单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11561	2024-08-04	Single-cell sequencing unveils extensive intratumoral heterogeneity of cancer/testis antigen expression in melanoma and lung cancer 2024-Jun-17, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008759 PMID:38886115	研究论文	本研究揭示了黑色素瘤和肺癌中癌/睾丸抗原表达的广泛肿瘤内异质性	首次使用单细胞mRNA测序详细描述了肿瘤内癌/睾丸抗原表达的异质性，特别是在黑色素瘤和肺癌中	虽然研究揭示了广泛的异质性，但肺癌中只在五个肿瘤中发现一个肿瘤的均匀表达，因此发现可能不足	研究癌/睾丸抗原在黑色素瘤和肺癌中的表达异质性及其对免疫治疗的影响	临床获得的黑色素瘤和肺癌样本中的癌细胞	数字病理学	黑色素瘤; 肺癌	单细胞mRNA测序	NA	mRNA表达数据	临床衍生样本中的多肿瘤细胞
11562	2024-08-05	PR-SET7 epigenetically restrains uterine interferon response and cell death governing proper postnatal stromal development 2024-Jun-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49342-6 PMID:38858353	研究论文	该文章全面阐述了新生子宫在单细胞分辨率下的动态发展，及PR-SET7在子宫内干扰素应答和细胞死亡中的作用	揭示了PR-SET7通过催化H4K20me1对新生子宫基质发展进行表观遗传调控的机制	研究未明确探讨PR-SET7在其他阶段或不同生理条件下的作用	阐明PR-SET7在新生子宫基质发育中的表观遗传调控作用	新生子宫基质及其细胞群体	数字病理学	NA	RNA测序	NA	单细胞数据	NA
11563	2024-08-04	Defining mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived suppressor cells using single-cell transcriptomics 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.04.026 PMID:38627968	研究论文	本研究分析了间充质干细胞诱导的髓系来源抑制细胞的转录组特征	识别了MSC诱导的MDSCs的独特转录组特征，并确定了CSF-1R作为检测和富集MDSCs的关键细胞表面标记	研究中未指出关于RELM-γ对T细胞增殖及其他功能的具体影响	揭示间充质干细胞诱导的髓系来源抑制细胞的机制和特征	间充质干细胞诱导的CD11bLy6C细胞及其亚群	数字病理学	自体免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	分析了多种MDSCs和CD11bLy6C细胞亚群
11564	2024-08-07	Single-cell transcriptomics unveil a unique molecular profile of mesenchymal stem/stromal cell-induced myeloid-derived immune suppressor cells 2024-Jun-05, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.05.009 PMID:38795702	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
11565	2024-08-05	D-SPIN constructs gene regulatory network models from multiplexed scRNA-seq data revealing organizing principles of cellular perturbation response 2024-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.19.537364 PMID:37131803	研究论文	本文介绍了一种计算框架D-SPIN，用于从单细胞RNA测序数据中构建基因调控网络模型	D-SPIN模型能够通过量化的方式揭示细胞在基因敲低干扰下的调控逻辑和细胞路径组织	NA	旨在重建基因调控网络，理解细胞如何在有不同干扰条件下调节基因表达	大规模的Perturb-seq和药物反应数据集	计算生物学	NA	单细胞mRNA测序	概率模型	基因表达数据	来自数千种不同干扰条件的单细胞数据集
11566	2024-08-05	Neutrophil extracellular traps induced by IL-1β promote endothelial dysfunction and aggravate limb ischemia 2024-Jun, Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension IF:4.3Q1 DOI:10.1038/s41440-024-01661-3 PMID:38605142	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NETs）在肢体缺血相关的血管炎症和重塑中的功能意义	研究揭示了IL-1β诱导的NETs在肢体缺血中加剧内皮功能障碍的机制	未提供肢体缺血中NETs作用的全面机制和治疗效果的长期观察	研究NETs在肢体缺血相关血管炎症中的作用	本研究对象为人类肢体缺血中的中性粒细胞和内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、免疫荧光法	NA	NA	NA
11567	2024-08-05	RIPK1 protects naive and regulatory T cells from TNFR1-induced apoptosis 2024-Jun, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01301-w PMID:38734851	研究论文	本研究探讨了RIPK1在维持外周T细胞存活和防止TNFR1诱导的凋亡中的重要作用	揭示了RIPK1在不同外周T细胞亚群中的功能差异，且RIPK1的支架功能对T细胞的存活至关重要	未能明确不同外周T细胞亚群对RIPK1的需求差异	研究RIPK1在外周T细胞的生存和免疫反应中的作用	以RIPK1条件性缺失小鼠和其他基因敲除小鼠作为研究对象	免疫学	自身免疫性疾病	小鼠基因敲除技术	NA	转录组数据，细胞分选数据	涉及的样本包括不同亚群的CD4和CD8 T细胞
