单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1121	2025-06-20	Multi-omics approaches for identifying the PANoptosis signature and prognostic model via a multimachine-learning computational framework for intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Apr-15, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001352 PMID:40233411	研究论文	本研究通过多组学方法识别肝内胆管癌(ICC)的PANoptosis特征，并利用多机器学习计算框架构建预后模型	整合Cox回归分析和5种机器学习算法识别出5个核心基因，构建的PANoptosis风险评分在预测预后和临床转化方面表现出色	样本量相对有限(85个PANoptosis相关基因)，需要更多临床验证	表征ICC患者的PANoptosis特征，构建临床诊断和治疗指导模型，探索耐药相关分子机制	肝内胆管癌(ICC)患者	机器学习	肝内胆管癌	转录组学、蛋白质组学测序、单细胞转录组分析	Cox回归分析+5种机器学习算法	多组学数据(转录组、蛋白质组)	OEP001105公共队列和重庆医科大学附属第一医院的多组学数据
1122	2025-06-20	Tumor-derived CD109 orchestrates reprogramming of tumor-associated macrophages to dampen immune response 2025-Apr-11, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.03.035 PMID:40220905	研究论文	该研究揭示了肿瘤源性可溶性CD109（sCD109）在免疫抑制性肿瘤微环境中的作用及其调控机制	发现sCD109作为'分泌性免疫检查点'通过双重机制（激活FcγRI/SYK/NF-κB信号通路上调CD73转录，同时竞争性结合E3连接酶TRIM21抑制CD73蛋白降解）重编程肿瘤相关巨噬细胞	研究主要基于临床前小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索iCCA中免疫抑制性分泌蛋白及其调控机制，开发提高免疫治疗疗效的新靶点	肝内胆管癌（iCCA）的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	蛋白质组学分析、单细胞转录组学、飞行时间质谱流式细胞术、RNA测序、质谱分析	NA	多组学数据（蛋白质组、转录组等）	NA（未明确说明样本数量）
1123	2025-06-20	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Mar-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.17.608386 PMID:39229240	研究论文	通过多组学分析探讨食管腺癌的疾病进展和治疗反应	识别了五种恶性细胞程序，并揭示了它们与表观遗传可塑性和临床结果的关联，以及预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部队列中进行进一步验证	解密食管腺癌的疾病进展和治疗反应	原发性和转移性食管腺癌肿瘤	数字病理学	食管腺癌	单核转录组和染色质可及性测序，空间分析	NA	转录组数据，染色质可及性数据，空间数据	一组原发性和转移性食管腺癌肿瘤样本
1124	2025-06-20	Platelet-mediated circulating tumor cell evasion from natural killer cell killing through immune checkpoint CD155-TIGIT 2025-Mar-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000934 PMID:38779918	研究论文	研究揭示了循环肿瘤细胞（CTCs）如何通过与血小板结合上调CD155-TIGIT免疫检查点逃避免疫监视的机制	首次发现CTC-血小板粘附通过CD155-TIGIT通路逃逸NK细胞杀伤的机制，并证实阻断该通路可恢复免疫监视功能	研究主要关注CD155-TIGIT通路，未全面评估其他潜在逃逸机制	探究循环肿瘤细胞在血液传播过程中逃避免疫监视的分子机制	多种癌症患者的循环肿瘤细胞（CTCs）和血小板	肿瘤免疫学	肝癌（HCC）及其他多种癌症	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、体外/离体/体内实验	NA	基因表达数据、临床生存数据	多种癌症患者的血液样本（具体数量未说明）
1125	2025-06-20	scFTAT: a novel cell annotation method integrating FFT and transformer 2025-Feb-25, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06061-z PMID:39994539	研究论文	提出了一种名为scFTAT的新型细胞注释方法，该方法整合了FFT和Transformer技术，用于单细胞RNA测序数据的自动注释	整合FFT和增强型Transformer进行自动特征学习，解决了单细胞数据高稀疏性和大规模数据手动注释繁琐的挑战	NA	开发一种高效、准确的单细胞RNA测序数据自动注释方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Transformer	基因表达数据	六个典型数据集（包括人类和小鼠组织）
