本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
11481 | 2025-10-07 |
Bypassing cisplatin resistance in Nrf2 hyperactivated head and neck cancer through effective PI3Kinase targeting
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.10.632413
PMID:39868226
|
研究论文 | 本研究评估PI3K抑制剂在绕过Nrf2介导的顺铂耐药头颈癌中的疗效 | 首次提出基于生物标志物的PI3K通路靶向策略,在顺铂耐药头颈癌中显示出显著抗肿瘤活性 | 研究主要基于临床前模型,尚未进行人体临床试验验证 | 评估PI3K抑制剂能否绕过Nrf2介导的顺铂耐药性 | 头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)及其顺铂耐药模型 | 癌症研究 | 头颈癌 | 转录组学、代谢组学、信号通路分析、空间转录组学 | 皮下、原位和转移性异种移植模型,免疫缺陷和人源化小鼠模型 | 基因表达数据、代谢数据、信号通路数据 | 多种HNSCC细胞系和动物模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
11482 | 2025-10-07 |
COSIME: Cooperative multi-view integration and Scalable and Interpretable Model Explainer
2025-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.11.632570
PMID:39868220
|
研究论文 | 提出COSIME方法用于多组学数据整合和可解释性分析 | 结合可学习最优传输和蒙特卡洛采样,实现多视图整合并评估特征重要性和相互作用 | NA | 解决异质数据类型整合和生物特征关系解释的瓶颈问题 | 阿尔茨海默病相关表型 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学, 单细胞空间转录组学, 表观基因组学, 代谢组学 | 深度神经网络 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
11483 | 2025-10-07 |
Gene regulatory network inference based on novel ensemble method
2024-Dec-06, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elae036
PMID:39324652
|
研究论文 | 提出一种基于13种基础分类方法和灵活神经树的集成方法用于提高基因调控网络识别准确率 | 开发了基于基因编程变体和粒子群优化的混合进化算法来搜索最优灵活神经树模型 | NA | 提高基因调控网络识别准确率 | 基因调控网络 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 集成学习,灵活神经树,粒子群优化 | 基因表达数据 | 三个模拟数据集和三个真实单细胞RNA-seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11484 | 2025-10-07 |
Evolutionary diversity of CXCL16-CXCR6: Convergent substitutions and recurrent gene loss in sauropsids
2024-12, Immunogenetics
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s00251-024-01357-5
PMID:39400711
|
研究论文 | 本研究通过比较约400个脊椎动物CXCR6直系同源基因,揭示了CXCL16-CXCR6轴在脊椎动物中的进化多样性和基因丢失现象 | 首次在脊椎动物广泛尺度上揭示CXCR6的DRF基序非普遍性,发现鸟类中反复发生的CXCR6基因丢失现象 | 研究主要基于基因序列分析,功能验证实验相对有限 | 探究CXCL16-CXCR6轴在脊椎动物中的进化历程和多样性 | 约400个脊椎动物的CXCR6直系同源基因 | 进化生物学 | 免疫系统疾病 | 单细胞RNA测序,基因序列比对 | NA | 基因序列数据,单细胞RNA测序数据 | 涵盖36个鸟类目和多种脊椎动物的约400个CXCR6直系同源基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11485 | 2025-10-07 |
Metabolic Reprogramming Induced by Aging Modifies the Tumor Microenvironment
2024-10-17, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13201721
PMID:39451239
|
研究论文 | 本研究通过计算模型分析衰老如何通过代谢重编程改变肿瘤微环境 | 首次系统揭示衰老通过代谢可塑性影响肿瘤微环境的机制,特别是能量代谢通路在免疫细胞中的差异性变化 | 基于计算模型的分析需要实验验证,样本来源和数量可能限制结论的普适性 | 探索衰老与代谢重编程的相互作用如何影响肿瘤微环境并促进肿瘤发生 | 17种与衰老相关的癌症类型,包括T细胞、巨噬细胞等免疫细胞 | 计算生物学 | 多种癌症 | MMPC计算模型,RNA-seq分析 | MMPC(代谢可塑性通路配对比较模型) | RNA-seq数据 | 涵盖17种癌症类型的批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11486 | 2025-10-07 |
Podoplanin Expression in Early-Stage Colorectal Cancer-Associated Fibroblasts and Its Utility as a Diagnostic Marker for Colorectal Lesions
2024-10-11, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells13201682
PMID:39451200
|
研究论文 | 本研究探讨了podoplanin在早期结直肠癌相关成纤维细胞中的表达及其作为结直肠病变诊断标志物的应用价值 | 首次发现早期结直肠癌中隐窝周围成纤维细胞和网状细胞是CAFs的细胞来源,并证实PDPN表达可作为区分结直肠非肿瘤性与肿瘤性病变的诊断特征 | 早期结直肠癌中PDPN阳性CAFs的研究尚不充分,样本量未明确说明 | 研究早期结直肠癌相关成纤维细胞中podoplanin的表达特征及其诊断价值 | 腺瘤、早期结直肠癌、神经内分泌肿瘤、正常邻近组织和非肿瘤性结直肠病变 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11487 | 2025-10-07 |
WIP1-mediated regulation of p38 MAPK signaling attenuates pyroptosis in sepsis-associated acute kidney injury
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152832
PMID:38943814
|
研究论文 | 本研究探讨WIP1通过调节p38 MAPK信号通路在脓毒症相关急性肾损伤中抑制细胞焦亡的作用机制 | 首次揭示WIP1在急性肾损伤中通过p38 MAPK信号通路调控肾小管细胞焦亡的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和HK2细胞系,尚未在更复杂的人类病理环境中验证 | 阐明WIP1在脓毒症相关急性肾损伤中的分子调控机制 | 小鼠模型、人类HK2肾小管上皮细胞、急性肾损伤患者组织样本 | 分子病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹, 细胞活力检测 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | 小鼠模型和细胞系实验,包含人类患者组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11488 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis of macrophage subpopulations contributing to chemotherapy resistance in ovarian cancer
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152811
PMID:38941863
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示卵巢癌化疗耐药中巨噬细胞亚群的作用机制 | 首次在单细胞水平鉴定出与卵巢癌化疗耐药相关的CXCL5+、THBS1+和MMP9+巨噬细胞亚群,并揭示其促肿瘤分子表达特征 | 样本量未明确说明,机制研究主要基于生物信息学分析缺乏实验验证 | 探究巨噬细胞在卵巢癌化疗耐药中的功能和机制 | 卵巢癌组织中的巨噬细胞亚群 | 单细胞组学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组测序 | Seurat分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11489 | 2025-10-07 |
Identification and validation of potential biomarkers related to oxidative stress in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-09, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152791
PMID:39180853
|
研究论文 | 通过生物信息学技术鉴定与特发性肺纤维化氧化应激相关的潜在诊断生物标志物 | 首次结合随机森林算法和LASSO回归从氧化应激相关基因中筛选出7个诊断基因,并构建了具有出色预测能力的列线图模型 | 研究基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 鉴定与特发性肺纤维化氧化应激相关的可靠诊断生物标志物 | 特发性肺纤维化患者基因表达数据 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 基因表达分析,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | 随机森林,LASSO回归,列线图 | 基因表达数据 | GSE70866和GSE141939数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
11490 | 2025-10-07 |
Targeting the dynamic transcriptional landscape of Treg subpopulations in pancreatic ductal adenocarcinoma: Insights from single-cell RNA sequencing analysis with a focus on CTLA4 and TIGIT
2024-07, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152822
PMID:38852289
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌中调节性T细胞亚群的动态转录景观及其与其他细胞的相互作用 | 首次在PDAC中系统分析Treg亚群异质性,揭示iTreg与nTreg在肿瘤和正常组织中的分布差异,并识别CTLA4和TIGIT作为关键免疫治疗靶点 | 基于已发表数据集进行重新分析,样本量有限且缺乏实验验证 | 探究胰腺导管腺癌中调节性T细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用机制 | 胰腺导管腺癌患者肿瘤和癌旁组织中的调节性T细胞及其他肿瘤微环境细胞 | 单细胞转录组学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 已发表数据集(具体样本数未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11491 | 2025-10-07 |
Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung
2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232192
PMID:38597954
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析SARS-CoV-2在人类肺组织中的细胞嗜性和转录组效应 | 首次在人类肺组织中重建SARS-CoV-2感染的'感染伪时间'转录程序,发现间质巨噬细胞是病毒主要感染靶点 | 研究基于体外感染的健康人类肺组织,可能与实际体内感染情况存在差异 | 阐明COVID-19肺炎早期发病机制和病毒-宿主相互作用 | 人类肺组织细胞,特别是间质巨噬细胞和肺泡巨噬细胞 | 单细胞生物学 | COVID-19 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 健康人类肺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11492 | 2025-10-07 |
The heterogeneity of tumour-associated macrophages contributes to the clinical outcomes and indications for immune checkpoint blockade in colorectal cancer patients
2024-05, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2024.152805
PMID:38669865
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌中肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其与临床预后和免疫检查点阻断治疗的关系 | 首次系统性地定义了21个决定巨噬细胞状态的基因模块,并发现其中7个与临床预后相关、11个与免疫检查点阻断治疗适应症相关,鉴定出具有高免疫治疗响应特征的HIM TAM亚群 | 样本量相对有限(60例患者),需要更大规模的研究验证 | 探究肿瘤相关巨噬细胞异质性对结直肠癌患者临床预后和免疫检查点阻断治疗适应症的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织中的肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组分析, 配体-受体相互作用分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 60例结直肠癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
11493 | 2025-10-07 |
The role of T cells and shared genes in psoriasis and inflammatory bowel disease based on single-cell RNA and comprehensive analysis
2023-11, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2023.152754
PMID:37806279
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和综合分析探讨T细胞及共享基因在银屑病和炎症性肠病中的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序、WGCNA和免疫浸润分析系统揭示银屑病与IBD的共享基因和免疫细胞机制 | NA | 探索银屑病和炎症性肠病的共同发病机制及潜在诊断标志物 | 银屑病和炎症性肠病患者 | 生物信息学 | 银屑病,炎症性肠病 | 单细胞RNA测序,差异表达基因分析,GO分析,KEGG分析,加权基因共表达网络分析,免疫浸润分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11494 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptional gene signature analysis identifies IL-17 signaling pathway as the key pathway in sepsis
2023-11, Immunobiology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.imbio.2023.152763
PMID:38039751
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析鉴定IL-17信号通路为脓毒症的关键致病通路 | 首次通过单细胞转录组技术系统揭示IL-17信号通路在脓毒症不同免疫细胞中的关键作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 识别与脓毒症临床严重程度和结局相关的关键通路 | 健康对照和脓毒症患者的外周血单个核细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, t-SNE, UMAP, GO/KEGG富集分析 | 单细胞转录组分析 | 基因表达数据 | 来自三个公共数据库的样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
11495 | 2025-10-07 |
Single-cell atlas of multilineage cardiac organoids derived from human induced pluripotent stem cells
2022-Oct, Life medicine
DOI:10.1093/lifemedi/lnac002
PMID:39871934
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析解析人多能干细胞来源的多谱系心脏类器官的发育过程 | 首次建立包含心肌细胞、内皮细胞和平滑肌细胞的多谱系心脏类器官模型,并揭示3D微环境促进心肌细胞成熟的分子机制 | 研究主要基于体外类器官模型,在体验证仅使用大鼠心肌梗死模型 | 探索人多能干细胞来源心脏类器官的发育机制及其在心脏修复中的应用 | 人诱导多能干细胞来源的多谱系心脏类器官 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11496 | 2025-10-07 |
The construction of a breast cancer prognostic model by combining genes related to hypoxia and endoplasmic reticulum stress
2025-Jan-27, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2025.2453941
PMID:39868728
|
研究论文 | 通过结合缺氧和内质网应激相关基因构建乳腺癌预后预测模型 | 首次将缺氧和内质网应激相关基因联合构建乳腺癌预后模型,并分析其与免疫浸润和药物敏感性的关联 | 研究基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步实验验证 | 预测乳腺癌患者的预后并探索个体化治疗新视角 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq, 单细胞测序分析 | Cox回归, Lasso回归 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自TCGA和GEO数据库的乳腺癌样本 | NA | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | NA |
11497 | 2025-10-07 |
Initial regional cytoarchitectonic differences in dorsal and orbitobasal human developing frontal cortex revealed by spatial transcriptomics
2024-Dec-18, Brain structure & function
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00429-024-02865-6
PMID:39692769
|
研究论文 | 利用空间转录组学技术揭示人类胚胎发育期前额叶皮层背侧和眶基底区域早期细胞构筑差异 | 首次在转录组水平发现人类胚胎前额叶皮层背侧和眶基底区域瞬时细胞区室的基因表达差异,证实前额叶皮层区域特化在胎儿发育早期即已出现 | 研究仅聚焦于15孕周这一特定发育时期,样本量有限 | 探究人类胚胎前额叶皮层背侧和眶基底区域细胞构筑特征的转录组基础 | 人类胚胎发育期前额叶皮层组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 15孕周人类胚胎前额叶皮层样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler空间转录组分析平台 |
11498 | 2025-10-07 |
Microglia and monocyte-derived macrophages drive progression of pediatric high-grade gliomas and are transcriptionally shaped by histone mutations
2024-11-12, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.09.007
PMID:39395421
|
研究论文 | 本研究揭示了髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的关键作用及其受组蛋白突变调控的分子机制 | 首次在免疫活性小鼠模型中证明组蛋白突变和肿瘤位置共同塑造髓系细胞异质性,并发现靶向CCL8/CCL12-CCR1/CCR5轴的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需扩展 | 探究髓系细胞在儿童高级别胶质瘤进展中的作用机制 | 儿童高级别胶质瘤(包括半球pHGGs和弥漫中线胶质瘤)及其微环境中的髓系细胞 | 数字病理学 | 脑胶质瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,组织切片图像 | 免疫活性小鼠模型和人类pHGG样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11499 | 2025-10-07 |
Progressive polyadenylation and m6A modification of Ighg1 mRNA maintain IgG1 antibody homeostasis in antibody-secreting cells
2024-11-12, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.10.004
PMID:39476842
|
研究论文 | 本研究揭示了抗体分泌细胞中通过Ighg1 mRNA的渐进式多聚腺苷酸化和m6A修饰维持IgG1抗体稳态的机制 | 首次发现m6A阅读蛋白YTHDF1通过调控Ighg1 mRNA稳定性维持IgG1抗体产生,并证实该机制在系统性红斑狼疮中的病理作用 | 研究主要聚焦于IgG1亚型,其他IgG亚型的调控机制尚未明确 | 探究RNA转录后修饰如何影响抗体分泌细胞中的抗体稳态 | 抗体分泌细胞(ASCs)、IgG重链转录本(Ighg)、m6A阅读蛋白YTHDF1 | 分子生物学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序、基因敲除、免疫荧光 | NA | 基因表达数据、蛋白质定位数据 | 狼疮小鼠模型、系统性红斑狼疮患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11500 | 2025-10-07 |
Overcoming tyrosine kinase inhibitor resistance in lung cancer brain metastasis with CTLA4 blockade
2024-Nov-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.09.012
PMID:39423817
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了肺癌脑转移中TKI耐药机制,并证明CTLA4阻断可有效克服耐药 | 首次发现TKI治疗通过肿瘤来源的HMGB1上调T细胞CTLA4表达,创建免疫抑制微环境,并证明CTLA4阻断联合TKI在TKI耐药模型中优于PD1阻断 | 研究样本来源于手术获取的LCBM样本,样本量有限,且依赖小鼠模型验证 | 阐明肺癌脑转移中酪氨酸激酶抑制剂耐药机制并探索有效治疗策略 | 肺癌脑转移患者样本和具有TKI敏感或耐药EGFR突变的同源小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 具有不同遗传背景和TKI治疗史的LCBM手术样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |