单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1121	2025-05-23	Avian photoreceptor homologies and the origin of double cones 2025-May-19, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2025.02.040 PMID:40250431	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系	揭示了鸟类双锥细胞（DC-P和DC-A）分别起源于祖先的红锥细胞和蓝锥细胞，并通过CRISPR介导的基因敲除验证了这一假设	研究仅在新孵化的鸡视网膜中进行，可能无法完全代表所有鸟类或其他脊椎动物的情况	探索鸟类光感受器与其他脊椎动物光感受器的进化关系	鸟类视网膜中的光感受器细胞	进化生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CRISPR介导的基因敲除	NA	RNA测序数据	新孵化的鸡视网膜细胞
1122	2025-05-23	Mucinous breast cancer organoids: an in vitro research model 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02586-0 PMID:40388071	research paper	该研究建立了源自患者的黏液性乳腺癌类器官模型，用于临床药物筛选和科学研究	首次报道了黏液性乳腺癌类器官模型，并验证了其在早期传代中与原组织相似的特性	研究仅基于一名患者的样本，样本量有限	开发一种可靠的体外模型以解决纯黏液性乳腺癌的异质性问题	纯黏液性乳腺癌患者的手术肿瘤样本	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA-Seq, histological staining, drug testing	organoid model	RNA sequencing data, histological images	1名64岁中国女性患者的肿瘤样本
1123	2025-05-23	Brain tumors induce immunoregulatory dendritic cells in draining lymph nodes that can be targeted by OX40 agonist treatment 2025-May-19, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011548 PMID:40389372	research paper	该研究探讨了脑肿瘤引流淋巴结中免疫调节性树突状细胞的作用及其通过OX40激动剂治疗的潜在靶向性	揭示了脑肿瘤引流淋巴结中树突状细胞（DC-c）独特的免疫调节功能，并发现OX40信号通路在调节这些细胞功能中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	研究脑肿瘤免疫微环境中树突状细胞的免疫调节功能及其治疗潜力	小鼠模型中的胶质瘤和淋巴瘤	免疫学	脑肿瘤	高分辨率流式细胞术、单细胞RNA测序	小鼠模型	细胞和分子数据	NA
1124	2025-05-23	Single-cell RNA-sequencing reveals early mitochondrial dysfunction unique to motor neurons shared across FUS- and TARDBP-ALS 2025-May-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59679-1 PMID:40389397	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了FUS和TARDBP基因突变导致的肌萎缩侧索硬化症（ALS）中运动神经元特异性线粒体功能障碍的共享机制	揭示了FUS和TARDBP突变导致的ALS中运动神经元特异性线粒体功能障碍的共享机制，并发现这些机制与蛋白质错误定位无关	研究基于诱导多能干细胞衍生的神经元模型，可能与体内真实情况存在差异	探究FUS和TARDBP基因突变导致ALS的选择性运动神经元退化的共同病理机制	携带FUS P525L、FUS R495X、TARDBP M337V突变或FUS敲除的诱导多能干细胞衍生的神经元	分子生物学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种基因编辑的诱导多能干细胞系
1125	2025-05-23	A CRISPR/Cas9-based enhancement of high-throughput single-cell transcriptomics 2025-May-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-59880-2 PMID:40389438	研究论文	介绍了一种名为scCLEAN的分子方法，利用CRISPR/Cas9技术优化单细胞RNA测序（scRNAseq），以提高对低丰度转录本的检测能力	首次将CRISPR/Cas9技术应用于单细胞RNA测序文库的全局重组，显著提高了对低丰度转录本的检测能力	在某些生物背景下应用可能不理想，具体适用范围需要进一步验证	解决单细胞RNA测序中高丰度转录本掩盖低丰度转录本检测的问题	异质性免疫细胞和同质性血管平滑肌细胞	基因组学	NA	CRISPR/Cas9, scRNAseq, 单细胞MAS-Seq	NA	RNA测序数据	多种人类组织和细胞类型
