单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1121	2025-05-01	Multiomics Analysis Reveals Neuroblastoma Molecular Signature Predicting Risk Stratification and Tumor Microenvironment Differences 2025-Apr-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00882 PMID:39762147	research paper	通过多组学分析揭示神经母细胞瘤的分子特征，预测风险分层和肿瘤微环境差异	构建了一个新的恶性亚群1相关特征（MSRS），作为独立的预后因素，并优于其他临床特征和已发表的特征	未提及具体样本量，可能限制了结果的普遍性	探索神经母细胞瘤的分子标志物，以指导临床分类和个体化治疗	神经母细胞瘤（NB）患者	digital pathology	neuroblastoma	multiomics profiling, single-cell transcriptome sequencing	MSRS	multiomics data, single-cell transcriptome data	NA
1122	2025-05-01	Impaired megakaryopoiesis due to aberrant macrophage polarization via BTK/Rap1/NF-κB pathway in sepsis-induced thrombocytopenia 2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.048 PMID:39741411	research paper	本研究揭示了脓毒症诱导的血小板减少症（SIT）中巨噬细胞通过BTK/Rap1/NF-κB通路影响巨核细胞生成的机制	首次发现BTK抑制剂BGB-3111通过调节巨噬细胞极化和Rap1/NF-κB信号通路改善SIT	研究主要基于小鼠模型，人类患者中的验证仍需进一步研究	探究脓毒症诱导血小板减少症的发病机制及潜在治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型中的巨噬细胞与巨核细胞	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	SIT患者和小鼠模型
1123	2025-05-01	Endogenous CD4+ T Cells That Recognize ALK and the NPM1::ALK Fusion Protein Can Be Expanded from Human Peripheral Blood 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0445 PMID:39774774	research paper	该研究探讨了人类外周血中识别ALK和NPM1::ALK融合蛋白的内源性CD4+ T细胞的扩展情况	首次在人类外周血中检测到ALK特异性CD4+ T细胞，并鉴定了NPM1::ALK融合新抗原特异性T细胞受体	样本量较小，仅包括10名ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和6名健康供者	研究ALK特异性CD4+ T细胞在癌症免疫治疗中的潜在作用	ALK阳性间变性大细胞淋巴瘤患者和健康供者的外周血CD4+ T细胞	免疫学	间变性大细胞淋巴瘤	TCRαβ单细胞测序	NA	细胞反应数据	10名患者和6名健康供者
1124	2025-05-01	Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution 2025-Apr-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0605 PMID:39774838	research paper	通过整合空间转录组和单细胞RNA测序数据，研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	揭示了与特定分子亚型、临床预后、基质微环境和遗传驱动因素相关的两种独立进化轨迹，并发现肿瘤-基质界面是肿瘤生态的一个独特状态	NA	研究胃腺癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	胃腺癌	digital pathology	gastric adenocarcinoma	spatial transcriptomic (GeoMx Digital Spatial Profiler), single-cell RNA sequencing	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	multiple gastric cancers
1125	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing identifies endothelial-derived HBEGF as promoting pancreatic beta cell proliferation in mice via the EGFR-Kmt5a-H4K20me pathway 2025-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06341-y PMID:39694915	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了内皮细胞衍生的HBEGF通过EGFR-Kmt5a-H4K20me通路促进小鼠胰腺β细胞增殖的机制	首次发现内皮细胞衍生的HBEGF通过Kmt5a-H4K20me信号通路调控β细胞增殖，为糖尿病治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究调控β细胞生理性增殖的细胞内和细胞外信号通路	小鼠胰腺β细胞	digital pathology	diabetes	scRNA-seq, RNA-seq	NA	RNA sequencing data	43,724个内分泌和非内分泌细胞（其中15,569个β细胞）
