本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
11561 | 2025-10-07 |
Differential responses to immune checkpoint inhibitor dictated by pre-existing differential immune profiles in squamous cell carcinomas caused by same initial oncogenic drivers
2022-Apr-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-022-02337-x
PMID:35366939
|
研究论文 | 本研究通过建立两种具有相同致癌驱动但免疫特征不同的鳞状细胞癌模型,揭示了肿瘤内在差异导致免疫检查点抑制剂反应差异的机制 | 首次利用具有相同TP53缺失和PIK3CA超活化但免疫特征不同的鳞癌模型,揭示肿瘤内在差异决定ICI反应差异的机制 | 研究基于小鼠模型,需要进一步在人类患者中验证 | 阐明头颈鳞状细胞癌对免疫检查点抑制剂产生不同反应的机制 | 头颈鳞状细胞癌小鼠模型(KPPA肿瘤系TAb2和TCh3) | 肿瘤免疫学 | 头颈鳞状细胞癌 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据,细胞表型数据 | 两种肿瘤细胞系(TAb2和TCh3) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11562 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing of the carotid artery and femoral artery of rats exposed to hindlimb unloading
2025-Jan-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05572-x
PMID:39833543
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术构建了后肢卸载大鼠颈动脉和股动脉的细胞图谱,揭示了模拟微重力条件下血管重塑的细胞分子机制 | 首次构建后肢卸载大鼠传导动脉的单细胞图谱,系统揭示了血管细胞异质性、细胞间通讯和转录因子网络在血管重塑中的作用 | 研究仅基于大鼠模型,结果向人类转化的适用性需要进一步验证;样本量相对有限 | 探究模拟微重力条件下大鼠动脉血管重塑的细胞分子机制 | 后肢卸载处理3个月的大鼠颈动脉和股动脉组织 | 单细胞组学 | 血管功能障碍 | 单细胞RNA测序 | 聚类分析,细胞通讯分析,转录因子网络分析 | 单细胞转录组数据 | 后肢卸载大鼠的颈动脉和股动脉组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11563 | 2025-10-07 |
Inhibition of programmed cell death by melanoma cell subpopulations reveals mechanisms of melanoma metastasis and potential therapeutic targets
2025-Jan-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01789-9
PMID:39832036
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示黑色素瘤细胞亚群抑制程序性细胞死亡的机制及其在转移中的作用 | 首次通过单细胞测序技术识别出C0 SOD3+黑色素瘤核心亚群,并发现其与氧化途径和转移过程的密切关联 | 研究主要基于单细胞测序数据分析,部分机制需要进一步实验验证 | 探究黑色素瘤转移机制并识别潜在治疗靶点 | 黑色素瘤肿瘤组织中的细胞亚群 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11564 | 2025-10-07 |
Polycystin-1 regulates tendon-derived mesenchymal stem cells fate and matrix organization in heterotopic ossification
2025-Jan-20, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00392-y
PMID:39833160
|
研究论文 | 本研究揭示机械敏感蛋白Polycystin-1通过调控肌腱来源间充质干细胞的命运和细胞外基质组织影响异位骨化进程 | 首次发现CTSK谱系肌腱来源间充质干细胞是异位骨化的主要细胞来源,并阐明PC1-TAX信号轴在机械信号传导中的核心作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床适用性需进一步验证 | 探究机械应力影响异位骨化的细胞机制和分子通路 | CTSK谱系肌腱来源间充质干细胞 | 干细胞生物学 | 异位骨化 | 单细胞RNA测序、谱系追踪 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、组织学数据 | 谱系追踪小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11565 | 2025-10-07 |
Revolutionizing ESCC prognosis: the efficiency of tumor-infiltrating immune cells (TIIC) signature score
2025-Jan-20, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01709-3
PMID:39833504
|
研究论文 | 本研究开发了基于肿瘤浸润免疫细胞特征评分的食管鳞癌预后模型 | 首次开发了肿瘤浸润免疫细胞特征评分,为ESCC预后和免疫治疗提供了新策略 | NA | 评估肿瘤浸润免疫细胞特征评分在食管鳞癌预后中的效能 | 食管鳞癌患者样本 | 机器学习 | 食管鳞癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序 | 二十种机器学习算法 | 转录组数据,单细胞RNA-seq数据 | 来自GEO和TCGA数据库的ESCC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11566 | 2025-10-07 |
Benchmarking cell type annotation methods for 10x Xenium spatial transcriptomics data
2025-Jan-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06044-0
PMID:39833693
|
研究论文 | 本研究对10x Xenium空间转录组数据的细胞类型注释方法进行了基准测试 | 首次系统评估基于参考的细胞类型注释工具在成像空间转录组数据上的性能表现 | 仅评估了五种基于参考的注释工具,且仅使用人类乳腺癌Xenium数据进行验证 | 评估和比较不同细胞类型注释方法在10x Xenium空间转录组数据上的性能 | 人类乳腺癌组织的10x Xenium空间转录组数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | SingleR, Azimuth, RCTD, scPred, scmapCell | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 成像空间转录组平台 |
11567 | 2025-10-07 |
Desmoglein-2 was a novel cancer-associated fibroblasts-related biomarker for oral squamous cell carcinoma
2025-Jan-20, BMC oral health
IF:2.6Q1
DOI:10.1186/s12903-024-05284-5
PMID:39833796
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定出口腔鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞相关生物标志物DSG2 | 首次发现DSG2作为口腔鳞状细胞癌中CAFs相关的新型预后生物标志物 | CAFs在OSCC中的具体作用机制仍不完全清楚 | 探索口腔鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞相关生物标志物 | 口腔鳞状细胞癌样本 | 单细胞测序分析 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, qPCR, western blot, 生物信息学分析 | Cox回归分析, ROC分析, Pearson相关分析 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11568 | 2025-10-07 |
Molecular and cellular morphology of placenta unveils new mechanisms of reproductive immunology
2025-Jan-20, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.01.025
PMID:39842636
|
研究论文 | 通过空间转录组学和多色免疫组化技术研究胎盘分子和细胞形态,揭示生殖免疫新机制 | 首次发现胚胎滋养细胞在植入前就表达免疫检查点蛋白,揭示胎儿通过细胞和体液免疫主动维持母胎免疫平衡的新机制 | 样本类型包括正常妊娠和异位妊娠,但具体样本数量未明确说明 | 研究胎盘在早期和晚期的细胞分子特征及母胎免疫调节机制 | 人类正常妊娠、异位妊娠胎盘组织及动物模型 | 空间生物学 | 生殖系统疾病 | 空间转录组学, 多重免疫组织化学, 免疫组化-荧光原位杂交双标记 | NA | 空间转录组数据, 组织图像, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 免疫组织化学, 荧光原位杂交 | NA | NA |
11569 | 2025-10-07 |
Integrative single-cell and multi-omics analyses reveal ferroptosis-associated gene expression and immune microenvironment heterogeneity in gastric cancer
2025-Jan-17, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-01798-8
PMID:39831925
|
研究论文 | 通过整合单细胞和多组学分析揭示胃癌中铁死亡相关基因表达和免疫微环境异质性 | 首次在胃癌中系统整合单细胞RNA测序与多组学数据研究铁死亡相关基因表达谱和免疫微环境异质性 | 未明确说明样本数量和具体实验验证细节 | 探究胃癌中铁死亡相关基因表达特征及其与免疫微环境的关系 | 胃癌组织和微环境中的细胞群体 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 机器学习算法, ssGSEA分析, GO/KEGG富集分析 | 机器学习预测模型 | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
11570 | 2025-10-07 |
Acquisition of discrete immune suppressive barriers contributes to the initiation and progression of preinvasive to invasive human lung cancer
2025-Jan-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.31.630523
PMID:39803458
|
研究论文 | 通过单细胞技术构建肺腺癌从癌前到浸润阶段的高分辨率免疫图谱,揭示免疫抑制屏障的形成机制 | 首次构建个体肺部分实性结节中非实性(癌前)和实性(浸润)区域的高分辨率单细胞图谱,发现4-1BB+ Treg新亚群及其IL2-STAT5抑制通路 | 研究样本量有限,主要聚焦肺腺癌的特定发展阶段 | 揭示肺腺癌从癌前病变向浸润性癌发展的早期决定因素 | 人类肺部分实性结节组织的微解剖样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 多重成像质谱流式, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间成像数据, 转录组数据 | 个体肺部分实性结节的微解剖样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多重成像 | NA | NA |
11571 | 2025-10-07 |
Single-cell landscape of the intrahepatic ecosystem in alcohol-related liver disease
2025-Jan, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70198
PMID:39834100
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了酒精相关肝病肝内生态系统的细胞景观,发现具有干细胞特性和恶性转化潜能的ALBKRT7上皮细胞群 | 首次在人类ALD肝脏中发现同时表达肝细胞和胆管标记的ALBKRT7上皮细胞群,并证明其通过Wnt/β-catenin信号通路促进肿瘤生长 | NA | 阐明酒精相关肝病的分子机制和恶性转化过程 | 酒精相关肝病患者和健康供体的肝脏组织 | 单细胞生物学 | 酒精相关肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11572 | 2025-10-07 |
Comprehensive Analysis of Programmed Cell Death-Related Genes in Diagnosis and Synovitis During Osteoarthritis Development: Based on Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S491203
PMID:39839184
|
研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序数据,系统分析了程序性细胞死亡相关基因在骨关节炎滑膜炎中的作用 | 首次结合bulk和单细胞RNA测序技术,系统研究PCD相关基因在OA滑膜炎中的表达模式及其与免疫微环境的相互作用 | 研究样本来源于公共数据库,需要进一步实验验证 | 探讨程序性细胞死亡相关基因在骨关节炎诊断和滑膜炎发展中的作用 | 骨关节炎患者的滑膜组织样本 | 生物信息学 | 骨关节炎 | RNA测序, qRT-PCR, 机器学习算法, 单细胞RNA测序 | 机器学习诊断模型 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的OA滑膜样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
11573 | 2025-10-07 |
Analysis and Validation of Autophagy-Related Gene Biomarkers and Immune Cell Infiltration Characteristic in Bronchopulmonary Dysplasia by Integrating Bioinformatics and Machine Learning
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S495132
PMID:39839185
|
研究论文 | 通过整合生物信息学和机器学习方法,分析与验证支气管肺发育不良中自噬相关基因生物标志物及免疫细胞浸润特征 | 首次对BPD中自噬相关基因和免疫浸润进行生物信息学分析,并采用三种机器学习算法识别枢纽基因 | 研究基于单一数据集GSE8586,样本来源有限 | 筛选和验证支气管肺发育不良的特征基因 | 支气管肺发育不良患者基因表达数据和高压氧大鼠模型 | 生物信息学 | 支气管肺发育不良 | 基因表达分析,单细胞测序,免疫组织化学 | Lasso,MCC,Degree,MCODE | 基因表达数据 | GSE8586数据集样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11574 | 2025-10-07 |
BIOTIC: a Bayesian framework to integrate single-cell multi-omics for transcription factor activity inference and improve identity characterization of cells
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf013
PMID:39833103
|
研究论文 | 提出一种名为BIOTIC的贝叶斯框架,通过整合单细胞多组学数据推断转录因子活性并改善细胞身份表征 | 开发了首个基于生物机制的贝叶斯模型,通过变分推理整合单细胞多组学数据来推断转录因子活性 | NA | 在基因调控水平推断转录因子活性并阐明细胞身份状态 | 细胞身份表征和基因调控机制 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学测序,单细胞转录组测序 | 贝叶斯模型,变分推理 | 单细胞多组学数据,基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞多组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
11575 | 2025-10-07 |
Comparative analysis of rhesus macaque and human placental organoids highlights evolutionary differences in placentation
2024-Oct-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.11.617873
PMID:39416122
|
研究论文 | 通过建立猕猴和人类胎盘类器官模型,比较分析两者在胎盘形成过程中的进化差异 | 首次建立猕猴胎盘类器官模型,并通过单细胞RNA测序揭示猕猴与人类滋养细胞转录特征的异同 | 仅比较了猕猴和人类两个物种,可能无法完全代表所有灵长类的胎盘进化特征 | 探究灵长类胎盘进化的分子机制和物种间差异 | 猕猴和人类的胎盘组织及衍生的类器官 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 猕猴和人类胎盘类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11576 | 2025-10-07 |
Unveiling contact-mediated cellular crosstalk
2024-Oct, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.05.010
PMID:38906738
|
综述 | 探讨细胞间接触介导的通讯机制及其对细胞功能调控的前沿研究方法 | 整合单细胞测序与空间转录组学等新兴技术,系统揭示细胞接触对基因表达的影响机制 | NA | 解析细胞间接触如何调控复杂的细胞反应网络 | 多细胞生物中的细胞间相互作用 | 空间生物学 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学, 生物工程技术 | NA | 基因表达数据, 空间位置信息 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
11577 | 2025-10-07 |
Unraveling the phenotypic states of human innate-like T cells: Comparative insights with conventional T cells and mouse models
2024-09-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114705
PMID:39264810
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术比较了人类先天样T细胞与传统T细胞的转录特征 | 揭示了人类先天样T细胞不分化成多个效应亚群而是发展混合型1/型17效应潜能的独特特征,并发现人类缺乏2型T细胞的物种特异性差异 | 研究主要关注人类和小鼠的比较,可能不适用于其他物种的免疫机制 | 探索先天样T细胞与传统T细胞的转录特征差异及其发育途径 | 人类胸腺和血液中的先天样T细胞和传统T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
11578 | 2025-10-07 |
Molecular and spatial signatures of human and rat corpus cavernosum physiopathological processes at single-cell resolution
2024-09-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114760
PMID:39299236
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组测序,绘制了人类和大鼠阴茎海绵体在正常和疾病状态下的空间细胞图谱 | 首次在分子水平揭示了人类和大鼠阴茎海绵体的空间异质性,并发现了机械力信号在不同区域的分布差异 | 研究仅涉及人类和大鼠两个物种,且体外实验条件可能与体内环境存在差异 | 探究阴茎海绵体在生理和病理状态下的分子解剖结构和细胞异质性 | 人类和大鼠的阴茎海绵体组织 | 单细胞生物学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类和大鼠阴茎海绵体样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | NA | NA |
11579 | 2025-10-07 |
Bioinformatics and machine learning approaches reveal key genes and underlying molecular mechanisms of atherosclerosis: A review
2024-Aug-02, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000038744
PMID:39093811
|
综述 | 通过生物信息学和机器学习方法探索动脉粥样硬化的关键基因及分子机制 | 整合多种生物信息学工具和机器学习算法识别动脉粥样硬化的关键基因,并首次分析其与铁死亡基因的关联 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 揭示动脉粥样硬化的遗传调控机制和潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化相关基因表达数据和免疫细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因表达分析 | LASSO回归,随机森林 | 基因表达数据 | GSE20129和GSE90074数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11580 | 2025-10-07 |
Cell-cell communication and initial population composition shape the structure of potato spindle tuber viroid quasispecies
2024-Mar-29, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koae012
PMID:38252648
|
研究论文 | 本研究探讨细胞间通讯和初始种群组成如何影响马铃薯纺锤块茎类病毒准种结构的形成 | 首次通过比较缺乏胞间连丝的成熟保卫细胞和离体培养的叶肉原生质体,揭示细胞间通讯对类病毒准种结构的影响 | 研究仅针对马铃薯纺锤块茎类病毒中间株系,结果可能不适用于其他类病毒或病毒 | 阐明类病毒准种结构的形成机制 | 马铃薯纺锤块茎类病毒(PSTVd)及其变异体 | 植物病理学 | 植物病毒感染 | 单细胞测序,共感染实验 | NA | 基因组序列数据 | 番茄植株的保卫细胞和叶肉原生质体 | NA | NA | NA | NA |