单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39535 篇文献，本页显示第 1121 - 1140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1121 | 2026-05-07 |
Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin
2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.637114
PMID:39975212
|
研究论文 | 通过对人类皮肤中单个黑素细胞的全基因组测序和表型分析，揭示了低突变负担的黑素细胞亚群存在于日光损伤皮肤中，并发现这些细胞具有干细胞样特性和独特的空间分布 | 首次结合单细胞突变景观和空间转录组学（10X Xenium）揭示黑素细胞亚群在皮肤中的异质性和动态再生机制，提出毛囊是黑素细胞的保护性生态位 | 样本量相对有限（297个细胞来自31位供体），且未对不同光损伤程度的皮肤进行纵向追踪以验证迁移假说 | 探究人类皮肤中黑素细胞稳态维持机制及亚群差异 | 人类皮肤中297个单个黑素细胞及其基因表达、突变负担和空间分布 | 数字病理学 | 皮肤癌（黑素细胞相关） | 单细胞全基因组测序、单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、空间转录组图像、突变数据 | 来自31位供体的297个黑素细胞 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Xenium | 10x Xenium空间转录组学平台实现单细胞分辨率下基因表达与空间位置的整合分析 |
| 1122 | 2026-05-07 |
Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635146
PMID:39975258
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研究论文 | 本研究探讨了危重症（含脓毒症）患者中CD4 T细胞亚群特异性代谢重编程及其机制 | 首次揭示危重症中CD4 T细胞亚群特异性代谢可塑性——调节性T细胞获得糖酵解能力并稳定免疫抑制标志物，通过单细胞转录组学鉴定犬尿氨酸代谢为Treg糖酵解适应与抑制性重编程的关键机制 | 主要基于体外细胞实验和临床样本关联分析，未在动物模型中验证因果性；样本量及亚群功能验证的深度有限 | 阐明危重症（脓毒症）患者CD4 T细胞代谢与免疫功能异常的机制关联 | 危重症患者（含脓毒症）及健康成人的CD4 T细胞 | 机器学习的部分应用（单细胞转录组学分析） | 脓毒症、危重症相关免疫功能障碍 | 单细胞转录组测序 | 不适用（未明确提及特定机器学习模型） | 单细胞转录组数据 | 危重症患者（含脓毒症）及健康成人（具体数目未说明） | 不适用（未提及具体平台公司） | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1123 | 2026-05-07 |
Global identification of mammalian host and nested gene pairs reveal tissue-specific transcriptional interplay
2024-12-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279430.124
PMID:39578100
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研究论文 | 对人类和小鼠宿主/嵌套基因对进行全面鉴定，揭示组织特异性的转录相互作用 | 首次提供小鼠和人类宿主/嵌套基因对的最新目录，发现转录共表达具有组织特异性，并通过单细胞RNA-seq分析证明基因对可在单个细胞中共表达，且同时同地转录可增强宿主基因的转录多样性 | 未明确说明局限性 | 系统鉴定哺乳动物宿主/嵌套基因对，研究其组织特异性转录相互作用 | 人类和小鼠的宿主/嵌套基因对 | 自然语言处理 | 不适用 | RNA-seq, scRNA-seq | 不适用 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类多个组织样本 | 不适用 | 单细胞RNA-seq | 不适用 | 不适用 |
| 1124 | 2026-05-07 |
Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships
2024-12-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279037.124
PMID:39438113
|
研究论文 | 系统鉴定了果蝇和线虫中961个转录因子的结合谱，揭示了组织特异性调控关系 | 首次大规模系统鉴定两个主要模式生物中转录因子的体内结合事件，并利用机器学习模型结合ChIP-seq和单细胞RNA-seq数据识别细胞类型特异性调控因子 | 研究主要依赖ChIP-seq技术，可能遗漏部分低丰度或动态结合的转录因子结合位点；单细胞RNA-seq数据覆盖范围有限 | 构建转录因子结合位点目录以解读基因调控关系 | 果蝇和线虫中的转录因子及基因组调控空间 | 数字病理学 | NA | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | 机器学习模型 | 序列数据 | 果蝇中605个转录因子识别360万个结合位点，线虫中356个转录因子识别90万个结合位点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1125 | 2026-05-07 |
Understanding isoform expression by pairing long-read sequencing with single-cell and spatial transcriptomics
2024-11-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279640.124
PMID:39567235