1126	2025-05-01	Restorative Effects of Short-Chain Fatty Acids on Corneal Homeostasis Disrupted by Antibiotic-Induced Gut Dysbiosis 2025-Apr, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2024.11.010 PMID:39732390	研究论文	研究抗生素诱导的肠道菌群失调对小鼠角膜稳态的影响及短链脂肪酸的修复作用	首次揭示了肠道菌群通过调节昼夜节律基因表达和维持屏障功能对角膜生理的关键作用，并发现短链脂肪酸可修复角膜完整性	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究肠道菌群对角膜稳态的调控机制及短链脂肪酸的治疗潜力	小鼠角膜	微生物组学	角膜功能障碍	RNA测序、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
1127	2025-05-01	Impact of lymph node metastasis on immune microenvironment and prognosis in colorectal cancer liver metastasis: insights from multiomics profiling 2025-Apr, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02921-2 PMID:39753715	研究论文	本研究探讨了淋巴结转移（LNM）对结直肠癌肝转移（CRLM）患者预后的影响，并通过多组学分析揭示了潜在的免疫机制	首次整合了来自美国SEER队列和中国多中心队列的CRLM患者数据，结合bulk RNA测序、单细胞RNA测序和蛋白质组学数据，全面分析了LNM对免疫微环境和预后的影响	研究结果主要基于回顾性队列分析，需要前瞻性研究进一步验证	探究淋巴结转移对结直肠癌肝转移患者预后及免疫微环境的影响	结直肠癌肝转移患者	数字病理学	结直肠癌	bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 蛋白质组学	NA	RNA测序数据, 蛋白质组学数据, 临床数据	来自美国SEER队列和中国多中心队列的CRLM患者
1128	2025-05-01	Effect of tumor microenvironment in pancreatic cancer on the loss of β-cell mass: implications for type 3c diabetes 2025-Apr, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02204-w PMID:39760782	研究论文	探讨胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境（TME）与β细胞质量减少之间的复杂相互作用，进一步阐明3c型糖尿病（T3cDM）发病机制	首次使用单细胞RNA测序分析PDAC TME，揭示内分泌细胞与肿瘤细胞、免疫细胞及成纤维细胞的相互作用及基因表达变化	研究样本量有限，未涉及长期随访数据	阐明PDAC TME如何通过病理变化导致β细胞减少及T3cDM发生	胰腺导管腺癌患者及非糖尿病患者的胰腺组织	肿瘤微环境研究	胰腺癌、3c型糖尿病	单细胞RNA测序、TUNEL染色、RT-qPCR、CCK8检测	NA	基因表达数据、病理组织数据	供体正常胰腺组织、非糖尿病患者及T3cDM患者的癌旁组织
1129	2025-05-01	Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082 PMID:39734035	research paper	该研究对一名携带PSMB10杂合变异的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变异与严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的关联	首次详细描述了PSMB10 G201R变异对免疫蛋白酶体表达的显著影响及其在胸腺细胞发育和T细胞选择中的关键作用	研究仅基于单个病例，需要更大样本量验证发现	阐明PSMB10杂合变异导致严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的免疫学和分子机制	携带PSMB10 p.G201R变异的婴儿患者	免疫学	严重联合免疫缺陷, Omenn综合征	流式细胞术, 免疫印迹, 人工胸腺器官培养, 单细胞RNA测序	NA	临床样本, 分子生物学数据	1名患者及其父母
