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当前共找到 34772 篇文献，本页显示第 1141 - 1160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1141 | 2025-12-16 |
Tumor-initiating stem cells fine-tune the plasticity of neutrophils to sculpt a protective niche
2025-Dec-04, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.11.001
PMID:41349542
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤起始干细胞通过调节中性粒细胞的塑性，塑造保护性微环境以逃逸免疫治疗的机制 | 首次发现SOX2肿瘤起始干细胞通过Fads1-AA-PGE信号通路调控肿瘤相关中性粒细胞的干扰素反应，从而塑造免疫抑制微环境 | 研究主要聚焦于鳞状细胞癌，其他癌症类型中的普适性有待验证 | 探究肿瘤相关中性粒细胞异质性形成机制及其对免疫治疗疗效的影响 | 肿瘤相关中性粒细胞、SOX2肿瘤起始干细胞 | 单细胞组学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、遗传操作 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1142 | 2025-12-16 |
Deciphering OCT4A-dose-dependent transcriptional profiles associated with tumorigenic potential in somatic cancer cells
2025-Dec-04, SLAS technology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.slast.2025.100381
PMID:41352420
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研究论文 | 本研究揭示了转录因子OCT4A在不同蛋白丰度下调控体细胞癌细胞肿瘤发生潜能的剂量依赖性转录谱特征 | 首次在体细胞癌细胞中系统阐明OCT4A蛋白丰度依赖性的下游基因网络分子特征，并构建基于高表达OCT4A调控蛋白编码基因的预后模型 | 研究主要基于宫颈癌和肝癌细胞系，需在更多癌症类型和体内模型中验证 | 揭示OCT4A蛋白丰度依赖性调控体细胞癌细胞肿瘤发生潜能的分子机制 | 宫颈癌细胞（HeLa）、肝癌细胞（HepG2、Huh7）及体细胞癌组织 | 单细胞组学 | 癌症 | CRISPR-Cas9基因敲除、多西环素诱导表达系统、单细胞测序、空间转录组学、Bulk RNA测序、WGCNA、RT-qPCR | 加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 单细胞测序数据、空间转录组数据、生存分析数据、RNA测序数据 | 三种癌细胞系（HeLa、HepG2、Huh7）及体细胞癌组织样本 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学, Bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1143 | 2025-12-16 |
Lycorine suppresses hepatocellular carcinoma via the reprogramming of myeloid and epithelial cells
2025-Dec-02, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.phymed.2025.157657
PMID:41391370
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研究论文 | 本研究利用高维单细胞技术，系统评估了天然生物碱石蒜碱通过重塑肿瘤微环境来抑制肝细胞癌的作用机制 | 首次在体内原位肝癌模型中，结合CyTOF和scRNA-seq等高维单细胞技术，系统揭示了石蒜碱通过调控恶性上皮细胞和免疫细胞（特别是中性粒细胞和巨噬细胞亚群）并影响Mif-(Cd74+Cd44/Cxcr4)信号轴来重塑肿瘤免疫微环境的协同作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，其结论在人体中的适用性仍需进一步临床验证；治疗剂量和疗程的优化方案尚未完全明确 | 系统评估石蒜碱对肝细胞癌的影响并阐明其潜在作用机制 | 肝细胞癌（HCC）肿瘤微环境中的恶性上皮细胞及免疫细胞（特别是中性粒细胞和巨噬细胞亚群） | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CellChat细胞通讯分析 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | 携带原位肝细胞癌肿瘤的小鼠模型，使用10 mg/kg或20 mg/kg剂量的石蒜碱治疗14天 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1144 | 2025-12-16 |
scRegulate: single-cell regulatory-embedded variational inference of transcription factor activity from gene expression
2025-Dec-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf638
PMID:41288963
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRegulate的生成式深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性和基因调控网络 | scRegulate通过变分推理整合先验生物学知识与数据驱动推断，能够捕获新颖、动态和上下文特定的调控相互作用，相比现有方法更具可扩展性和生物学基础 | NA | 开发一种从单细胞RNA测序数据中准确推断转录因子活性和基因调控网络的计算方法 | 转录因子活性和基因调控网络 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成式深度学习框架，变分推理 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1145 | 2025-12-16 |
Deciphering the Osteoimmune Landscape in Subtalar Arthrodesis: A Single-Cell RNA Sequencing Approach
2025-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70980
PMID:41381396
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了距下关节融合术患者中免疫细胞动态变化与骨愈合的关系 | 首次应用单细胞RNA测序技术系统性解析距下关节融合术后的骨免疫景观，揭示了单核细胞和NK细胞在骨愈合中的关键作用及功能差异 | 样本量相对较小，仅分析了术后3个月的时间点，未涵盖更长期的愈合过程 | 阐明距下关节融合术后骨愈合的免疫机制，并探索免疫调节对骨修复的潜在影响 | 接受距下关节融合术的患者外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确具体数量，但涉及早期愈合和延迟愈合两组患者的外周血单个核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1146 | 2025-12-16 |
Comprehensive multi-omics mapping of immune perturbations in autism spectrum disorder
2025-Dec, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70552
PMID:41383128
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研究论文 | 本研究通过整合多组学分析，描绘了自闭症谱系障碍患者的外周免疫图谱，并揭示了免疫失调与临床严重程度之间的关联 | 首次对ASD进行全面的外周免疫多组学图谱绘制，整合了单细胞RNA测序、流式细胞术、血浆蛋白质组学和代谢组学，系统性地揭示了免疫细胞亚群、免疫通路和血浆生物标志物的改变及其与临床症状的关联 | 研究样本量相对有限，且为横断面研究，无法确定观察到的免疫变化是ASD的病因还是继发性表现，未来需要纵向研究和更大规模的队列验证 | 描绘自闭症谱系障碍的外周免疫图谱，并确定免疫和免疫代谢改变与临床严重程度的关系 | 自闭症谱系障碍患者的循环免疫细胞和血浆样本 | 生物信息学 | 自闭症谱系障碍 | 多色流式细胞术，单细胞RNA测序，bulk RNA测序，血浆蛋白质组学，血浆代谢组学 | NA | 单细胞转录组数据，bulk转录组数据，蛋白质组数据，代谢组数据，流式细胞术数据 | 未在摘要中明确说明具体样本数量，涉及自闭症谱系障碍患者的循环免疫细胞和血浆 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1147 | 2025-12-16 |
Loureirin B Accelerates Diabetic Wound Healing by Promoting TGFβ/Smad-Dependent Macrophage M2 Polarization: A Concerted Analytical Approach Through Single-Cell RNA Sequencing and Experimental Verification
2025-Dec, Phytotherapy research : PTR
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/ptr.8373
PMID:39532388
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和实验验证，揭示了龙血竭提取物龙血素B通过激活TGFβ/Smad信号通路促进巨噬细胞M2极化，从而加速糖尿病伤口愈合的机制 | 首次结合单细胞RNA测序技术与实验验证，系统阐明了龙血素B在糖尿病伤口愈合中通过TGFβ/Smad通路调控巨噬细胞极化的具体分子机制 | 研究主要在动物模型和体外实验中进行，尚未在人体临床试验中验证其疗效和机制 | 探究龙血素B促进糖尿病伤口愈合的分子机制和疗效 | 糖尿病伤口愈合过程中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 糖尿病足溃疡组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1148 | 2025-12-16 |
Unveiling the role of the extracellular matrix in the osteosarcoma tumor microenvironment through integrated transcriptomics and experimental validation
2025-Dec, Cancer gene therapy
IF:4.8Q1
DOI:10.1038/s41417-025-00970-0
PMID:41057667
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学分析和实验验证，揭示了细胞外基质（ECM）在骨肉瘤肿瘤微环境中的关键作用，并确定了COL5A2基因和C0成骨细胞簇作为重要的ECM相关标志物 | 首次通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合实验验证，系统性地揭示了COL5A2基因通过激活黏着斑通路和IGFBP3-TMEM219轴介导的细胞间通讯来驱动骨肉瘤增殖的新机制 | 研究主要基于公共数据库的数据和体外实验，缺乏体内动物模型的验证，并且ECM其他成分的作用有待进一步探索 | 阐明细胞外基质在骨肉瘤肿瘤微环境中的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 骨肉瘤肿瘤微环境中的细胞外基质成分及相关细胞类型（如成骨细胞、内皮细胞） | 数字病理学 | 骨肉瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 生物信息学分析, Western blot, CCK-8, 集落形成实验 | 预后模型 | 转录组数据, 实验数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1149 | 2025-12-16 |
Uncovering senescent fibroblast heterogeneity connects DNA damage response to idiopathic pulmonary fibrosis
2025-Nov-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690792
PMID:41394576
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研究论文 | 本研究揭示了特发性肺纤维化（IPF）中衰老成纤维细胞的异质性，并连接DNA损伤反应与疾病机制 | 首次在人类原代肺成纤维细胞中展示了DNA损伤后衰老的微妙异质性，并开发了新的衰老相关基因集以识别疾病相关细胞 | 研究主要基于体外细胞模型，可能未完全反映体内复杂环境；样本量有限，需进一步验证 | 探索特发性肺纤维化中衰老成纤维细胞的异质性及其与DNA损伤反应的联系 | 健康供体和特发性肺纤维化患者的原代人类肺成纤维细胞 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），加权基因共表达网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 健康供体和IPF患者的原代肺成纤维细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1150 | 2025-12-16 |
Characterizing Stage-Specific Cellular Dynamics and Microenvironmental Remodeling in Lung Adenocarcinoma by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Nov-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510847
PMID:41313751
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，系统分析了肺腺癌不同阶段的细胞组成和转录状态，揭示了肿瘤微环境从早期免疫激活到晚期免疫抑制的动态重塑过程 | 识别了晚期肺腺癌中一个独特的缺氧适应上皮肿瘤细胞亚群（C5），并揭示了其与转移、侵袭和不良预后的关联；同时，系统描绘了免疫细胞（如LGMN⁺巨噬细胞、STAT1驱动的耗竭CD8⁺ T细胞）和基质细胞（如POSTN⁺ CAFs）在肿瘤进展中的阶段特异性变化 | 研究整合了公开数据集，可能存在批次效应；样本量可能有限，且未涵盖所有LUAD亚型或治疗背景 | 阐明肺腺癌进展过程中肿瘤微环境的阶段特异性细胞动力学和重塑机制，以发现精准免疫治疗靶点 | 肺腺癌患者标本（包括早期和晚期阶段）及其肿瘤微环境中的免疫细胞、基质细胞和肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 整合了早期患者标本和公开的晚期疾病数据集，具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1151 | 2025-12-16 |
High-resolution MRI Guided Whole Mouse Brain Cell Type Atlas using Deep Learning
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690475
PMID:41394590
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研究论文 | 本研究提出了一种深度学习框架，整合高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜数据，生成了小鼠全脑细胞类型图谱 | 首次将高分辨率扩散MRI与三维光片显微镜结合，利用深度学习直接预测细胞类型，实现了10微米各向同性分辨率的全脑细胞图谱 | 研究依赖于特定成像技术的配准精度，且方法在其它物种或成像模式中的普适性尚未验证 | 开发高效高分辨率的脑细胞图谱生成方法，探索先进成像技术揭示大脑细胞机制的潜力 | 小鼠全脑 | 计算机视觉 | NA | 扩散MRI、三维光片显微镜、空间转录组学 | 深度学习 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1152 | 2025-12-16 |
Evaluation of single-cell RNA profiling technologies using FFPE, fresh, and frozen ccRCC tumor specimens
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.25.690485
PMID:41394662
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研究论文 | 本研究评估了三种10x单细胞RNA分析技术（新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex）在ccRCC活检样本中的应用，比较了它们在细胞类型识别和转录谱一致性方面的表现 | 首次在ccRCC肿瘤样本中系统比较了基于不同保存方式（FFPE、新鲜、冷冻）的单细胞RNA分析技术，特别是评估了新型FFPE兼容平台10x Genomics Flex的实用性 | 研究仅针对ccRCC一种肿瘤类型，且样本来源有限，可能无法完全代表其他肿瘤或组织类型 | 评估和比较不同单细胞RNA分析技术在人类肿瘤活检样本中的性能，为转化研究提供技术选择指导 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）活检样本，包括FFPE、新鲜和冷冻保存的标本 | 单细胞转录组学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | ccRCC活检样本（具体数量未明确说明） | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 单核Multiome, 单核Flex | 10x Chromium（推测）, 10x Flex | 10x单细胞RNA分析技术包括新鲜肿瘤scRNA-seq、闪冻单核Multiome和FFPE单核Flex（snFlex） |
| 1153 | 2025-11-29 |
Unveiling the temporal and spatial trajectories of early resistance formation during Hylocereus undatus senescence through single-cell transcriptomics
2025-Nov-27, Plant molecular biology
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s11103-025-01663-w
PMID:41310123
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1154 | 2025-12-16 |
Mapping spatial gradients in spatial transcriptomics data with score matching
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690257
PMID:41394758
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SLOPER的生成模型，用于从空间转录组学数据中学习空间梯度，以增强基因表达测量的空间一致性和特异性 | SLOPER采用基于分数的匹配方法，通过泊松模型建模mRNA转录本的空间分布，并利用新颖的扩散采样方法提升基因表达的空间连贯性 | 未在摘要中明确提及 | 开发一种方法以准确学习空间转录组学数据中的空间梯度，并改进基因表达的空间模式分析 | 空间转录组学数据中的基因表达空间梯度 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 生成模型（SLOPER） | 空间转录组学数据（二维组织切片中的基因表达） | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1155 | 2025-12-16 |
A Multi-omic Atlas of Human Choroid Plexus in Alzheimer's Disease
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.23.690014
PMID:41394664
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研究论文 | 本研究通过整合单核RNA测序、空间转录组学、单核ATAC测序和蛋白质组学数据，构建了阿尔茨海默病患者脉络丛的多组学图谱 | 首次在阿尔茨海默病背景下对脉络丛进行全面的多组学分析，揭示了疾病相关的三种主要表型轴（炎症、屏障和重塑），并识别出一个多细胞信号枢纽 | 样本主要来自ROSMAP队列，可能无法完全代表所有阿尔茨海默病亚型或人群 | 阐明脉络丛在阿尔茨海默病病理生理学中的作用 | 人类脉络丛组织及脑脊液样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单核RNA测序, 空间转录组学, 单核ATAC测序, 蛋白质组学 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据, 空间数据 | 69名ROSMAP参与者的脉络丛样本 | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学, 单核ATAC-seq | NA | NA |
| 1156 | 2025-12-16 |
JADE: Joint Alignment and Deep Embedding for Multi-Slice Spatial Transcriptomics
2025-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689823
PMID:41394739
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研究论文 | 本文提出了一种名为JADE的统一计算框架，用于联合对齐和深度嵌入多切片空间转录组数据 | JADE是首个在共享潜在空间中联合优化对齐和表示学习的方法，采用往返式框架，通过注意力机制动态评估和加权不同嵌入维度的重要性 | 未在摘要中明确说明 | 解决多切片空间转录组数据的联合分析挑战，以重建组织结构并识别一致的空间基因表达模式 | 多切片空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习，注意力机制 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium 人类背外侧前额叶皮层数据集 |
| 1157 | 2025-12-16 |
Gene regulatory network determinants of rapid recall in human memory CD4+ T cells
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.06.646912
PMID:41394561
|
研究论文 | 本文利用单核多组学测序技术，研究了人类记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控网络决定因素 | 通过整合单核RNA-seq和ATAC-seq数据，首次预测并验证了记忆相关转录因子（如MAF、PRDM1、RUNX2、SMAD3、KLF6）在调控快速回忆中的作用，并结合GWAS数据关联免疫介导疾病风险 | 研究主要基于体外实验和计算预测，体内功能验证有限，且样本来源和疾病关联性需进一步探索 | 揭示记忆CD4+ T细胞快速回忆的基因调控机制及其在免疫介导疾病中的潜在作用 | 人类CD4+ T细胞亚群，特别是记忆T细胞 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单核多组学测序（snRNA-seq和snATAC-seq）、ChIP-seq、scRNA-seq、GWAS | 基因调控网络重建 | 单细胞多组学数据、基因组数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1158 | 2025-12-16 |
Single-cell disentangled representations for perturbation modeling and treatment effect estimation
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689783
PMID:41394575
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scDRP的生成框架，用于从单细胞扰动数据中估计个体化治疗效果和反事实状态 | 利用解耦表示学习通过稀疏正则化的β-VAE分离扰动依赖和扰动独立的潜在变量，并基于分位数保持效应假设在潜在空间进行条件最优传输 | 未明确说明模型在更复杂扰动场景或大规模数据集上的可扩展性和计算效率 | 从单细胞扰动数据中解析细胞状态特异性基因调控变化，估计个体化治疗效果以揭示异质性机制响应 | 单细胞扰动数据，包括模拟和真实数据集，涉及鼻病毒、香烟烟雾提取物暴露、干扰素刺激以及CRISPR敲除等扰动 | 机器学习 | 慢性髓系白血病 | 单细胞测序 | β-VAE, 生成模型, 解耦表示学习 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1159 | 2025-12-16 |
Deconvolution of Sparse-count RNA Sequencing Data for Tumor Cells Using Embedded Negative Binomial Distributions
2025-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.21.689822
PMID:41394660
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研究论文 | 本文开发了一种名为DeMixNB的半参考解卷积模型，用于从稀疏计数RNA测序数据中估计肿瘤细胞特异性转录本比例 | DeMixNB模型首次假设负二项分布之和来处理稀疏计数数据，如miRNA-seq和空间转录组学数据，解决了现有方法在准确性上的不足 | NA | 提高从混合批量样本中估计肿瘤特异性转录本比例的准确性，以揭示新的生物学机制 | 乳腺癌患者的miRNA-seq数据和肺癌的空间转录组学数据 | 生物信息学 | 乳腺癌, 肺癌 | miRNA-seq, 空间转录组学 | 半参考解卷积模型 | RNA测序数据 | 856名乳腺癌患者和3,755个肺癌空间点 | NA | miRNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1160 | 2025-12-16 |
CONCERT predicts niche-aware perturbation responses in spatial transcriptomics
2025-Nov-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.08.686890
PMID:41292874
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研究论文 | 本文提出了CONCERT模型，一种能够预测空间转录组学中扰动响应的生成模型 | 提出了首个能够同时考虑细胞内在状态和微环境传播效应的空间扰动预测模型，并形式化了三种预测任务 | 模型仅在Perturb-map肺部数据集和两种疾病模型上进行验证，需要更多组织类型验证 | 开发能够预测空间转录组学中遗传或化学扰动效应的计算方法 | 空间转录组学数据，特别是Perturb-map肺部数据集、结肠炎模型和缺血性中风模型 | 空间转录组学 | 肺部疾病、结肠炎、缺血性中风 | 空间转录组学 | 高斯过程变分自编码器 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |