单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 11301 - 11320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11301 | 2025-10-07 |
Identification of spatial homogeneous regions in tissues with concordex
2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.28.546949
PMID:39071320
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研究论文 | 提出了一种基于空间转录组数据识别组织中空间同质区域的方法 | 开发了名为concordex的新工具，通过分析k近邻图来识别空间同质区域 | NA | 识别组织中细胞类型组成同质的空间区域 | 组织样本中的空间同质区域 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | k近邻图 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11302 | 2025-10-07 |
Characteristics of splenic PD-1+ γδT cells in Plasmodium yoelii nigeriensis infection
2024-06, Immunologic research
IF:3.3Q3
DOI:10.1007/s12026-023-09441-w
PMID:38265549
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研究论文 | 本研究探讨了约氏疟原虫感染小鼠脾脏中表达PD-1的γδT细胞的表型和功能特征及其分子机制 | 首次揭示了RORα通过调控NF-κB信号通路在PD-1+ γδT细胞功能调节中的作用机制 | 研究仅限于小鼠模型，需要进一步在人体中验证 | 探究PD-1在γδT细胞功能调节中的作用机制 | 约氏疟原虫感染的C57BL/6小鼠脾脏γδT细胞 | 免疫学 | 疟疾 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 感染约氏疟原虫的小鼠脾脏细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11303 | 2025-10-07 |
Transcript-specific enrichment enables profiling rare cell states via scRNA-seq
2024-Mar-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.27.587039
PMID:38586040
|
研究论文 | 开发了一种名为PERFF-seq的可扩展方法，通过RNA流式荧光原位杂交技术实现基于特定RNA转录本的稀有细胞亚群富集和单细胞RNA测序分析 | 提出了基于RNA转录本的细胞富集方法，克服了传统流式分选依赖细胞表面蛋白标记和高质量抗体的限制，特别适用于需要分离细胞核的组织样本 | 方法在新鲜冷冻和FFPE脑组织样本中验证，但在其他组织类型中的应用效果需要进一步验证 | 开发能够富集表达特定标记转录本的稀有细胞群并进行单细胞RNA测序分析的技术 | 免疫细胞群体和脑组织样本中的细胞核 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序, RNA流式荧光原位杂交 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 141,227个免疫细胞和29,522个脑组织细胞核 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11304 | 2024-08-07 |
Correction to: Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae155
PMID:38581651
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11305 | 2025-10-07 |
scEVOLVE: cell-type incremental annotation without forgetting for single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae039
PMID:38366803
|
研究论文 | 提出一种用于单细胞RNA测序数据的细胞类型增量标注方法scEVOLVE，解决持续学习新细胞类型时的灾难性遗忘问题 | 首次提出细胞类型增量标注概念，结合对比样本回放和分区置信度最大化原则，引入细胞类型解相关策略 | NA | 开发能够持续学习新细胞类型的单细胞标注系统 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11306 | 2025-10-07 |
Adjustment of scRNA-seq data to improve cell-type decomposition of spatial transcriptomics
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae063
PMID:38426323
|
研究论文 | 开发基于实例的迁移学习框架调整scRNA-seq数据以改善空间转录组数据的细胞类型分解 | 首次提出通过迁移学习调整scRNA-seq数据以匹配空间转录组数据的基因表达分布 | 未明确说明方法对特定组织类型或技术平台的适用性限制 | 改善空间转录组数据的细胞类型分解准确性 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序 | 迁移学习框架 | 基因表达数据 | 模拟数据集和真实数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 11307 | 2025-10-07 |
Species-agnostic transfer learning for cross-species transcriptomics data integration without gene orthology
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae004
PMID:38305455
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研究论文 | 提出一种不依赖基因同源性的跨物种转录组数据整合方法 | 开发了物种无关的迁移学习方法，无需基因同源性信息即可实现跨物种知识迁移 | NA | 解决跨物种生物医学研究中的数据整合和知识迁移问题 | 小鼠、斑马鱼等模式生物与人类的转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 跨域结构保持投影，异质域自适应 | 单细胞转录组数据 | 四个不同的单细胞测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 11308 | 2025-10-07 |
BiGATAE: a bipartite graph attention auto-encoder enhancing spatial domain identification from single-slice to multi-slices
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae045
PMID:38385877
|
研究论文 | 提出了一种名为BiGATAE的双部图注意力自编码器，用于增强从单切片到多切片的空间域识别 | 利用相邻组织切片的基因表达信息，通过构建双部图和图注意力网络实现多切片信息整合，扩展了现有单切片分析方法的适用范围 | NA | 开发能够整合多切片信息的空间转录组学分析方法 | 空间转录组学数据中的空间域识别 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学技术 | 图注意力网络，自编码器 | 基因表达数据，空间位置数据 | 三个不同数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11309 | 2025-10-07 |
Continually adapting pre-trained language model to universal annotation of single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae047
PMID:38388681
|
研究论文 | 提出了一种名为CANAL的通用细胞类型注释工具，通过持续微调预训练语言模型来适应不断出现的单细胞RNA测序数据 | 结合持续学习与预训练语言模型，通过经验回放和表示知识蒸馏解决灾难性遗忘问题，能够持续扩展细胞类型注释库并自动识别新细胞类型 | NA | 开发能够持续适应新数据的单细胞RNA测序细胞类型注释方法 | 单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer, 预训练语言模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11310 | 2025-10-07 |
scMMT: a multi-use deep learning approach for cell annotation, protein prediction and embedding in single-cell RNA-seq data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad523
PMID:38300515
|
研究论文 | 开发了一种名为scMMT的多用途深度学习方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞注释、蛋白质预测和嵌入表示 | 提出新颖的特征提取技术，构建基于GradNorm的多任务学习框架，引入对数加权和标签平滑机制 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习，多任务学习 | 单细胞RNA测序数据 | 多个公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11311 | 2025-10-07 |
From G1 to M: a comparative study of methods for identifying cell cycle phases
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad517
PMID:38261342
|
综述 | 比较单细胞RNA测序数据中细胞周期相位识别方法的性能评估研究 | 提出误差函数评估方法准确性，并发现参考数据与目标数据集匹配度对预测效果的关键影响 | 未开发新的细胞周期识别方法，主要侧重于现有方法的比较分析 | 评估不同细胞周期相位识别方法的准确性和性能 | 单细胞RNA测序数据中的细胞周期相位识别方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包含人类和小鼠数据的多个基准数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11312 | 2025-10-07 |
ABCA7-dependent Neuropeptide-Y signalling is a resilience mechanism required for synaptic integrity in Alzheimer's disease
2024-Jan-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.02.573893
PMID:38260408
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研究论文 | 本研究通过基因编辑斑马鱼模型揭示了ABCA7依赖的神经肽Y信号通路在阿尔茨海默病中维持突触完整性的保护机制 | 首次发现ABCA7通过神经肽Y信号通路介导神经元与胶质细胞通讯，并证实该通路是维持大脑韧性的关键机制 | 动物模型与人类疾病存在物种差异，临床数据的因果关系仍需进一步验证 | 探究ABCA7基因在阿尔茨海默病发病机制中的具体作用 | 斑马鱼基因编辑模型和人类临床数据 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞转录组测序 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据, 临床数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11313 | 2025-02-05 |
Comprehensive analysis of disulfidptosis-related genes and the immune microenvironment in heart failure
2024, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2024.1516898
PMID:39897078
