单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27703 篇文献，本页显示第 11341 - 11360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11341 | 2024-08-05 |
Tumour-associated myeloid cells expressing IL-10R2/IL-22R1 as a potential biomarker for diagnosis and recurrence of pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-Jun, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02676-w
PMID:38643339
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研究论文 | 本研究探讨了与胰腺导管腺癌（PDAC）相关的IL-10R2+/IL-22R1+髓系细胞作为早期预后生物标志物的潜力 | 发现IL-10R2+/IL-22R1+髓系细胞在PDAC及外周血中的存在，并且其与肿瘤进展有正相关，可能成为早期预后标志物 | 未明确讨论IL-10R2+/IL-22R1+细胞对其他类型肿瘤的普遍性应用 | 旨在评估IL-10R2+/IL-22R1+髓系细胞在胰腺导管腺癌中的作用及其作为生物标志物的潜力 | 重点研究IL-10R2+/IL-22R1+髓系细胞在PDAC患者血液中的表达及其功能 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 血液样本（细胞） | 涉及小鼠模型及人类髓系细胞培养的样本，具体样本大小未明确 |
| 11342 | 2024-08-05 |
Single-cell 3D genome structure reveals distinct human pluripotent states
2024-05-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03268-w
PMID:38741214
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研究论文 | 研究揭示了人类多能性胚胎干细胞的三维基因组结构与其多能状态之间的关系 | 首次通过单细胞高分辨率3D基因组结构分析展示了不同多能状态的特征性基因组重塑 | 未深入探讨多能性状态的调控机制和其他潜在的外部影响因素 | 探讨多能性胚胎干细胞的转录特征及其与基因组结构的关系 | 人类多能性胚胎干细胞(hESCs)在不同多能性状态下的特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，三维基因组结构分析 | NA | 基因组数据 | NA |
| 11343 | 2024-08-04 |
Single Cell Atlas: a single-cell multi-omics human cell encyclopedia
2024-04-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03246-2
PMID:38641842
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研究论文 | 构建了一个包含人类组织的单细胞多组学地图 | 首次整合五种单细胞组学、空间转录组学和两种体积组学的数据，形成全面的单细胞多组学图谱 | 未提及特定的局限性 | 旨在深入探索健康成人和胎儿组织中的异质细胞群体 | 涉及125个健康成人和胎儿组织的细胞样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 组学数据 | 125个健康成人和胎儿组织 |
| 11344 | 2024-08-04 |
spVC for the detection and interpretation of spatial gene expression variation
2024-04-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03245-3
PMID:38641849
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研究论文 | 提出了一种基于广义泊松模型的统计方法spVC，用于检测和解释空间基因表达的变异性 | spVC集成了常量和空间变化的协变量效应，克服了现有方法的局限性 | 当前研究未提及样本多样性或样本大小的限制 | 旨在提高对空间基因表达变异性理解的深度和准确性 | 研究针对空间基因表达变异性 | 数字病理学 | NA | 转录组学 | 广义泊松模型 | NA | NA |
| 11345 | 2024-08-04 |
Powerful and accurate detection of temporal gene expression patterns from multi-sample multi-stage single-cell transcriptomics data with TDEseq
2024-04-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03237-3
PMID:38622747
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研究论文 | 本研究提出了一种名为TDEseq的非参数统计方法，旨在从单细胞转录组数据中检测时间基因表达模式 | TDEseq利用平滑样条基函数和分层结构线性加性混合模型，增强了对时间点相关性的处理能力 | NA | 提高在单细胞转录组研究中识别时间基因表达模式的准确性和能力 | 特定细胞类型中的时间表达模式 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | 分层结构线性加性混合模型 | 转录组数据 | 分析了四个已发布的scRNA-seq数据集 |
| 11346 | 2024-08-05 |
Demuxafy: improvement in droplet assignment by integrating multiple single-cell demultiplexing and doublet detection methods
2024-04-15, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03224-8
PMID:38622708
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研究论文 | 本研究开发了Demuxafy框架，通过整合多种单细胞去重和双细胞检测方法，提升了单细胞RNA测序中的供体分配和双细胞去除的准确性 | Demuxafy框架通过多个去重和双细胞检测方法的共识交集，显著提高了液滴分配的准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序中液滴分配和双细胞去除的准确性 | 液滴，单细胞RNA测序样本 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 液滴 | NA |
| 11347 | 2024-08-05 |
Merit of integrating in situ transcriptomics and anatomical information for cell annotation and lineage construction in single-cell analyses of Populus
2024-04-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03227-5
PMID:38570851
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研究论文 | 本文强调结合原位转录组学和解剖信息以构建波普勒斯（Populus）单细胞分析中的细胞注释和谱系构建模型的必要性 | 提出了采用原位转录组和解剖信息来改进细胞类型注释和谱系构建的方法 | NA | 研究波普勒斯的单细胞RNA测序中的细胞类型注释和谱系构建 | 四个关于分化木质部分的单细胞RNA测序研究 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA转录组 | NA |
| 11348 | 2024-08-05 |
Advances in the role of circulating tumor cell heterogeneity in metastatic small cell lung cancer
2024-Apr, Cancer innovation
DOI:10.1002/cai2.98
PMID:38946931
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研究论文 | 本文深入探讨了小细胞肺癌中循环肿瘤细胞的异质性及其在诊断和预后中的价值 | 讨论了旋转肿瘤细胞的表型分析如何预测转移性肿瘤的新潜在靶标的诊断意义 | 当前小细胞肺癌的治疗方式变化有限，免疫检查点抑制剂对大多数患者的疗效低 | 研究循环肿瘤细胞在小细胞肺癌转移中的作用及其对患者预后的影响 | 循环肿瘤细胞在小细胞肺癌患者中的异质性 | 数字病理学 | 小细胞肺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 11349 | 2024-08-04 |
scGIST: gene panel design for spatial transcriptomics with prioritized gene sets
2024-02-26, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03185-y
PMID:38408997
|
研究论文 | 本文提出了一个名为scGIST的工具，用于设计优先考虑特定基因的单细胞空间转录组面板 | scGIST是一个受限特征选择工具，能够在不影响细胞类型检测精度的情况下设计面板 | 该工具面板大小受限于基因数，且依赖于荧光原位杂交技术 | 研究旨在改善单细胞空间转录组技术中的基因面板设计 | 研究对象包括不同细胞类型的标记基因及其他感兴趣基因 | 数字病理学 | NA | 荧光原位杂交 | NA | NA | NA |
| 11350 | 2024-08-05 |
deMULTIplex2: robust sample demultiplexing for scRNA-seq
2024-01-30, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03177-y
PMID:38291503
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研究论文 | 提出了一种名为deMULTIplex2的算法，用于在单细胞RNA测序中进行稳健的样本去混合 | deMULTIplex2通过机械模型启发的算法设计，解决了现有工具在条形码交叉污染下表现不佳的问题 | 对某些极端或特殊情况下的条形码交叉污染处理能力尚未得到充分验证 | 旨在提高单细胞RNA测序中的样本去混合能力，以提升通量和减少批次效应 | 针对单细胞RNA测序中的样本识别和去混合问题进行研究 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | 广义线性模型 | 数据集 | 大型或嘈杂数据集的样本组成不平衡 |
| 11351 | 2024-08-04 |
Mosaic loss of Y chromosome is associated with aging and epithelial injury in chronic kidney disease
