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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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11581 | 2025-10-07 |
Inferring single-cell and spatial microRNA activity from transcriptomics data
2025-Jan-18, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07454-9
PMID:39827321
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研究论文 | 本研究开发了一种名为miTEA-HiRes的方法,用于从单细胞和空间转录组学数据中推断miRNA活性 | 开发了首个能够从单细胞转录组学、细胞类型特异性单细胞群体和空间转录组学数据中高分辨率评估miRNA活性的计算方法 | 方法依赖于转录组学数据推断miRNA活性,可能无法完全捕获转录后调控的复杂性 | 开发计算工具来评估不同细胞类型和空间位置中miRNA的调控活性 | 单细胞转录组数据、细胞类型特异性群体、空间转录组数据 | 生物信息学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 计算方法/统计模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
11582 | 2025-10-07 |
Analysis of cellular NO-GC expression in the murine heart and lineage determination in angiotensin II-induced fibrosis
2025-Jan-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111615
PMID:39829679
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研究论文 | 分析小鼠心脏中NO-GC的细胞表达及其在血管紧张素II诱导纤维化中的谱系决定作用 | 首次系统描述NO-GC在健康和纤维化心肌中的细胞特异性表达模式,并通过谱系追踪确定表达NO-GC的活化成纤维细胞来源 | 研究仅限于小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探究NO-GC在心脏纤维化过程中的细胞表达和功能作用 | 小鼠心脏组织 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,谱系追踪 | NA | 基因表达数据,组织学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11583 | 2025-10-07 |
Potent human antibodies against SpA5 identified by high-throughput single-cell sequencing of phase I clinical volunteers' B cells
2025-Jan-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111627
PMID:39834865
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研究论文 | 通过高通量单细胞测序技术从临床试验志愿者B细胞中筛选出针对SpA5蛋白的高效人类抗体 | 首次结合高通量单细胞RNA和VDJ测序技术从疫苗接种者记忆B细胞中快速筛选高效抗体 | 研究样本量相对有限,仅包含64名志愿者 | 筛选能够预防耐药菌感染的高效人类抗体 | 64名接种重组五组分疫苗的临床试验志愿者的记忆B细胞 | 免疫学 | 细菌感染 | 单细胞RNA测序,单细胞VDJ测序,Alphafold2,分子对接 | NA | 单细胞转录组数据,VDJ序列数据 | 64名志愿者,676个抗原结合IgG1克隆型 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞VDJ测序 | NA | NA |
11584 | 2025-10-07 |
The role of cell cycle-related genes in the tumorigenesis of adrenal and thyroid neuroendocrine tumors
2025-Jan-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e41457
PMID:39834406
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综述 | 本文综述了细胞周期相关基因在肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤发生中的作用及当前单细胞RNA测序研究进展 | 系统总结了神经母细胞瘤、甲状腺髓样癌和嗜铬细胞瘤中差异表达的细胞周期相关基因及其作为治疗靶点和肿瘤分型标志物的潜力 | 关于这些肿瘤调控机制的信息仍然有限,需要进一步研究探索 | 理解肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤的分子机制,包括肿瘤发生、进展和转移 | 肾上腺和甲状腺神经内分泌肿瘤(神经母细胞瘤、甲状腺髓样癌、嗜铬细胞瘤) | 数字病理学 | 神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11585 | 2025-10-07 |
Integrative Analyses of Single-Cell RNA-Sequencing and Bulk RNA-Sequencing Reveal Prognostic Markers of Peripheral Blood Mononuclear Cells in Patients with Cardiogenic Shock Receiving Venous-Arterial Extracorporeal Membrane Oxygenation Support Collected before Venous-Arterial Extracorporeal Membrane Oxygenation Establishment
2025-Jan-14, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.4c07339
PMID:39829552
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序分析,揭示心源性休克患者VA-ECMO治疗前外周血单核细胞中与预后相关的生物标志物 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据,鉴定出HSPA1B在B细胞和NK/NKT细胞中的表达与VA-ECMO患者不良预后相关 | 数据来源于公共数据库,样本量有限,需要更多临床样本验证 | 探索心源性休克患者VA-ECMO治疗前外周血单核细胞变化与预后的关系 | 接受静脉-动脉体外膜肺氧合支持的心源性休克患者 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Seurat, limma | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
11586 | 2025-10-07 |
Comprehensive Analysis of m6A-Related Programmed Cell Death Genes Unveils a Novel Prognostic Model for Lung Adenocarcinoma
2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70255
PMID:39828988
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA和单细胞测序数据,开发了一个基于m6A相关程序性细胞死亡基因的肺腺癌预后模型 | 首次整合m6A修饰与程序性细胞死亡基因构建肺腺癌预后模型,并实验验证RCN1作为潜在致癌基因 | 需要进一步实验验证模型的临床应用价值 | 开发肺腺癌预后预测模型和个性化治疗策略 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | bulk RNA测序, 单细胞测序 | CoxBoost, SuperPC | RNA测序数据 | 多个验证数据集 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
