单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27924 篇文献，本页显示第 11461 - 11480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11461 | 2024-08-05 |
Personalized tumor combination therapy optimization using the single-cell transcriptome
2023-12-01, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01256-6
PMID:38041202
|
研究论文 | 该文章提出了一种利用单细胞转录组优化个性化肿瘤联合治疗的方法 | 介绍了一种名为comboSC的计算原型，能够基于单细胞转录组评估个别患者的免疫微环境并优化联合治疗 | 该研究的具体临床应用和实验验证尚需进一步探索 | 推动个性化癌症治疗的方法和工具的发展 | 119个来自15种癌症类型的肿瘤样本的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 119个肿瘤样本 |
| 11462 | 2024-08-05 |
Complementary and countervailing actions of Jak2 and Ikk2 in hematopoiesis in mice
2023-12, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2023.08.005
PMID:37611729
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研究论文 | 本研究探讨了Jak2和Ikk2在小鼠造血中的互补和相对作用 | 提出了Jak2和Ikk2在促进造血干细胞自我更新与髓系分化之间的相互作用机制 | 研究局限于小鼠模型，临床应用尚需进一步验证 | 探讨NFκB通路的高活性如何与Jak2 V617F突变相互作用影响造血过程 | 使用含有Jak2 V617F突变和Ikk2-CA的小鼠模型进行实验 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 包含多个小鼠模型，具体样本大小未明确提及 |
| 11463 | 2024-08-04 |
Loss of p53-DREAM-mediated repression of cell cycle genes as a driver of lymph node metastasis in head and neck cancer
2023-11-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01236-w
PMID:37978395
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研究论文 | 本研究探索了p53-DREAM介导的细胞周期基因抑制的丧失如何驱动头颈癌的淋巴结转移 | 本文揭示了淋巴结转移相关基因与癌细胞的上皮去分化及细胞周期调节之间的新的联系 | 未具体讨论治疗选项或干预措施的有效性 | 识别驱动头颈癌转移及进展的分子通路 | 2074个头颈癌组织活检样本及其基因表达数据 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序和整体RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2074个头颈癌活检样本 |
| 11464 | 2024-08-04 |
An ANXA11 P93S variant dysregulates TDP-43 and causes corticobasal syndrome
2023-Oct-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3462973/v1
PMID:37886540
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研究论文 | 本研究识别了ANXA11中的一个新型变异P93S，其导致TDP-43的异常调控，并与皮质基底综合征相关。 | 首次将ANXA11 P93S变异与皮质基底综合征联系起来，拓展了ANXA11突变所致临床综合征的范围。 | 关于ANXA11 P93S变异对神经元功能的影响尚未全面理解，且样本规模可能有限。 | 探讨ANXA11突变在皮质基底综合征中的致病作用及其相关生物学机制。 | 针对携带ANXA11 P93S突变的个体进行的表型分析和细胞功能研究。 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 多组学评估 | iPSC衍生神经元 | 单细胞测序和蛋白组学分析 | 涉及对应突变的个体样本及其iPSC衍生的神经元和小胶质细胞 |
| 11465 | 2024-08-05 |
Fundamental and practical approaches for single-cell ATAC-seq analysis
2022-Sep, aBIOTECH
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s42994-022-00082-5
PMID:36313930
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综述 | 本文提供了关于单细胞ATAC-seq数据处理的实用指南，从质量评估到下游分析。 | 本文探讨了单细胞ATAC-seq在表观基因组分析中的应用及其对非编码变异功能的研究。 | 由于scATAC-seq数据的稀疏和噪声性质，处理数据需要不同的方法论和经验。 | 本研究旨在提供单细胞ATAC-seq数据处理的实用方法，以便于各种应用的研究。 | 研究对象包括单细胞水平测量的开放染色质区域及其在表观遗传调控中的作用。 | 数字病理学 | NA | ATAC-seq | NA | 基因组数据 | NA |
| 11466 | 2024-08-04 |
A single-cell transcriptomic study of heterogeneity in human embryonic tanycytes
2024-07-04, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-66044-7
PMID:38965316
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研究论文 | 本研究探讨了人类胚胎tanycytes的异质性 | 首次利用单细胞转录组数据分析人类胚胎tanycytes的群体和基因调控网络 | 人类tanycytes的研究仍相对有限，可能影响对其生物学功能的全面理解 | 研究人类胚胎tanycytes的异质性及其在能量平衡中的作用 | 人类胚胎tanycytes | 数字病理学 | 肥胖与糖尿病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 11467 | 2024-08-05 |
Differences in microenvironment of lung cancer and pleural effusions by single-cell RNA sequencing
2024-Jul, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2024.107847
PMID:38889499
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研究论文 | 本研究首次通过单细胞RNA测序比较肺癌和胸腔积液的微环境 | 该研究首次对相同患者的肺癌活检和胸腔积液进行直接比较，揭示了微环境的显著差异 | 样本量较小，仅研究了十名患者，结果的普遍适用性可能受到限制 | 研究肺癌微环境及其与胸腔积液微环境的比较 | 十名肺癌患者的匹配活检和胸腔积液样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞数据 | 10名患者的匹配样本 |
| 11468 | 2024-08-05 |
Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo
2024-Jun-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135
PMID:38875113
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研究论文 | 本文介绍了一种在体内功能性鉴定神经元群体的单细胞RNA测序样本收集协议 | 提出了利用病毒介导的活动依赖性标记工具进行样本收集的新方法 | 缺乏对样本收集或分析方法的具体数据支持 | 研究如何在虚拟现实环境中进行神经元群体的样本收集 | 以小鼠为对象，研究功能性鉴定的神经元群体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 生物信息数据 | NA |
| 11469 | 2024-08-04 |
scDrugPrio: a framework for the analysis of single-cell transcriptomics to address multiple problems in precision medicine in immune-mediated inflammatory diseases
2024-03-20, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01314-7
PMID:38509600
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研究论文 | 该文章提出了一个计算框架scDrugPrio，用于分析单细胞转录组数据，以提高免疫介导炎症疾病的药物优先选择和再利用 | scDrugPrio集成了细胞类型特异性的表达变化、改变的细胞间相互作用和药物性质，以选择和排名数千种药物 | 尽管适用于小鼠模型，但在相同诊断的患者中发现了显著的细胞和基因表达差异，可能导致对治疗反应的个体差异 | 研究免疫介导炎症疾病中的药物优先选择和个性化治疗 | 对不同患者的单细胞RNA测序数据进行分析，比较药物预测的变异性 | 数字病理学 | 免疫介导炎症疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 网络模型 | 基因表达数据 | 十一名克罗恩病患者的单细胞RNA测序数据 |
| 11470 | 2024-08-04 |
An atlas of cell-type-specific interactome networks across 44 human tumor types
2024-02-12, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01303-w
PMID:38347596
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研究论文 | 本研究提出了一种涵盖44种人类肿瘤类型的细胞类型特异性相互作用网络图谱。 | 开发了名为CellNetdb的数据门户，为研究人员提供细胞类型特异性相互作用网络的全面资源，并识别了不同肿瘤类型中的共同特征和差异。 | 尚未明确指出具体的研究限制 | 研究细胞类型中特异性相互作用网络以及其在肿瘤微环境中的作用。 | 563名患者和44种不同类型的肿瘤样本。 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 563个患者的样本，涉及44种不同的肿瘤类型 |
| 11471 | 2024-08-05 |
Integrative analysis of spatial and single-cell transcriptome data from human pancreatic cancer reveals an intermediate cancer cell population associated with poor prognosis
2024-01-31, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01287-7
PMID:38297291
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研究论文 | 本文通过整合空间和单细胞转录组数据揭示了与差病预后相关的中间癌细胞群体 | 识别了一种新型癌细胞亚群Ep_VGLL1，具有基底样和经典亚型之间的过渡特征 | 由于肿瘤的内部和外部异质性，分子特征和生物学意义尚未明确阐明 | 探讨胰腺癌的细胞异质性及其与预后的关系 | 来自17个胰腺肿瘤组织的单细胞RNA测序和空间转录组数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 17个胰腺肿瘤组织样本（16个胰腺癌和一个高等级发育不良样本） |
| 11472 | 2024-08-04 |
Unsupervised spatially embedded deep representation of spatial transcriptomics
2024-01-12, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01283-x
PMID:38217035
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研究论文 | 本文介绍了一种用于空间转录组学的无监督深度表示方法SEDR | 提出了一种结合深度自编码器和掩蔽自监督学习机制的新方法SEDR，用于构建低维基因表达的潜在表示 | NA | 优化转录组数据与空间信息的整合，以解析组织异质性和映射细胞间通讯 | 使用10×Visium数据集进行聚类性能的评估 | 数字病理学 | NA | 深度自编码器 | 变分图自编码器 | 基因表达数据 | 手动注释的10×Visium数据集 |
| 11473 | 2024-08-04 |
scDrugPrio: A framework for the analysis of single-cell transcriptomics to address multiple problems in precision medicine in immune-mediated inflammatory diseases
2023-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.08.566249
PMID:38014022
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研究论文 | 提出了一种名为scDrugPrio的计算框架，旨在基于单细胞转录组学分析免疫介导的炎症性疾病中的药物优先顺序 | scDrugPrio通过构建网络模型，整合细胞类型特异性表达变化、细胞间相互作用和药理特性，提供了一种系统的药物优先级和重定位的解决方案 | 相较于小鼠模型，患者在相同诊断下的细胞和基因表达存在显著差异，这可能影响药物反应的预测 | 研究免疫介导的炎症性疾病中的药物优先级和个性化治疗 | 研究对象包括小鼠抗原诱导性关节炎模型及多名克罗恩病患者 | 数字病理学 | 免疫介导的炎症性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 网络模型 | 基因表达数据 | 研究涉及多个小鼠样本以及十一名克罗恩病患者的单细胞RNA测序数据 |
| 11474 | 2024-08-05 |
Anti-PD-1 immunotherapy with androgen deprivation therapy induces robust immune infiltration in metastatic castration-sensitive prostate cancer