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综述 | 本文综述了将长读长测序与单细胞和空间转录组学结合以理解RNA异构体表达的方法、挑战和机遇 | 系统总结了单细胞和空间长读长测序技术的最新进展，并讨论了它们在理解转录本异构体在发育和病理中作用的应用 | 这些技术在实施和数据解释方面存在挑战，且对RNA异构体生物学作用的理解仍然有限 | 概述单细胞和空间长读长测序技术的出现，讨论其挑战和限制，并强调其在理解异构体表达中的潜力 | RNA异构体表达及其在发育和病理中的角色 | 自然语言处理 | NA | 长读长测序, 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1126 | 2026-05-07 |
Characterizing Fibroblast Heterogeneity in Diabetic Wounds Through Single-Cell RNA-Sequencing
2024-Nov-07, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12112538
PMID:39595104
|
综述 | 通过单细胞RNA测序技术表征糖尿病创面中成纤维细胞的异质性 | 本文系统总结单细胞测序技术革新如何改变成纤维细胞分析策略，并聚焦于表征不同成纤维细胞亚群及其谱系 | 未提及具体局限性 | 探讨单细胞RNA测序在糖尿病创面愈合研究中的应用，特别是成纤维细胞异质性的表征 | 糖尿病创面中的成纤维细胞 | 自然语言处理 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1127 | 2026-05-07 |
Theoretical framework for the difference of two negative binomial distributions and its application in comparative analysis of sequencing data
2024-10-29, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278843.123
PMID:39406498
|
研究论文 | 提出了两个负二项分布之差的（DOTNB）理论框架，并应用于高通量测序数据的比较分析，开发了用于单细胞RNA-seq数据差异表达基因检测的方法DEGage | 首次推导了DOTNB的基本解析结果并考察其渐近性质，基于此开发的DEGage方法在检测差异表达基因时优于五种现有工具 | 未明确指出本文方法的局限性 | 建立DOTNB的理论基础并将其应用于高通量测序数据的比较分析，特别是单细胞RNA-seq数据的差异表达基因检测 | 仿真和真实单细胞RNA-seq数据集，包括前列腺癌数据和含恐惧记忆的小鼠神经元数据 | 计算生物学、生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | 负二项分布 | 单细胞RNA测序数据 | 包含多个数据集：前列腺癌数据集识别了17种细胞类型的标记基因；小鼠神经元数据揭示了8个潜在记忆相关基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1128 | 2026-05-07 |
Dynamic dysregulation of retrotransposons in neurodegenerative diseases at the single-cell level
2024-10-29, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279363.124
PMID:39424325
|
研究论文 | 利用12个单细胞转录组图谱研究三种神经退行性疾病中逆转录转座子的动态失调 | 首次在单细胞水平系统研究神经退行性疾病中逆转录转座子的动态变化，并构建了scARE数据库 | 未明确说明 | 探究逆转录转座子在神经退行性疾病中的细胞异质性和动态调控 | 阿尔茨海默病、帕金森病和多发性硬化症患者样本 | 单细胞转录组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | 单细胞转录组数据 | 12个单细胞转录组图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1129 | 2026-05-07 |
Mapping RANKL- and OPG-expressing cells in bone tissue: the bone surface cells as activators of osteoclastogenesis and promoters of the denosumab rebound effect
2024-Oct-18, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00362-4
PMID:39424806
|
研究论文 | 通过原位杂交和单细胞RNA测序分析，揭示骨表面细胞在RANKL/OPG通路中激活破骨细胞生成及促成denosumab反弹效应的作用 | 首次利用原位杂交直接鉴定骨表面细胞在RANKL/OPG通路中的角色，并揭示OPG:Fc处理导致局部破骨细胞激活位点积累的机制 | 该研究主要基于小鼠模型，人类数据依赖公开数据库，且未完全阐明denosumab反弹效应的全部细胞机制 | 探究骨表面细胞通过RANKL/OPG通路激活破骨细胞生成及denosumab反弹效应的细胞机制 | 小鼠骨组织及人类骨样本中的骨表面细胞、骨细胞和骨髓基质细胞 | 机器学习和数字病理学 | 骨骼疾病 | 原位杂交、单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 多种物种、骨骼部位及经OPG:Fc和PTH处理的小鼠样本 | 未明确提及 | 单细胞RNA测序 | 未明确提及 | 公开可用的小鼠骨髓基质细胞单细胞RNA测序数据 |
| 1130 | 2026-05-07 |
A spatiotemporally resolved atlas of mRNA decay in the C. elegans embryo reveals differential regulation of mRNA stability across stages and cell types
2024-09-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278980.124
PMID:39142810
|
研究论文 | 通过转录抑制结合批量及单细胞RNA测序，直接测量线虫胚胎发育过程中全转录组的mRNA降解速率，揭示mRNA稳定性在不同阶段和细胞类型中的差异调控 | 首次实现胚胎发育过程中时空分辨的mRNA降解速率全转录组测量，并识别不同细胞类型和发育阶段中差异调控的mRNA降解 | NA | 研究线虫胚胎发育过程中mRNA降解的时空调控及其对基因表达动态的影响 | 线虫胚胎 | NA | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1131 | 2026-05-07 |
Benchmarking bulk and single-cell variant-calling approaches on Chromium scRNA-seq and scATAC-seq libraries
2024-09-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277066.122
PMID:39147582
|
研究论文 | 评估在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq文库上进行批量与单细胞变异检测的方法 | 系统比较了基于批量聚合读取与单个细胞的变异检测方法在10x Genomics平台上的表现，发现批量方法显著优于单细胞方法，并揭示了单细胞方法中RNA编辑事件的潜在捕获与噪声模式 | 未涵盖所有变异检测工具，且结果基于特定平台（10x Genomics Chromium），可能不适用于其他单细胞技术 | 评估在Chromium scRNA-seq和scATAC-seq文库上不同变异检测方法的优劣与挑战 | 匹配的批量全基因组测序样本库 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 全基因组测序 | NA | 测序数据 | 多个匹配的批量全基因组测序样本库（具体数量未在摘要中提供） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序文库 |
| 1132 | 2026-05-07 |
A gene regulatory network-aware graph learning method for cell identity annotation in single-cell RNA-seq data
2024-08-20, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278439.123
PMID:39134412
|
研究论文 | 提出一种基于基因调控网络感知的图学习方法scHGR，用于单细胞RNA-seq数据的细胞身份注释 | 利用基因调控关系构建基因介导的细胞通信图，减少数据源噪声并建立远距离细胞连接，在22个场景中实现准确一致注释 | 未提及具体局限性 | 开发自动化细胞注释工具，提高跨批次、技术、组织和物种数据的注释准确性和鲁棒性 | 单细胞转录组数据中的细胞身份，包括外周血单个核细胞和COVID-19患者细胞图谱 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 图学习模型 | 基因表达数据 | 22种场景的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1133 | 2026-05-07 |
Accurate estimation of pathway activity in single cells for clustering and differential analysis
2024-07-23, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278431.123
PMID:38981682
|
研究论文 | 提出SiPSiC方法，用于推断单细胞中通路活性，并进行聚类和差异分析 | 提出SiPSiC方法，可在每个单细胞水平推断通路活性，实现更敏感的差异分析和聚类，并能克服患者特异性伪影 | 未明确提及局限性 | 开发准确估计单细胞中通路活性的方法，用于聚类和差异分析 | COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集中的单细胞 | 机器学习 | COVID-19, 肺腺癌, 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | COVID-19、肺腺癌和胶质瘤数据集（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1134 | 2026-05-07 |
Piezo inhibition prevents and rescues scarring by targeting the adipocyte to fibroblast transition
2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.03.535302
PMID:37066136
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研究论文 | 本研究通过机械感应机制揭示脂肪细胞转化为瘢痕成纤维细胞的过程，并证明抑制Piezo可防止和逆转瘢痕形成 | 首次证实脂肪细胞在机械力感应下可转化为成纤维细胞驱动瘢痕形成，并发现Piezo抑制即使在已形成的瘢痕中也能诱导再生愈合 | 未明确说明局限性 | 探究脂肪细胞是否通过机械感应参与瘢痕纤维化，并评估Piezo抑制的治疗潜力 | 小鼠伤口模型和人源异种移植伤口模型中的脂肪细胞与成纤维细胞转化 | 数字病理学 | 瘢痕形成 | 单细胞RNA测序、空间转录组学Visium、CODEX多重成像 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据、成像数据 | 小鼠伤口模型和人源异种移植伤口模型 | 10x Genomics, 其他未指定 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质组学成像 | 10x Chromium, 10x Visium, CODEX | 10x Chromium用于单细胞RNA测序，10x Visium用于空间转录组学，CODEX用于多重蛋白成像 |
| 1135 | 2026-05-06 |
Altered crosstalk of bacterial lipopolysaccharide with immune cells in colorectal cancer compared to paired adjacent intestinal tissue
2026-Dec-31, Gut microbes
IF:12.2Q1
DOI:10.1080/19490976.2026.2665878
PMID:42084500
