单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11381	2024-08-05	The Advancement and Application of the Single-Cell Transcriptome in Biological and Medical Research 2024-Jun-19, Biology DOI:10.3390/biology13060451 PMID:38927331	综述	本文回顾了单细胞RNA测序技术的发展及其在生物和医学研究中的应用	深入分析了不同单细胞转录组技术的发展过程，并总结其与其他组学分析的整合	当前单细胞转录组技术仍不完善，存在一些不足之处	帮助更深入理解scRNA-seq技术及其在生物和医学研究中的应用	单细胞转录组数据及其在多个研究领域的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
11382	2024-08-05	Single-Cell Transcriptomic and Targeted Genomic Profiling Adjusted for Inflammation and Therapy Bias Reveal CRTAM and PLCB1 as Novel Hub Genes for Anti-Tumor Necrosis Factor Alpha Therapy Response in Crohn's Disease 2024-Jun-19, Pharmaceutics IF:4.9Q1 DOI:10.3390/pharmaceutics16060835 PMID:38931955	研究论文	该研究揭示了 CRTAM 和 PLCB1 作为克罗恩病抗肿瘤坏死因子 Alpha 治疗反应的新中心基因	该研究采用单细胞 RNA 测序探索特定免疫细胞亚群体，为抗 TNFα 生物治疗的生物标志物发现提供了新的视角	本研究主要集中于特定细胞类型，可能未能涵盖更广泛的生物标志物探索	研究抗肿瘤坏死因子 Alpha 治疗的生物标志物以改善克罗恩病患者的个性化治疗	克罗恩病患者的外周血单核细胞基因表达	数字病理学	克罗恩病	单细胞 RNA 测序	机器学习	基因表达数据	来自不同治疗状态的克罗恩病患者的外周血单核细胞样本
11383	2024-08-04	Advances in Single-Cell Transcriptome Sequencing and Spatial Transcriptome Sequencing in Plants 2024-Jun-18, Plants (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/plants13121679 PMID:38931111	研究论文	文章概述了植物单细胞转录组和空间转录组测序的研究进展以及它们在植物中的应用和挑战	介绍了单细胞和空间转录组测序技术的创新以及其对细胞特异性表达的揭示	该研究主要集中在植物领域，可能不适用于动物细胞转录组的分析	探讨单细胞和空间转录组测序在植物研究中的应用	主要研究植物组织中单个细胞的转录组	数字病理学	NA	单细胞转录组测序与空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
11384	2024-08-04	Exploring the Molecular Mechanism of Comorbidity of Type 2 Diabetes Mellitus and Colorectal Cancer: Insights from Bulk Omics and Single-Cell Sequencing Validation 2024-Jun-14, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060693 PMID:38927096	研究论文	本研究首次使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据探讨2型糖尿病与结直肠癌之间的分子机制	本研究揭示了EVPL和ENTPD3作为2型糖尿病和结直肠癌共病的特征分子，强调了免疫机制在这两种疾病共同发展的重要性	本研究可能在探索分子机制方面存在一定的局限性，尤其是需要更多样本验证结果	研究2型糖尿病与结直肠癌之间的共享分子机制	重点研究EVPL和ENTPD3这两个核心共病基因	数字病理学	2型糖尿病和结直肠癌	RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
11385	2024-08-04	Accurate Identification of Spatial Domain by Incorporating Global Spatial Proximity and Local Expression Proximity 2024-Jun-09, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060674 PMID:38927077	研究论文	文章提出了一种新的深度学习方法SECE，用于准确识别空间转录组数据中的空间域	提出的SECE方法结合了局部与全局空间关系，充分利用空间信息，提高了识别精度	研究未提及可能在不同生物组织中的适用性	旨在提高空间转录组数据分析中空间域的识别准确性	针对真实的空间转录组数据集进行分析	数字病理学	NA	深度学习	NA	空间转录组数据	六个真实数据集，涵盖四个不同平台
11386	2024-08-05	Integrated Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveals Metabolic Reprogramming of Liver Cancer and Establishes a Prognostic Risk Model 2024-Jun-08, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15060755 PMID:38927691	研究论文	该文章分析了肝癌的代谢重编程，并建立了预后风险模型	通过单细胞转录组分析和代谢视角建立的预后风险模型对于肝癌的精确预防和治疗具有重要意义	该研究仅限于所选样本，可能无法广泛适用于所有肝癌患者	旨在提供肝癌患者的分层和精确治疗方法	研究对象包括105,829个单细胞转录组分析中识别的11种细胞类型	数字病理	肝癌	scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq	NA	细胞数据	105,829个单细胞