11568	2024-08-05	T cells in testicular germ cell tumors: new evidence of fundamental contributions by rare subsets 2024-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02669-9 PMID:38649788	研究论文	本文分析了罕见T细胞亚型在睾丸生殖细胞肿瘤（TGCT）中的基本贡献	首次发现人类睾丸中稀有Treg和Tfh细胞与TGCT的病理生物学相关	样本来源和患者间的显著异质性可能影响结果的普遍性	研究TGCT中免疫细胞组成的变化及其在肿瘤微环境中的角色	分析来自独立患者队列的人类睾丸标本中的免疫细胞	数字病理学	睾丸癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化和流式细胞术	NA	组织样本	来自多个独立患者队列的人类睾丸标本
11569	2024-08-05	Spatially distinct epithelial and mesenchymal cell subsets along progressive lineage restriction in the branching embryonic mammary gland 2024-Jun, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00115-3 PMID:38760574	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序绘制了小鼠乳腺上皮和间充质的图谱，并重建了多能干细胞的分化轨迹	确定了承诺的和多能乳腺干细胞的早期分子标记，并定义了它们在发育组织中的空间分布	缺乏对早期命运特征的具体标记，限制了对乳腺干细胞衍生的谱系承诺前体的描述	阐释多能干细胞的谱系特征及其在乳腺发育中的空间定位	小鼠乳腺上皮和间充质中的多能干细胞及其后代	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	E13.5到分娩阶段的小鼠样本
11570	2024-08-05	Knocking down of Xkr8 enhances chemotherapy efficacy through modulating tumor immune microenvironment 2024-Jun, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2024.04.041 PMID:38685385	研究论文	本研究评估了Xkr8敲除对增强化疗效果和调节肿瘤免疫微环境的影响	提出了Xkr8与化疗联合的全新策略，以增强抗肿瘤免疫反应并克服化学免疫耐药性	在临床相关的正位模型中进行的研究可能限制了结果的广泛适用性	探索Xkr8敲除对肿瘤免疫微环境的影响及其在化疗中的潜在应用	研究对象为肿瘤细胞和肿瘤微环境中的免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	在正位胰腺肿瘤模型中使用了具有临床相关性的样本
11571	2024-08-04	KLRB1 defines an activated phenotype of CD4+ T cells and shows significant upregulation in patients with primary Sjögren's syndrome 2024-May-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.112072 PMID:38636371	研究论文	本研究探讨KLRB1在CD4+ T细胞中的作用及其在原发性干燥综合症中的重要性	发现KLRB1在CD4+ T细胞激活表型中的独特性并与临床疾病指标相关	样本量有限，仅包含37名健康对照和44名患者的数据	研究KLRB1在原发性干燥综合症中的作用	44名原发性干燥综合症患者和37名健康对照的外周血样本	数字病理学	原发性干燥综合症	单细胞RNA测序	流式细胞术	血液样本	共81个样本，包括44名患者和37名健康对照
11572	2024-08-04	Deciphering Abnormal Platelet Subpopulations in COVID-19, Sepsis and Systemic Lupus Erythematosus through Machine Learning and Single-Cell Transcriptomics 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115941 PMID:38892129	研究论文	本研究旨在理解激活血小板的转录异质性及其对败血症、新冠肺炎和系统性红斑狼疮等疾病的影响	本研究通过单细胞转录组分析和机器学习方法，揭示了血小板亚群在疾病严重性中的差异，并标识出重要的血小板异质性生物标志物	本研究的局限性在于对激活血小板转录组异质性的了解仍然有限，未来需进一步验证发现的生物标志物	本研究旨在剖析激活血小板的复杂转录谱，以帮助开发针对异常和致病血小板亚型的靶向疗法	本研究分析了来自413例患者的47,977个血小板的单细胞转录谱	数字病理	新冠肺炎, 败血症, 系统性红斑狼疮	单细胞转录组, 深度神经网络 (DNN), 极端梯度提升 (XGB), UMAP	NA	转录组	413个样本
11573	2024-08-04	Identification of Marker Genes in Infectious Diseases from ScRNA-seq Data Using Interpretable Machine Learning 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115920 PMID:38892107	研究论文	本文提出了一种早期诊断系统，用于区分免疫失调综合征的严重程度	通过可解释的机器学习方法识别感染相关的关键基因，能够区分不同感染程度	本文未提及样本量及数据来源的具体限制	构建用于识别感染严重程度的早期诊断系统	重点研究不同免疫细胞和基因在感染中的表达变化	机器学习	感染性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
11574	2024-08-05	Sex-Based Mechanisms of Cardiac Development and Function: Applications for Induced-Pluripotent Stem Cell Derived-Cardiomyocytes 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115964 PMID:38892161	研究论文	本文概述了性别在心脏发育和功能中的机制，并探讨了诱导多能干细胞衍生心肌细胞的应用	首次全面理解性别特异性心脏差异的机制	对性别差异的机制尚未完全阐明	研究性别在心脏生理和病理中的作用和机制	主要研究男性和女性的心脏发育及其功能的差异	数字病理学	心血管疾病	诱导多能干细胞, 单细胞RNA测序	NA	NA	NA
11575	2024-08-05	scZAG: Integrating ZINB-Based Autoencoder with Adaptive Data Augmentation Graph Contrastive Learning for scRNA-seq Clustering 2024-May-29, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115976 PMID:38892162	研究论文	本文提出了一种结合ZINB模型和自适应数据增强图对比学习的深度学习框架，用于单细胞RNA测序的聚类分析	创新地结合了ZINB模型去噪和自适应图对比学习，解决了单细胞RNA测序数据的高维稀疏性问题	可能未能充分涵盖所有潜在的高维拓扑结构	研究单细胞RNA测序数据的聚类分析方法	重点研究单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别和聚类	计算机视觉	NA	ZINB模型，图对比学习	APPNPGCN	基因表达数据	10个常见的单细胞RNA测序数据集
11576	2024-08-04	Circadian Rhythm Disruption in Hepatocellular Carcinoma Investigated by Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data 2024-May-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115748 PMID:38891936	研究论文	本研究通过整合分析大规模和单细胞RNA测序数据，探讨了肝细胞癌中的生物钟节律失调	首次结合大规模RNA转录组分析和单细胞测序，确定与生物钟节律失调相关的基因的表达变化	具体的细胞和分子机制尚不清楚	研究生物钟节律失调在肝细胞癌发生中的作用及其相关基因	肝细胞癌患者的CRD相关基因表达	数字病理学	肝癌	RNA测序	NA	转录组数据	NA
11577	2024-08-04	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Metabolic Changes in Epithelial Glycosphingolipids and Establishes a Prognostic Risk Model for Pancreatic Cancer 2024-May-24, Diagnostics (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/diagnostics14111094 PMID:38893622	研究论文	该研究利用单细胞RNA测序分析揭示了胰腺癌中上皮糖鞘脂代谢的变化，并建立了预后风险模型	首次将上皮糖鞘脂代谢与胰腺癌的预后联系起来，建立了基于六基因的预后模型	该研究的样本量及其外部验证的数据库可能限制了结果的广泛适用性	探索胰腺癌中糖鞘脂代谢的变化及其与患者预后的关系	胰腺腺癌组织中的上皮细胞及其代谢特征	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞代谢数据	胰腺癌患者的单细胞测序数据，具体样本数量未提供
11578	2024-08-05	Unraveling Divergent Transcriptomic Profiles: A Comparative Single-Cell RNA Sequencing Study of Epithelium, Gingiva, and Periodontal Ligament Tissues 2024-May-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115617 PMID:38891804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序研究牙周组织的转录组特征	首次揭示了牙周组织的层次结构和环境因素对细胞组成的影响	样本量较小，仅涉及7个组织样本，可能限制了研究结果的普遍性	旨在识别牙周特异性标记以深入了解牙周病理生理	主要研究人类牙周韧带、牙龈和上皮组织的细胞组成和基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	7个组织样本
11579	2024-08-05	New Insight into Intestinal Mast Cells Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2024-May-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25115594 PMID:38891782	综述	本综述总结了单细胞转录组学研究如何为肠道肥大细胞的发育及其在健康和疾病中的功能角色提供了见解	使用单细胞RNA测序技术揭示的肠道肥大细胞的起源、分化及其表型和功能	关于肥大细胞生物学的若干方面尚待澄清	探讨肥大细胞的起源、分化及其在不同组织中的功能	肠道肥大细胞亚群及其在健康与疾病中的作用	数字病理学	肿瘤进展	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
11580	2024-08-04	Identification of apoptosis-immune-related gene signature and construction of diagnostic model for sepsis based on single-cell sequencing and bulk transcriptome analysis 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1389630 PMID:38894720	研究论文	本文探讨了与凋亡免疫相关的基因特征及其在脓毒症诊断模型中的应用	本文首次识别了11个凋亡相关基因作为脓毒症的特征诊断标志，并构建了相应的预后模型	本研究主要依赖于基因表达数据和小鼠模型，可能限制了在临床应用中的直接转化	研究目的在于识别与脓毒症相关的凋亡基因并建立诊断模型	研究对象为脓毒症基因表达数据及相应的动物模型	数字病理学	脓毒症	单细胞测序和大规模转录组分析	LASSO回归	基因表达数据	多项外部数据集和小鼠模型的分析