本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1141 | 2025-10-05 |
Uncovering essential lncRNAs through transcriptome-scale CRISPR-Cas13 screening
2025-Sep-15, Advanced biotechnology
DOI:10.1007/s44307-025-00082-8
PMID:40952596
|
研究论文 | 开发了一种转录组规模的CRISPR-Cas13筛选平台CaRPool-seq,用于系统性鉴定功能性长链非编码RNA | 首次建立直接靶向RNA的转录组规模CRISPR-Cas13筛选平台,克服了传统方法的效率、特异性和可扩展性限制 | 未在论文摘要中明确说明研究局限性 | 系统性鉴定人类细胞中具有重要功能的长链非编码RNA | 人类细胞系中的长链非编码RNA | 功能基因组学 | 癌症 | CRISPR-Cas13筛选,单细胞转录组测序 | CRISPR-Cas13筛选平台 | RNA测序数据 | 多种人类细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | CaRPool-seq(转录组规模CRISPR-Cas13筛选平台) |
1142 | 2025-10-05 |
Comprehensive analysis of the tumor immune microenvironment in gastric cancer and peritoneal metastasis based on single-cell RNA sequencing analysis
2025-Sep-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-13892-6
PMID:40954153
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序分析胃癌及腹膜转移中的肿瘤免疫微环境 | 首次通过单细胞RNA测序揭示胃癌腹膜转移中TAMs向肥大细胞分化的潜力,并鉴定CCL5-CCR1通路作为潜在免疫检查点 | 样本量有限(20个样本),数据来源于公共数据库GEO | 探究胃癌及其腹膜转移的分子机制和生物学过程,寻找临床治疗新靶点 | 胃癌细胞和腹膜转移细胞 | 单细胞组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | SeuratV5, CytoTRACE, CellChat, Monocle3 | 单细胞RNA测序数据 | 20个单细胞RNA测序样本,包含2,626,594个腹膜转移细胞和17,894个胃癌细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1143 | 2025-10-05 |
Cutting-edge nanobiosensors: Revolutionizing cancer diagnosis and enabling precision medicine
2025-Sep-15, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2025.120613
PMID:40962167
|
综述 | 本文综述了纳米生物传感器在癌症诊断和精准医疗中的革命性应用 | 整合纳米技术与人工智能,开发具有前所未有的灵敏度和特异性的多功能平台,实现分子识别、成像和治疗功能的一体化 | 在规模化制造、长期稳定性、监管合规性和环境可持续性方面仍面临重大挑战 | 推动癌症诊断技术发展,实现精准医疗 | 循环肿瘤DNA(ctDNA)、循环肿瘤细胞(CTCs)和微RNA(miRNAs)等关键生物标志物 | 生物医学工程 | 癌症 | 单细胞测序、表观转录组检测 | NA | 生物分子数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
1144 | 2025-10-05 |
Integrative genome-wide analysis unveils the genetic landscape of gallstone disease and highlights novel loci with therapeutic potential
2025-Sep-14, BMJ open gastroenterology
IF:3.3Q2
DOI:10.1136/bmjgast-2025-001976
PMID:40953858
|
研究论文 | 通过整合基因组分析揭示胆石症的遗传图谱并发现具有治疗潜力的新位点 | 发现UGT1A4和FADS1/3等新的胆石症易感位点,首次通过孟德尔随机化证实不饱和脂肪酸水平与胆石症的因果关系 | 研究主要基于欧洲和日本人群数据,可能缺乏种族多样性 | 识别胆石症相关的新遗传位点并探索其临床意义和治疗潜力 | 胆石症患者群体 | 基因组学 | 胆石症 | 全基因组关联研究(GWAS)、meta分析、孟德尔随机化、转录组关联研究 | NA | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | UK Biobank、FinnGen R11、Biobank Japan等多个大型生物样本库数据 | NA | 单细胞转录组学、bulk RNA-seq | NA | 肝脏细胞图谱单细胞转录组数据集、基因型-组织表达项目 |
1145 | 2025-10-05 |
Efficacy and safety of adjuvant TTFields plus pembrolizumab and temozolomide in newly diagnosed glioblastoma: A phase 2 study
2025-Sep-12, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2025.100708
PMID:40466642
|
研究论文 | 评估肿瘤治疗电场联合帕博利珠单抗和替莫唑胺在新诊断胶质母细胞瘤中的疗效和安全性的二期临床研究 | 首次证明肿瘤治疗电场与免疫检查点抑制剂在胶质母细胞瘤中的协同作用机制,通过T1IFN通路促进原位免疫 | 样本量较小(31例患者),为单臂二期研究 | 评估TTFields联合帕博利珠单抗和替莫唑胺在新诊断胶质母细胞瘤患者中的疗效和安全性 | 新诊断胶质母细胞瘤患者 | 数字病理 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组测序,T细胞克隆分型 | NA | 临床数据,转录组数据 | 31例新诊断胶质母细胞瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1146 | 2025-10-05 |
Bu Zhong Yi Qi Tang targets key monocyte-associated genes to enhance sepsis therapy
2025-Sep-12, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.120610
PMID:40946819
|
研究论文 | 本研究探讨补中益气汤通过靶向单核细胞关键基因增强脓毒症治疗的机制 | 首次结合单细胞RNA测序和机器学习技术鉴定脓毒症特异性单核细胞亚群及关键基因,揭示补中益气汤的作用靶点 | 样本量有限,需要更大规模临床试验验证 | 研究补中益气汤在脓毒症辅助治疗中的作用机制 | 脓毒症患者外周血单个核细胞和CLP小鼠模型 | 单细胞组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 伪时序分析, 细胞通讯分析, 加权基因共表达网络分析, 机器学习 | 机器学习 | 单细胞转录组数据 | 脓毒症患者和健康对照的外周血单个核细胞,CLP小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1147 | 2025-10-05 |
Dual checkpoint blockade of glioblastoma with Anti-PD-1 and Anti-LAG-3 promotes expansion of tumor-reactive T cell clones along a unique pathway of differentiation
2025-Sep-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.06.674490
PMID:40964361
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示双免疫检查点抑制剂治疗胶质母细胞瘤时肿瘤反应性T细胞的克隆动态和分化路径 | 首次绘制胶质母细胞瘤双免疫检查点阻断治疗后T细胞克隆动态和分化的全面图谱,揭示GZMK+ TRC通过独特分化途径从外周募集到肿瘤微环境的新机制 | 样本量有限,主要关注T细胞反应而未全面分析其他免疫细胞亚群 | 探究双免疫检查点抑制剂对胶质母细胞瘤T细胞转录景观和受体库的影响 | 胶质母细胞瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞 | 单细胞测序分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据 | 未治疗新诊断胶质母细胞瘤和复发胶质母细胞瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1148 | 2025-10-05 |
[Single-cell sequencing reveals the temporal expression characteristics of key molecules related to tooth agenesis and dental hard tissues in mouse molars]
2025-Sep-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术解析小鼠磨牙发育过程中与牙齿发育不全和牙硬组织形成相关关键分子的时间表达特征 | 构建了从E13.5到P7.5完整发育期的小鼠磨牙细胞图谱,揭示了关键调控基因的时序表达模式 | 研究仅基于公共数据库的测序数据,缺乏实验验证 | 解析牙齿发育不全和牙硬组织形成的分子机制 | 小鼠下颌磨牙牙胚 | 单细胞测序分析 | 牙齿发育不全 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Monocle | 单细胞RNA测序数据 | 5个发育阶段(E13.5, E14.5, E16.5, P3.5, P7.5)的小鼠磨牙样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1149 | 2025-10-05 |
[Advances in animal models and multi-omics technologies for cleft palate research]
2025-Sep-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
|
综述 | 本文综述了动物模型与多组学技术在腭裂研究中的应用进展 | 重点探讨动物模型与单细胞RNA测序、转录组学、蛋白质组学和表观基因组学等多组学技术的整合应用 | 未提及具体研究局限性 | 揭示腭裂形成的多维分子机制,为早期诊断和治疗策略提供理论基础 | 非综合征性单纯腭裂畸形 | 多组学研究 | 腭裂 | 单细胞RNA测序, 转录组学, 蛋白质组学, 表观基因组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学技术 | NA | NA |
1150 | 2025-10-05 |
Short Chain Fatty Acid Supplementation After Traumatic Brain Injury Attenuates Neurologic Injury Via the Gut-Brain-Microglia Axis
2025-Sep-09, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002706
PMID:40961414
|
研究论文 | 本研究探讨短链脂肪酸补充剂通过肠-脑-小胶质细胞轴减轻创伤性脑损伤后神经损伤的作用机制 | 首次系统验证短链脂肪酸补充对创伤性脑损伤后神经保护作用,揭示其通过调节肠道微生物组和小胶质细胞转录组发挥治疗效果的机制 | 研究仅使用雄性小鼠模型,样本量有限(n=52),缺乏人类临床试验验证 | 探究短链脂肪酸补充对创伤性脑损伤后神经功能恢复的治疗效果及作用机制 | 14周龄雄性C57BL/6小鼠创伤性脑损伤模型 | 神经科学 | 创伤性脑损伤 | 16s核糖体RNA基因扩增子测序,单细胞RNA测序,3D对比增强MRI | 小鼠创伤性脑损伤模型 | 基因测序数据,神经影像数据,行为学数据 | 52只14周龄雄性C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA测序,16s rRNA测序 | NA | NA |
1151 | 2025-10-05 |
TNF Receptor 1 regulates colonic mesenchymal cell diversity and the epithelial stem cell niche
2025-Sep-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.08.674957
PMID:40964374
|
研究论文 | 本研究探讨了TNFR1在调节结肠间充质细胞多样性和上皮干细胞生态位中的关键作用 | 首次揭示TNFR1通过调节RSPO3表达和ITGA6活性来维持结肠间充质细胞多样性和干细胞生态位功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明TNFR1在结肠间充质细胞分化和上皮干细胞维持中的分子机制 | 小鼠结肠间充质细胞和上皮干细胞 | 细胞生物学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序, 细胞共培养, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 多种基因型小鼠模型的原代结肠肌成纤维细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1152 | 2025-10-05 |
Blood transcriptome analysis reveals CTSB and ATP6V0D1 expression in circulating monocytes as potential biomarkers of sepsis
2025-Sep-05, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002693
PMID:40961380
|
研究论文 | 通过血液转录组分析发现循环单核细胞中CTSB和ATP6V0D1表达可作为脓毒症的潜在生物标志物 | 首次通过整合分析发现循环单核细胞中CTSB和ATP6V0D1表达与脓毒症28天死亡率显著相关 | 样本量相对较小(n=20),需要更大规模研究验证 | 识别外周血单核细胞转录组改变作为脓毒症潜在生物标志物 | 脓毒症患者和健康个体的外周血单核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA-seq, 生物信息学分析, 免疫细胞荧光检测 | 加权基因共表达网络分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 20例脓毒症患者和12例健康个体(初始研究),479例外部验证队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1153 | 2025-10-05 |
Heart failure-specific cardiac fibroblasts contribute to cardiac dysfunction via the MYC-CXCL1-CXCR2 axis
2025-Sep, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00698-y
PMID:40931092
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现心力衰竭特异性心脏成纤维细胞通过MYC-CXCL1-CXCR2轴导致心功能不全 | 首次鉴定出心力衰竭特异性心脏成纤维细胞亚群,并揭示其通过MYC-CXCL1-CXCR2信号轴直接损害心肌细胞功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索心脏成纤维细胞在心力衰竭发病机制中的特异性作用 | 小鼠心脏组织、新生大鼠心肌细胞、人iPSC来源的心肌细胞、人心力衰竭患者心脏成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 压力超负荷小鼠模型、新生大鼠、人iPSC来源心肌细胞、人心力衰竭患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1154 | 2025-10-05 |
IL7R+ T Cell-Macrophage Crosstalk Links Asthma to Alzheimer's Pathogenesis: Integrating Mendelian Randomization and CellChat Analysis
2025-Sep, Brain and behavior
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/brb3.70809
PMID:40951943
|
研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序,揭示了中重度哮喘与阿尔茨海默病之间的因果关系及IL7R介导的免疫细胞通讯机制 | 首次结合孟德尔随机化与单细胞RNA测序分析,发现IL7R+ T细胞-巨噬细胞通过MIF-CD74-CXCR4通路在哮喘与阿尔茨海默病发病机制中的桥梁作用 | 研究主要基于欧洲人群数据,样本代表性有限;单细胞数据分析样本量未明确说明 | 探究中重度哮喘与阿尔茨海默病之间的因果关系及分子机制 | 欧洲人群的基因组数据、哮喘患者外周血单核细胞和阿尔茨海默病患者脑脊液样本 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序, 连锁不平衡评分回归, 汇总数据孟德尔随机化 | MR分析模型, CellChat分析 | 基因组数据, 单细胞RNA测序数据 | AD样本455,258例,中重度哮喘样本57,695例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1155 | 2025-10-05 |
A Spinal Circuit for Modular Gating of Organ Somatosensation
2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.27.672386
PMID:40949983
|
研究论文 | 本研究识别了腰骶脊髓中一类基因定义的中间神经元群体,这些神经元调控膀胱感觉输入和排尿反射 | 首次识别了分子定义的特异性脊髓中间神经元亚型,这些神经元能够协调膀胱-括约肌活动并门控内脏疼痛,扩展了经典的脊髓门控模型 | 研究主要聚焦于特定基因标记的神经元群体,其他可能参与膀胱感觉运动整合的神经回路尚未完全阐明 | 阐明协调内脏器官感觉运动功能的特定脊髓回路机制 | 腰骶脊髓中间神经元、膀胱感觉运动系统 | 神经科学 | 膀胱功能障碍、内脏疼痛 | 单细胞转录组学、原位生理学、神经回路追踪、功能操作 | NA | 基因表达数据、生理记录数据、神经解剖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1156 | 2025-10-05 |
shinyUMAP: an online tool for promoting understanding of single cell omics data visualization
2025-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.27.672621
PMID:40949989
|
研究论文 | 开发了一个在线交互式工具,帮助用户理解单细胞组学数据可视化中UMAP参数对细胞簇分布的影响 | 首个允许用户上传单细胞数据并交互式调整UMAP超参数以观察细胞簇分布变化的在线服务器 | 仅支持2D UMAP可视化,未涉及其他降维方法或更高维度的可视化 | 促进单细胞组学数据可视化的正确理解和应用 | 单细胞组学数据(如scRNA-seq表达数据) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | UMAP | 单细胞表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
1157 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA Analysis Reveals Reduced Frequency and Activity of CXCR5+ Atypical Memory B Cells in Islet Xenotransplantation Treated With Clinically Applicable Immunosuppressants Including Belimumab
2025 Sep-Oct, Xenotransplantation
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/xen.70076
PMID:40964768
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Belimumab在猪到非人灵长类胰岛异种移植中对B细胞亚群的影响 | 首次在异种移植模型中揭示Belimumab不仅减少CXCR5+非典型记忆B细胞比例,还引起所有B细胞亚群功能受损 | 研究仅限于非人灵长类动物模型,未在人类受试者中验证 | 研究Belimumab在胰岛异种移植中的免疫抑制机制 | 恒河猴的B细胞亚群 | 单细胞测序分析 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 恒河猴治疗前后血液样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1158 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing study reveals the potential role of the RPS26 gene in attention deficit hyperactivity disorder
2025-Aug-30, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry
IF:5.3Q1
DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111444
PMID:40653146
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究RPS26基因在注意力缺陷多动障碍中的潜在作用 | 首次应用单细胞RNA测序技术研究ADHD患者白细胞,发现RPS26基因在单核细胞中的差异表达及其对单核细胞发育分化的调控作用 | 样本量较小(仅一对异卵双胞胎),需要更大规模研究验证结果 | 探索ADHD与心血管疾病之间的潜在分子联系 | 异卵双胞胎的白血球样本和单核细胞 | 单细胞测序 | 注意力缺陷多动障碍 | 单细胞RNA测序, qPCR | NA | RNA测序数据 | 一对异卵双胞胎 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1159 | 2025-10-05 |
An updated and spatially validated somatic single-cell atlas of Hydractinia symbiolongicarpus
2025-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.03.657738
PMID:40502179
|
研究论文 | 本研究通过整合新数据集构建了Hydractinia symbiolongicarpus的更新版单细胞图谱,揭示了细胞类型多样性和发育轨迹 | 整合固定细胞和活细胞数据构建扩展图谱,发现新的神经亚型、腺细胞群和免疫细胞群体,解析完整的刺细胞发育轨迹 | NA | 构建高质量的单细胞图谱以深入理解Hydractinia symbiolongicarpus的细胞多样性和发育动态 | Hydractinia symbiolongicarpus(一种水螅体模型生物)的摄食息肉和匍匐茎组织细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 超过47,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1160 | 2025-10-05 |
Stem Cell Markers LGR5, LGR4 and Their Immediate Signalling Partners are Dysregulated in Preeclampsia
2025-Apr, Stem cell reviews and reports
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s12015-024-10831-2
PMID:39688759
|
研究论文 | 本研究首次描述了LGR5和LGR4及其信号伴侣在人类胎盘中的表达特征,并发现它们在子痫前期胎盘中的失调现象 | 首次在人类胎盘中表征LGR5/LGR4及其配体/靶点,发现这些干细胞标志物在子痫前期和胎儿生长受限胎盘中的表达失调 | 缺氧/促炎细胞因子处理未能显著改变LGR5/LGR4表达,暗示可能存在其他调控机制 | 研究LGR5/LGR4及其信号伴侣在人类胎盘中的表达特征及其在子痫前期和胎儿生长受限中的失调机制 | 人类胎盘组织、滋养层干细胞、不同妊娠期胎盘样本 | 生殖医学 | 子痫前期、胎儿生长受限 | 原位杂交、单细胞转录组测序、单核RNA测序、转录组分析 | NA | RNA测序数据、基因表达数据 | 早孕期胎盘11例、早产胎盘9例、足月胎盘11例、早发性子痫前期81例、晚发性子痫前期20例、胎儿生长受限34例及相应对照组 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | NA |