单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 11501 - 11520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11501 | 2024-08-04 |
CellsFromSpace: a fast, accurate, and reference-free tool to deconvolve and annotate spatially distributed omics data
2024, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbae081
PMID:38915885
|
研究论文 | 提出了一种名为CellsFromSpace的新分析框架，用于分析空间转录组数据 | CellsFromSpace无需依赖单细胞参考数据集，通过独立成分分析(ICA)有效分析多种技术的空间转录组数据 | 尚未提及具体的局限性 | 旨在提高空间转录组学数据的分析准确性和效率 | 空间转录组学数据和不同类型细胞的分析 | 数字病理学 | NA | 独立成分分析(ICA) | NA | 空间转录组数据 | 使用真实样本进行验证，具体样本数量未提及 |
| 11502 | 2024-08-05 |
Glyoxalase 1: Emerging biomarker and therapeutic target in cervical cancer progression
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0299345
PMID:38870176
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研究论文 | 本研究探讨了甘油醛酶-1（GLO1）在宫颈癌进展中的关键角色，提出其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 本研究首次系统性地评估了GLO1在宫颈癌中的表达模式及其对细胞存活和迁移的影响 | 本研究的样本量有限，进一步的研究需要更大规模的临床数据支持 | 探讨GLO1在宫颈癌进展中的作用，以期为个性化治疗方案提供依据 | 研究对象为58名宫颈癌患者的样本 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化 | NA | 组织样本 | 58个宫颈癌患者的样本 |
| 11503 | 2024-08-05 |
ALOX5 acts as a key role in regulating the immune microenvironment in intrahepatic cholangiocarcinoma, recruiting tumor-associated macrophages through PI3K pathway
2023-12-20, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04804-1
PMID:38124204
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研究论文 | 研究ALOX5在调控肝内胆管癌免疫微环境中的关键作用 | 揭示了ALOX5通过其代谢产物LTB4招募M2型巨噬细胞的机制 | 未明确提出在临床应用中的具体限制 | 探讨ALOX5调控肿瘤相关巨噬细胞的潜在机制及其靶向治疗的转化效果 | ALOX5及其代谢产物与肝内胆管癌中肿瘤相关巨噬细胞的相互作用 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，多重免疫荧光分析 | NA | 组织样本，细胞培养模型 | 在小鼠异种移植肿瘤实验中使用的样本数量未详细说明 |
| 11504 | 2024-08-04 |
Research progress on the application of single-cell sequencing in autoimmune diseases
2023-10, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-023-00216-9
PMID:37550409
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综述 | 该文章总结了单细胞RNA测序技术在自身免疫疾病领域的应用进展 | 提供了对单细胞RNA测序技术的发展和在自身免疫疾病研究中的应用的系统性回顾 | 尚未完全理解自身免疫疾病的病因和发病机制 | 提供对自身免疫疾病发病机制、诊断和治疗的理解参考 | 自身免疫疾病 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 11505 | 2024-08-04 |
PFKFB3-Mediated Glycolysis Boosts Fibroblast Activation and Subsequent Kidney Fibrosis
2023-08-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12162081
PMID:37626891
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研究论文 | 该研究探讨了PFKFB3在肾纤维化中的作用，揭示其对成纤维细胞激活的影响 | 首次探索了PFKFB3在肾纤维化中的角色，强调其在成纤维细胞激活和肾纤维化进程中的重要性 | 本研究主要基于小鼠模型，尚需在人类样本中验证 | 研究PFKFB3在肾纤维化中的作用及其机制 | 主要研究对象为肾成纤维细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 慢性肾病 | 单细胞测序 | 小鼠模型 | 生物样本数据 | 小鼠模型研究中采取了多个样本，包括野生型和缺失PFKFB3的小鼠 |
| 11506 | 2024-08-05 |
A stem cell epigenome is associated with primary nonresponse to CD19 CAR T cells in pediatric acute lymphoblastic leukemia
2023-08-08, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2022008977
PMID:36607839
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研究论文 | 这篇文章探讨了干细胞表观基因组与儿童急性淋巴细胞白血病中CD19 CAR T细胞治疗的初级非应答之间的关联 | 本研究首次揭示了干细胞表观基因组与CD19-CAR治疗初级非应答的关联，为理解白血病抵抗机制提供了新见解 | 研究样本规模有限，仅为14名患者，可能影响结果的广泛适用性 | 旨在探讨儿童急性淋巴细胞白血病中，与CD19-CAR疗法相关的初级非应答的机制 | 研究对象为14名参与PLAT-02试验的儿童急性淋巴细胞白血病患者，包括7例初级非应答和7例初级敏感 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 长读长PacBio测序和单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 14名患者（7名初级非应答和7名初级敏感） |
| 11507 | 2024-08-05 |
Systematic characterization of therapeutic vulnerabilities in Multiple Myeloma with Amp1q reveals increased sensitivity to the combination of MCL1 and PI3K inhibitors