2023-11-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2023.10.006
PMID:37922910
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研究论文 | 这项研究探讨了抗PD-1免疫疗法与雄激素剥夺治疗（ADT）联合使用对转移性去势敏感前列腺癌的免疫浸润影响 | 本研究通过单细胞RNA测序全面评估转移性去势敏感前列腺癌的肿瘤微环境，并发现治疗反应与临床结果之间的相关性 | 关于研究的影响因素和样本的多样性缺乏深度讨论 | 评估治疗方法对转移性去势敏感前列腺癌中免疫微环境的影响 | 转移性去势敏感前列腺癌患者的转移部位 | 数字病理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 参与者来自第二阶段临床试验，具体样本量NA |
| 11475 | 2024-08-05 |
The shaky foundations of simulating single-cell RNA sequencing data
2023-03-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02904-1
PMID:36991470
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研究论文 | 本文评估了合成单细胞RNA测序数据生成方法的能力 | 提出了对不同模拟器在检验数据相似性以及对现有工具影响的全面评估 | 大多数模拟器无法处理复杂设计，且引入了人工效应 | 探讨合成单细胞RNA测序数据生成方法的有效性 | 合成单细胞RNA测序数据生成方法及其与实验数据的比较 | 计算机视觉 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 合成数据 | NA |
| 11476 | 2024-08-05 |
Activated B cells suppress T-cell function through metabolic competition
2022-12, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2022-005644
PMID:36543374
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研究论文 | 本研究揭示了活化B细胞的代谢活性对T细胞功能的抑制作用 | 首次揭示了活化B细胞的代谢活性对免疫调节及抗肿瘤T细胞反应的抑制作用 | 该研究可能未涵盖所有类型的肿瘤及B细胞的不同表现 | 探讨活化B细胞通过代谢竞争抑制T细胞功能的机制 | 活化B细胞及其对T细胞的影响 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 质量细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 临床样本 | NA |
| 11477 | 2024-08-05 |
SingmiR: a single-cell miRNA alignment and analysis tool
2024-Jul-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae225
PMID:38572750
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研究论文 | 本研究介绍了SingmiR工具，通过提供针对单细胞miRNA-seq数据的快速处理与定量分析。 | SingmiR是首个专为单细胞miRNA-seq数据设计的网络服务器，具有自解释界面并提供全面的分析功能 | 目前尚无针对大规模单细胞miRNA-seq数据的扩展验证 | 本研究旨在加速生物学家开发单细胞miRNA-seq协议的原型流程 | 研究对象为人类的非编码单细胞样本中的miRNAs | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 小到中等规模的数据集 |
| 11478 | 2024-08-05 |
Multiplexed imaging to reveal tissue dendritic cell spatial localisation and function
2024-Jul-05, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.14962
PMID:38969618
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综述 | 本文简要概述了多重成像技术在识别树突状细胞及其组织特异性功能中的应用 | 提出了多重成像技术作为一种新方法来理解树突状细胞的空间定位和功能 | 未提及具体的实验数据或案例分析 | 理解树突状细胞在组织中的空间组织和细胞间相互作用 | 树突状细胞及其在组织特异性中的功能 | 数字病理学 | NA | 多重成像技术 | NA | NA | NA |
| 11479 | 2024-08-04 |
Growth hormone promotes myelin repair after chronic hypoxia via triggering pericyte-dependent angiogenesis
2024-Jul-03, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.03.026
PMID:38653248
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研究论文 | 这篇文章探讨了生长激素在慢性缺氧后促进髓鞘修复的机制。 | 该研究首次展示了生长激素通过触发周细胞依赖的血管生成来改善白质损伤。 | 该研究未提供对人类疾病的直接临床相关性 | 研究生长激素在缺氧导致的白质损伤中的作用及其机制 | 以缺氧新生小鼠为研究对象 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 小鼠模型 | 新生小鼠及其后代 |
| 11480 | 2024-08-04 |
Integrating single-nucleus RNA sequencing and spatial transcriptomics to elucidate a specialized subpopulation of astrocytes, microglia and vascular cells in brains of mouse model of lipopolysaccharide-induced sepsis-associated encephalopathy
2024-Jul-03, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03161-0
PMID:38961424
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研究论文 | 本研究揭示了在脂多糖诱导的败血症相关脑病小鼠模型中，特定星形胶质细胞、微胶质细胞和血管细胞的亚群体及其相互作用。 | 结合使用单核RNA测序和空间转录组学，确认了Astro-2、Micro-2与Vas-1细胞之间的独特共定位关系，并发现其相关的配体-受体上调。 | 研究未能观察到Anxa1-/-和野生型小鼠在其他脑细胞类型、数量或分布上的显著差异。 | 揭示败血症相关脑病的细胞和分子机制。 | 使用脂多糖注射建立小鼠模型，分析不同时间点的脑组织。 | 数字病理学 | 败血症相关脑病 | 单核RNA测序(snRNA-seq)和立体测序(Stereo-seq) | 小鼠模型 | 脑组织 | 野生型小鼠和Anxa1-/-小鼠 |