单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11541	2024-08-04	Spatial transcriptomics analysis identifies a unique tumor-promoting function of the meningeal stroma in melanoma leptomeningeal disease 2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.18.572266 PMID:38187574	研究论文	本研究描述了在黑色素瘤脑膜下疾病中脑膜间质的肿瘤促进功能	首次揭示了脑膜间质在黑色素瘤LMD中的肿瘤促进作用及其机制	仅针对特定肿瘤微环境进行研究，结果可能不适用于其它类型的转移性肿瘤	研究黑色素瘤脑膜下疾病的肿瘤微环境与肿瘤细胞之间的相互作用	侧重于黑色素瘤LMD的脑膜组织及对应的外脑转移位点	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组分析	NA	组织样本	NA
11542	2024-08-04	Coordinated immune dysregulation in Juvenile Dermatomyositis revealed by single-cell genomics 2023-Nov-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.07.566033 PMID:37986917	研究论文	该文章探讨了青少年皮肌炎的免疫失调特征	首次通过单细胞基因组学揭示了青少年皮肌炎中免疫系统的协调失调	对疾病机制的理解仍然不完全，治疗选择有限	旨在理解青少年皮肌炎的免疫失调及其与疾病活动的关系	研究对象为不同疾病活动阶段的青少年皮肌炎患者的外周血	数字病理学	青少年皮肌炎	单细胞转录组学	NA	外周血单核细胞的转录组数据	NA
11543	2024-08-04	GJA4 expressed on cancer associated fibroblasts (CAFs)-A 'promoter' of the mesenchymal phenotype 2024-Aug, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102009 PMID:38833783	研究论文	研究发现癌相关成纤维细胞上的GJA4能够促进结直肠癌的间充质表型。	揭示了GJA4在肿瘤基质中的致恶机制和其与M2巨噬细胞的协同作用。	未详细探讨GJA4对肿瘤微环境中其他细胞类型的影响。	探讨GJA4在促进结直肠癌中的作用和机制。	结直肠癌（CRC）中的癌相关成纤维细胞（CAFs）。	数字病理学	结直肠癌	单细胞分析、空间转录组学、免疫荧光染色等	NA	组织样本	涉及的样本数量未指定
11544	2024-08-05	Multiomics Analyses Identify AKR1A1 as a Biomarker for Diabetic Kidney Disease 2024-Jul-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0540 PMID:38394643	研究论文	本研究通过多组学分析确定了AKR1A1作为糖尿病肾病的生物标志物	研究首次揭示AKR1A1在糖尿病肾病细胞功能障碍中的潜在分子中心作用	研究可能受限于单细胞RNA测序和蛋白质组学数据的特定性和样本量	揭示糖尿病肾病的病理生理机制并寻找生物标志物	糖尿病肾病相关的功能基因及其蛋白产物	生物医学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和蛋白质组学	NA	基因和蛋白质表达数据	包括糖尿病心脏研究样本的纵向代谢物分析
11545	2024-08-04	A Novel Macrophage Subpopulation Conveys Increased Genetic Risk of Coronary Artery Disease 2024-Jun-21, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.324172 PMID:38747151	研究论文	该文章探讨了一种新的巨噬细胞亚群如何增加冠状动脉疾病的遗传风险	研究揭示了CD52-hi巨噬细胞亚群在动脉粥样硬化中的关键作用，以及与冠状动脉疾病相关的特定遗传变异和候选致病基因	研究可能在样本规模和病例异质性方面存在局限性	探索冠状动脉疾病中巨噬细胞亚群的遗传贡献和致病机制	主要以人类单核细胞源的巨噬细胞为研究对象	数字病理学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序和单细胞多组学	NA	基因组数据	来自38个动脉粥样硬化样本的5000多个巨噬细胞
11546	2024-08-05	Integration mapping of cardiac fibroblast single-cell transcriptomes elucidates cellular principles of fibrosis in diverse pathologies 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk8501 PMID:38905342	研究论文	本研究提供了一幅心脏纤维化的单细胞转录组整合图，揭示了多种病理状态下细胞纤维化的原理	创新性地整合了不同实验设计和分析流程的单细胞转录组数据，阐明心脏纤维化在心血管疾病中的病理生理学	NA	探讨心脏纤维化与各种心血管疾病的关系	心脏纤维细胞的单细胞转录组	数字病理学	心血管疾病	单细胞技术	NA	转录组数据	NA
