单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1141	2025-06-08	Toward precision oncology in LUAD: a prognostic model using single-cell sequencing and WGCNA based on a disulfidptosis relative gene signature 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1581915 PMID:40469299	研究论文	本研究旨在利用单细胞测序和WGCNA构建一个基于二硫键凋亡相关基因特征的预后模型，以评估其在肺腺癌（LUAD）中的预后价值	首次将二硫键凋亡机制与LUAD预后模型相结合，并发现KCNK1作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证	开发肺腺癌预后预测模型并探索新的治疗靶点	肺腺癌患者和相关的基因特征	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, WGCNA, ssGSEA, LASSO回归	预后模型	基因表达数据	TCGA LUAD数据集中的样本
1142	2025-06-08	Exploring the landscape of Parkinson's disease transcriptomics: a quantitative review of research progress and future directions 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1505374 PMID:40469842	综述	本文通过文献计量分析揭示了帕金森病转录组学领域的研究现状和新兴趋势	首次对2011年至2025年帕金森病转录组学研究进行全面文献计量分析，揭示了单细胞和空间转录组学技术进步推动的研究活动激增	数据异质性和生物标志物验证高失败率等挑战依然存在	探索帕金森病转录组学的研究进展和未来方向	帕金森病转录组学相关文献	生物信息学	帕金森病	文献计量分析	NA	文献数据	208篇研究文章
1143	2025-06-08	Expression and potential regulatory mechanism of cellular senescence-related genes in Alzheimer's disease based on single-cell and bulk RNA datasets 2025, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2025.1595847 PMID:40470298	research paper	本研究通过整合单细胞RNA测序和大规模测序数据，识别了阿尔茨海默病中细胞衰老相关基因的调控枢纽，并探索了潜在的分子机制和治疗靶点	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，系统分析了AD中细胞衰老相关基因的调控网络，并鉴定了特定细胞亚型中的关键基因	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索细胞衰老在阿尔茨海默病发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	阿尔茨海默病患者脑组织中的不同细胞亚型	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但分析了7种细胞亚型
1144	2025-06-08	Biological and prognostic insights into the prostaglandin D2 signaling axis in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1562261 PMID:40474982	研究论文	本研究通过单细胞RNA数据分析，探索了肺腺癌肿瘤微环境中前列腺素D2信号轴的作用及其预后意义	首次在肺腺癌中系统性地研究了前列腺素D2信号轴的细胞间通讯机制及其临床意义	研究主要基于计算推断，部分结果需要更多实验验证	探索肺腺癌肿瘤微环境中代谢物介导的细胞间通讯机制	肺腺癌肿瘤微环境中的细胞类型和代谢物	肿瘤微环境	肺腺癌	scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	MEBOCOST, ESTIMATE, ssGSEA	单细胞RNA数据, 批量RNA数据	TCGA-LUAD数据集和两个GEO数据集
1145	2025-06-08	Single-cell and bulk transcriptome analyses reveal elevated amino acid metabolism promoting tumor-directed immune evasion in colorectal cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1575829 PMID:40475762	研究论文	通过单细胞和批量转录组分析，揭示了结直肠癌中氨基酸代谢升高促进肿瘤导向的免疫逃逸	开发了一个基于AUCell算法的氨基酸代谢评分，并构建了一个31基因的AA评分和6基因的风险评分，用于预测PD-1阻断治疗的响应和预后	样本量相对较小，仅包括17名接受PD-1阻断治疗的CRC患者和23名CRC患者的独立数据集	探究结直肠癌中氨基酸代谢与免疫逃逸的关系，并开发预测预后和药物敏感性的工具	结直肠癌患者的肿瘤细胞和肿瘤浸润免疫细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、LASSO和Cox回归分析	AUCell算法、机器学习	转录组数据	17名接受PD-1阻断治疗的CRC患者的46,374个上皮细胞和23名CRC患者的独立数据集