1130	2025-05-01	MicroRNA-mediated Ets1 repression in retinal endothelial cells: A novel anti-angiogenic mechanism in nonproliferative diabetic retinopathy 2025-Apr, Diabetes, obesity & metabolism DOI:10.1111/dom.16182 PMID:39777974	研究论文	本研究旨在发现非增殖性糖尿病视网膜病变（NPDR）中血管生成的调控机制	发现了一种新的microRNA，靶向ETS原癌基因1（Ets1），在NPDR患者血浆中上调，揭示了NPDR中的抗血管生成机制	研究样本仅限于2型糖尿病患者，未涉及其他类型的糖尿病	探索非增殖性糖尿病视网膜病变（NPDR）中血管生成的分子机制	2型糖尿病患者的血浆和视网膜样本，以及小鼠和大鼠模型的视网膜细胞	分子生物学	糖尿病视网膜病变	microRNA测序和单细胞测序	NA	RNA测序数据	2型糖尿病患者的血浆和视网膜样本，以及小鼠和大鼠模型的视网膜细胞
1131	2025-05-01	Single-cell RNA-seq reveals that granulosa cells are a target of phthalate toxicity in the ovary 2025-Apr-01, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfaf001 PMID:39752319	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢中颗粒细胞的毒性作用	首次在单细胞水平上揭示了邻苯二甲酸盐对卵巢颗粒细胞的特异性毒性作用及其分子机制	研究仅使用了小鼠模型，人体内的效应可能有所不同	探究邻苯二甲酸盐对卵巢细胞的毒性作用机制	小鼠卵巢中的颗粒细胞、卵泡膜细胞和基质细胞	生殖毒理学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小鼠卵泡培养96小时后的单细胞悬液
1132	2025-05-01	Single-cell RNA sequencing reveals sex differences in the subcellular composition and associated gene-regulatory network activity of human carotid plaques 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00628-y PMID:40211055	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类颈动脉斑块在性别间的亚细胞组成及相关基因调控网络活动的差异	首次在单细胞水平上揭示了颈动脉斑块在性别间的亚细胞组成和基因调控网络活动的差异，并验证了GRN195在男性内皮细胞增殖中的功能	样本量相对较小（7,690个细胞），且仅针对颈动脉斑块进行研究	探究颈动脉斑块在性别间的差异及其潜在治疗靶点	人类颈动脉斑块细胞	单细胞测序	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	7,690个颈动脉斑块细胞（来自男性和女性患者）
1133	2025-05-01	Machine learning analysis of FOSL2 and RHoBTB1 as central immunological regulators in knee osteoarthritis synovium 2025-Apr, The Journal of international medical research IF:1.4Q4 DOI:10.1177/03000605251333646 PMID:40287984	研究论文	通过机器学习分析膝骨关节炎滑膜中的FOSL2和RHoBTB1作为核心免疫调节因子	利用多种机器学习算法筛选关键基因，并通过外部数据集和体外动物模型验证，揭示了FOSL2和RHoBTB1在膝骨关节炎发病机制中的关键作用	需要进一步的研究和验证以确认这些基因在膝骨关节炎中的确切作用和治疗潜力	理解膝骨关节炎的分子机制并寻找潜在的治疗靶点	膝骨关节炎滑膜组织	机器学习	膝骨关节炎	RNA-seq, 单细胞RNA测序	LASSO, SVM-RFE	基因表达数据	GSE55235和GSE51588数据集及膝骨关节炎小鼠模型
1134	2025-05-01	scPEDSSC: proximity enhanced deep sparse subspace clustering method for scRNA-seq data 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012924 PMID:40294099	研究论文	提出了一种基于邻近性增强的深度稀疏子空间聚类方法scPEDSSC，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	使用深度自编码器和两部分广义伽马分布学习自表达矩阵，生成相似性矩阵及其二次幂，提高了聚类性能	未提及该方法在高噪声或极稀疏数据上的表现	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	深度自编码器	基因表达数据	12个真实生物数据集
1135	2025-05-01	The Application of scRNA-Seq in Heart Development and Regeneration 2025-Apr, Genesis (New York, N.Y. : 2000) DOI:10.1002/dvg.70013 PMID:40300044	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在心脏发育和再生中的应用	利用scRNA-seq技术揭示心脏损伤和修复过程中的细胞反应，为成人心脏再生提供关键线索	主要关注scRNA-seq的应用，未涉及其他可能的技术或方法	探讨scRNA-seq在心脏发育和再生研究中的应用及其潜在治疗价值	哺乳动物心脏（包括新生儿和成人）及斑马鱼等脊椎动物心脏	生物医学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
