单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1141	2025-05-07	Spatially resolved transcriptomics reveal the determinants of primary resistance to immunotherapy in NSCLC with mature tertiary lymphoid structures 2025-Feb-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.101934 PMID:39909044	research paper	该研究通过空间转录组学揭示了非小细胞肺癌中成熟三级淋巴结构对免疫检查点抑制剂原发性耐药的决定因素	发现了两种特定的癌症相关成纤维细胞亚群在介导mTLS阳性NSCLC对ICIs的原发性耐药中的关键作用	研究样本量虽大(n=509)，但来自单一机构(BIP研究)，可能需要更多外部验证	探究mTLS阳性NSCLC患者对免疫治疗产生原发性耐药的机制	非小细胞肺癌患者(n=509)及其肿瘤微环境	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics, multiplex immunofluorescence (mIF)	NA	transcriptomic data, immunofluorescence imaging	509名NSCLC患者
1142	2025-05-07	Kernel-bounded clustering for spatial transcriptomics enables scalable discovery of complex spatial domains 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278983.124 PMID:39909714	research paper	提出了一种名为核边界聚类（KBC）的新算法，用于处理空间转录组数据，以发现复杂的空间域	KBC是首个使用分布核来招募聚类成员的算法，能够发现不同密度、大小和形状的聚类，并且是一种线性时间聚类算法，显著提高了聚类分析的速度	未明确提及具体局限性	开发一种新的聚类算法，以更有效地处理大规模空间转录组数据集	空间转录组数据	machine learning	NA	Weisfeiler-Lehman scheme	KBC	spatial transcriptomics data	NA
1143	2025-05-07	Hypoxia-Mimicking Microenvironment Scaffold for Enhanced Tendon Regeneration 2025-Feb-12, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.4c18082 PMID:39901352	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索肌腱愈合中的细胞群体和信号通路，并开发了一种模拟缺氧环境的PCL-DFOA支架以增强肌腱组织再生	利用单细胞RNA测序揭示缺氧在肌腱愈合中的关键作用，并开发了能模拟缺氧环境的PCL-DFOA支架	NA	探索肌腱损伤修复的新治疗策略	肌腱组织	组织工程	肌腱损伤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1144	2025-05-07	Defining the regulatory logic of breast cancer using single-cell epigenetic and transcriptome profiling 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100765 PMID:39914387	研究论文	通过单细胞表观遗传和转录组分析揭示乳腺癌的调控逻辑	结合单细胞染色质可及性（scATAC-seq）和转录组（scRNA-seq）分析，识别乳腺癌亚型特异性肿瘤的起源细胞，并量化恶性细胞与正常细胞中调控元件与基因表达的关联	研究仅针对乳腺癌，未涉及其他癌症类型	解析乳腺癌细胞中非编码调控机制及其在致癌过程中的作用	人类乳腺肿瘤和健康乳腺组织，以及乳腺癌细胞系	表观遗传学	乳腺癌	scATAC-seq, scRNA-seq	线性混合效应模型	单细胞表观遗传和转录组数据	未明确提及具体样本数量，但包括人类乳腺肿瘤、健康乳腺组织和乳腺癌细胞系
1145	2025-05-07	Single-cell delineation of the microbiota-gut-brain axis: Probiotic intervention in Chd8 haploinsufficient mice 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100768 PMID:39914389	研究论文	通过构建野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的大脑和肠道组织的单细胞转录组图谱，探索了宿主-肠道微生物群的相互作用，并研究了益生菌干预对CHD8单倍不足小鼠社交缺陷的潜在治疗效果	首次在CHD8单倍不足的ASD模型中，利用单细胞转录组学技术详细描绘了微生物群-肠-脑轴的相互作用，并发现特定益生菌干预可选择性挽救社交缺陷	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类ASD患者中验证益生菌干预的效果	探索微生物群-肠-脑轴在自闭症谱系障碍(ASD)中的作用，并寻找潜在的治疗策略	野生型和CHD8单倍不足突变型小鼠的大脑和肠道组织	神经科学	自闭症谱系障碍(ASD)	单细胞转录组测序	CHD8单倍不足小鼠模型	单细胞转录组数据	野生型和突变型小鼠在三个发育阶段的大脑和肠道组织样本
1146	2025-05-07	Characterization and bioinformatic filtering of ambient gRNAs in single-cell CRISPR screens using CLEANSER 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100766 PMID:39914388	research paper	该研究开发了一种名为CLEANSER的混合模型，用于过滤单细胞CRISPR筛选中的环境gRNAs，以提高gRNA细胞分配的准确性	开发了CLEANSER模型，结合gRNA和细胞特异性归一化参数，有效过滤环境gRNAs，提高单细胞RNA测序CRISPR筛选的准确性	NA	提高单细胞RNA测序CRISPR筛选的准确性，减少环境gRNAs带来的假阳性	单细胞RNA测序CRISPR筛选中的环境gRNAs	生物信息学	NA	单细胞RNA测序CRISPR筛选	混合模型（CLEANSER）	RNA测序数据	NA
1147	2025-05-07	Exploring molecular disparities of H-type vasculature endothelial cells in osteonecrosis of the femoral head through single-cell analysis 2025-Feb-06, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-08267-3 PMID:39910554	research paper	通过单细胞RNA测序分析，探索股骨头坏死中H型血管内皮细胞的分子差异	首次在股骨头坏死和髋骨关节炎中，利用单细胞RNA测序技术研究H型血管内皮细胞的分子变化，特别是铁死亡、焦亡和parthanatos等死亡模式	样本量较小，仅包括9个股骨头样本，可能影响结果的普遍性	研究股骨头坏死中H型血管内皮细胞的分子变化及其在疾病进展中的作用	股骨头坏死和髋骨关节炎患者的H型血管内皮细胞	digital pathology	osteonecrosis of the femoral head	scRNA-seq, Gene Ontology, KEGG analysis, CellChat	NA	RNA sequencing data	9个股骨头样本（3个髋骨关节炎、3个股骨头坏死3A期、3个股骨头坏死4期）
1148	2025-05-07	Myeloma cell-derived CXCL7 facilitates proliferation of tumor cells and occurrence of osteolytic lesions through JAK/STAT3 pathway 2025-Feb-06, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07413-6 PMID:39915476	研究论文	探讨骨髓瘤细胞衍生的CXCL7通过JAK/STAT3通路促进肿瘤细胞增殖和溶骨性病变的发生	发现CXCL7通过激活JAK/STAT3通路促进骨髓瘤细胞增殖和溶骨性病变，为多发性骨髓瘤的治疗提供了新的靶点	研究主要基于小鼠异种移植肿瘤模型，临床样本验证仍需进一步研究	揭示CXCL7在多发性骨髓瘤溶骨性病变中的作用机制	多发性骨髓瘤细胞和小鼠异种移植肿瘤模型	肿瘤生物学	多发性骨髓瘤	转录组数据分析、单细胞RNA-seq、小鼠异种移植肿瘤模型	小鼠异种移植肿瘤模型	RNA-seq数据、临床数据	未明确提及具体样本数量，涉及中心数据和GEO数据库数据
1149	2025-05-07	Single-cell atlas of human pancreatic islet and acinar endothelial cells in health and diabetes 2025-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55415-3 PMID:39915484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，构建了人类胰腺胰岛和腺泡内皮细胞在健康和糖尿病状态下的单细胞图谱	首次开发了富集胰岛特异性内皮细胞(ISECs)和腺泡特异性内皮细胞(ASECs)的策略，并揭示了它们在健康和糖尿病状态下的独特分子特征	研究仅基于三个人类胰腺样本和三个已发表的胰腺数据集，样本量相对较小	揭示胰腺血管异质性及其在糖尿病中的变化	人类胰腺胰岛和腺泡内皮细胞	单细胞测序	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	三个人类胰腺样本和三个已发表的胰腺数据集
1150	2025-05-07	APMAT analysis reveals the association between CD8 T cell receptors, cognate antigen, and T cell phenotype and persistence 2025-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-56659-3 PMID:39915487	研究论文	本文介绍了一种名为APMAT的实验计算框架，用于高通量捕获和分析CD8 T细胞，结合抗原、TCR序列和单细胞转录组数据	开发了APMAT框架，首次将抗原-TCR配对与单细胞多组学分析相结合，揭示了抗原-TCR对的物理化学特征与T细胞表型及持久性的关联	研究仅针对HLA A*02:01 COVID-19患者，样本量相对有限（62名参与者）	阐明I类肽抗原、特异性CD8 T细胞受体（TCR）和抗原刺激后T细胞表型之间的关系	CD8 T细胞及其TCR序列、抗原特性和单细胞转录组	免疫学	COVID-19	单细胞转录组分析、高通量测序	APMAT（实验计算框架）	单细胞转录组数据、TCR序列数据、抗原特性数据	62名HLA A*02:01 COVID-19参与者
1151	2025-05-07	Identification of the immune infiltration and biomarkers in ulcerative colitis based on liquid-liquid phase separation-related genes 2025-Feb-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-89252-1 PMID:39915583	研究论文	本研究通过机器学习算法鉴定了与溃疡性结肠炎(UC)免疫浸润相关的液-液相分离(LLPS)基因，并验证了这些基因在UC中的诊断价值和免疫调节作用	首次揭示了LLPS相关基因在UC免疫浸润中的作用，并筛选出7个高诊断准确性的hub基因，为UC的精准治疗提供了新靶点	研究样本量有限，需要更大规模的临床队列验证hub基因的诊断价值	探索LLPS相关基因在UC免疫浸润中的作用机制并寻找诊断标志物	溃疡性结肠炎患者	生物信息学	溃疡性结肠炎	机器学习算法、qRT-PCR、scRNA-seq	机器学习算法	基因表达数据	微阵列和单细胞RNA测序数据集
1152	2025-05-07	Single-cell transcriptomics reveals novel chondrocyte and osteoblast subtypes and their role in knee osteoarthritis pathogenesis 2025-Feb-05, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02136-8 PMID:39904988	研究论文	通过单细胞转录组学揭示新型软骨细胞和成骨细胞亚型及其在膝骨关节炎发病机制中的作用	发现了三种新型软骨细胞亚型，并揭示了Angptl7软骨细胞通过FGF2-FGFR2信号通路促进血管生成，以及Sparc成骨细胞对骨矿化和成骨细胞分化的负调控作用	研究基于小鼠模型，结果是否适用于人类需要进一步验证	探讨膝骨关节炎发病机制中软骨下骨重塑与软骨退变之间的相互作用	膝骨关节炎小鼠模型的软骨下骨和软骨组织	数字病理学	膝骨关节炎	单细胞转录组学	双足绝经后膝骨关节炎小鼠模型	单细胞RNA测序数据	膝骨关节炎小鼠模型的软骨下骨和软骨组织样本
1153	2025-05-07	A model-based factorization method for scRNA data unveils bifurcating transcriptional modules underlying cell fate determination 2025-Feb-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97424 PMID:39907554	研究论文	提出了一种基于模型的单细胞RNA数据分解方法MGPfact，用于揭示细胞命运决定中的分叉转录模块	MGPfact能够将复杂的发育轨迹分解为基因集的独立分叉过程，从而基于相关特征进行轨迹推断	NA	提高对细胞命运决定中生物过程的理解	单细胞RNA序列数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	MGPfact	单细胞RNA序列数据	239个数据集
1154	2025-05-07	Deterministic genetic barcoding for multiplexed behavioral and single-cell transcriptomic studies 2025-Feb-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.88334 PMID:39908076	research paper	介绍一种名为TaG-EM的遗传条形码方法，用于在单细胞转录组研究中标记特定细胞群	提出了一种新的遗传条形码方法TaG-EM，能够在体内标记特定细胞群，并用于单细胞测序数据的细胞类型鉴定	未提及方法的适用范围是否仅限于果蝇或其他模式生物	开发一种遗传条形码方法，以改善单细胞转录组实验的多路复用和可靠注释	果蝇细胞群	单细胞测序	NA	单细胞测序、NGS	NA	基因表达数据	NA
1155	2025-05-07	Identification of mitochondrial carrier homolog 2 as an important therapeutic target of castration-resistant prostate cancer 2025-Feb-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07406-5 PMID:39910035	研究论文	本研究探讨了线粒体载体同源物2（MTCH2）在去势抵抗性前列腺癌（CRPC）中的表达及其潜在功能	首次揭示了MTCH2在CRPC中的过表达及其对线粒体功能和肿瘤进展的影响	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探索MTCH2作为CRPC治疗靶点的潜力	去势抵抗性前列腺癌细胞和动物模型	癌症研究	前列腺癌	shRNA基因沉默、CRISPR-sgRNA敲除、单细胞测序	NA	基因表达数据、细胞功能数据	多种原代人CRPC细胞和裸鼠皮下异种移植模型
1156	2025-05-07	CoTF-reg reveals cooperative transcription factors in oligodendrocyte gene regulation using single-cell multi-omics 2025-Feb-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07570-6 PMID:39910206	研究论文	介绍了一个名为coTF-reg的分析框架，用于识别少突胶质细胞中协同转录因子对基因的共调控	开发了coTF-reg框架，整合单细胞RNA测序和ATAC测序数据，利用深度学习模型预测目标基因表达，并揭示协同转录因子对如SOX10-TCF12的高相互作用	虽然模型表现稳定，但可能仍需更多实验验证以确认所有预测的协同转录因子对	探究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达的机制	少突胶质细胞中的转录因子及其目标基因	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq	深度学习模型	单细胞多组学数据	NA
1157	2025-05-07	Single-cell RNA sequencing reveals tumor heterogeneity in small cell neuroendocrine cervical carcinoma 2025-Feb-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07605-y PMID:39910262	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了小细胞神经内分泌宫颈癌（SCNECC）的肿瘤异质性	首次绘制了SCNECC的单细胞图谱，鉴定了恶性上皮细胞的分子亚型及其转录因子，揭示了两种不同的致癌途径，并建立了预后预测模型	样本量较小（6个样本），且仅来自单一医院队列	探索SCNECC的肿瘤异质性及其分子机制，为精准治疗和预后预测提供依据	SCNECC患者的肿瘤组织和正常邻近宫颈组织	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序，免疫组化染色，Western blotting	预后预测模型（nomogram）	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据，临床病理数据	6个SCNECC样本（68,455个高质量细胞）和66例SCNECC患者的临床队列
1158	2025-05-07	Transcriptional regulatory network analysis identifies GRN as a key regulator bridging chemotherapy and immunotherapy response in small cell lung cancer 2025-Feb-05, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-025-01667-5 PMID:39910394	研究论文	本研究通过构建小细胞肺癌的调控网络，识别出GRN作为连接化疗和免疫治疗反应的关键调节因子	首次发现GRN作为小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应的关键调节因子，并揭示了其通过调节肿瘤相关巨噬细胞影响免疫治疗效果的机制	研究主要基于基因组学和单细胞RNA-seq数据，缺乏体内实验验证	探索小细胞肺癌对化疗和免疫治疗耐药的机制	小细胞肺癌患者和细胞系	癌症基因组学	小细胞肺癌	单细胞RNA-seq	调控网络分析	基因组学和转录组数据	未明确说明样本数量，涉及小细胞肺癌患者和细胞系数据
1159	2025-05-07	Current molecular understanding of central nervous system schwannomas 2025-Feb-05, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-025-01937-w PMID:39910685	综述	本文综述了中枢神经系统神经鞘瘤的分子生物学研究现状	揭示了新的遗传变异如SH3PXD2A::HTRA1融合基因、VGLL融合基因和SOX10突变，并探讨了基因表达和表观遗传调控机制	对神经鞘瘤分子生物学的理解仍不完全	阐明神经鞘瘤的发病机制和进展机制，指导新治疗靶点的开发	中枢神经系统神经鞘瘤	分子生物学	神经鞘瘤	单细胞测序、多组学分析	NA	NA	NA
1160	2025-05-07	Trajectory Inference with Cell-Cell Interactions (TICCI): intercellular communication improves the accuracy of trajectory inference methods 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf027 PMID:39898810	research paper	本文介绍了一种名为TICCI的新方法，通过整合细胞间通讯信息来提高单细胞转录组分析中细胞分化轨迹推断的准确性	TICCI创新性地引入了细胞间相互作用（CCI）信息，通过构建细胞邻域矩阵和利用Louvain分区识别轨迹分支，提高了轨迹推断的准确性	NA	提高单细胞转录组分析中细胞分化轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	Louvain分区, Chu-Liu算法	单细胞RNA测序数据	NA