1146	2025-06-08	Expression of PSMD14 in lung adenocarcinoma and its impact on immune cell infiltration and prognosis: a comprehensive analysis based on RNA and single-cell RNA sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560693 PMID:40475775	research paper	本研究探讨了PSMD14在肺腺癌中的表达及其对免疫细胞浸润和预后的影响	首次全面分析了PSMD14在肺腺癌中的表达及其与免疫细胞浸润和患者预后的关系，并整合了RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限	探索PSMD14在肺腺癌中的表达及其对肿瘤免疫和临床结果的影响	肺腺癌患者样本及相关的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	digital pathology	lung cancer	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫组化	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 免疫组化图像	肺腺癌患者样本及公开数据集中的RNA-seq和单细胞RNA-seq数据
1147	2025-06-08	Metabolic profiles in laryngeal cancer defined two distinct molecular subtypes with divergent prognoses 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1512502 PMID:40475768	research paper	该研究通过综合分析转录组、突变、甲基化和单细胞RNA测序数据，确定了与代谢相关的喉癌亚型，并开发了预后和诊断模型	首次通过多组学数据定义了喉癌的两种代谢相关分子亚型，并开发了高性能的诊断和预后预测模型	样本量相对有限（114例），且需要更多独立队列验证模型的普适性	探索喉癌的代谢相关分子亚型及其对预后的影响	喉癌患者	digital pathology	laryngeal cancer	转录组测序, 突变分析, 甲基化分析, 单细胞RNA测序	LASSO Cox回归, Random Forest算法	基因组数据, 转录组数据, 甲基化数据	114例喉癌患者（来自TCGA数据库）
1148	2025-06-08	Tumor-infiltrating lymphocytes in cancer immunotherapy: from chemotactic recruitment to translational modeling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1601773 PMID:40475782	综述	本文综述了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在癌症免疫治疗中的作用及其研究进展	探讨了TILs的表型和功能多样性，以及其在肿瘤微环境中的动态相互作用，并强调了新兴技术在TIL生物学研究中的应用	未提及具体临床应用的局限性	探讨TILs在癌症免疫治疗中的作用及其研究进展	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）及其在肿瘤微环境中的动态相互作用	癌症免疫治疗	癌症	单细胞测序、新抗原预测、生物材料平台	3D肿瘤球体、类器官共培养、同源小鼠模型、人源化系统	NA	NA
1149	2025-06-08	stGuide advances label transfer in spatial transcriptomics through attention-based supervised graph representation learning 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1566675 PMID:40476268	research paper	本文提出了一种基于注意力机制的监督图学习模型stGuide，用于空间转录组学中的跨切片对齐和高效标签转移	stGuide利用参考注释引导的监督表示，通过注意力机制将查询切片映射到共享嵌入空间，并通过最近邻信息分配点级标签	NA	解决空间转录组学数据中的批次效应、不平衡参考注释和组织异质性等问题，实现高效的标签转移	人类背外侧前额叶皮层和乳腺癌数据集	空间转录组学	乳腺癌	注意力机制监督图学习	attention-based supervised graph learning model	空间转录组数据	NA
1150	2025-06-08	Identifying genetic variants that influence the abundance of cell states in single-cell data 2024-Oct, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01909-1 PMID:39327486	研究论文	本文介绍了一种名为Genotype-Neighborhood Associations (GeNA)的统计工具，用于在高维单细胞数据中识别影响细胞状态丰度的遗传变异	GeNA工具无需预定义细胞状态，灵活识别与遗传变异最相关的细胞状态丰度	研究仅基于969名个体的外周血单细胞RNA测序数据，可能需要更大样本量验证	识别影响单细胞数据中细胞状态丰度的遗传变异	单细胞RNA测序数据中的免疫细胞状态	生物信息学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	GeNA统计模型	单细胞RNA测序数据	969名个体的外周血样本