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研究论文 | 应用3D光片成像、空间转录组学和成像质谱流式技术，比较结直肠癌与癌旁组织中细菌脂多糖与免疫细胞的交互作用变化 | 首次在患者来源的结直肠癌及癌旁组织中，结合多种空间组学技术同时可视化细菌脂多糖、免疫细胞和血管，揭示了肿瘤微环境中免疫细胞-细菌交互作用的区域差异 | 样本量有限，未深入探讨细菌组成对交互作用的具体影响机制 | 探究结直肠癌中细菌脂多糖与免疫细胞空间交互作用的改变及其对宿主-微生物互作的影响 | 结直肠癌患者肿瘤组织及其配对癌旁肠组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 3D光片成像, 空间转录组学, 成像质谱流式 | NA | 图像, 转录组数据 | 患者来源的结直肠癌及癌旁组织样本 | NA | 空间转录组学, 成像质谱流式 | NA | NA |
| 1136 | 2026-05-06 |
IFN-I-Mediated Transcriptional Reprogramming Drives Myeloid-Skewed Hematopoiesis in Sickle Cell Anemia
2026-Jun, American journal of hematology
IF:10.1Q1
DOI:10.1002/ajh.70277
PMID:41853894
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和功能实验，揭示镰状细胞贫血中I型干扰素介导的转录重编程驱动髓系偏斜造血 | 首次阐明镰状细胞贫血中I型干扰素信号异常激活导致造血干细胞向髓系过早分化的内在机制，并发现造血祖细胞通过上调CSF3R对G-CSF产生响应，从而偏向单核细胞谱系 | NA | 探索镰状细胞贫血中病理性髓系造血和慢性炎症的内在机制 | 镰状细胞贫血患者的造血干细胞和多能祖细胞 | NA | 镰状细胞贫血 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1137 | 2026-03-13 |
Molecular subtypes of vascular endothelial cell differentiation in keloid by single-cell sequencing
2026-May-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003971
PMID:41813334
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1138 | 2026-05-06 |
Induction alectinib or crizotinib for stage III NSCLC harboring ALK fusion: A study with 4-year follow-up
2026-May-05, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000003798
PMID:41139663
|
研究论文 | 评估阿来替尼或克唑替尼诱导治疗ALK融合阳性III期非小细胞肺癌的短期和长期疗效，并伴有4年随访数据 | 首次系统性评估ALK-TKI诱导治疗在局部晚期NSCLC中的疗效，结合纵向单细胞RNA测序分析肿瘤微环境变化 | 样本量较小（40例），且为回顾性研究，可能存在选择偏倚 | 验证ALK靶向诱导治疗在III期肺癌中的疗效和安全性 | ALK融合阳性的IIIA-IIIB期非小细胞肺癌患者 | 医学影像分析 | 肺癌 | ALK-TKI诱导治疗、单细胞RNA测序 | NA | 临床数据、纵向单细胞RNA测序数据 | 40例III期NSCLC患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 1139 | 2026-05-06 |
Patient-derived surgical samples reveal the cellular and molecular signatures of glioblastoma infiltration in distinct radiological zones
2026-May-05, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
DOI:10.1111/bpa.70106
PMID:42083511
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研究论文 | 研究揭示胶质母细胞瘤在不同放射学区域浸润的细胞和分子特征 | 首次结合MRI分区与多区域活检，系统描述GBM周边区域的细胞景观与临床关联 | 基于MRI的nCE区域分类低估了水肿区域内的肿瘤浸润 | 定义GBM外周区域的细胞景观及其临床意义 | 45例胶质母细胞瘤患者的161份活检样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 免疫组化、单细胞RNA测序转录组分析 | NA | 图像、转录本数据 | 45例患者，161份活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1140 | 2026-05-06 |
Constitutive interferon epsilon expression shapes antiviral epithelial states in the female reproductive tract and intestine
2026-May-05, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mbio.00340-26
PMID:42084361
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研究论文 | 研究干扰素ε在雌性生殖道和肠道中组成型表达对抗病毒上皮状态的调控作用 | 首次揭示IFNε在雌性生殖道外（尤其是肠道）的功能，证明其作为组成型、空间限制性干扰素协调黏膜抗病毒防御的独特机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本仅限于原代细胞，缺乏体内功能验证；肠道中IFNε的具体调控机制尚未完全阐明 | 探究干扰素ε在不同黏膜表面（雌性生殖道和肠道）的细胞来源、表达规律及抗病毒功能 | 小鼠和人类原代雌性生殖道细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠（包括不同肠段和发情周期样本）及人类原代细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |