因在肺腺癌预后和肿瘤微环境中的作用 | 肺腺癌患者和肿瘤细胞 | 生物信息学 | 肺腺癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 体外实验 | LASSO Cox回归模型 | 基因表达数据 | TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11584 | 2025-10-07 |
Comparative evaluation of ACetic - MEthanol high salt dissociation approach for single-cell transcriptomics of frozen human tissues
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1469955
PMID:39839668
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研究论文 | 评估ACME HS方法在冷冻人体组织中单细胞转录组学的应用效果 | 首次将ACME方法优化应用于人类内分泌组织,并使用高盐洗涤缓冲液替代标准PBS以稳定RNA | 主要针对人类内分泌组织,在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 开发适用于冷冻组织的单细胞分离方法,提高单细胞RNA测序质量 | 人类内分泌组织样本 | 单细胞转录组学 | 内分泌系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 41个组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11585 | 2025-10-07 |
Exploring the shared gene signatures and mechanism among three autoimmune diseases by bulk RNA sequencing integrated with single-cell RNA sequencing analysis
2024, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2024.1520050
PMID:39840076
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研究论文 | 通过整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析探索三种自身免疫疾病的共享基因特征和机制 | 首次整合bulk RNA测序和单细胞RNA测序分析三种自身免疫疾病的共享基因特征,并利用机器学习算法筛选诊断生物标志物 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 探究多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿关节炎三种自身免疫疾病的共享基因特征,识别早期诊断生物标志物 | 多发性硬化症、系统性红斑狼疮和类风湿关节炎患者及EAE小鼠模型 | 生物信息学 | 自身免疫疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, WGCNA, 机器学习算法, Cibersort算法 | 机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
11586 | 2025-10-07 |
Using single-cell RNA sequencing to generate predictive cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development
2023-08-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2307451120
PMID:37523539
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研究论文 | 本研究开发了一种基于单细胞RNA测序的预测性管道,用于在发育过程中生成细胞类型特异性的split-GAL4试剂 | 利用发育单细胞RNA测序数据集选择基因对用于split-GAL4系统,创建了高效预测性管道scMarco,能够基于天然基因调控元件在发育任何时期生成细胞类型特异性工具 | NA | 开发细胞类型特异性遗传工具用于神经环路功能研究 | 果蝇视觉系统发育过程中的细胞类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR敲入 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11587 | 2025-10-07 |
Therapy-associated remodeling of pancreatic cancer revealed by single-cell spatial transcriptomics and optimal transport analysis
2023-Jun-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546848
PMID:37425692
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学结合最优输运分析揭示了胰腺癌治疗相关的肿瘤微环境重塑 | 开发了空间约束最优输运相互作用分析(SCOTIA)模型,整合空间距离和配体-受体基因表达来解析细胞间相互作用 | NA | 解析胰腺癌治疗过程中肿瘤微环境的多细胞区域和细胞间相互作用的重塑机制 | 人类胰腺癌组织 | 空间生物学 | 胰腺癌 | 单细胞空间转录组学,最优输运分析,肿瘤类器官共培养系统 | 最优输运模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
11588 | 2025-10-07 |
Differential transcriptomic profiling of lipid metabolism and collagen remodeling in fast- and slow-twitch skeletal muscles in aging
2025-Jan-31, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202402294R
PMID:39831549
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研究论文 | 本研究通过比较分析老年小鼠快慢肌纤维的转录组差异,揭示了衰老过程中脂质代谢和胶原重塑的分子变化 | 首次整合小鼠bulk RNA测序和人类单细胞RNA测序数据,进行跨物种比较分析衰老对快慢肌纤维的影响 | 仅使用20月龄小鼠模型,缺乏更广泛的年龄阶段数据;样本量未明确说明 | 探究衰老过程中快慢肌纤维的转录组差异及其分子机制 | 老年小鼠的快慢骨骼肌纤维和人类单细胞RNA测序数据 | 转录组学 | 老年疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11589 | 2025-01-23 |
Finding and Profiling Renal Cells with Spatial Transcriptomics
2025-Jan-21, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000632
PMID:39836482
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
11590 | 2025-10-07 |
Fibrocyte enrichment and myofibroblastic adaptation causes nucleus pulposus fibrosis and associates with disc degeneration severity
2025-Jan-20, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00372-2
PMID:39828732
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研究论文 | 本研究通过整合分析多个单细胞RNA测序数据集,揭示了髓核纤维化与椎间盘退变严重程度相关的细胞机制 | 首次发现髓核纤维化与髓系来源的纤维细胞富集相关,并证实这些细胞通过转化为肌成纤维细胞表型促进椎间盘退变 | 研究主要基于单细胞测序数据和动物模型,需要进一步验证在人类患者中的临床相关性 | 探究椎间盘退变过程中髓核纤维化的细胞机制和关键细胞类型 | 人类退变性髓核标本和损伤诱导的小鼠椎间盘退变模型 | 单细胞基因组学 | 椎间盘退变疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集(具体样本数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11591 | 2025-10-07 |
The Expression of the LDLR, LDLRAP1, and PCSK9 Genes has Prognostic Significance in Triple-negative Breast Cancer
2025-Jan-20, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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研究论文 | 本研究探讨胆固醇摄取基因在三阴性乳腺癌中的预后意义 | 首次系统评估LDLR、LDLRAP1和PCSK9等胆固醇摄取基因在不同乳腺癌亚型中的预后价值差异 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 评估胆固醇摄取基因对乳腺癌患者总生存期的预后意义及其在不同亚型间的差异 | 乳腺癌患者肿瘤样本 | 癌症基因组学 | 乳腺癌 | mRNA测序,单细胞测序 | DESeq2,Fisher检验 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的乳腺癌肿瘤样本 | NA | mRNA测序,单细胞测序 | NA | NA |
11592 | 2025-10-07 |
TLR7/8/9 agonists and low-dose cisplatin synergistically promotes tertiary lymphatic structure formation and antitumor immunity
2025-Jan-19, NPJ vaccines
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41541-024-01055-z
PMID:39827246
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研究论文 | 本研究开发了一种新型联合疗法,通过低剂量顺铂与TLR7/8/9激动剂CR108协同促进三级淋巴结构形成和抗肿瘤免疫 | 首次发现低剂量顺铂与TLR7/8/9激动剂CR108联合使用可协同促进三级淋巴结构形成,并揭示其作为功能性抗肿瘤效应T细胞储备库的新机制 | 研究仅限于小鼠模型(4T1和B16肿瘤),尚未在人体临床试验中验证 | 开发新型原位疫苗接种联合疗法以增强抗肿瘤免疫反应 | 小鼠肿瘤模型(4T1和B16肿瘤细胞系) | 免疫治疗 | 肿瘤 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞测序数据、血清细胞因子检测数据 | 小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11593 | 2025-10-07 |
ERG mediates the differentiation of hepatic progenitor cells towards immunosuppressive PDGFRα+ cancer-associated fibroblasts during hepatocarcinogenesis
2025-Jan-18, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-07270-9
PMID:39827226
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研究论文 | 本研究揭示肝祖细胞通过TLR4/MAPK/ERG通路分化为免疫抑制性PDGFRα+癌症相关成纤维细胞的机制 | 首次发现ERG转录因子介导肝祖细胞向PDGFRα+ CAFs的分化过程,并阐明其在肝癌免疫抑制微环境形成中的关键作用 | 研究主要基于大鼠原发肝癌模型,人类临床样本验证相对有限 | 探究肝癌中癌症相关成纤维细胞的起源及其在免疫抑制微环境形成中的作用机制 | 肝祖细胞、PDGFRα+癌症相关成纤维细胞、肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 大鼠原发肝癌模型不同时间点样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
11594 | 2025-10-07 |
Inferring single-cell and spatial microRNA activity from transcriptomics data
2025-Jan-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07454-9
PMID:39827321
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研究论文 | 本研究开发了一种名为miTEA-HiRes的方法,用于从单细胞和空间转录组学数据中推断miRNA活性 | 开发了首个能够从单细胞转录组学、细胞类型特异性单细胞群体和空间转录组学数据中高分辨率评估miRNA活性的计算方法 | 方法依赖于转录组学数据推断miRNA活性,可能无法完全捕获转录后调控的复杂性 | 开发计算工具来评估不同细胞类型和空间位置中miRNA的调控活性 | 单细胞转录组数据、细胞类型特异性群体、空间转录组数据 | 生物信息学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 计算方法/统计模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
11595 | 2025-10-07 |
Analysis of cellular NO-GC expression in the murine heart and lineage determination in angiotensin II-induced fibrosis
2025-Jan-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111615
PMID:39829679
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研究论文 | 分析小鼠心脏中NO-GC的细胞表达及其在血管紧张素II诱导纤维化中的谱系决定作用 | 首次系统描述NO-GC在健康和纤维化心肌中的细胞特异性表达模式,并通过谱系追踪确定表达NO-GC的活化成纤维细胞来源 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究NO-GC在心脏纤维化过程中的细胞表达和功能作用 | 小鼠心脏组织 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,谱系追踪 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11596 | 2025-10-07 |
