单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 38102 篇文献，本页显示第 11361 - 11380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11361 | 2025-10-06 |
Protocol to recover single-cell gene expression profiles from spatial transcriptomics data using cluster computing
2025-Mar-21, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103636
PMID:39946238
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研究论文 | 提出一种从低分辨率空间转录组数据中恢复单细胞基因表达谱的计算协议 | 开发了scResolve协议，能够在集群计算环境中通过并行计算加速数据处理，从多细胞分辨率数据中恢复单细胞级表达谱 | NA | 解决空间转录组技术在单细胞分辨率分析上的限制 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组技术 |
| 11362 | 2025-10-06 |
Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets
2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.124.038465
PMID:40094187
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序数据探索人类脂肪组织中保守的周细胞亚群及其成脂分化潜力 | 首次在人类多种脂肪组织中鉴定出表达PPARG的周细胞亚群，并发现其具有独特的组织特异性基因表达特征 | 人类与小鼠脂肪细胞群体的差异可能限制动物模型研究的直接应用 | 分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群体并测试人类周细胞的成脂潜力 | 人类脂肪组织中的周细胞和脂肪祖细胞，包括血管周围、棕色和白色脂肪组织 | 单细胞生物学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色，体外分化实验 | NA | 单细胞RNA测序数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11363 | 2025-10-06 |
Exploring and mitigating shortcomings in single-cell differential expression analysis with a new statistical paradigm
2025-Mar-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03525-6
PMID:40098192
|
研究论文 | 提出GLIMES统计框架以解决单细胞差异表达分析中的关键挑战 | 开发了基于广义泊松/二项混合效应模型的新统计范式，直接利用UMI计数和零比例而非相对丰度 | 方法验证主要基于模拟数据和三个案例研究，需要更广泛的实验验证 | 改进单细胞转录组学中的差异表达分析方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义泊松/二项混合效应模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11364 | 2025-10-06 |
Heterozygous GAA knockout is nonconsequential on metabolism and the spatial liver transcriptome in high-fat diet-induced obese and prediabetic mice
2025-Mar, Physiological reports
IF:2.2Q3
DOI:10.14814/phy2.70276
PMID:40108792
|
研究论文 | 本研究探讨杂合GAA基因敲除对高脂饮食诱导肥胖小鼠肝脏代谢和空间转录组的影响 | 首次使用空间转录组学技术分析高脂饮食对门静脉周围和肝静脉周围肝细胞转录组的差异影响 | 研究仅使用小鼠模型，结果可能不直接适用于人类 | 评估GAA基因杂合敲除对肝脏代谢和代谢健康的影响 | 高脂饮食诱导的肥胖和糖尿病前期小鼠模型 | 空间转录组学 | 代谢疾病 | 空间转录组学分析 | 基因敲除小鼠模型 | 空间转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11365 | 2025-10-06 |
Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data
2025-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf023
PMID:40109353
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研究论文 | 提出了一种基于真实数据集信号扰动的实验构建方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 开发了基于真实数据集信号扰动的实验构建新方法，解决了单细胞RNA测序数据分析方法评估中缺乏真实基准数据集的挑战 | 未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性 | 评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | GOF（基于单变量分布的特征选择方法套件） | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11366 | 2025-10-06 |
Myelin-reactive CD8+ T cells influence conventional dendritic cell subsets towards a mature and regulatory phenotype in experimental autoimmune encephalomyelitis
2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03377-8
PMID:40022134
|