1126	2025-06-20	Telomemore enables single-cell analysis of cell cycle and chromatin condensation 2025-Jan-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf031 PMID:39878215	研究论文	该论文介绍了Telomemore工具，用于单细胞分析细胞周期和染色质凝聚状态	揭示了ATAC-seq端粒样读段不能用于推断端粒长度，但可作为染色质凝聚的生物标志物，并开发了Telomemore工具来量化非对齐的亚端粒读段	未明确提及具体局限性	开发新工具以增强单细胞数据分析能力	单细胞ATAC-seq和RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 长读长测序	NA	基因组数据	多个公共数据集和新生成的多组纤维母细胞和B细胞图谱
1127	2025-06-20	Integration of Machine Learning and Experimental Validation to Identify Anoikis-Related Prognostic Signature for Predicting the Breast Cancer Tumor Microenvironment and Treatment Response 2024-Nov-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes15111458 PMID:39596658	research paper	该研究通过整合机器学习和实验验证，识别与失巢凋亡相关的预后标志物，用于预测乳腺癌肿瘤微环境和治疗反应	首次构建了基于失巢凋亡相关基因的预后特征（ANRS），并验证其作为独立预后指标的潜力，同时发现PLK1作为潜在的血液诊断标志物	研究样本量未明确说明，且需要进一步临床验证	探索失巢凋亡相关基因在乳腺癌预后中的作用，并开发预测模型	乳腺癌患者及其肿瘤微环境	digital pathology	breast cancer	RT-PCR, Western blot, ELISA, 单细胞分析, 空间转录组	machine learning	基因表达数据, 临床数据	NA
1128	2025-06-20	Genomic and immune heterogeneity of multiple synchronous lung adenocarcinoma at different developmental stages 2024-09-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52139-2 PMID:39256403	研究论文	探讨多发性同步性肺癌（MSLCs）在不同病理阶段的基因组和免疫异质性	揭示了MSLCs在从非侵袭性向侵袭性腺癌转变过程中T细胞表型的转变以及基因组和免疫特征的异质性	样本量较小（16个MSLCs来自8名患者），可能影响结果的普遍性	探索MSLCs在不同发育阶段的基因组和免疫异质性	多发性同步性肺癌（MSLCs）	基因组学与免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞TCR测序、全外显子测序	NA	基因组数据、免疫数据	16个MSLCs来自8名患者
1129	2025-06-20	Glioblastoma cells increase expression of notch signaling and synaptic genes within infiltrated brain tissue 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52167-y PMID:39251578	研究论文	该研究利用空间转录组学技术，揭示了胶质母细胞瘤恶性细胞在浸润脑组织中基因表达的差异及其与神经发育途径和胶质细胞分化的关联	首次使用空间转录组学技术对胶质母细胞瘤浸润脑组织中的恶性细胞进行基因表达分析，揭示了这些细胞在神经发育途径和胶质细胞分化相关基因表达上的变化	样本量较小（n=11），且仅针对特定亚型的胶质母细胞瘤（间充质型和前神经型）进行研究	探索胶质母细胞瘤恶性细胞在浸润脑组织中的基因表达特征及其潜在治疗靶点	胶质母细胞瘤患者中的恶性细胞及其浸润的脑组织	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	11例胶质母细胞瘤患者样本
1130	2025-06-20	MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2024-09-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52284-8 PMID:39251601	研究论文	该研究探讨了MerlinS13磷酸化如何调节脑膜瘤的Wnt信号传导及MRI特征	揭示了Merlin丝氨酸13（S13）去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用并激活Wnt通路来驱动脑膜瘤生长，并发现高表观扩散系数（ADC）与Merlin完整脑膜瘤的良好临床结果相关	未明确提及研究的局限性	阐明Merlin完整脑膜瘤生长的生化机制，并寻找可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物	脑膜瘤异种移植模型和患者样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI影像数据	未明确提及具体样本数量，但包括脑膜瘤异种移植模型和患者样本
1131	2025-06-20	ST-GEARS: Advancing 3D downstream research through accurate spatial information recovery 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51935-0 PMID:39242563	研究论文	提出ST-GEARS系统，通过精确恢复空间信息，解决现有三维空间转录组学方法在空间信息或实验诱导失真方面的不足	引入创新的分布式约束优化方案，通过锚点精确连接切片，并利用弹性场校正失真，恢复原始空间轮廓	未提及具体的技术实现细节或在不同组织类型中的适用性验证	提高三维空间转录组学数据的空间信息恢复精度，以支持更可靠的下游分析	三维空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	ST-GEARS	空间转录组数据	NA
1132	2025-06-20	Intracellular spatial transcriptomic analysis toolkit (InSTAnT) 2024-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49457-w PMID:39242579	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从单分子分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，通过专门的统计测试和算法检测基因对和模块的共定位模式，揭示了细胞内和细胞间的分子关系	未提及具体的技术限制或数据集大小的限制	开发一种计算工具包，用于分析空间转录组数据，以发现亚细胞生物模式	空间转录组数据，特别是来自MERFISH等成像技术的数据	digital pathology	NA	MERFISH, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	五个不同的数据集，代表两种细胞系、两个脑结构、两个物种和三种不同技术
1133	2025-06-20	MerlinS13 phosphorylation controls meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features 2023-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2577844/v1 PMID:36993679	研究论文	研究探讨了MerlinS13磷酸化在脑膜瘤Wnt信号传导和磁共振成像特征中的作用	揭示了Merlin通过去磷酸化S13位点激活Wnt通路的机制，并建立了基于MRI的非侵入性生物标志物	未提及样本量的具体限制，但研究涉及细胞、异种移植和人类患者多个层面	阐明Merlin完整型脑膜瘤生长的生化机制并开发预测临床结果的非侵入性生物标志物	脑膜瘤细胞、异种移植模型和人类患者	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序、邻近标记蛋白质组质谱、MRI	NA	RNA测序数据、质谱数据、MRI图像	涉及细胞、异种移植和人类患者多个层面的样本（具体数量未说明）
1134	2025-06-20	Intracellular Spatial Transcriptomic Analysis Toolkit (InSTAnT) 2023-Jan-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2481749/v1 PMID:36747718	research paper	介绍了一种名为InSTAnT的计算工具包，用于从细胞内分辨率的空间转录组数据中提取分子关系	开发了InSTAnT工具包，能够检测基因对和模块在细胞内及跨细胞的共定位模式，使用专门的统计测试和图挖掘技术	未提及具体的技术限制或数据处理的挑战	开发新的分析工具以充分利用成像空间转录组技术的潜力	人类癌细胞系和小鼠脑下丘脑视前区的数据集	数字病理	NA	MERFISH	NA	空间转录组数据	未明确提及样本数量，涉及人类癌细胞系和小鼠脑区域
1135	2025-06-19	Integrating scRNA-seq to explore offspring neurodevelopmental toxicity induced by Cyfluthrin exposure during pregnancy: A fate decision for NSCs 2025-Jul-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138205 PMID:40209410	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探索了孕期暴露于氟氯氰菊酯对子代神经发育的毒性机制	首次构建了孕期暴露于氟氯氰菊酯的子代大脑海马单细胞图谱，揭示了神经干细胞命运改变是导致发育毒性的主要原因	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究孕期氟氯氰菊酯暴露对子代神经发育的毒性作用机制	孕期暴露于氟氯氰菊酯的大鼠及其子代	神经毒理学	神经发育障碍	scRNA-seq	NA	基因表达数据	不同年龄段的子代大鼠
1136	2025-06-19	[Integrating single-cell analysis and epharmalib reverse virtual screening to predict novel vascular endothelial cell targets of dapagliflozin in treating diabetic cardiomyopathy] 2025-Jun-24, Zhonghua xin xue guan bing za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn112148-20250213-00102 PMID:40528600	研究论文	本研究通过整合单细胞分析和ePharmaLib反向虚拟筛选技术，预测达格列净在治疗糖尿病心肌病中的血管内皮细胞新靶点	结合单细胞RNA测序和反向虚拟筛选技术，首次系统性地探索了达格列净在糖尿病心肌病中对内皮细胞异质性的影响及其潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性需要进一步验证	探究糖尿病心肌病中内皮细胞异质性并鉴定达格列净在心脏血管内皮细胞中的潜在治疗靶点	糖尿病心肌病小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序、ePharmaLib反向虚拟筛选、微阵列芯片分析、Western blot、实时逆转录聚合酶链反应	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	野生型小鼠和db/db小鼠（糖尿病心肌病模型）的单细胞RNA测序数据，高脂饮食并接受达格列净治疗的小鼠心脏组织芯片数据，人脐静脉内皮细胞体外实验
1137	2025-06-19	Ginsenoside Compound K Mitigates Mitochondrial Fission Through Bile Acid Receptors/YAP Signaling to Counteract Podocyte Injury in Lupus Nephritis 2025-Jun-18, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8492 PMID:40528637	研究论文	本研究探讨了人参皂苷化合物K（CK）通过胆汁酸受体/YAP信号通路减轻线粒体分裂，从而对抗狼疮性肾炎中的足细胞损伤	揭示了CK通过调节胆汁酸受体-YAP轴来抑制线粒体过度分裂的新机制，为狼疮性肾炎提供了潜在的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	探究CK在狼疮性肾炎中保护足细胞的分子机制	MRL/lpr小鼠和体外培养的足细胞	分子生物学与肾脏病学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序、代谢组学分析、体外实验	NA	基因表达数据、代谢物数据	MRL/lpr小鼠（具体数量未明确说明）和体外培养的足细胞
1138	2025-06-19	Splenic CD169+Tim4+ Marginal Metallophilic Macrophages Are Essential for Wound Healing After Myocardial Infarction 2025-Jun-17, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.071772 PMID:40289811	研究论文	本研究揭示了脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞在心肌梗死后伤口愈合中的关键作用	首次证明脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞对心肌梗死后促消退和修复反应的必要性，并展示了其治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及循环单核细胞的观察	探究心肌梗死后伤口愈合的细胞机制	脾脏CD169+Tim4+边缘金属性巨噬细胞及其在心肌梗死后的功能	心血管疾病研究	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、谱系追踪、细胞追踪、脾切除术、联体共生、细胞过继转移	小鼠心肌梗死模型	流式细胞数据、单细胞RNA测序数据、功能表征数据	小鼠模型和人类ST段抬高型心肌梗死患者与稳定型冠心病对照组的血液样本
1139	2025-06-19	Single-cell and bulk transcriptome analysis identifies B-cell subpopulations and associated cancer subtypes with distinct clinical and molecular characteristics 2025-Jun-17, Cellular oncology (Dordrecht, Netherlands) DOI:10.1007/s13402-025-01082-5 PMID:40526246	研究论文	该研究通过单细胞和批量转录组分析，识别了B细胞亚群及其相关的癌症亚型，并揭示了这些亚群在临床和分子特征上的差异	整合了14个单细胞RNA测序数据集，识别了8个B细胞亚群，并构建了预测癌症预后和免疫治疗反应的模型	研究仅基于转录组数据，未涉及蛋白质水平或其他功能实验验证	研究B细胞亚群在泛癌中的临床和分子特征及其对癌症预后和免疫治疗反应的影响	B细胞亚群及其相关的癌症亚型	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组分析	预测模型	转录组数据	102,504个细胞来自424名患者，涵盖15种癌症类型
1140	2025-06-19	Identification of an immunomodulatory lncRNA signature associated with immune cell reprogramming in high-grade glioma 2025-Jun-17, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00919-3 PMID:40527978	研究论文	本研究通过分析两种小鼠模型中的长链非编码RNA（lncRNA），揭示了其在高级别胶质瘤免疫微环境中的调控作用	首次鉴定出与高级别胶质瘤免疫抑制和促炎微环境相关的lncRNA特征，并揭示了这些lncRNA在免疫细胞中的空间分布	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类患者中验证这些发现	探索lncRNA在高级别胶质瘤免疫微环境重塑中的作用	高级别胶质瘤及其免疫微环境	肿瘤免疫学	高级别胶质瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学	RCAS-PDGFb和RCAS-BRAF V600E小鼠模型	转录组数据	两种小鼠模型和GBM患者样本