Potent human antibodies against SpA5 identified by high-throughput single-cell sequencing of phase I clinical volunteers' B cells
2025-Jan-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111627
PMID:39834865
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研究论文 | 通过高通量单细胞测序技术从临床试验志愿者B细胞中筛选出针对SpA5蛋白的高效人类抗体 | 首次结合高通量单细胞RNA和VDJ测序技术从疫苗接种者记忆B细胞中快速筛选高效抗体 | 研究样本量相对有限,仅包含64名志愿者 | 筛选能够预防耐药菌感染的高效人类抗体 | 64名接种重组五组分疫苗的临床试验志愿者的记忆B细胞 | 免疫学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序,单细胞VDJ测序,Alphafold2,分子对接 | NA | 单细胞转录组数据,VDJ序列数据 | 64名志愿者,676个抗原结合IgG1克隆型 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞VDJ测序 | NA | NA |
11597 | 2025-10-07 |
The role of cell cycle-related genes in the tumorigenesis of adrenal and thyroid neuroendocrine tumors
2025-Jan-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41457
PMID:39834406
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综述 | 本文综述了细胞周期相关基因在肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤发生中的作用及当前单细胞RNA测序研究进展 | 系统总结了神经母细胞瘤、甲状腺髓样癌和嗜铬细胞瘤中差异表达的细胞周期相关基因及其作为治疗靶点和肿瘤分型标志物的潜力 | 关于这些肿瘤调控机制的信息仍然有限,需要进一步研究探索 | 理解肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤的分子机制,包括肿瘤发生、进展和转移 | 肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤(神经母细胞瘤、甲状腺髓样癌、嗜铬细胞瘤) | 数字病理学 | 神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11598 | 2025-10-07 |
Integrative Analyses of Single-Cell RNA-Sequencing and Bulk RNA-Sequencing Reveal Prognostic Markers of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients with Cardiogenic Shock Receiving Venous-Arterial Extracorporeal Membrane Oxygenation Support Collected before Venous-Arterial Extracorporeal Membrane Oxygenation Establishment
2025-Jan-14, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.4c07339
PMID:39829552
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序分析,揭示心源性休克患者VA-ECMO治疗前外周血单核细胞中与预后相关的生物标志物 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据,鉴定出HSPA1B在B细胞和NK/NKT细胞中的表达与VA-ECMO患者不良预后相关 | 数据来源于公共数据库,样本量有限,需要更多临床样本验证 | 探索心源性休克患者VA-ECMO治疗前外周血单核细胞变化与预后的关系 | 接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持的心源性休克患者 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Seurat, limma | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
11599 | 2025-10-07 |
Comprehensive Analysis of m6A-Related Programmed Cell Death Genes Unveils a Novel Prognostic Model for Lung Adenocarcinoma
2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70255
PMID:39828988
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA和单细胞测序数据,开发了一个基于m6A相关程序性细胞死亡基因的肺腺癌预后模型 | 首次整合m6A修饰与程序性细胞死亡基因构建肺腺癌预后模型,并实验验证RCN1作为潜在致癌基因 | 需要进一步实验验证模型的临床应用价值 | 开发肺腺癌预后预测模型和个性化治疗策略 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | bulk RNA测序, 单细胞测序 | CoxBoost, SuperPC | RNA测序数据 | 多个验证数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
11600 | 2025-10-07 |
Construction of a neutrophil extracellular trap formation-related gene model for predicting the survival of lung adenocarcinoma patients and their response to immunotherapy
2024-Dec-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-463
PMID:39830760
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研究论文 | 基于中性粒细胞胞外诱捕网形成相关基因构建肺腺癌患者生存预测和免疫治疗反应评估模型 | 首次利用中性粒细胞胞外诱捕网形成相关基因构建肺腺癌预后特征模型,并验证其在预测免疫治疗反应方面的价值 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 构建肺腺癌预后预测模型并评估免疫治疗反应 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,RT-qPCR,生物信息学分析 | LASSO Cox回归模型,风险评分模型 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和GEO数据库中的肺腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |