单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1141	2025-07-21	Single-nucleus chromatin accessibility and transcriptomic map of breast tissues of women of diverse genetic ancestry 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03011-9 PMID:39122969	research paper	该研究通过单核染色质可及性和转录组分析，建立了来自不同遗传背景女性的乳腺组织图谱	整合分析揭示了10种不同的细胞类型，包括三种主要上皮亚型，并发现了未表征的标记物和基因调控网络，以及遗传背景依赖的变异性	样本量相对较小（92名女性），可能无法完全代表所有遗传背景的多样性	探索健康乳腺生物学中遗传背景依赖的变异性	92名不同遗传背景女性的乳腺组织样本	digital pathology	breast cancer	单核染色质可及性分析、转录组分析、空间转录组学	NA	单核染色质可及性数据、基因表达数据	92名女性的乳腺组织样本
1142	2025-07-21	Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis 2024-Dec, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00734-0 PMID:39706866	研究论文	本文提出了一种名为基因信号模式分析（GSPA）的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习丰富的基因表示	首次将图信号处理技术应用于单细胞数据中的基因空间映射，并提出了GSPA方法	NA	解决单细胞测序分析中基因空间映射的问题	单细胞测序数据中的基因	生物信息学	NA	单细胞测序	图信号处理	单细胞测序数据	NA
1143	2025-07-21	Integrating spatial transcriptomics and snRNA-seq data enhances differential gene expression analysis results of AD-related phenotypes 2024-Nov-18, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.11.18.24317499 PMID:39606364	研究论文	本研究整合空间转录组学和单核RNA测序数据，增强了对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析能力	结合空间转录组学和单核RNA测序数据，提高了对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析的检测能力	样本来源仅限于死后大脑组织，可能无法完全反映活体情况	增强对阿尔茨海默病相关表型的空间信息和细胞类型特异性差异基因表达分析	阿尔茨海默病相关表型（β-淀粉样蛋白、缠结密度和认知衰退）	生物信息学	阿尔茨海默病	空间转录组学(ST)、单核RNA测序(snRNA-seq)	深度学习工具CelEry、线性混合回归模型	基因表达数据	436个死后大脑组织的背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织样本
1144	2025-07-21	Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing 2024-Nov-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12112538 PMID:39595104	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNAseq）在糖尿病伤口愈合研究中的应用，特别是成纤维细胞的异质性分析	利用单细胞RNA测序技术探索糖尿病伤口中成纤维细胞的异质性，为改善伤口愈合提供新的治疗靶点	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证研究支持	研究糖尿病伤口愈合的机制，特别是成纤维细胞的作用	糖尿病伤口中的成纤维细胞	数字病理学	糖尿病	scRNAseq	NA	RNA测序数据	NA
1145	2025-07-21	Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain 2024-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01769-2 PMID:39349662	research paper	该研究揭示了产前小鼠和人类大脑中小胶质细胞与新生血管的年龄依赖性相互作用，以及这些细胞在促进血管网络形成中的作用，同时发现GMH患儿中的CD45细胞通过产生促炎因子破坏血管完整性	首次揭示了小胶质细胞在特定脑区血管生成中的作用，并阐明了GMH患儿中免疫细胞通过促炎因子导致血管破裂的机制	研究主要基于小鼠模型和人类样本的体外分析，需要进一步在人类体内验证这些发现	探究早产儿生发基质出血(GMH)的发病机制	产前小鼠和人类大脑组织、早产儿CD45免疫细胞	神经发育生物学	早产儿生发基质出血	单细胞转录组学、流式细胞术	小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠和人类早产儿样本
1146	2025-07-21	Cystic fibrosis-related diabetes is associated with reduced islet protein expression of GLP-1 receptor and perturbation of cell-specific transcriptional programs 2024-10-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-76722-1 PMID:39463434	研究论文	本研究探讨了囊性纤维化相关糖尿病(CFRD)中胰岛GLP-1受体蛋白表达减少及其对胰岛素分泌的影响	首次发现CFRD患者胰岛中GLP-1R蛋白表达减少，并揭示了α和β细胞特异性转录程序的紊乱	研究样本量未明确说明，且仅关注了胰腺组织层面的变化	探索CFRD中胰岛素分泌受损的分子机制	囊性纤维化相关糖尿病患者与非CF/非糖尿病对照组的胰腺组织	糖尿病研究	囊性纤维化相关糖尿病	免疫组织化学和空间转录组学	NA	组织样本和基因表达数据	未明确说明
1147	2025-07-21	Proximity-dependent labeling identifies dendritic cells that drive the tumor-specific CD4+ T cell response 2024-10-04, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8843 PMID:39365874	研究论文	利用LIPSTIC技术识别驱动肿瘤特异性CD4+ T细胞反应的树突状细胞	使用LIPSTIC单细胞转录组学技术，识别出在肿瘤引流淋巴结和肿瘤微环境中能够向CD4 T细胞呈递抗原的树突状细胞	仅关注树突状细胞与CD4 T细胞的相互作用，未涉及其他免疫细胞类型	研究树突状细胞在肿瘤免疫反应中的作用	树突状细胞和CD4+ T细胞	免疫学	肿瘤	LIPSTIC单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA
1148	2025-07-21	Glutaminase inhibition in combination with azacytidine in myelodysplastic syndromes: a phase 1b/2 clinical trial and correlative analyses 2024-Oct, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00811-3 PMID:39300320	研究论文	本研究探讨了谷氨酰胺酶抑制剂telaglenastat（CB-839）与阿扎胞苷（AZA）联合治疗晚期骨髓增生异常综合征（MDS）的临床前协同效应及1b/2期临床试验结果	首次在MDS患者中评估了CB-839与AZA联合治疗的临床前协同效应和临床疗效，并发现谷氨酰胺转运蛋白SLC38A1与临床反应相关	单臂开放标签研究设计，样本量较小（共30名参与者）	评估CB-839与AZA联合治疗MDS的安全性、耐受性和临床疗效	晚期骨髓增生异常综合征（MDS）患者	临床医学	骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序	NA	临床数据	30名参与者（6名剂量递增研究，24名剂量扩展研究）
1149	2025-07-21	Inferring super-resolution tissue architecture by integrating spatial transcriptomics with histology 2024-Sep, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-02019-9 PMID:38168986	research paper	该研究提出了一种名为iStar的方法，通过整合空间转录组学数据和高分辨率组织学图像，以超分辨率预测空间基因表达	iStar基于分层图像特征提取，能够将基因表达分辨率提升至接近单细胞水平，并能在仅具备组织学图像的组织切片中预测基因表达	NA	开发一种整合空间转录组学和组织学图像的方法，以提高基因表达预测的分辨率	空间转录组学数据和高分辨率组织学图像	digital pathology	NA	空间转录组学(ST)	分层图像特征提取	图像和基因表达数据	NA
1150	2025-07-21	Regulator of G-protein signaling expression in human intestinal enteroendocrine cells and potential role in satiety hormone secretion in health and obesity 2024-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105283 PMID:39142076	研究论文	本研究探讨了G蛋白信号调节因子（RGS）在人类肠道内分泌细胞中的表达及其在健康和肥胖状态下对饱腹激素分泌的潜在影响	首次揭示了RGS在人类肠道内分泌细胞中的表达谱，并发现其在肥胖状态下发生改变，提出RGS蛋白作为肠道内分泌细胞中GLP-1和PYY分泌调节因子的新角色	样本量相对有限（61例患者），且部分数据来自公开数据库	探究RGS在肠道内分泌细胞中的表达及其对饱腹激素分泌的调控作用	人类肠道L型内分泌细胞（EECs）	分子生物学	肥胖症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、RNA测序（RNAseq）	体外细胞模型（NCI-H716细胞）	基因表达数据、激素分泌数据	61例患者（42例肥胖，19例瘦削）的肠道组织样本，部分患者餐后血浆样本
1151	2025-07-21	Monocyte Single-Cell Multimodal Profiling in Cardiovascular Disease Risk States 2024-Aug-30, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.324457 PMID:39105287	research paper	该研究通过单细胞多模态分析揭示了单核细胞在心血管疾病风险状态中的异质性和功能多样性	首次采用CITE-seq和单细胞RNA测序技术对437,126个单核细胞进行全面转录和表型分析，发现了多个功能不同的单核细胞亚群及其与心血管疾病风险因素的关联	研究主要关注单核细胞的异质性，可能忽略了其他免疫细胞在心血管疾病中的作用	探索单核细胞在心血管疾病风险状态中的异质性和功能多样性	人类和小鼠的单核细胞	免疫学	心血管疾病	CITE-seq, 单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 表型数据	437,126个单核细胞
1152	2025-07-21	METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics 2024-Aug-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51708-9 PMID:39181865	研究论文	介绍了一种名为METI的端到端框架，通过整合空间转录组学、细胞形态学和精选基因特征，增强对肿瘤微环境中分子景观和细胞相互作用的理解	METI框架首次将细胞形态学与空间转录组学整合，克服了现有分析工具忽视组织学特征和依赖单细胞RNA测序数据的限制	未明确提及样本量是否足够广泛覆盖所有肿瘤类型，且未讨论在低质量或降解样本中的表现	开发一种能够更全面分析肿瘤微环境中细胞相互作用和分子特征的工具	胃、肺、膀胱等肿瘤组织及癌前组织的空间转录组数据	数字病理学	胃癌、肺癌、膀胱癌	空间转录组学（ST）	端到端框架（METI）	空间转录组数据、细胞形态数据	多种肿瘤组织（包括胃、肺、膀胱癌及癌前组织）的ST数据
1153	2025-07-21	The glycolytic reaction PGAM unexpectedly restrains Th17 pathogenicity and Th17-dependent autoimmunity 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.18.607992 PMID:39229227	研究论文	本研究探讨了糖酵解反应PGAM在调节Th17细胞致病性中的意外作用及其在自身免疫性疾病中的影响	发现PGAM酶与其他糖酵解酶不同，作为Th17细胞致病性的负调节因子	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类Th17细胞的直接证据尚不充分	揭示糖代谢反应对Th17细胞致病性的调控机制	Th17细胞及其在实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)模型中的作用	免疫代谢	自身免疫性疾病	单细胞RNA-seq, Compass算法(代谢流分析)	EAE小鼠模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用体外培养的Th17细胞和小鼠模型
1154	2025-07-21	Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis 2024-Aug, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02235-4 PMID:38528186	research paper	评估GPT-4在单细胞RNA测序分析中用于细胞类型注释的能力	首次展示GPT-4能够利用标记基因信息准确注释细胞类型，并开发了配套的R软件包GPTCelltype	未提及在不同组织或疾病状态下GPT-4注释性能的差异	探索大型语言模型在单细胞RNA测序数据分析中的应用	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	GPT-4	text	数百种组织和细胞类型
1155	2025-07-21	Loss of Inpp5d has disease-relevant and sex-specific effects on glial transcriptomes 2024-08, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.13901 PMID:38923164	研究论文	研究Inpp5d缺失对野生型小鼠脑转录组的性别特异性影响及其与神经退行性疾病的关联	揭示了Inpp5d缺失在无病理情况下对基因表达的显著影响，并发现其性别特异性效应及与神经退行性机制的关联	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究Inpp5d在脑中的功能及其与阿尔茨海默病风险的关联	野生型小鼠脑组织	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1156	2025-07-21	Transcriptional analysis of primary ciliary dyskinesia airway cells reveals a dedicated cilia glutathione pathway 2024-Jul-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.180198 PMID:39042459	研究论文	通过转录组分析揭示了原发性纤毛运动障碍(PCD)气道上皮细胞中独特的谷胱甘肽通路	首次发现PCD细胞中GSTA2/GSTA1表达增加与NRF2靶基因激活的关联，并证实GSTA2在纤毛运动中的调控作用	研究样本量有限，且主要基于体外细胞模型	阐明PCD基因变异对多纤毛细胞的分子影响	PCD患者、其杂合子母亲和健康人的原代培养上皮细胞，以及PCD患者来源的iPS细胞	分子生物学	原发性纤毛运动障碍	单细胞RNA测序、蛋白质组学、免疫金标记	NA	转录组数据、蛋白质组数据、显微镜图像	PCD患者、杂合子母亲和健康对照的原代细胞及iPS细胞
1157	2025-07-21	Understanding the Foreign Body Response via Single-Cell Meta-Analysis 2024-Jul-18, Biology DOI:10.3390/biology13070540 PMID:39056733	meta-analysis	通过单细胞RNA测序数据的荟萃分析，研究异物反应（FBR）的细胞特异性基因特征	整合所有可用的FBR小鼠研究的scRNA-seq数据，识别不同模型和解剖位置中FBR特异的基因特征	研究结果可能受限于小鼠模型的数据，未涉及人类样本	识别异物反应中的细胞特异性基因特征，为医疗植入物提供潜在治疗靶点	小鼠异物反应模型中的成纤维细胞和巨噬细胞亚群	生物医学研究	异物反应	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	所有可用的小鼠FBR研究数据
1158	2025-07-21	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	research paper	该论文提出了一种基于细胞模拟方法的细胞分割技术，用于提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性，并在性能上优于现有方法	研究仅基于三种商业平台生成的数据集进行验证，可能在其他平台上的适用性有待进一步验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性，以更精确地分析细胞转录状态和微环境	单细胞空间转录组学数据中的细胞分割	digital pathology	renal cell carcinoma	单细胞空间转录组学	NA	转录组数据	基于三种商业平台生成的数据集，具体样本数量未明确说明
1159	2025-07-21	Glycolysis in hepatic stellate cells coordinates fibrogenic extracellular vesicle release spatially to amplify liver fibrosis 2024-06-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn5228 PMID:38941469	研究论文	本研究探讨了肝星状细胞（HSCs）中糖酵解如何通过组织区域特异性途径协调纤维化放大	揭示了HSCs中糖酵解通过增强组蛋白3赖氨酸9乙酰化促进EV释放，从而放大肝纤维化的机制	未涉及糖酵解抑制对肝纤维化治疗的具体临床应用效果	研究HSCs中糖酵解在肝纤维化放大中的作用机制	肝星状细胞（HSCs）及其释放的细胞外囊泡（EVs）	细胞生物学	肝纤维化	空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型
1160	2025-07-21	Single-cell transcriptomic-informed deconvolution of bulk data identifies immune checkpoint blockade resistance in urothelial cancer 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109928 PMID:38812546	research paper	该研究提出了一种名为ProM的计算方法，通过整合单细胞RNA测序和批量组织RNA测序数据，识别膀胱尿路上皮癌中对免疫检查点抑制剂抵抗的细胞特征	ProM方法能够检测主要和次要细胞类型，相比现有方法在配对单细胞和批量RNA测序数据上表现出优越性，并揭示了与不良预后相关的预处理细胞特征	研究主要聚焦于膀胱尿路上皮癌，可能不适用于其他癌症类型	研究肿瘤微环境异质性及免疫检查点阻断抵抗机制	人类膀胱尿路上皮癌样本	digital pathology	urothelial cancer	scRNA-seq, bulk RNA-seq	ProM	RNA-seq数据	配对的单细胞和批量RNA测序的人类膀胱尿路上皮癌样本