1136	2025-05-01	Benchmarking algorithms for spatially variable gene identification in spatial transcriptomics 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf131 PMID:40139667	research paper	本文提出了一个基准框架，用于评估空间转录组学中识别空间可变基因的算法	通过分析30个合成和74个真实数据集，提出了一个全面的基准框架，以验证不同算法的有效性并确定最佳算法及其适用场景	未提及具体算法的局限性	评估空间转录组学中识别空间可变基因的算法，并为医学和生命科学家提供算法选择指导	空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组数据	30个合成数据集和74个真实数据集
1137	2025-05-01	adverSCarial: assessing the vulnerability of single-cell RNA-sequencing classifiers to adversarial attacks 2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf168 PMID:40234247	research paper	该研究评估了单细胞RNA测序分类器对对抗攻击的脆弱性，并开发了一个名为adverSCarial的R包来模拟这些攻击	开发了adverSCarial工具，用于模拟单细胞转录组数据的对抗攻击，评估scRNA-seq分类器的脆弱性	仅评估了五种scRNA-seq分类器，可能无法涵盖所有类型的机器学习算法	评估单细胞RNA测序分类器对对抗攻击的脆弱性，并开发工具以模拟这些攻击	单细胞RNA测序分类器	machine learning	NA	scRNA-seq	NA	gene expression data	四个不同的数据集
1138	2025-05-01	Protocol for investigating intracellular microbial diversity using single-cell RNA-seq in immune cells of SARS-CoV-2-positive and recovered patients 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103546 PMID:39786999	研究论文	本文提出了一种使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究SARS-CoV-2阳性和康复患者免疫细胞中细胞内微生物多样性的详细步骤	利用scRNA-seq技术检测非可培养状态的细胞内微生物，为研究免疫细胞功能提供了新方法	未提及样本量或实验结果的验证数据	研究SARS-CoV-2感染和康复患者免疫细胞中细胞内微生物的多样性	SARS-CoV-2阳性和康复患者的免疫细胞	数字病理	COVID-19	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
1139	2025-05-01	Single-cell atlas of the pregnant equine endometrium before and after implantation† 2025-Mar-16, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf004 PMID:39756438	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对马妊娠子宫内膜在胚胎植入前后的转录组和细胞亚群进行了比较分析	首次报道了马子宫内膜中丰富的子宫内膜自然杀伤细胞(eNK)及其与胎儿MHC I的潜在相互作用，并发现了新的免疫细胞亚群如常驻先天淋巴样细胞和黏膜相关不变T细胞	研究仅分析了妊娠第33天和第42天两个时间点的样本，未能覆盖整个胚胎植入过程的动态变化	探究马胚胎晚期植入的调控机制及其与其他物种的异同	妊娠母马的子宫内膜细胞	单细胞转录组学	生殖生物学	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	约97,000个子宫内膜细胞，来自妊娠第33天和第42天的子宫内膜活检样本
1140	2025-05-01	Sour neuronal signalling attenuates macrophage-mediated liver injury 2025-Mar-07, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.02.026 PMID:40058705	research paper	该研究揭示了神经元衍生的TAFA2通过招募CCR2+巨噬细胞到肝脏并触发肝损伤的神经免疫相互作用，以及酸味刺激如何减轻这种损伤	发现了TAFA2在肝脏缺血再灌注损伤中的作用机制，以及酸味刺激通过减少TAFA2产生来减轻肝损伤的新途径	研究仅部分揭示了酸味刺激减轻肝损伤的机制，具体信号通路仍需进一步探索	探索神经元信号在肝脏缺血再灌注损伤中的作用及潜在治疗方法	小鼠模型和临床肝切除术患者	神经免疫学	肝脏疾病	单细胞测序，RNA测序，基因敲除	动物模型和临床试验	基因表达数据，临床数据	小鼠模型和临床试验患者（具体数量未提及）