11547	2024-08-04	Establishment and validation of a novel CD8+ T cell-associated prognostic signature for predicting clinical outcomes and immunotherapy response in hepatocellular carcinoma via integrating single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-Jun-20, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01092-z PMID:38900330	研究论文	本文建立并验证了一个新的CD8+ T细胞相关预后标志，通过整合单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq数据来预测肝细胞癌的临床结果和免疫治疗反应	提出了基于CD8+ T细胞的预后标志，这为肝细胞癌患者临床结果和免疫治疗反应的预测提供了强有力的模型	尚未提及研究的具体局限性	探讨CD8+ T细胞相关基因在肝细胞癌中的预后意义	利用来自不同数据库的HCC的单细胞RNA-seq和大规模RNA-seq数据	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和大规模RNA测序	Cox-Lasso回归模型	RNA数据	NA
11548	2024-08-05	MYCT1 controls environmental sensing in human haematopoietic stem cells 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07478-x PMID:38839950	research paper	本文探讨了MYCT1在调节人类造血干细胞（HSCs）环境感知和内吞作用中的重要性	发现MYCT1是人类HSC的重要调控因子，其缺失使HSC在培养中失去干性	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证结果	揭示MYCT1在保持人类造血干细胞干性中的作用	人类造血干细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞样本	NA
11549	2024-08-05	Single-Cell Sequencing of 3' RNA Transcripts 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3918-4_16 PMID:38907922	research paper	本研究描述了一种通过单细胞封闭和捕获mRNA转录本3'端聚腺苷酸尾巴的单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法	结合细胞和分子条形码的技术创新使得能对细胞中表达的基因进行更精确的识别	NA	探讨单细胞RNA测序在细胞状态和行为研究中的应用	单个细胞内的RNA表达	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	RNA	NA
11550	2024-08-05	Sequencing: 10X Genomics 3' HT Assay for Gene Expression 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3918-4_15 PMID:38907921	研究论文	本文章介绍了10X Genomics 3' HT试剂盒用于基因表达的单细胞RNA测序方法	此试剂盒引入了新的专有芯片，支持更高数量的细胞条形码和更大样本容量	没有提到特定的局限性	研究单细胞RNA测序技术以提升基因表达研究的准确性	研究对象为单个细胞及其基因表达模式	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达序列	每次实验最多可处理16个样本
11551	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing reveals dysregulated fibroblast subclusters in prurigo nodularis 2023-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.29.526050 PMID:36778229	研究论文	单细胞RNA测序揭示了瘙痒结节病中失调的成纤维细胞亚群。	本研究首次识别了瘙痒结节病中的七个独特的成纤维细胞亚群，并揭示了成纤维细胞与神经元之间的相互作用。	研究仍未完全理解瘙痒结节病的发病机制，且样本主要集中在黑人患者。	本研究旨在揭示瘙痒结节病的致病机制及相关细胞组分。	研究对象为28,695个瘙痒结节病损及非病损皮肤细胞。	数字病理学	瘙痒结节病	单细胞转录组分析	NA	细胞	28695个瘙痒结节病细胞
11552	2024-08-05	The spatial transcriptomic landscape of the healing mouse intestine following damage 2022-02-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-28497-0 PMID:35149721	研究论文	本研究利用空间转录组学定义了小鼠肠道在稳态和愈合过程中的转录组景观	揭示了结肠在稳态条件下的分子区域化特征，及其在粘膜愈合过程中的显著变化	研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全代表人类的相应机制	探讨小鼠肠道在愈合过程中转录组的空间组织	小鼠结肠的转录组及其在愈合过程中的变化	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠样本
11553	2024-08-04	Zinc ions regulate mitochondrial quality control in neurons under oxidative stress and reduce PANoptosis in spinal cord injury models via the Lgals3-Bax pathway 2024-Aug-20, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2024.05.037 PMID:38782079	研究论文	本研究探讨了锌离子如何通过Lgals3-Bax通路在脊髓损伤模型中调节线粒体质量控制并降低PANoptosis	研究揭示了锌离子在氧化应激下通过靶向Lgals3-Bax通路保护线粒体的机制，为脊髓损伤的治疗提供了一种新的方法	研究对锌离子的作用机制进行了探讨，但可能需要更多的临床数据来进一步验证	本研究旨在探讨锌离子在脊髓损伤中的保护作用及其机制	研究对象为脊髓损伤模型中的神经元	数字病理学	脊髓损伤	单细胞测序	NA	NA	NA
11554	2024-08-05	Comparison of genetic and epigenetic profiles of periodontitis according to the presence of type 2 diabetes 2024-Jul, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.620 PMID:38903536	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病与牙周炎之间的遗传和表观遗传特征的比较	使用多组学方法揭示了与Fc-伽马受体介导的吞噬作用通路相关的特定遗传和表观遗传变化	暂无具体的限制说明	深入理解2型糖尿病与牙周炎之间的相互关系	2型糖尿病患者的牙周组织样本与健康参与者进行比较	数字病理学	牙周炎, 2型糖尿病	全基因组测序, 甲基化分析, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 甲基化数据, RNA测序数据	涉及牙周炎患者（含糖尿病与不含糖尿病）及健康参与者的样本
11555	2024-08-04	Structure and dynamics of enterovirus genotype networks 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado1693 PMID:38896609	研究论文	该论文研究了肠道病毒基因型网络的结构和动态	使用单细胞测序方法揭示了病毒种群结构的复杂性，并将宿主细胞转录表型与病毒基因型结构联系起来	NA	理解病毒种群如何适应选择环境的变化	肠道病毒的基因型及其与宿主细胞转录组的关系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	mRNA	来自数百个感染细胞的病毒单倍型
11556	2024-08-04	Expansion of learning capacity elicited by interspecific hybridization 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn3409 PMID:38896617	研究论文	该文章探讨了跨种杂交引发的学习能力扩展，特别是关于鸟类的歌唱学习	研究揭示了杂交鸟类在学习能力上超越亲本的机制，特别是在神经元转录特征方面的独特性	缺乏对环境因素及其影响的具体研究	探索物种特定的歌唱学习的神经遗传机制	F杂交鸟类的学习能力及其神经元特征	自然语言处理	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	F杂交鸟类的多个个体
11557	2024-08-04	Tissue module discovery in single-cell-resolution spatial transcriptomics data via cell-cell interaction-aware cell embedding 2024-Jun-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.05.001 PMID:38823396	research paper	本研究提出了一种新的深度学习方法SPACE，用于通过细胞相互作用意识的细胞嵌入分析单细胞分辨率的空间转录组数据	SPACE能够识别具有特殊空间分布模式和不同邻近相互作用细胞类型的空间信息细胞亚型，并自动发现具有明显边界的细胞社区	NA	揭示个体细胞如何发挥组织特异性功能的空间组织原则	单细胞分辨率的空间转录组数据	数字病理学	NA	深度学习	NA	空间转录组数据	NA
11558	2024-08-05	Knockdown of ATRX enhances radiosensitivity in glioblastoma 2024-Jun-19, Chinese neurosurgical journal DOI:10.1186/s41016-024-00371-6 PMID:38898533	研究论文	本研究探讨了ATRX在胶质母细胞瘤中的放射敏感性作用	揭示了ATRX突变对胶质母细胞瘤患者生存期的影响，并提出ATRX作为克服放射抗性的新靶点	未提供具体的临床试验数据支持	研究ATRX在胶质母细胞瘤放射抗性中的作用	胶质母细胞瘤患者的ATRX突变率及其表达	数字病理学	胶质母细胞瘤	生物信息学分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从癌症基因组图谱中获取的胶质瘤患者数据
11559	2024-08-04	Traumatic brain injury promotes neurogenesis at the cost of astrogliogenesis in the adult hippocampus of male mice 2024-Jun-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49299-6 PMID:38890340	研究论文	创伤性脑损伤(TBI)导致小鼠成年海马中的神经发生增加，同时减少星形胶质细胞生成	本研究揭示了创伤性脑损伤如何改变神经干细胞的命运，促进神经发生而代价于星形胶质细胞生成	本研究仅在雄性小鼠中进行，未考虑性别对结果的影响	探讨创伤性脑损伤对成年小鼠海马神经干细胞及其衍生细胞线的影响	成年雄性小鼠	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	受控皮层撞击模型	细胞、基因表达数据	NA
11560	2024-08-05	Chemerin attracts neutrophil reverse migration by interacting with C-C motif chemokine receptor-like 2 2024-Jun-18, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06820-5 PMID:38890311	研究论文	本研究探讨了趋化因子chemerin在中性粒细胞逆向迁移中的作用机制	首次揭示了chemerin通过与C-C动机趋化因子受体样2的相互作用，吸引中性粒细胞离开炎症部位的机制	该研究主要集中在急性肺损伤模型，尚未在其他疾病模型中验证	旨在探索中性粒细胞逆向迁移的机制	主要研究在急性肺损伤模型中逆向迁移的中性粒细胞	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	NA	血液样本	急性肺损伤模型中的白细胞