2023-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.01.551480
PMID:37577538
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研究论文 | 本研究系统性地表征了具有Amp1q的多发性骨髓瘤的治疗脆弱性 | 揭示了MCL1和PI3K抑制剂组合对具有Amp1q的多发性骨髓瘤的增加敏感性 | 未提及具体限制 | 开发针对具有Amp1q的多发性骨髓瘤患者的靶向治疗 | 带有和不带有Amp1q的多发性骨髓瘤亚克隆 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 使用相同患者肿瘤中的不同亚克隆进行比较，具体样本数量未提及 |
| 11508 | 2024-08-04 |
scKINETICS: inference of regulatory velocity with single-cell transcriptomics data
2023-06-30, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad267
PMID:37387147
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研究论文 | 本研究提出了scKINETICS，一个用于推断细胞速度的基因表达动态模型 | 引入了同时学习每个细胞转录速度和基因调控网络的期望最大化方法，揭示了新的调控因子 | 没有提及具体的限制因素 | 研究转录动态与基因表达变异之间的关系 | 急性胰腺炎数据集中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | 动态模型 | 基因表达数据 | NA |
| 11509 | 2024-08-04 |
Late-Stage Metastatic Melanoma Emerges through a Diversity of Evolutionary Pathways
2023-06-02, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-1427
PMID:36977461
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研究论文 | 本研究揭示了晚期转移性黑色素瘤的多样性进化路径 | 提供了迄今为止最全面的黑色素瘤转移数据集，并揭示了不同克隆来源和基因组变化在转移中的作用 | 样本来源仅限于14名接受免疫检查点抑制剂治疗的患者，可能影响结果的普遍适用性 | 研究转移路径及免疫检查点抑制剂的抵抗机制，以改善黑色素瘤的预后 | 来自14名接受ICI治疗患者的222个外显子组测序，493个面板测序，161个RNA测序，以及22个单细胞全基因组测序样本 | 数字病理 | 黑色素瘤 | 外显子组测序、面板测序、RNA测序、单细胞全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 共涉及14名患者的数据，包括222个外显子组样本，493个面板样本，161个RNA样本，和22个单细胞样本 |
| 11510 | 2024-08-04 |
Transcriptomic landscapes of effective and failed liver regeneration in humans
2023-Apr, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100683
PMID:36950091
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研究论文 | 本文系统评估了人类肝脏再生过程中的早期转录变化及其与功能障碍肝脏再生的差异 | 首次在人类中探索功能性与功能障碍性肝脏再生相关的转录组变化，揭示了DUSP4减少与肝内炎症反应之间的关系 | 研究主要集中于术后肝脏再生的早期阶段，未能覆盖全面的康复过程 | 旨在探讨人类肝脏再生过程中的转录组变化及相关机制 | 154名患者的血样和46名进行肝切除手术患者的组织样本 | 数字病理学 | 肝病 | RNA测序 | NA | 血液样本和组织样本 | 154名患者的血样和46名患者的组织样本 |
| 11511 | 2024-08-05 |
Mimicking Tumor Cell Heterogeneity of Colorectal Cancer in a Patient-derived Organoid-Fibroblast Model
2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.02.014
PMID:36868311
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研究论文 | 本文开发了一种结合匹配的上皮细胞和间质成纤维细胞的结直肠癌类器官模型 | 创新点在于该模型反映了肿瘤微环境的复杂性，并提供了更贴近体内肿瘤形态的细胞异质性 | 此模型可能未能完全再现所有肿瘤微环境的复杂因素 | 研究结直肠癌中肿瘤细胞与间质成纤维细胞的相互作用 | 本研究对象为结直肠癌样本中分离的肿瘤细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 3D类器官模型 | 细胞 | 来自结直肠癌样本的主要成纤维细胞和肿瘤细胞 |
| 11512 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing of human midbrain reveals glial activation and a Parkinson-specific neuronal state
2022-04-29, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awab446
PMID:34919646
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研究论文 | 该研究揭示了人类中脑的胶质细胞激活和特定于帕金森病的神经元状态 | 首次通过单核RNA测序揭示了特定于帕金森病的神经元细胞集群及其在运动障碍中的作用 | 研究仍需更多探讨以确认免疫信号和免疫调节治疗在帕金森病中的作用 | 表征所有中脑细胞类型在帕金森病病理中的贡献 | 来自六例特发性帕金森病患者及五例年龄/性别匹配对照的中脑单核样本 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 41,000多单核转录组，来自六例特发性帕金森病患者和五例匹配对照 |
| 11513 | 2024-08-05 |
Phospholipids of APOE lipoproteins activate microglia in an isoform-specific manner in preclinical models of Alzheimer's disease
2021-06-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23762-0
PMID:34099706
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研究论文 | 本研究探讨了APOE脂蛋白的磷脂如何以同种型特异性影响阿尔茨海默病中微胶质细胞的反应。 | 发现人类APOEε3和APOEε4在阿尔茨海默病大脑中存在特异性的磷脂特征，并揭示了APOE3脂蛋白与APOE4在微胶质细胞响应Aβ方面的显著差异 | 尚需进一步研究以明确APOE和TREM2在真实生物体中的复杂相互作用 | 阐明APOE同种型在阿尔茨海默病微胶质细胞反应中的作用 | 使用预临床阿尔茨海默病鼠模型研究APOE3和APOE4对微胶质细胞的影响 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq | NA | RNA数据 | 使用APOE3和APOE4小鼠的脂蛋白和微胶质细胞样本 |