11387	2024-08-05	Identification and Analysis of Biomarkers Associated with Lipophagy and Therapeutic Agents for COVID-19 2024-Jun-07, Viruses DOI:10.3390/v16060923 PMID:38932215	研究论文	本研究旨在通过生物信息学分析识别与脂质自噬相关的生物标志物和治疗COVID-19的药物靶点	首次揭示了与COVID-19相关的脂质自噬基因及其作为生物标志物和药物靶点的潜力	研究可能受现有数据集和机器学习模型的限制	探讨COVID-19中脂质自噬相关的生物标志物和治疗药物	主要研究COVID-19相关的脂质自噬基因及潜在药物	生物信息学	COVID-19	机器学习算法	随机森林、支持向量机、通用线性模型、极端梯度提升	基因表达数据（scRNA-seq和RNA-seq）	三个COVID-19相关的GEO数据集
11388	2024-08-04	Ploidy inference from single-cell data: application to human and mouse cell atlases 2024-06-05, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae061 PMID:38651869	研究论文	本研究开发了一种从单细胞ATAC-seq数据推断细胞倍性的统计方法	首次将倍性分析集成到单细胞研究中，并能够系统地检测多倍性	可能需要额外的测定步骤以测量倍性	旨在填补单细胞研究中倍性分析的空白	人类和小鼠细胞图谱的数据	数字病理学	癌症	单细胞ATAC-seq	NA	单细胞数据	人类和小鼠的多个细胞类型
11389	2024-08-05	Performing Suction Blister Skin Biopsies 2024-Jun, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.1073 PMID:38924322	研究论文	本文描述了一种吸力水疱皮肤活检方法，可以替代传统活检方法	这种方法是一种微创、无疤痕的皮肤取样技术，减少了痛苦和麻醉需求	未提及该方法在各种皮肤类型中的适用性	研究一种新的皮肤活检方法以改善患者的取样体验	使用吸力水疱进行皮肤活检以获取表皮和上皮真皮细胞	数字病理学	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序、细胞培养	NA	细胞液	每个活检位置形成最多五个10毫米直径的水疱
11390	2024-08-05	Single-cell phylotranscriptomics of developmental and cell type evolution 2024-Jun, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.02.005 PMID:38490933	研究论文	单细胞进化转录组学作为一种新兴工具，揭示了进化的分子和细胞机制	首次分析了发育过程中转录组年龄的异质性，并识别了驱动整体生物体温沙形态的谱系和组织	没有提及具体的技术限制或实验范围	探索发育与细胞类型进化的分子机制	研究不同谱系和组织在整个发育过程中的转录组变化	生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
11391	2024-08-05	M2 Macrophages Guide Periosteal Stromal Cell Recruitment and Initiate Bone Injury Regeneration 2024-May-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12061205 PMID:38927412	研究论文	这项研究创建了猪颅骨膜的详细细胞图谱，强调了细胞动态与相互作用在颅骨损伤修复中的重要性	该研究揭示了M2巨噬细胞在骨膜免疫反应调节和骨再生过程中的关键作用	研究仅限于猪颅骨膜，结果的广泛适用性需要进一步验证	探讨骨膜在骨损伤修复中的作用	猪颅骨膜	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
11392	2024-08-05	scPLAN: a hierarchical computational framework for single transcriptomics data annotation, integration and cell-type label refinement 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae305 PMID:38935069	研究论文	scPLAN是一个用于单细胞RNA测序数据分析的层次计算框架	scPLAN通过层次细胞类型树对未标记的scRNA-seq数据进行注释，系统性识别潜在的新细胞类型	现有的整合方法无法整合不同标注深度的数据集，也未能利用更复杂注释的数据集或新生物发现来提升旧数据的标注	提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释和整合精确度	未标记的scRNA-seq数据和已有标注的数据集	数字病理学	NA	scRNA-seq	层次模型	转录组数据	NA
11393	2024-08-05	Transcriptomic Analyses Reveal the Effects of Walnut Kernel Cake on Adipose Deposition in Pigs 2024-May-23, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15060667 PMID:38927603	研究论文	该研究探讨了核桃仁饼对猪脂肪沉积的影响及其潜在的饲料替代价值	首次揭示了核桃仁饼在促进猪脂肪沉积和改善肉质方面的应用潜力	对核桃仁饼在猪饲料中的应用研究尚处于起步阶段，缺乏大规模的临床试验数据	旨在评估核桃仁饼作为猪饲料中的蛋白质替代品的效果	以大迪庆藏猪为研究对象	数字病理学	NA	转录组分析	NA	单细胞转录组数据	大迪庆藏猪的样本数量未明确提及
11394	2024-08-04	Single-Nucleus RNA-Seq Reveals Spermatogonial Stem Cell Developmental Pattern in Shaziling Pigs 2024-May-21, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14060607 PMID:38927011	研究论文	本文探讨了Shaziling猪睾丸内精原干细胞的发育模式	首次利用单细胞转录组技术生成了Shaziling猪睾丸发育的细胞图谱，并识别了新的标记基因	本研究仅涵盖了特定的猪种和有限的发展阶段	旨在揭示Shaziling猪精原干细胞的发育模式，以促进其繁育	研究对象为Shaziling猪的精原干细胞和睾丸组织	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	细胞	82,027个单细胞，来自9个Shaziling猪睾丸
11395	2024-08-05	Activation of CD14+ Monocytes via the IFN-γ Signaling Pathway Is Associated with Immune-Related Adverse Events in Hepatocellular Carcinoma Patients Receiving PD-1 Inhibition Combination Therapy 2024-May-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12061140 PMID:38927347	研究论文	研究探讨了HCC患者接受PD-1抑制联合治疗后，CD14+单核细胞通过IFN-γ信号通路激活与免疫相关不良事件之间的关系	首次揭示了在PD-1抑制联合治疗中，IFN-γ信号通路诱导的单核细胞激活是HCC患者发生免疫相关不良事件的重要机制	该研究的样本量较小，仅包含71名HCC患者，可能影响结果的普遍适用性	探明HCC患者在PD-1抑制联合治疗中免疫相关不良事件的机制	71名接受PD-1抑制联合治疗的肝癌患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序, Olink蛋白组学	NA	血液样本	71名HCC患者
11396	2024-08-05	Cystatin M/E ameliorates bone resorption through increasing osteoclastic cell estrogen influx 2024-May-06, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4313179/v1 PMID:38766009	研究论文	本研究评估了Cystatin M/E在减缓骨吸收过程中的作用，特别是在多发性骨髓瘤模型中。	本研究首次显示Cystatin M/E能够增加骨吸收前体细胞的雌激素浓度，并抑制其成熟。	研究主要集中在小鼠模型上，临床转化需要更多的人体数据支持。	探讨Cystatin M/E如何通过改善雌激素受体的表达来减少骨质流失。	使用多发性骨髓瘤及卵巢切除小鼠模型进行实验。	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	蛋白质和mRNA数组	包含多发性骨髓瘤及卵巢切除小鼠模型的实验样本
11397	2024-08-04	Unraveling molecular advancements in chordoma tumorigenesis and treatment response: a review of scientific discoveries and clinical implications 2024-05, Neurosurgical focus IF:3.3Q1 DOI:10.3171/2024.2.FOCUS2417 PMID:38691860	综述	本文回顾了脊索瘤的分子进展及其治疗反应的科学发现和临床意义	提供了对脊索瘤分子机制的深入了解，并探讨了新的治疗方法和技术	目前很少有系统治疗显示出显著的有效性，且脊索瘤在多模式治疗后仍倾向复发	研究脊索瘤的分子发病机制及其在治疗中的临床应用	脊索瘤及其分子特征和治疗反应	数字病理学	脊索瘤	单细胞转录组分析、空间转录组学、游离DNA分析	NA	转录组、基因组	NA
11398	2024-08-05	Beneficial mechanisms of dimethyl fumarate in autoimmune uveitis: insights from single-cell RNA sequencing 2024-Apr-29, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03096-6 PMID:38684986	研究论文	该研究探讨了二甲基富马酸酯在自身免疫性葡萄膜炎中的作用机制	通过单细胞RNA测序，揭示了DMF在自身免疫性葡萄膜炎中影响免疫细胞渗透的潜在机制	当前研究缺乏对DMF在自身免疫性葡萄膜炎中全面作用的深入探索	研究DMF在自身免疫性葡萄膜炎中的功能及其潜在机制	正常小鼠、实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠及DMF处理的实验小鼠	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	正常小鼠、实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠和DMF处理的实验小鼠的颈部引流淋巴结细胞
11399	2024-08-04	Identification of biomarkers related to angiogenesis in myocardial ischemia-reperfusion injury and prediction of potential drugs 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0300790 PMID:38935597	研究论文	本研究识别与心肌缺血再灌注损伤相关的血管生成生物标志物并预测潜在药物	本研究首次识别Stat3、Rela和Ubb作为心肌缺血再灌注损伤与血管生成的关键基因	研究未提及样本的多样性及临床实验证据	探索心肌缺血再灌注损伤中的血管生成机制及相关生物标志物	心肌缺血再灌注损伤的生物标志物和潜在药物	数字病理	心血管疾病	测序	WGCNA	基因序列	NA
11400	2024-08-04	Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Unravels the Molecular Feature of Tumor-Associated Macrophage of Acute Myeloid Leukemia 2024, Genetics research IF:1.4Q4 DOI:10.1155/2024/5539065 PMID:38205232	研究论文	本文探讨了急性髓系白血病及其相关的巨噬细胞分子特征	提出了一种巨噬细胞相关指数（MRI）来评估AML患者的预后和免疫特征	研究可能受到数据源和样本量的限制，可能需进一步验证	深入探索急性髓系白血病与巨噬细胞之间的关联	急性髓系白血病患者的基因表达谱和临床变量特征	数字病理学	急性髓系白血病	RNA测序	LASSO和多变量Cox分析	基因表达数据	使用了来自TCGA, GEO和TARGET数据库的AML患者数据集