单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 11321 - 11340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11321 | 2025-02-04 |
Effective multi-modal clustering method via skip aggregation network for parallel scRNA-seq and scATAC-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae102
PMID:38493338
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研究论文 | 本文提出了一种有效的多模态聚类方法scEMC，用于并行处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据 | 提出了一种跳跃聚合网络，同时学习细胞间的全局结构信息并整合来自不同模态的数据，通过跳跃连接将scRNA数据与聚合表示连接，以保护整合细胞表示的质量，并引入基于零膨胀负二项式的去噪自编码器以适应包含合成噪声的损坏数据 | 未明确提及具体限制 | 探索细胞亚群和肿瘤微环境 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据 | 生物信息学 | 肿瘤 | scRNA-seq, scATAC-seq | 跳跃聚合网络, 零膨胀负二项式去噪自编码器 | 单细胞测序数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 11322 | 2025-02-04 |
scGIR: deciphering cellular heterogeneity via gene ranking in single-cell weighted gene correlation networks
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae091
PMID:38487851
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGIR的新算法，用于通过单细胞基因相关网络评估基因重要性，以解决单细胞RNA测序中的技术噪声问题 | 提出了一种新的算法scGIR，利用加权基因相关网络和随机游走模型来评估基因重要性，有效克服了单细胞RNA测序中的技术噪声 | 未提及具体局限性 | 解决单细胞RNA测序中的技术噪声问题，提高细胞类型识别和发育轨迹推断的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机游走模型，PageRank算法 | 基因表达数据 | 九个真实的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 11323 | 2025-02-04 |
scDOT: enhancing single-cell RNA-Seq data annotation and uncovering novel cell types through multi-reference integration
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae072
PMID:38436563
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDOT的创新细胞类型注释方法，通过整合多个参考数据集和发现新细胞类型来增强单细胞RNA-Seq数据的注释 | scDOT引入了基于距离度量学习和最优传输的新优化框架，并开发了一个可解释的评分系统，用于精确识别数据中以前未见过的细胞类型 | NA | 解决单细胞RNA-Seq数据中细胞类型注释的挑战，特别是在处理多个参考数据集和识别新细胞类型时 | 单细胞RNA-Seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-Seq | 距离度量学习和最优传输 | 单细胞RNA-Seq数据 | 使用了两组包含不同组织、测序技术和多样细胞类型的基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 11324 | 2025-02-04 |
Self-supervised deep learning of gene-gene interactions for improved gene expression recovery
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae031
PMID:38349062
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研究论文 | 本文提出了一种自监督深度学习框架，通过利用基因间的相互作用来提高基因表达恢复的准确性 | 创新点在于将基因重新定位到二维网格中，以反映其相互作用关系，并采用自监督2D卷积神经网络提取这些相互作用的上下文特征，从而填补缺失的基因表达值 | 需要进一步验证在更广泛的实验数据集上的性能 | 提高单细胞RNA测序数据中基因表达恢复的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 2D卷积神经网络（CNN） | 基因表达数据 | 模拟和实验scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 11325 | 2025-02-04 |
scAMAC: self-supervised clustering of scRNA-seq data based on adaptive multi-scale autoencoder
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae068
PMID:38426327
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研究论文 | 本文提出了一种基于自适应多尺度自编码器的自监督聚类方法scAMAC，用于单细胞RNA测序数据的分析 | scAMAC利用多尺度注意力机制融合自编码器各层的特征信息，探索同一尺度内的细胞相关性并捕捉不同尺度的深层特征，同时采用自适应反馈机制监督参数更新，获得更有效的细胞特征表示 | NA | 开发一种新的自监督聚类方法，用于单细胞RNA测序数据的分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自适应多尺度自编码器 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11326 | 2025-02-04 |
scHybridBERT: integrating gene regulation and cell graph for spatiotemporal dynamics in single-cell clustering
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae018
PMID:38517692
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scHybridBERT的新架构，用于通过整合时空嵌入和细胞图来提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性 | scHybridBERT架构结合了图学习模型和Performer模型，以处理细胞图和时空嵌入，从而在单细胞聚类任务中提高了准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | scHybridBERT, 图学习模型, Performer模型 | 基因计数矩阵 | 基准scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 11327 | 2025-02-04 |
Post-ischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis
2023-Oct-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.03.560700
PMID:37873349
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研究论文 | 本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）的作用及其对肾脏修复的影响 | 发现了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的联合失活促进不良肾脏修复的机制，并提出了通过抑制MCT4来恢复适应性肾脏修复的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型，人类肾脏样本的研究仍需进一步验证 | 探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞中PHD酶的作用及其对肾脏修复的影响 | 小鼠和人类肾脏内皮细胞 | 生物医学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型和人类肾脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 11328 | 2025-10-07 |
Periductal fibroblasts participate in liver homeostasis, fibrosis, and tumorigenesis
2025-Apr-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232123
PMID:39888328
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定肝纤维细胞亚群及其在肝脏稳态、纤维化和肿瘤发生中的作用 | 首次使用Cd34-CreER和Dpt-CreER正交组合系统解析不同位置肝纤维细胞的命运轨迹 | 未明确说明样本数量和技术重复次数 | 探究肝纤维细胞在肝脏生理和病理过程中的功能差异 | 小鼠肝纤维细胞亚群（导管周围、门静脉周围、中央静脉周围） | 单细胞生物学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序，遗传谱系追踪 | Cre-loxP遗传模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11329 | 2025-10-07 |
Histone methyltransferase KMT2A promotes pulmonary fibrogenesis via targeting pro-fibrotic factor PU.1 in fibroblasts
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70217
PMID:39888275
|
研究论文 | 本研究揭示组蛋白甲基转移酶KMT2A通过调控转录因子PU.1促进肺纤维化的分子机制 | 首次发现KMT2A通过催化PU.1基因启动子区H3K4me3修饰调控肺成纤维细胞中PU.1表达 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，缺乏人类临床试验验证 | 探究KMT2A在特发性肺纤维化发病机制中的作用 | 特发性肺纤维化患者组织、博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型、原代纤维化成纤维细胞 | 表观遗传学 | 特发性肺纤维化 | 微阵列分析、单细胞测序、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据、组织样本 | IPF患者肺组织、博来霉素诱导小鼠肺组织、原代成纤维细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 11330 | 2025-10-07 |
Transcriptome size matters for single-cell RNA-seq normalization and bulk deconvolution
2025-Feb-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56623-1
PMID:39893178
|
研究论文 | 提出ReDeconv算法，将转录组大小纳入单细胞RNA测序数据标准化和批量RNA测序细胞反卷积分析 | 引入基于线性化转录组大小的计数(CLTS)标准化方法，首次系统性地将转录组大小变异纳入分析流程 | NA | 改进单细胞RNA测序数据标准化和批量RNA测序细胞反卷积的准确性 | 单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | 计算算法 | 基因表达数据 | 合成数据集和真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，批量RNA-seq | NA | NA |
| 11331 | 2025-10-07 |
Vaccine-induced T cell receptor T cell therapy targeting a glioblastoma stemness antigen
2025-Feb-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56547-w
PMID:39893177
|
研究论文 | 本研究开发了一种靶向胶质母细胞瘤干细胞抗原PTPRZ1的疫苗诱导T细胞受体工程化T细胞疗法 | 首次从疫苗接种的胶质母细胞瘤患者中鉴定出HLA-A*02限制性PTPRZ1反应性TCR，并证明其特异性杀伤胶质母细胞瘤干细胞和星形胶质样细胞 | 研究主要基于临床前动物模型，尚未进行人体临床试验验证 | 开发针对胶质母细胞瘤的TCR-T细胞免疫疗法 | 胶质母细胞瘤患者来源的T细胞受体和胶质母细胞瘤细胞系 | 免疫治疗 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序，T细胞受体工程，细胞毒性试验 | NA | 单细胞测序数据，体外和体内功能验证数据 | 原代脑肿瘤样本和胶质母细胞瘤细胞系 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 11332 | 2025-10-07 |
Spatial integration of multi-omics single-cell data with SIMO
2025-Feb-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56523-4
PMID:39893194
|
研究论文 | 开发了一种名为SIMO的计算方法，用于通过概率对齐实现多组学数据集的空间整合 | 不仅整合空间转录组学与单细胞RNA-seq，还能整合染色质可及性和DNA甲基化等多种单细胞模态数据，这是之前未在空间尺度上共同分析过的 | NA | 解决空间和单细胞组学测序中的技术限制，在空间尺度上捕获和描述多模态信息 | 多组学单细胞数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq，染色质可及性分析，DNA甲基化分析 | 概率对齐模型 | 多组学单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq，单细胞ATAC-seq，单细胞多组学 | NA | NA |
| 11333 | 2025-10-07 |
Oocyte transcriptomes and follicular fluid proteomics of ovine atretic follicles reveal the underlying mechanisms of oocyte degeneration
2025-Feb-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11291-9
PMID:39893388
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析揭示了绵羊闭锁卵泡中卵母细胞退化的分子机制 | 首次系统揭示了卵母细胞铁死亡在卵泡闭锁中的作用机制，并鉴定了与卵泡闭锁相关的关键生物标志物 | 研究仅针对绵羊模型，结果在其他物种中的普适性需要进一步验证 | 探究卵泡闭锁过程中卵母细胞退化的分子机制 | 绵羊闭锁卵泡中的卵母细胞和卵泡液 | 生物信息学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,串联质谱标签蛋白质组学 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据 | 不同发育阶段的卵泡样本 | NA | 单细胞RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
| 11334 | 2025-10-07 |
MetaQ: fast, scalable and accurate metacell inference via single-cell quantization
2025-Jan-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56424-6
PMID:39885131
|
研究论文 | 提出MetaQ算法，通过单细胞量化实现快速、可扩展且准确的元细胞推断 | 将元细胞概念化为生物学相似细胞的集体祖先，通过离散码本量化细胞，将计算复杂度从指数级降低到线性级 | NA | 克服大规模单细胞测序数据分析的计算障碍 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 量化算法 | 单细胞测序数据 | 数百万细胞规模的数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11335 | 2025-10-07 |
Role of hepatocyte RIPK1 in maintaining liver homeostasis during metabolic challenges
2025-Jan-31, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.96798
PMID:39886919
|
研究论文 | 本研究揭示了肝细胞中RIPK1在代谢挑战期间维持肝脏稳态的关键作用 | 首次发现肝细胞特异性RIPK1缺失会增强短期禁食诱导的肝损伤和炎症反应 | 研究主要基于小鼠模型，人类相关性需要进一步验证 | 探究RIPK1在代谢应激下维持肝脏稳态的分子机制 | 肝细胞特异性RIPK1缺陷小鼠（雄性和雌性） | 分子生物学 | 肝病 | 单细胞RNA测序，转录组分析 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据，单细胞测序数据 | 肝细胞特异性RIPK1缺陷小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11336 | 2025-10-07 |
Combining Single-Cell RNA Sequencing and Mendelian Randomization to Explore Novel Drug Targets for Parkinson's Disease
2025-Jan-31, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-025-04700-3
PMID:39890696
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法探索帕金森病的新型药物靶点 | 首次将单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法结合，系统分析细胞毒性CD4+T细胞在帕金森病中的作用并鉴定新的药物靶点 | 研究结果需要进一步的功能验证和临床试验确认 | 探索帕金森病的致病机制和潜在药物靶点 | 帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞 | 生物信息学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 伪时间序列分析, 细胞间通讯分析, 代谢通路分析, GO和KEGG富集分析 | 孟德尔随机化模型, 贝叶斯共定位分析 | 单细胞RNA测序数据, 全基因组关联研究数据, 批量转录组测序数据 | 帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量转录组测序 | NA | NA |
| 11337 | 2025-10-07 |
Assessment of XCI skewing and demonstration of XCI escape region based on single-cell RNA sequencing: comparison between female Grave's disease and control
2025-Jan-31, BMC molecular and cell biology
IF:2.4Q4
DOI:10.1186/s12860-025-00533-z
PMID:39891056
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序评估X染色体失活偏斜并鉴定XCI逃逸区域，比较女性Graves病与对照组的差异 | 首次在单细胞水平比较自身免疫性疾病（Graves病）与正常女性的X染色体失活偏斜模式和逃逸基因 | 样本量较小（仅1例患者和1例对照），需要更大规模研究验证 | 探究X染色体失活偏斜和逃逸在自身免疫性疾病性别差异中的作用机制 | 女性Graves病患者和正常女性对照 | 单细胞基因组学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 2例（1例Graves病患者，1例正常对照） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11338 | 2025-10-07 |
Flexible analysis of spatial transcriptomics data (FAST): a deconvolution approach
2025-Jan-31, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06054-y
PMID:39891065
|
研究论文 | 提出了一种基于正则化非负矩阵分解的空间转录组学去卷积方法FAST | 开发了无需参考数据的灵活去卷积方法，能够整合基因表达数据、空间信息和组织学信息 | NA | 开发高分辨率空间转录组学数据的去卷积分析方法 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 正则化非负矩阵分解(NMF) | 基因表达数据、空间数据、组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11339 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis reveals that neutrophil extracellular traps related gene TIMP1 promotes CRC progression and influences ferroptosis
2025-Jan-31, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03643-y
PMID:39891145
|
研究论文 | 通过多组学分析发现中性粒细胞胞外诱捕网相关基因TIMP1促进结直肠癌进展并影响铁死亡 | 首次将中性粒细胞胞外诱捕网相关基因TIMP1与结直肠癌进展及铁死亡联系起来，并通过机器学习筛选出关键基因 | 未明确说明样本量大小，研究主要基于生物信息学分析和体外实验验证 | 探索中性粒细胞胞外诱捕网在结直肠癌中的新标志物以辅助治疗 | 结直肠癌细胞和中性粒细胞胞外诱捕网相关基因 | 生物信息学 | 结直肠癌 | RNA转录组测序，单细胞转录组分析，机器学习，Western blot，Transwell，细胞划痕实验，细胞克隆形成实验 | 机器学习模型 | 转录组数据，单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 11340 | 2025-10-07 |
Exploratory analysis of a Novel RACK1 mutation and its potential role in epileptic seizures via Microglia activation
2025-Jan-31, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03350-5
PMID:39891152
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序和全外显子测序技术，发现RACK1基因新突变RACK1-p.L206P通过激活小胶质细胞影响神经元兴奋性，导致癫痫发作 | 首次发现RACK1-p.L206P突变通过增强小胶质细胞功能影响神经元兴奋性和突触功能，揭示了癫痫发病的新分子机制 | NA | 探索RACK1基因突变在癫痫发病机制中的作用 | 人类小胶质细胞、小鼠模型、海马神经元 | 神经科学 | 癫痫 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq)、全外显子测序(WES)、CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 基因测序数据、电生理数据、免疫组织化学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子测序 | NA | NA |