| 11514 | 2024-08-05 |
Overexpressed Trophoblast Glycoprotein Contributes to Preeclampsia Development by Inducing Abnormal Trophoblast Migration and Invasion Toward the Uterine Spiral Artery
2024-Jul, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究揭示了TPBG过表达如何通过影响子宫螺旋动脉重塑，促进子痫前症的发展 | 首次表明TPBG过表达与子痫前症发展之间的因果关系 | 研究重点在于TPBG的作用，未深入探讨其他可能的影响因素 | 探讨TPBG在子痫前症发展中的作用及其潜在机制 | 健康个体和子痫前症患者的胎盘组织及妊娠小鼠模型 | 数字病理学 | 子痫前症 | RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 收集了妊娠妇女的胎盘和血浆样本 |
| 11515 | 2024-08-04 |
Protocol to detect immune levels, abnormal metabolism, and signaling pathways in tumor tissue based on scRNA-seq obtained from patient databases
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103065
PMID:38753488
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研究论文 | 本文介绍了一种评估肿瘤组织中的免疫水平、异常代谢和信号通路的协议 | 创新性地基于患者数据库的单细胞测序来评估肿瘤免疫微环境和代谢途径 | 未提及具体的样本量和可能的实验限制 | 研究肿瘤组织中的免疫微环境及其代谢特征 | 基于单细胞测序的数据来分析肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | NA | NA |
| 11516 | 2024-08-04 |
Protocol for high-quality single-cell RNA-seq from tissue sections with DRaqL
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103050
PMID:38703368
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研究论文 | 本文介绍了用于从组织切片中提取高质量单细胞RNA测序的详细协议 | 开发了结合DRaqL和Smart-seq2的新协议，以提高从酒精固定小鼠卵巢切片中获得的单细胞RNA测序的质量 | 未提及具体样本数量和适用场景的限制 | 研究旨在提供一种高效的单细胞RNA测序方法 | 研究对象为酒精固定的小鼠卵巢切片中的单细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 11517 | 2024-08-04 |
Protocol for preparing formalin-fixed paraffin-embedded musculoskeletal tissue samples from mice for spatial transcriptomics
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102986
PMID:38555590
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研究论文 | 本研究提供了一种用于小鼠肌肉骨骼组织固定石蜡包埋样本的空间转录组学的制备方案 | 本方案详细描述了组织收集、样本制备、石蜡嵌入等步骤的创新性方法 | 该协议的完整执行时间长达18天，且对矿化组织的脱钙要求超过50%的时间 | 研究目的在于为小鼠骨骼及多组织肌肉骨骼样本提供标准化的空间转录组学处理方法 | 研究对象为固定石蜡包埋的小鼠肌肉骨骼组织样本 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 小鼠的股骨及相邻肌肉样本 |
| 11518 | 2024-08-05 |
GoT-Splice protocol for multi-omics profiling of gene expression, cell-surface proteins, mutational status, and RNA splicing in human cells
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.102966
PMID:38512867
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研究论文 | 本文介绍了GoT-Splice协议用于对人类细胞中基因表达、细胞表面蛋白、突变状态和RNA剪接进行多组学分析 | 该协议结合了GoT和增强的单细胞转录组及细胞表面蛋白质组分析，克服了区分野生型和突变细胞的挑战 | 仍然需要处理复杂人类组织中的细胞变异和短读片测序数据带来的重构剪接信号的不准确性 | 研究RNA剪接因子突变及其在细胞中的表现 | 人类细胞中的基因表达和细胞表面蛋白 | 数字病理学 | NA | 长读长测序 | NA | 转录组数据和蛋白质组数据 | NA |
| 11519 | 2024-08-05 |
Protocol for quantifying stem-cell-derived cardiomyocyte maturity using transcriptomic entropy score
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103083
PMID:38781077
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研究论文 | 本文提出了一种量化干细胞来源心肌细胞成熟度的协议 | 通过单细胞RNA测序基础上的熵评分指标来量化心肌细胞成熟度 | 未提及具体的实验限制 | 旨在评估从多能干细胞生成的成人样心肌细胞的成熟度 | 干细胞来源的心肌细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 11520 | 2024-08-05 |
A deep learning framework for denoising and ordering scRNA-seq data using adversarial autoencoder with dynamic batching
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103067
PMID:38748883
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研究论文 | 本文介绍了一种用于去噪和排序单细胞RNA测序数据的深度学习框架 | 提出了一种动态批处理对抗自编码器(DB-AAE)来去噪scRNA-seq数据 | 未提及具体的局限性 | 研究如何通过深度学习提高单细胞RNA测序数据的质量 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 对抗自编码器 | RNA测序数据 | NA |