2024-01-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03173-2
PMID:38287344
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研究论文 | 本文探讨了Y染色体马赛克缺失与老龄化和慢性肾脏病之间的关系 | 使用单细胞RNA和ATAC测序技术揭示了肾脏中LOY的存在及其与年龄和慢性肾脏病增长的关联 | 没有详细讨论LOY在其他组织或疾病中的潜在应用 | 研究LOY作为DNA损伤和细胞衰老的指标 | 研究慢性肾脏病患者的肾脏细胞中LOY的情况 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA和ATAC测序 | NA | RNA-seq | NA |
| 11352 | 2024-08-05 |
DeepVelo: deep learning extends RNA velocity to multi-lineage systems with cell-specific kinetics
2024-01-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03148-9
PMID:38243313
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研究论文 | DeepVelo利用图卷积网络克服了现有RNA速度估计方法的局限性，适用于具有时间依赖动力学和多谱系的细胞群体 | 该研究通过一般化RNA速度，将其扩展到具有细胞特异性动力学的多谱系系统，推导出时间变化的转录、剪接和降解速率 | 现有方法依赖于预定义的动力学和细胞无关的常量转录动力学速率 | 研究复杂和异质性单细胞RNA测序数据中的细胞分化和谱系决策事件 | 多谱系细胞群体和相关的转录、剪接、降解过程 | 数字病理学 | NA | 图卷积网络 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 11353 | 2024-08-05 |
Combination of bulk RNA sequencing and scRNA sequencing uncover the molecular characteristics of MAPK signaling in kidney renal clear cell carcinoma
2024-01-12, Aging
DOI:10.18632/aging.205436
PMID:38217548
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研究论文 | 本研究结合了整体RNA测序和单细胞RNA测序，揭示了肾透明细胞癌中MAPK信号通路的分子特征 | 首次整合整体RNA测序和单细胞RNA测序来阐明肾透明细胞癌中MAPK信号通路的分子特征 | 研究主要集中在特定的KIRC样本，可能对其他类型癌症的适用性有限 | 全面探讨MAPK信号通路在肾透明细胞癌中的作用 | KIRC患者及其组织样本 | 数字病理学 | 肾癌 | RNA测序 | LASSO和COX回归分析 | 基因组和转录组数据 | 使用了TCGA的多组学数据和KIRC样本 |
| 11354 | 2024-08-05 |
An endoplasmic reticulum stress-related signature featuring ASNS for predicting prognosis and immune landscape in prostate cancer
2024-01-10, Aging
DOI:10.18632/aging.205280
PMID:38206293
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研究论文 | 本研究开发了一种基于内质网应激的风险特征，以预测前列腺癌患者的预后和免疫环境 | 基于内质网应激的风险评分（ERscore）可以独立预测前列腺癌患者的预后，并揭示了与ERscore相关的生物机制 | 本研究可能受到样本量和外部验证数据集的限制 | 研究开发一种新的临床治疗策略，以提高前列腺癌患者的预后 | 前列腺癌患者以及相关的基因和生物标志物 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机生存森林分析和多变量Cox分析 | 基因表达数据 | 包括MSKCC队列和GSE70769数据库中的样本 |
| 11355 | 2024-08-05 |
New perspectives on the potential of tetrandrine in the treatment of non-small cell lung cancer: bioinformatics, Mendelian randomization study and experimental investigation
2024-01-04, Aging
DOI:10.18632/aging.205384
PMID:38180753
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研究论文 | 本研究探讨了红豆杉碱在非小细胞肺癌治疗中的潜在作用和因果关系 | 研究通过转录组和单细胞测序数据结合SMR及实验验证，提供了红豆杉碱治疗非小细胞肺癌的新视角 | 该研究可能受到数据集和实验样本的限制，尚需进一步验证 | 研究红豆杉碱与非小细胞肺癌的关系，以期改进治疗策略 | 红豆杉碱及其在非小细胞肺癌中的作用 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 转录组测序、单细胞测序、SMR | NA | 基因组数据 | 213个药物目标和529个疾病基因 |
| 11356 | 2024-08-05 |
Tumor-associated macrophages and PD-L1 in prostate cancer: a possible key to unlocking immunotherapy efficacy
2024-01-04, Aging
DOI:10.18632/aging.205378
PMID:38189834
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与前列腺癌中的PD-L1之间的关系 | 研究首次揭示了在前列腺癌微环境中CD163+ TAMs与PD-L1表达的密切关联 | 研究可能受到样本量和单一地区案例的限制 | 研究旨在评估TAMs与PD-L1在前列腺癌免疫治疗中的作用 | 研究对象为95个前列腺癌组织样本及两个公开的前列腺癌数据集 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 生物信息学和实验技术，包括基因集合富集分析、CIBERSORTx、组织微阵列和免疫组化染色 | NA | 组织样本 | 95个前列腺癌组织样本和两个公开数据集 |
| 11357 | 2024-08-05 |
Identification and experimental validation of cuproptosis regulatory program in a sepsis immune microenvironment through a combination of single-cell and bulk RNA sequencing
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1336839
PMID:38947313
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研究论文 | 本文建立了一个基于铜致死的风险模型，以诊断和预测脓毒症的风险。 | 创新点在于确定了与铜致死相关的基因，并开发了一个有效的风险模型。 | 模型的外部验证有限，可能影响其泛化能力。 | 研究旨在建立一个模型以预测脓毒症患者的预后。 | 研究对象为脓毒症患者及其相关的铜致死基因。 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序和大规模RNA测序 | LASSO和Cox回归模型 | RNA序列数据 | 使用了多个外部队列进行验证，具体样本量未指定 |
| 11358 | 2024-08-05 |
Causal relationship between immune cells and hepatocellular carcinoma: a Mendelian randomisation study
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.96744
PMID:38947379
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研究论文 | 本研究探讨了731种免疫细胞表型与肝细胞癌（HCC）之间的因果关系 | 通过孟德尔随机ization和单细胞测序技术揭示了免疫细胞表型与HCC的潜在因果关联 | 研究依赖于公开的遗传数据集，可能存在选择偏差和混杂因素 | 揭示免疫细胞表型与肝细胞癌之间的因果关系，以发现有效的药物靶点 | 731种免疫细胞表型及其与HCC的关联 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 孟德尔随机化，单细胞测序 | NA | 遗传数据，单细胞数据 | 利用公开遗传数据集进行的两样本孟德尔随机化分析 |
| 11359 | 2024-08-05 |
Elevated RACGAP1 Expression Enhances Malignant Potential in Lung Adenocarcinoma and Serves as a Prognostic Factor
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.96334
PMID:38947404
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研究论文 | 本研究分析了RACGAP1在肺腺癌中的作用及其作为预后因子的潜力 | 通过综合分析和单细胞测序数据，揭示了RACGAP1在肺腺癌的肿瘤相关过程中的作用，并建立了有效的预后模型 | 研究未涉及RACGAP1在其他肿瘤类型中的作用及机制 | 探讨RACGAP1在肺腺癌中的表达及其对预后的影响 | 肺腺癌患者及其肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | Cox回归模型，LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 来自TCGA数据库的肺腺癌患者数据和实验验证样本 |
| 11360 | 2024-08-05 |
Metabolic Heterogeneity of Tumor Cells and its Impact on Colon Cancer Metastasis: Insights from Single-Cell and Bulk Transcriptome Analyses
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.94630
PMID:38947396
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研究论文 | 本研究通过单细胞和大规模转录组分析探索结直肠癌中的代谢异质性，其对转移的影响 | 首次整合单细胞与大规模转录组分析揭示了结直肠癌内的代谢景观及其影响疾病进展的机制 | 尚未详尽探讨某些代谢基因在转移中的作用 | 研究代谢重编程如何影响结直肠癌细胞的异质性及其转移 | 结直肠癌细胞的代谢异质性及其相关基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，微阵列分析 | 随机森林模型 | 转录组数据 | 使用GEO和TCGA中的微阵列与单细胞RNA测序数据 |