研究论文 | 本研究揭示了髓鞘反应性CD8+ T细胞通过调节传统树突状细胞亚群表型抑制实验性自身免疫性脑脊髓炎的机制 | 首次发现髓鞘反应性CD8+ T细胞可直接与cDC1相互作用并通过旁分泌机制调节CD11b cDC，诱导成熟调节性树突状细胞表型 | 研究主要基于小鼠EAE模型，人类多发性硬化症的适用性需要进一步验证 | 阐明髓鞘反应性CD8+ T细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的免疫调节机制 | 小鼠模型中的髓鞘反应性CD8+ T细胞和传统树突状细胞亚群(cDC1和CD11b cDC) | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序，过继性T细胞转移，体外共培养 | NA | 基因表达数据，细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11367 | 2025-10-06 |
Estimating the cis -heritability of gene expression using single cell expression profiles controls false positive rate of eGene detection
2025-Feb-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.24.639892
PMID:40060452
|
研究论文 | 开发了一种名为scGeneHE的新统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中准确估计基因表达的顺式遗传力 | 提出了首个能够直接使用单细胞表达谱而非伪批量数据来估计基因表达遗传力的方法，解决了传统方法导致的假阳性率膨胀问题 | 方法性能依赖于模拟参数设置，需要在实际应用中进一步验证 | 开发准确估计基因表达顺式遗传力的统计方法，控制eGene检测的假阳性率 | 基因表达性状和遗传调控 | 生物信息学 | 免疫介导疾病 | 单细胞RNA测序 | 泊松混合效应模型 | 单细胞基因表达数据 | 来自969个个体、11种免疫细胞类型、总计822,552个细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11368 | 2025-10-06 |
MAIT cells protect against sterile lung injury
2025-Feb-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115275
PMID:39918959
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术发现MAIT细胞在无菌性肺损伤中发挥保护作用 | 首次揭示MAIT细胞通过促进cDC1细胞积累来防御无菌性肺损伤的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限 | 探究MAIT细胞在无菌性肺损伤中的功能作用 | 小鼠肺组织MAIT细胞和特发性肺纤维化患者样本 | 免疫学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 光谱分析, 过继转移 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型和特发性肺纤维化患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11369 | 2025-10-06 |
Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy
2025-Feb-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57047-7
PMID:39987255
|
研究论文 | 开发了基于单细胞转录组学的细胞衰老分析算法SenePy，用于识别不同细胞类型和组织中的衰老细胞 | 创建了首个能够定义细胞类型特异性衰老特征的分析平台，优于体外研究获得的衰老特征 | NA | 开发识别细胞衰老的分析工具并研究其在衰老和疾病中的作用 | 小鼠和人类细胞 | 生物信息学 | 肿瘤发生、炎症、心肌梗死 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 72个小鼠样本和64个人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11370 | 2025-10-06 |
Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis
2025-Feb-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07589-9
PMID:39987372
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Hermansky-Pudlak综合征相关肺纤维化中炎症性成纤维细胞随年龄增长而出现的机制 | 首次在HPS小鼠模型中鉴定出年龄依赖性的SAA3炎症性肺成纤维细胞增加，并发现HPS1和HPS2亚型中不同的细胞相互作用机制 | 研究样本量有限，仅包含小鼠模型和三名HPS1患者 | 探究肺纤维化发生和发展的纵向细胞相互作用机制 | 年轻和年老HPS小鼠模型及HPS1患者的肺组织 | 单细胞基因组学 | 肺纤维化 | scRNA-seq, 共培养实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多亚型HPS小鼠模型和3名HPS1患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11371 | 2025-10-06 |
Single-Cell Omics for Transcriptome CHaracterization (SCOTCH): isoform-level characterization of gene expression through long-read single-cell RNA sequencing
2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.29.590597
PMID:38746128
|
研究论文 | 开发了一套名为SCOTCH的计算方法套件，用于长读长单细胞RNA测序数据的转录组表征 | 利用Oxford Nanopore R10流动池降低测序错误率的优势，无需传统短读长条形码空间构建方法，通过亚外显子识别策略和动态阈值实现精确的异构体比对和新异构体发现 | NA | 开发针对长读长单细胞RNA测序数据的计算方法，提升转录组复杂性分析能力 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 长读长单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore, PacBio, 10X Genomics, Parse Biosciences, Illumina | 单细胞RNA测序, 长读长测序 | Nanopore R9流动池, Nanopore R10流动池, PacBio测序平台 | 支持Nanopore和PacBio测序平台，兼容10X Genomics和Parse Biosciences单细胞文库制备方案 |
| 11372 | 2025-10-06 |
Single-cell spatial transcriptomics reveals distinct patterns of dysregulation in non-neuronal and neuronal cells induced by the Trem2R47H Alzheimer's risk gene mutation
2025-Feb, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-024-02651-0
PMID:39103533
|
研究论文 | 通过单细胞空间转录组学分析Trem2R47H阿尔茨海默病风险基因突变对非神经元和神经元细胞的差异性调控模式 | 首次使用MERFISH空间转录组技术系统揭示Trem2突变在不同脑区细胞类型中的特异性转录调控，发现独立于淀粉样蛋白病理的神经元BDNF信号通路改变 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证；样本数量相对有限（19个脑切片） | 探究Trem2R47H突变在阿尔茨海默病背景下对大脑不同细胞类型的转录调控影响 | 野生型、Trem2突变、5xFAD和Trem2;5xFAD基因型小鼠的皮层和皮层下脑区细胞 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | MERFISH空间转录组学 | 自定义分析流程 | 空间基因表达数据、神经病理学数据 | 19个小鼠脑切片 | NA | 空间转录组学 | MERFISH | MERFISH空间转录组技术 |
| 11373 | 2025-10-06 |
Deciphering the cell type-specific and zonal distribution of drug-metabolizing enzymes, transporters, and transcription factors in livers of mice using single-cell transcriptomics
2025-Feb, Drug metabolism and disposition: the biological fate of chemicals
DOI:10.1016/j.dmd.2024.100029
PMID:39919554
|
研究论文 | 利用单细胞转录组学解析小鼠肝脏中药物代谢酶、转运蛋白和转录因子的细胞类型特异性及区域分布 | 首次系统性地表征了药物处理基因在不同肝脏细胞类型和区域中的基线mRNA富集情况 | 基于已发表的单细胞和细胞核转录组数据集进行分析，未进行新的实验验证 | 解析小鼠肝脏中药物处理基因的细胞类型特异性和区域分布特征 | 小鼠肝脏细胞（包括肝细胞、胆管细胞、内皮细胞、库普弗细胞、星状细胞、肌成纤维细胞和免疫细胞） | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | Seurat V5 | 单细胞转录组数据, 细胞核转录组数据 | 已发表的单细胞和细胞核转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 11374 | 2025-10-06 |
Cell-specific transcriptional signatures of vascular cells in Alzheimer's disease: perspectives, pathways, and therapeutic directions
2025-Jan-29, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-025-00798-0
PMID:39876020
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综述 | 本文综述了阿尔茨海默病中脑血管细胞特异性转录特征及其治疗前景 | 整合单细胞转录组学研究揭示AD脑血管细胞特异性转录特征及细胞间通讯异常 | 基于已发表文献的综述，未包含新的实验数据 | 探讨阿尔茨海默病中脑血管细胞的转录特征及潜在治疗方向 | 人脑尸检组织中的脑血管细胞（内皮细胞、壁细胞等）及其亚型 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,神经影像数据,神经病理数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 11375 | 2025-10-06 |
Organ-specific microenvironments drive divergent T cell evolution in acute graft-versus-host disease
2025-Jan-29, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.ads1298
PMID:39879321
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研究论文 | 本研究通过非人灵长类动物模型探索急性移植物抗宿主病中组织特异性T细胞免疫反应的机制 | 首次在aGVHD模型中系统揭示不同器官微环境驱动T细胞转录程序分化的机制，证明这种分化与抗原特异性无关 | 研究基于非人灵长类动物模型，结果向人类临床转化的有效性需要进一步验证 | 探究组织特异性微环境在急性移植物抗宿主病中对T细胞编程的影响机制 | 非人灵长类动物急性移植物抗宿主病模型中的组织浸润T细胞 | 系统免疫学 | 移植物抗宿主病 | 多参数流式细胞术, 转录组分析, 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 流式细胞数据 | 非人灵长类动物aGVHD模型 | NA | 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | NA |
| 11376 | 2025-10-06 |
Transformer-based modeling of Clonal Selection and Expression Dynamics reveals resistance mechanisms in breast cancer
2025-Jan-10, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-024-00485-8
PMID:39794360
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研究论文 | 提出一种基于Transformer的深度学习模型TraCSED，用于分析乳腺癌中克隆选择和基因表达动态，揭示耐药机制 | 开发了首个基于Transformer的动态深度学习方法来建模克隆选择过程，能够识别与克隆选择相关的可解释基因程序及其时间动态 | 仅针对乳腺癌特定治疗药物进行研究，未验证在其他癌症类型或治疗方案的普适性 | 研究癌症细胞转录异质性及其对治疗反应的影响，识别耐药机制 | 乳腺癌细胞系，使用giredestrant（选择性ER拮抗剂和降解剂）或palbociclib（CDK4/6抑制剂）处理的细胞 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，克隆条形码技术 | Transformer | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11377 | 2025-10-06 |
CSI-GEP: A GPU-based unsupervised machine learning approach for recovering gene expression programs in atlas-scale single-cell RNA-seq data
2025-Jan-08, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2024.100739
PMID:39788105
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研究论文 | 开发了一种基于GPU的无监督机器学习方法CSI-GEP，用于从大规模单细胞RNA测序数据中恢复基因表达程序 | 提出首个基于GPU的无监督学习方法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中一致且可扩展地推断基因表达程序 | 未详细说明参数选择的具体方法，且仅在小鼠脑图谱和人类肿瘤数据集上验证 | 开发可扩展的无监督学习方法以更好地分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督机器学习 | 基因表达数据 | 220万个小鼠脑细胞及人类肿瘤和细胞系数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11378 | 2025-10-06 |
Hypoxia-inducible factor 2 regulates alveolar regeneration after repetitive injury in three-dimensional cellular and in vivo models
2025-Jan-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adk8623
PMID:39772774
|
研究论文 | 本研究通过三维细胞和体内模型揭示了缺氧诱导因子2在重复损伤后肺泡再生中的调控作用 | 首次发现HIF2信号通路在异常上皮细胞中的持续激活，并证明靶向抑制HIF2可促进功能性肺泡修复 | 研究主要基于动物模型和类器官，需要进一步验证在人类患者中的效果 | 探究特发性肺纤维化中异常上皮细胞出现和持续存在的机制 | IPF患者、小鼠模型、小鼠肺泡类器官、人远端肺类器官 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | IPF患者和小鼠模型的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11379 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression
2025-01-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170
PMID:39699274
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究多发性骨髓瘤患者轻链逃逸现象，揭示与骨溶解基因表达相关的肿瘤亚群 | 首次在单细胞水平追踪轻链逃逸现象，发现LAMP5过表达与骨溶解风险的新关联 | 研究基于单个患者的纵向样本，样本量有限 | 理解多发性骨髓瘤中轻链逃逸现象的分子机制和临床意义 | 多发性骨髓瘤患者骨髓活检样本 | 单细胞组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序，药物敏感性测试，拷贝数变异推断 | NA | 单细胞转录组数据，临床血清数据 | 1名患者在诊断时、首次复发和复发/难治时间点的系列骨髓活检样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11380 | 2025-10-06 |
Graph-Based 3-Dimensional Spatial Gene Neighborhood Networks of Single Cells in Gels and Tissues
2025, BME frontiers
IF:5.0Q1
DOI:10.34133/bmef.0110
PMID:40084126
|
研究论文 | 开发了3D空间基因邻域网络嵌入方法，用于识别亚细胞基因邻近关系和细胞间通讯中的关键亚细胞模式 | 结合3D成像空间转录组学和图深度学习，首次在三维空间中分析亚细胞基因邻近关系 | 三维空间数据复杂度增加，需要新的分析方法，未明确说明样本量大小 | 识别亚细胞基因邻近关系和细胞间通讯中的关键亚细胞模式 | 间充质干细胞、外周血单核细胞、小鼠下丘脑和皮层中的星形胶质细胞与神经元 | 空间转录组学 | NA | 3D成像空间转录组学、多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH) | 图自编码器 | 3D空间转录组数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学、3D成像 | NA | NA |