11587 | 2025-10-07 |
Construction of a neutrophil extracellular trap formation-related gene model for predicting the survival of lung adenocarcinoma patients and their response to immunotherapy
2024-Dec-31, Translational lung cancer research
IF:4.0Q1
DOI:10.21037/tlcr-24-463
PMID:39830760
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研究论文 | 基于中性粒细胞胞外诱捕网形成相关基因构建肺腺癌患者生存预测和免疫治疗反应评估模型 | 首次利用中性粒细胞胞外诱捕网形成相关基因构建肺腺癌预后特征模型,并验证其在预测免疫治疗反应方面的价值 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证模型的临床适用性 | 构建肺腺癌预后预测模型并评估免疫治疗反应 | 肺腺癌患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序,RT-qPCR,生物信息学分析 | LASSO Cox回归模型,风险评分模型 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和GEO数据库中的肺腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
11588 | 2024-12-11 |
Improved tool for scRNA-seq analysis
2024-Dec, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-02040-x
PMID:39653731
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
11589 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics elucidates medulla niche supporting germinal center response in myasthenia gravis-associated thymoma
2024-09-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114677
PMID:39180749
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研究论文 | 通过空间转录组学分析揭示重症肌无力相关胸腺瘤中支持生发中心反应的髓质微环境特征 | 首次利用空间转录组技术系统描绘胸腺瘤中髓质区域的特殊微环境,发现MG特异性生发中心结构与神经肌肉髓质胸腺上皮细胞的定位特征 | 样本量有限,主要聚焦胸腺瘤和胸腺增生样本,需要更大规模研究验证 | 阐明重症肌无力在胸腺中的病理机制 | 胸腺瘤和胸腺增生样本 | 空间转录组学 | 重症肌无力 | 空间转录组分析 | NA | 空间转录组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
11590 | 2025-10-07 |
Regulatory mechanisms orchestrating cellular diversity of Cd36+ olfactory sensory neurons revealed by scRNA-seq and scATAC-seq analysis
2024-09-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114671
PMID:39215999
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析揭示Cd36+嗅觉感觉神经元细胞多样性的调控机制 | 首次发现Cd36+/-嗅觉感觉神经元的分化差异发生在未成熟阶段,并鉴定出Mef2a和Hdac9作为发育分岔的重要调控因子 | NA | 揭示嗅觉系统中细胞多样性的调控机制 | Cd36+和Cd36-嗅觉感觉神经元 | 单细胞组学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
11591 | 2025-10-07 |
DCX knockout ferret reveals a neurogenic mechanism in cortical development
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114508
PMID:39018244
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研究论文 | 本研究通过建立DCX基因敲除雪貂模型,揭示了无脑回畸形皮质发育的神经发生机制 | 首次建立DCX基因敲除雪貂模型,准确再现人类无脑回畸形表型,并利用单核RNA测序和空间转录组学绘制了无脑回皮质图谱 | 未明确说明样本规模和模型验证的局限性 | 探究无脑回畸形的细胞和分子机制,以及DCX在皮质发育中的作用 | DCX基因敲除雪貂模型及其脑组织 | 神经科学 | 无脑回畸形 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 基因敲除 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics | NA | NA |
11592 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals dynamics of gene expression for 2D elongation and 3D growth in Physcomitrium patens
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114524
PMID:39046878
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了小立碗藓从2D伸长到3D生长过程中基因表达的动态变化 | 首次在单细胞分辨率下系统分析苔藓植物2D向3D生长转变的细胞异质性和分子特征 | 研究仅针对小立碗藓,结果在其他植物中的普适性有待验证 | 探究植物从2D向3D生长转变的分子机制和细胞异质性 | 小立碗藓(Physcomitrium patens)的所有主要营养组织 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析、加权基因共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 超过17,000个单细胞,涵盖2D丝状体(叶绿丝和茎丝)和3D结构(芽和配子体) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11593 | 2025-10-07 |
Transcriptional noise, gene activation, and roles of SAGA and Mediator Tail measured using nucleotide recoding single-cell RNA-seq
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114593
PMID:39102335
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研究论文 | 开发了一种时间分辨的新生单细胞RNA测序方法,用于测量酿酒酵母中基因特异性转录噪声和活跃基因比例 | 首次使用时间分辨的新生单细胞RNA测序方法量化转录噪声和基因激活状态,揭示了SAGA和Mediator Tail在调控基因激活中的新功能 | 研究仅限于酿酒酵母模型,未在其他生物系统中验证 | 测量基因特异性转录噪声和活跃基因比例,研究转录调控机制 | 酿酒酵母基因转录过程 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11594 | 2025-10-07 |
Lipid-associated macrophages for osimertinib resistance and leptomeningeal metastases in NSCLC
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114613
PMID:39116206
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现脂质相关巨噬细胞RNASE1_M与奥希替尼耐药和肺癌软脑膜转移相关 | 首次在EGFR突变非小细胞肺癌患者脑脊液中鉴定出与奥希替尼耐药和软脑膜转移相关的特定巨噬细胞亚型RNASE1_M | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证发现 | 探索非小细胞肺癌奥希替尼耐药后软脑膜转移的免疫机制 | EGFR突变非小细胞肺癌伴中枢神经系统转移患者的脑脊液样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11595 | 2025-10-07 |
A human fetal cerebellar map of the late second trimester reveals developmental molecular characteristics and abnormality in trisomy 21
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114586
PMID:39137113
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序绘制人类胎儿小脑在妊娠晚期第二季度的发育图谱,揭示正常发育特征及21三体综合征异常 | 首次系统描绘人类胎儿小脑在妊娠18-25周的关键发育期细胞图谱,发现UBC祖细胞分布规律及胶质细胞发育轨迹,并揭示21三体综合征的分子异常 | 研究样本仅涵盖特定发育阶段(GW18-25),样本量有限,且未验证功能机制 | 解析人类胎儿小脑在妊娠晚期第二季度的正常与异常发育分子特征 | 人类胎儿小脑组织样本(包括正常和21三体综合征样本) | 单细胞基因组学 | 21三体综合征(唐氏综合征) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 妊娠18-25周人类胎儿小脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11596 | 2025-10-07 |
Human liver sinusoidal endothelial cells support the development of functional human pluripotent stem cell-derived Kupffer cells
2024-08-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114629
PMID:39146183
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研究论文 | 本研究通过人类多能干细胞成功培育出功能性的库普弗细胞,并证实肝窦内皮细胞对其发育的关键支持作用 | 首次证明人类多能干细胞来源的卵黄囊样造血祖细胞可在肝窦内皮细胞支持下发育为功能性库普弗细胞 | 研究主要基于小鼠模型,在人类体内的实际应用效果仍需进一步验证 | 研究人类库普弗细胞的发育机制 | 人类多能干细胞、肝窦内皮细胞、卵黄囊样造血祖细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NSG小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11597 | 2025-10-07 |
Identification and Characterization of ATOH7-Regulated Target Genes and Pathways in Human Neuroretinal Development
2024-07-03, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13131142
PMID:38994994
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研究论文 | 本研究通过人类诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官,鉴定和表征了ATOH7调控的靶基因及其在神经视网膜发育中的作用 | 首次在人类诱导多能干细胞模型中系统研究ATOH7调控的靶基因网络,结合CUT&RUN-seq、RNA-seq和scRNA-seq多组学方法 | 研究基于体外类器官模型,可能与体内真实发育环境存在差异 | 阐明ATOH7转录因子在人类神经视网膜发育中的调控机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官 | 发育生物学 | 视神经发育异常 | CUT&RUN-seq, RNA-seq, scRNA-seq | 基因敲除和报告基因干细胞模型 | 基因组学数据,转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,全基因组测序 | NA | NA |
11598 | 2025-10-07 |
ScRNA-Seq Analyses Define the Role of GATA3 in iNKT Cell Effector Lineage Differentiation
2024-06-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13121073
PMID:38920701
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了转录因子GATA-3在调控iNKT细胞效应谱系分化中的关键作用 | 首次系统阐明GATA-3缺失导致iNKT2和iNKT17细胞亚群缺失,并发现Icos表达恢复可挽救iNKT细胞发育 | 研究局限于小鼠模型,尚未在人类iNKT细胞中验证 | 探究GATA-3转录因子对iNKT细胞效应谱系分化的调控机制 | 小鼠胸腺iNKT细胞及其亚群(iNKT1、iNKT2、iNKT17) | 免疫学 | NA | 流式细胞术, 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | GATA-3缺陷型小鼠胸腺iNKT细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11599 | 2025-10-07 |
Preliminary Single-Cell RNA-Sequencing Analysis Uncovers Adipocyte Heterogeneity in Lipedema
2024-06-13, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13121028
PMID:38920656
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析揭示脂水肿中脂肪细胞的异质性 | 首次在脂水肿组织中鉴定出三种不同的脂肪细胞亚群 | 初步研究,样本量有限,需要进一步验证 | 探索脂水肿疾病中脂肪细胞的异质性 | 脂水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本 | 单细胞组学 | 脂水肿 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 脂水肿患者和健康参与者的脂肪组织样本(具体数量未说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的单细胞RNA测序技术,使用条形码磁珠进行单细胞捕获 |
11600 | 2025-10-07 |
Identifying gene expression programs in single-cell RNA-seq data using linear correlation explanation
2024-06, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2024.104644
PMID:38631462
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研究论文 | 本研究开发了一种基于线性相关解释的方法,用于从单细胞RNA测序数据中识别与细胞表型和活性程序相关的基因表达程序 | 采用总相关优化函数和迁移学习方法,能够同时识别细胞类型特异性基因表达程序和与生物过程及刺激响应相关的程序 | 方法在模拟数据和有限真实数据集上验证,需要更广泛的应用验证 | 从单细胞RNA测序数据中推断具有生物学意义的基因表达程序 | 小鼠齿状回和胚胎结肠发育的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线性CorEx(相关解释) | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |