单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1141	2025-07-22	Multiomic spatial atlas shows deleted in malignant brain tumors 1 (DMBT1) glycoprotein is lost in colonic dysplasia 2025-May, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6406 PMID:40026233	研究论文	该研究通过多组学空间图谱揭示了在结肠发育不良中DMBT1糖蛋白的缺失	揭示了DMBT1在炎症与发育不良结肠中的双相调节，并提出了细菌与结肠肿瘤发生之间的潜在机制联系	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	理解宿主-微生物在结肠肿瘤发生过程中的相互作用	结肠发育不良和正常结肠组织	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、免疫荧光	NA	基因表达数据、空间转录组数据、免疫荧光图像	三种小鼠结肠肿瘤模型及人类腺瘤发育不良样本
1142	2025-07-22	CXCL12+ fibroblastic reticular cells in lymph nodes facilitate immune tolerance by regulating T cell-mediated alloimmunity 2025-May-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182709 PMID:40309773	研究论文	本研究探讨了淋巴结中CXCL12高表达的纤维网状细胞（FRCs）在调控T细胞介导的同种免疫反应中的作用	首次揭示了CXCL12hi FRCs通过表达免疫调节基因促进心脏移植耐受性的具体机制	研究主要基于小鼠模型，人类淋巴结数据验证有限	阐明特定FRC亚群在控制同种免疫反应中的作用机制	小鼠和人类淋巴结中的CXCL12hi纤维网状细胞	免疫学	器官移植排斥反应	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	心脏移植小鼠的淋巴结和人类淋巴结样本
1143	2025-07-22	Single-cell transcriptomics reveals targeted modulation of inflammatory repertoire by SOCE blockers 2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.28.651042 PMID:40654653	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了SOCE阻断剂对炎症反应的靶向调控作用	首次使用单细胞RNA测序技术研究SOCE阻断剂BTP2和CM4620对人类外周血单个核细胞的差异化影响，揭示了其对CD8效应T细胞和自然杀伤细胞的细胞毒性基因表达的抑制作用，同时保留了CD4调节性T细胞的抗炎基因表达	研究仅针对体外多克隆刺激的正常人类PBMCs，未涉及体内模型或疾病状态下的免疫细胞	探究SOCE阻断剂对不同免疫细胞类型的差异化作用机制	人类外周血单个核细胞(PBMCs)，包括CD8效应T细胞、自然杀伤(NK)细胞和CD4调节性T细胞	免疫学	免疫介导性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确说明样本数量的人类外周血单个核细胞
1144	2025-07-22	The dynamic immune behavior of primary and metastatic ovarian carcinoma 2025-Apr-25, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00818-8 PMID:40281242	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，探讨了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中导致免疫抑制的分子机制	结合单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了HGSC中原发肿瘤与网膜肿瘤在免疫微环境中的差异，以及上皮细胞与免疫细胞间的交叉通讯在免疫抑制中的作用	研究未涉及其他类型的卵巢癌，且样本来源可能限制了结果的普遍性	揭示HGSC中免疫抑制的分子机制，为免疫调节药物的临床试验设计提供依据	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的原发肿瘤和网膜肿瘤	癌症研究	卵巢癌	单细胞测序, 空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1145	2025-07-22	Unified integration of spatial transcriptomics across platforms 2025-Apr-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646238 PMID:40236180	研究论文	介绍了一种名为L loki的新框架，用于整合不同平台的空间转录组数据	L loki框架无需共享基因面板即可整合不同平台的空间转录组数据，通过特征对齐和批次对齐任务解决数据稀疏性和技术变异性问题	未提及具体局限性	解决跨平台空间转录组数据整合的挑战	小鼠脑样本和卵巢癌数据集	生物信息学	卵巢癌	空间转录组学(ST), scRNA-seq, scGPT	scGPT	空间转录组数据	小鼠脑样本来自五种不同技术，五个卵巢癌数据集
1146	2025-07-22	Dissection of tumoral niches using spatial transcriptomics and deep learning 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112214 PMID:40230519	研究论文	介绍了一种名为TG-ME的计算框架，用于通过空间转录组学和深度学习解析肿瘤微环境	整合了transformer与图变分自编码器(GraphVAE)模型，用于空间转录组数据和形态学图像的分析	未提及具体的技术或应用限制	解析肿瘤微环境的空间组织及其分子变化	肿瘤微环境中的细胞和组织	数字病理学	非小细胞肺癌(NSCLC)	空间转录组学	transformer, GraphVAE	空间转录组数据, 形态学图像	未提及具体样本数量
1147	2025-07-22	Progesterone signaling in oviductal epithelial cells modulates the immune response to support preimplantation embryonic development 2025-Apr-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt6113 PMID:40249812	研究论文	本研究探讨了孕酮信号在输卵管上皮细胞中对免疫反应的调节作用及其对胚胎植入前发育的影响	揭示了孕酮受体在输卵管上皮细胞中通过调节免疫反应（特别是IL-22）支持胚胎发育的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化需要进一步验证	阐明早期妊娠失败中输卵管微环境的分子机制	输卵管上皮细胞与植入前胚胎	生殖生物学	妊娠相关疾病	条件性基因敲除、单细胞RNA测序、药理学抑制实验	PGR敲除小鼠模型	基因表达数据、胚胎发育表型数据	未明确说明具体样本量（使用基因工程小鼠模型）
1148	2025-07-22	Morphogenic, molecular and cellular adaptations for unidirectional airflow in the chicken lung 2025-Apr-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204346 PMID:40177910	研究论文	本研究通过多尺度3D成像和单细胞转录组学技术，揭示了鸡肺中单向气流的形态发生、分子和细胞适应机制	发现了鸡肺特有的KRT14表达肺泡细胞类型（命名为管腔细胞），并揭示了其与肺泡2型细胞和1型细胞在空间上的同心圆分布模式	研究仅聚焦于鸡肺发育过程，与其他鸟类肺部的比较分析不足	探索鸟类肺脏单向气流系统的发育机制及其与哺乳动物双向气流系统的差异	鸡肺发育过程中的形态结构、细胞类型和分子特征	发育生物学	NA	多尺度3D成像、单细胞转录组学、Stereo-seq空间转录组学	NA	3D图像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	鸡肺发育关键阶段样本
1149	2025-07-22	ATM-dependent DNA damage response constrains cell growth and drives clonal hematopoiesis in telomere biology disorders 2025-Apr-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181659 PMID:40179146	研究论文	该研究探讨了端粒生物学障碍（TBDs）中ATM依赖性DNA损伤反应对细胞生长的影响及其在克隆造血中的作用	首次全面评估了TBD患者造血细胞中的获得性遗传变异，并揭示了ATM依赖性DDR通路在TBD发病机制中的关键作用	研究样本量相对有限（166名患者），且未探讨ATM抑制剂的长期安全性	理解TBD患者造血结果的潜在因素	166名儿童和成人TBD患者的造血细胞	分子生物学	端粒生物学障碍	单细胞测序、ATM激活检测、端粒功能障碍诱导的焦点分析、细胞生长检测	NA	遗传数据、细胞表型数据	166名TBD患者（儿童和成人）
1150	2025-07-22	distQTL: Distribution Quantitative Trait Loci Identification by Population-Scale Single-Cell Data 2025-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.04.647121 PMID:40291679	研究论文	本文提出了一种名为distQTL的新方法，利用群体规模的单细胞RNA测序数据识别分布定量性状位点（distQTLs）	使用Fréchet回归方法，将完整的经验分布作为响应对象，而非简单的均值等统计量，从而在单细胞水平上更精细地解析转录调控	方法的应用依赖于大规模单细胞RNA测序数据，可能受限于数据获取成本和技术难度	研究遗传变异如何影响基因表达，特别是在单细胞分辨率下的调控异质性	外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Fréchet回归	单细胞RNA测序数据	982名捐赠者的外周血单个核细胞
1151	2025-07-22	Tumor-derived arachidonic acid reprograms neutrophils to promote immune suppression and therapy resistance in triple-negative breast cancer 2025-Apr-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.03.002 PMID:40157359	研究论文	本文探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）细胞通过脂质积累导致免疫抑制和治疗抵抗的机制	发现TNBC细胞通过脂质积累和释放花生四烯酸（AA）重编程中性粒细胞，从而促进免疫抑制和治疗抵抗	研究主要基于小鼠模型，人类患者数据相关性仍需进一步验证	揭示TNBC治疗抵抗的机制并探索潜在的治疗策略	三阴性乳腺癌细胞和中性粒细胞	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型和人类患者数据
1152	2025-07-22	Artificial variables help to avoid over-clustering in single-cell RNA sequencing 2025-Apr-03, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.02.014 PMID:40081375	research paper	提出了一种名为'recall'的方法，通过引入人工变量来避免单细胞RNA测序中的过度聚类问题	提出'recall'方法，通过控制重复使用相同数据进行差异表达分析的影响，有效防止过度聚类	未提及具体局限性	解决单细胞RNA测序分析中的过度聚类问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	真实和模拟数据
1153	2025-07-22	Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Apr-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	research paper	该研究探讨了类风湿性关节炎(RA)患者中抗肽基精氨酸脱亚胺酶4(PAD4)自身抗体通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎的致病机制	揭示了抗PAD4抗体通过结合单核细胞触发炎症级联反应，促进免疫细胞募集至关节并激活T细胞，最终导致滑膜成纤维细胞活化和更严重的关节炎	研究主要基于小鼠胶原诱导性关节炎(CIA)模型和体外实验，人类患者中的直接证据仍需进一步验证	阐明抗PAD4抗体在类风湿性关节炎发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者来源的抗PAD4单克隆抗体、CIA小鼠模型、人类单核细胞体外培养	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养	CIA小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞培养数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类RA患者和小鼠模型
1154	2025-07-22	The essential role of connective-tissue cells during axolotl limb regeneration 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.30.645595 PMID:40236065	研究论文	本研究探讨了结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中的重要作用	通过空间转录组学技术揭示了结缔组织细胞在再生芽基中的高比例及其必要性，并建立了交互式网络平台共享分子特征数据	未详细探讨其他类型细胞在再生过程中的具体作用	阐明蝾螈肢体再生过程中结缔组织细胞的关键作用	蝾螈肢体再生过程中的结缔组织细胞	再生生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1155	2025-07-22	The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00633-1 PMID:40217124	研究论文	本文探讨了CD40激动剂在心肌炎症中的作用及其潜在的心脏副作用	首次揭示了CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募效应记忆CD8 T细胞重塑心脏免疫景观的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚待验证	评估CD40激动剂在心肌炎症和心力衰竭发病机制中的潜在作用	CD40激动剂对心脏免疫系统的影响	免疫学	心血管疾病	单细胞测序、细胞耗竭研究	遗传小鼠模型	基因表达数据	NA
1156	2025-07-22	Whole-Genome Sequencing Reveals Individual and Cohort Level Insights into Chromosome 9p Syndromes 2025-Mar-30, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.03.28.25324850 PMID:40196253	研究论文	本研究通过全基因组测序（WGS）对100名9p相关综合征患者进行了大规模分析，揭示了染色体9p缺失和重复综合征的基因组结构特征	首次大规模应用全基因组测序技术研究9p相关综合征，并开发了基于机器学习的预测模型，同时发现了两个新的晚期复制区域（LRR1和LRR2）	样本量相对有限（100名个体），且研究结果需要进一步验证和扩展	深入理解染色体9p缺失和重复综合征的基因组特征及其临床意义	100名来自9p相关综合征家庭的个体（包括85名无关先证者）	基因组学	染色体异常综合征	全基因组测序（WGS）、空间转录组学、机器学习	机器学习模型（具体类型未说明）	基因组数据、转录组数据	100名个体（85名无关先证者）
1157	2025-07-22	A Single-Cell Transcriptome Atlas of Epithelial Subpopulations in HPV-Positive and HPV-Negative Head and Neck Cancers 2025-03-24, Viruses DOI:10.3390/v17040461 PMID:40284904	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了HPV阳性和阴性头颈癌中的上皮细胞亚群，旨在揭示其转录组特征和潜在生物标志物	首次系统比较HPV阳性和阴性头颈癌中上皮细胞亚群的差异，并识别出新的候选生物标志物	研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，未进行独立实验验证	优化头颈鳞状细胞癌的治疗方案，特别是针对HPV阳性和阴性肿瘤的差异化治疗	HPV阳性和阴性头颈鳞状细胞癌的上皮细胞亚群	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	基因表达数据	已发表的HPV+和HPV-头颈癌单细胞RNA测序数据集
1158	2025-07-22	CellBouncer, A Unified Toolkit for Single-Cell Demultiplexing and Ambient RNA Analysis, Reveals Hominid Mitochondrial Incompatibilities 2025-Mar-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.23.644821 PMID:40166335	research paper	介绍了一个名为CellBouncer的计算工具包，用于解复用和分析来自池化实验的单细胞测序数据	CellBouncer能够分离和量化多物种和多个体细胞混合物，识别细胞中未知的线粒体单倍型，从脂质共轭条形码或CRISPR sgRNAs分配处理，并推断池组成，性能优于现有方法	NA	开发一个计算工具包，用于解复用和分析单细胞测序数据，以支持池化实验设计	单细胞测序数据，特别是来自多物种和多个体池化实验的数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	10个细胞融合系
1159	2025-07-22	Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636 PMID:39946238	研究论文	提出了一种名为scResolve的计算协议，用于从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱	开发了scResolve协议，利用集群计算环境加速数据处理，实现从多细胞分辨率数据中恢复单细胞基因表达谱	未提及具体恢复精度或验证方法，可能受限于原始数据的质量和分辨率	解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术（如Visium）	NA	基因表达数据	NA
1160	2025-07-22	Spatial analysis of IPMNs defines a paradoxical KRT17-positive, low-grade epithelial population harboring malignant features 2025-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.18.643943 PMID:40166305	研究论文	本研究通过空间转录组学分析IPMNs，发现了一个具有恶性特征的KRT17阳性低级别上皮细胞亚群	识别出低级别IPMN上皮细胞中表达恶性转录特征的KRT17阳性亚群，这一发现可能改变IPMN患者的治疗策略	研究样本量有限，需要更大规模的验证研究	探究IPMN进展过程中的转录变化，寻找更准确的早期诊断标志物	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者样本	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学(Nanostring GeoMx), 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包含IPMN疾病全谱的患者样本(低级别异型增生、高级别异型增生和IPMN来源的癌)