1126	2025-05-23	Focusing on DC cells to optimize the prediction of prognosis and innovative treatment strategies for colon cancer 2025-May-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01792-8 PMID:40389562	研究论文	本研究通过识别树突状细胞相关基因（DCRGs），构建风险评分系统（DCRI），并评估其在结肠癌预后和治疗中的意义	开发了一种新的DCRI评分系统，能够准确预测结肠癌的预后和免疫治疗反应，并发现PPP2CB作为潜在的治疗靶点	DCRGs在结肠癌中的预后意义尚未充分探索，研究可能受限于样本量和数据来源	优化结肠癌的预后预测和创新治疗策略	结肠腺癌（COAD）患者	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、WGCNA、差异表达分析、单变量Cox回归、LASSO-Cox分析	风险评分系统（DCRI）	转录组数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的结肠癌组织样本
1127	2025-05-23	Single-cell transcriptomic landscape reveals complex cellular heterogeneity and dysregulated signaling pathways in nasopharyngeal carcinoma 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02506-2 PMID:40389670	研究论文	通过单细胞转录组学分析鼻咽癌肿瘤微环境的复杂细胞异质性和失调信号通路	首次系统性地分析了鼻咽癌中不同细胞类型的转录特征及其在肿瘤发展中的作用	未提及样本量的具体限制或技术上的局限性	揭示鼻咽癌肿瘤微环境的细胞组成和信号通路失调	鼻咽癌组织和正常组织样本	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未提及具体样本数量
1128	2025-05-23	Novel marker genes and small molecule drugs for radiotherapy resistance in cervical cancer identified based on single-cell multi-omics analysis 2025-May-19, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02532-0 PMID:40389794	研究论文	通过单细胞多组学分析和机器学习方法，识别宫颈癌放疗抗性的新标记基因和小分子药物	结合多组学数据和机器学习构建稳健的预后模型，识别与放疗抗性相关的分子标记和潜在治疗药物	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探究宫颈癌放疗抗性的分子和细胞机制	宫颈癌患者	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序、转录组测序、甲基化分析	Cox回归	测序数据	43,475个细胞和13种细胞类型
1129	2025-05-23	Integrating single-cell and bulk RNA profiles to uncover glutamine metabolism's role in prognosis and immune dynamics in multiple myeloma 2025-May-19, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14239-0 PMID:40389878	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤预后和免疫动态中的作用	首次系统性地鉴定了谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后和免疫调控作用，并验证了其作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证	探索谷氨酰胺代谢相关基因在多发性骨髓瘤中的预后价值和治疗意义	多发性骨髓瘤患者样本和谷氨酰胺代谢相关基因	生物信息学	多发性骨髓瘤	单细胞测序，批量转录组测序，加权共表达网络分析，Cox比例风险模型	NA	RNA测序数据	多个公共多组学队列数据集
1130	2025-05-23	The gene regulatory mechanisms shaping the heterogeneity of venom production in the Cape coral snake 2025-May-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03602-w PMID:40390047	research paper	该研究通过生成高质量的开普珊瑚蛇基因组草图，并结合毒腺单细胞RNA-seq数据和空间毒腺毒素分布分析，揭示了毒素调控的变异性和毒腺中异质性毒素产生的分子机制	揭示了不同毒素家族由不同的细胞群体产生，且毒素表达通过调控模块进一步精细调节，以及调控元件的进化与其相关毒素基因的进化密切相关	研究未明确探讨这些非适应性特征状态如何具体促进进化创新和新颖性	研究蛇毒腺中异质性毒素产生的分子机制及其进化意义	开普珊瑚蛇（Aspidelaps lubricus）及其毒腺	分子生物学	NA	单细胞RNA-seq, 空间毒腺毒素分布分析	NA	基因组数据, RNA-seq数据, 空间分布数据	NA
1131	2025-05-23	Crosstalk between kidney and bones: New perspective for modulating osteoporosis 2025-May-17, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2025.102776 PMID:40389172	review	本文综述了肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调控作用	提出了肾脏与骨骼之间相互作用的新视角，并强调了创新方法在研究器官间相互作用中的重要性	NA	探讨肾脏与骨骼之间的相互作用及其在骨质疏松症中的调控机制	肾脏与骨骼的相互作用及其相关疾病（如慢性肾病伴骨密度异常、肾性骨营养不良和骨质疏松症）	NA	骨质疏松症	细胞共培养、器官芯片、单细胞测序、空间转录组学	NA	NA	NA
1132	2025-05-23	Astrocytic AEG-1 drives neuroinflammation and enhances seizure susceptibility 2025-May-16, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106957 PMID:40383165	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞中AEG-1基因在神经炎症和癫痫易感性中的作用	首次揭示了AEG-1通过NF-κB信号通路介导神经炎症和癫痫易感性的机制	研究主要基于小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞，人类临床相关性尚需进一步验证	探究AEG-1在神经炎症和癫痫易感性中的分子机制	小鼠模型和体外培养的星形胶质细胞	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序	小鼠炎症模型	基因表达数据	NA
1133	2025-05-23	A STT3A-dependent PD-L1 glycosylation modification mediated by GMPS drives tumor immune evasion in hepatocellular carcinoma 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01432-0 PMID:39690246	研究论文	本文探讨了GMPS通过调控PD-L1的糖基化修饰促进肝细胞癌免疫逃逸的机制	首次揭示了GMPS通过STT3A依赖的PD-L1糖基化修饰驱动肿瘤免疫逃逸的新机制，并验证了GMPS抑制剂angustmycin A的治疗潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果仍需进一步验证	探究肝细胞癌免疫逃逸的分子机制并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌组织和CD8+T细胞	肿瘤免疫学	肝细胞癌	蛋白质组学分析、scRNA-Seq	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	晚期肝细胞癌组织样本（具体数量未说明）
1134	2025-05-23	Optimized inner ear organoids for efficient hair cell generation and ototoxicity response modeling 2025-May, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2803-1 PMID:39862345	研究论文	本文介绍了一种新型的一步自组织内耳类器官系统，用于高效生成毛细胞并模拟耳毒性反应	开发了一种优化的小分子一步自组织内耳类器官系统，绕过多步扩增和强制分化协议的需求	未提及样本量大小或实验重复次数	开发高效的内耳毛细胞生成模型用于药物发现和毛细胞保护机制研究	哺乳动物耳蜗毛细胞	生物医学工程	听力损失	单细胞RNA测序	内耳类器官系统	基因表达数据	NA
1135	2025-05-23	Spatial transcriptomics of Glomerulo-centric antibody mediated rejection in renal transplants 2025-May, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110460 PMID:39993695	研究论文	使用数字空间分析技术对肾移植中抗体介导的排斥反应进行空间转录组学研究	通过数字空间分析技术定位了急性抗体介导排斥反应期间肾小球中的分子特征，揭示了天然免疫细胞和HLA II类抗原的转录上调以及足细胞特征基因的下调	研究仅基于单一患者的4次活检样本，样本量较小	研究肾移植中抗体介导排斥反应的分子机制	肾移植患者的活检样本	数字病理学	肾脏疾病	Digital Spatial Profiling	NA	空间转录组数据	4份来自同一患者的活检样本
1136	2025-05-23	Clinical efficacy and chemoresistance analysis of precision neoadjuvant chemotherapy for borderline resectable pancreatic cancer: a prospective, single-arm pilot study 2025-May-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002342 PMID:40146255	研究论文	本研究评估了基于患者来源类器官（PDOs）的新辅助化疗（NAC）在临界可切除胰腺癌（BRPC）中的临床疗效和安全性	利用PDOs进行药物敏感性测试以调整治疗方案，并探索了吉西他滨耐药的潜在机制	单臂试点研究，样本量较小（19例患者）	评估基于PDOs的NAC在BRPC患者中的临床疗效和安全性，并探索吉西他滨耐药的分子机制	临界可切除胰腺癌（BRPC）患者	数字病理学	胰腺癌	scRNA-seq分析	NA	临床数据和转录组数据	19例符合条件的BRPC患者
1137	2025-05-23	Quasi-spatial single-cell transcriptome based on physical tissue properties defines early aging associated niche in liver 2025-May, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00857-7 PMID:40325195	research paper	该研究开发了一种名为FiNi-seq的方法，通过利用组织的物理特性富集与衰老相关的纤维化微环境，并进行单细胞RNA测序和单核ATAC测序分析，以探索衰老初期微环境	开发了FiNi-seq方法，利用组织对酶消化的抵抗性选择性富集纤维化微环境，实现了准空间分析，并发现了具有衰老表型的Wif1和Smoc1产生的间充质细胞群	由于衰老细胞稀少和当前组学工具的技术偏差，衰老细胞群在一般分析流程中常被忽略	探索衰老初期微环境中的细胞特性和多样性及其对组织微环境的影响	年轻和年老雄性小鼠的肝脏	digital pathology	geriatric disease	single-cell RNA sequencing, single-nuclei ATAC sequencing (ATAC-seq), fibrotic niche enrichment sequencing (FiNi-seq)	NA	RNA-seq, ATAC-seq	年轻和年老雄性小鼠的肝脏样本
1138	2025-05-23	Inactivation of GSK3β by Ser389 phosphorylation prevents thymocyte necroptosis and impacts Tcr repertoire diversity 2025-May, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01441-z PMID:39779909	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞RNA测序分析，揭示了DN3和DN4胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的G2M细胞周期检查点，并发现GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞存活及TCRα/β库多样性的影响	发现了GSK3β通过Ser389磷酸化失活对胸腺细胞在V(D)J重组过程中存活的关键作用，以及这一过程对TCRα/β库多样性的影响	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类细胞中验证	探究胸腺细胞在Tcrb和Tcra基因重组过程中的细胞周期检查点和存活机制	小鼠DN3和DN4胸腺细胞	分子生物学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	个体分选的小鼠DN3和DN4胸腺细胞
1139	2025-05-23	Comprehensive Multi-Omics Analysis of Copper Metabolism Related Molecular Subtypes and Prognostic Risk Stratification in Colon Adenocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70591 PMID:40391581	研究论文	通过多组学分析铜代谢相关分子亚型，构建结肠腺癌预后风险分层模型	首次结合铜代谢相关基因（CMRG）构建结肠腺癌预后风险模型，并通过单细胞测序揭示CMRG在肿瘤微环境中的空间和细胞分布	研究主要基于TCGA和GEO数据库，需要进一步临床样本验证	探究铜代谢在结肠腺癌进展中的作用并寻找潜在治疗靶点	结肠腺癌（COAD）	生物信息学	结肠癌	多组学分析、单细胞测序、western blot、PCR、siRNA、集落形成实验、Transwell实验	CMRG-based风险模型	基因组数据、转录组数据	TCGA和GEO数据库样本
1140	2025-05-23	Lipoxin A4/FPR2 Signaling Mitigates Ferroptosis of Alveolar Epithelial Cells via NRF2-Dependent Pathway During Lung Ischemia-Reperfusion Injury 2025-Apr-30, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202401475R PMID:40270323	研究论文	本研究探讨了Lipoxin A4 (LxA)通过FPR2/NRF2信号通路减轻肺泡上皮细胞铁死亡在肺缺血再灌注损伤(IRI)中的作用	首次揭示了LxA/FPR2信号通过NRF2依赖的途径减轻肺泡上皮细胞铁死亡的新机制	研究主要基于小鼠模型，在人体中的效果需要进一步验证	探究LxA是否能够通过FPR2/NRF2通路保护肺组织免受IRI引起的铁死亡	肺泡II型上皮细胞(ATII cells)	呼吸系统疾病	肺缺血再灌注损伤	单细胞RNA测序	小鼠肺缺血再灌注模型和原位肺移植模型	基因表达数据、氧化脂质水平数据	C57BL/6野生型小鼠、Fpr2和Nrf2敲除小鼠、人肺移植患者组织样本