1151	2025-06-08	Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging 2024-Jun-06, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.04.013 PMID:38714197	研究论文	通过单细胞转录组学和蛋白质组学成像技术，绘制人类骨髓微环境的细胞生物地理学图谱	首次整合单细胞RNA测序和CODEX空间分析技术，揭示了人类骨髓中非造血细胞的异质性及其空间组织，并预测了造血细胞与非造血细胞亚群之间的相互作用	样本来源和数量可能限制了结果的普遍性，且技术整合的复杂性可能影响数据解读	研究人类骨髓中非造血细胞的异质性及其空间组织，以理解其对造血过程的贡献	人类骨髓中的非造血细胞和造血细胞	单细胞组学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、共检测索引（CODEX）	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组成像数据	29,325个非造血细胞和53,417个造血细胞，以及超过120万个细胞的空间分析
1152	2025-06-08	Metabolic regulator ERRγ governs gastric stem cell differentiation into acid-secreting parietal cells 2024-Jun-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.04.016 PMID:38733994	研究论文	该研究通过小鼠模型和人类胃细胞，揭示了代谢调节因子ERRγ在胃干细胞分化为分泌胃酸的壁细胞过程中的关键作用	首次发现ERRγ在壁细胞分化中的核心作用，并详细描述了壁细胞分化的分子、细胞和超微结构阶段	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床相关性需要进一步验证	阐明壁细胞分化的分子机制	胃干细胞和壁细胞	细胞生物学	胃部疾病	scRNA-seq	小鼠模型和人类胃细胞器官模型	基因表达数据和细胞形态数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类胃细胞
1153	2025-06-08	Interleukin-36γ-producing macrophages drive IL-17-mediated fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aax4783 PMID:31604843	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，研究了生物材料和合成材料植入后巨噬细胞的功能亚群及其在组织修复和纤维化中的作用	发现了CD9IL-36γ巨噬细胞亚群，这些巨噬细胞在缺乏IL-17受体的小鼠中几乎不存在，表明它们可能参与IL-17依赖的免疫和自身免疫反应	研究主要基于小鼠模型，人类组织样本的验证仍需进一步研究	研究巨噬细胞亚群在生物材料和合成材料植入后的功能及其在组织修复和纤维化中的作用	巨噬细胞亚群	免疫学	纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠和人类组织样本
1154	2025-06-08	Lifting the veil on macrophage diversity in tissue regeneration and fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aaz0749 PMID:31604845	research paper	该研究使用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞在组织修复和纤维化中的作用	利用单细胞RNA测序技术揭示巨噬细胞多样性在组织修复和纤维化中的具体作用	NA	研究巨噬细胞在组织修复和纤维化过程中的作用机制	巨噬细胞	生物医学	纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
1155	2025-06-07	Identification of macrophage-associated diagnostic biomarkers and molecular subtypes in gestational diabetes mellitus based on machine learning 2025-Dec, Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology DOI:10.1080/21691401.2025.2513893 PMID:40476676	research paper	该研究通过整合scRNA-seq和RNA-seq数据，探索了与巨噬细胞相关的妊娠期糖尿病(GDM)诊断基因和亚型	提出了CB-DSNMF算法用于识别GDM亚型，并构建了基于内皮细胞转录组的高精度诊断模型	未提及样本量是否足够大以验证模型的普适性	探索GDM的分子机制并开发诊断工具	妊娠期糖尿病(GDM)患者	machine learning	gestational diabetes mellitus	scRNA-seq, RNA-seq	ensemble machine learning algorithms, CB-DSNMF	gene expression data	NA
1156	2025-06-07	NanoCRISPR-assisted biomimetic tissue-equivalent patch regenerates the intervertebral disc by inhibiting endothelial-to-mesenchymal transition 2025-Nov, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2025.123404 PMID:40398216	research paper	该研究提出了一种纳米CRISPR辅助的生物仿生组织等效补片，通过抑制内皮-间质转化来再生椎间盘	使用纳米CRISPR系统靶向消除VEGF介导的血管生成因子，并结合仿生纳米纤维支架促进椎间盘修复	研究未提及长期效果评估或潜在副作用	开发一种新型椎间盘修复方法，解决当前治疗无法充分解决的生物学修复和血管生成问题	椎间盘（特别是纤维环）的再生	生物医学工程	椎间盘退行性疾病	单细胞RNA测序、纳米CRISPR系统	NA	NA	未明确提及样本数量
1157	2025-06-07	The battle within: Discovering new insights into phytopathogen interactions and effector dynamics 2025-Sep, Microbiological research IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.micres.2025.128220 PMID:40398012	综述	本文全面回顾了植物病原体与宿主之间复杂的相互作用，特别是效应蛋白触发的免疫机制及其在感染中的作用	强调了元种群动态和快速适应在植物病原体效应蛋白和植物抗性蛋白修饰中的作用，以及环境因素和气候变化对宿主-病原体互作的影响	NA	探讨植物病原体效应蛋白的作用机制及其在疾病管理策略中的应用	植物病原体效应蛋白、植物抗性蛋白、宿主-病原体互作	植物病理学	植物病害	生物信息学、单细胞转录组学	NA	NA	NA
1158	2025-06-07	Immune-endothelial cell crosstalk in hepatic endothelial injury of liver fibrotic mice 2025-Aug-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.177730 PMID:40374060	研究论文	本研究探讨了肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的潜在调控通路	揭示了肝内皮细胞与免疫细胞之间的细胞通讯机制，特别是通过Ptprc-Mrc1和Sell-Podxl信号通路维持肝纤维化过程中的细胞相互作用	研究仅使用了C57BL/6雄性小鼠模型，可能不适用于其他物种或性别	探索肝纤维化中肝内皮细胞损伤的机制及细胞间通讯的调控通路	C57BL/6雄性小鼠的肝内皮细胞和免疫细胞	肝脏病理学	肝纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、扫描电子显微镜（SEM）、PCR技术	NA	基因表达数据、显微图像	24,534个细胞，聚类为10个主要细胞亚群
1159	2025-06-07	Transcriptional profile and quantitative proteomics revealed NGF-p75NTR-associated synaptic plasticity and heterogeneity for diabetic encephalopathy and the potential role of CoQ10 for diabetic induced cognitive deficits in mice 2025-Aug, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167823 PMID:40185338	research paper	该研究通过转录组和定量蛋白质组学揭示了NGF-p75NTR相关的突触可塑性和糖尿病脑病的异质性，并探讨了CoQ10在糖尿病诱导认知缺陷中的潜在作用	首次研究了DICD相关及CoQ10处理的蛋白质组变化，以及DICD与对照组之间的异质性变化，并发现NGF-p75NTR信号通路显著参与突触可塑性调节	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床中进行验证	探讨CoQ10在糖尿病诱导认知缺陷（DICD）中的细胞和分子特征及其潜在作用	糖尿病脑病（DE）和糖尿病诱导认知缺陷（DICD）小鼠模型	digital pathology	diabetic encephalopathy	TMT-based quantitative proteomics, scRNA-sequencing, Western blotting	NA	proteomics data, transcriptomics data	小鼠模型（具体数量未明确说明）
1160	2025-06-07	CTLA4 modulates B cell receptor signals to inhibit HBsAb secretion in chronic hepatitis B patients 2025-Aug, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167848 PMID:40279930	研究论文	本研究探讨了CTLA4在慢性乙型肝炎(CHB)患者B细胞中对HBsAb分泌的抑制作用及其机制	首次揭示了CTLA4通过结合SHP-1抑制Jak-STAT和B细胞受体信号通路，从而影响HBsAb分泌的新机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，需要进一步临床验证	探索CHB患者B细胞功能缺陷的分子机制及潜在治疗靶点	慢性乙型肝炎患者的B细胞	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA测序	HBV小鼠模型	RNA测序数据	CHB患者外周和肝脏HBsAg特异性B细胞