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研究论文 | 本文通过生物信息学分析探讨了与二硫化物凋亡相关基因（DRGs）如何影响心力衰竭（HF）的免疫微环境 | 首次将二硫化物凋亡与心力衰竭的免疫微环境联系起来，并开发了一个基于DRGs的预测模型 | 研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证 | 探讨二硫化物凋亡相关基因对心力衰竭免疫微环境的影响 | 心力衰竭患者和健康个体的RNA-Seq和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 心血管疾病 | RNA-Seq, 单细胞RNA测序 | 预测模型 | RNA测序数据 | 心力衰竭患者和健康个体的RNA-Seq和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 11314 | 2025-02-04 |
Dysfunctional KLRB1+CD8+ T-cell responses are generated in chronically inflamed systemic sclerosis skin
2025-Feb-01, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1016/j.ard.2025.01.022
PMID:39894688
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研究论文 | 本研究分析了弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）皮肤病变中的CD8+ T细胞反应，揭示了两种主要的CD8+ T细胞亚群在疾病不同阶段的作用 | 通过单细胞转录组学和表观基因组学技术，首次鉴定了dcSSc皮肤病变中两种发育相关的CD8+ T细胞亚群，并揭示了它们在疾病不同阶段的功能差异 | 研究主要基于皮肤样本，未涉及其他器官或系统的免疫反应 | 分析dcSSc皮肤病变中的免疫机制，特别是CD8+ T细胞反应 | 弥漫性皮肤系统性硬化症（dcSSc）患者的皮肤样本 | 免疫学 | 系统性硬化症 | 单细胞转录组学、表观基因组学、多色免疫荧光显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据、表观遗传数据、图像数据 | dcSSc患者皮肤样本与健康对照皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 11315 | 2025-02-04 |
Combined Autophagy Inhibition and Dendritic Cell Recruitment Induces Antitumor Immunity and Enhances Immune Checkpoint Blockade Sensitivity in Pancreatic Cancer
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0830
PMID:39288081
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研究论文 | 本研究探讨了自噬抑制与树突状细胞招募相结合在胰腺癌中的抗肿瘤免疫效应及其对免疫检查点阻断敏感性的增强作用 | 通过单细胞RNA测序揭示了自噬抑制在癌细胞中诱导树突状细胞激活的机制，并提出了三重疗法（氯喹、Flt3配体和抗LAG3抗体）显著抑制胰腺导管腺癌生长的创新治疗策略 | 自噬抑制在癌细胞中同时诱导了CD8+ T细胞耗竭，这可能限制了其长期疗效 | 研究自噬抑制与树突状细胞激活相结合在胰腺癌中的抗肿瘤免疫效应及其对免疫检查点阻断敏感性的增强作用 | 胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型和人类PDAC肿瘤样本 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11316 | 2024-11-15 |
[Molecular pathology of skin fragility]
2024-Dec, Dermatologie (Heidelberg, Germany)
DOI:10.1007/s00105-024-05425-5
PMID:39510987
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综述 | 本文综述了皮肤脆弱性的分子病理学，重点关注皮肤屏障功能的维持及其相关遗传和自身免疫疾病 | 本文结合现代技术如单细胞和空间转录组学以及人工智能算法，推进了人类皮肤的分子图谱研究 | NA | 探讨皮肤脆弱性的分子机制及其相关疾病 | 皮肤屏障功能、遗传和自身免疫疾病、皮肤粘附结构 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | 人工智能算法 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11317 | 2025-02-04 |
MAPK/ERK signaling in gliomas modulates interferon responses, T cell recruitment, microglia phenotype, and immune checkpoint blockade efficacy
2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.11.612571
PMID:39345374
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研究论文 | 本文探讨了MAPK/ERK信号在胶质瘤中对干扰素反应、T细胞招募、小胶质细胞表型及免疫检查点阻断疗效的调节作用 | 揭示了MAPK/ERK信号通路在胶质瘤中对免疫治疗的敏感性及机制，特别是其对干扰素反应和抗原呈递的调节作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的应用和验证仍需进一步研究 | 探讨MAPK/ERK信号通路在胶质瘤免疫治疗中的作用及其机制 | 胶质瘤细胞、T细胞、小胶质细胞 | 神经肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR/Cas9筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、体外切片培养 | 小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变胶质瘤切片培养 | 基因表达数据、蛋白质磷酸化数据 | 小鼠胶质瘤模型、BRAFV600E突变的人类胶质瘤组织切片 | NA | NA | NA | NA |
| 11318 | 2025-02-04 |
Reconstruction of single-cell lineage trajectories and identification of diversity in fates during the epithelial-to-mesenchymal transition
2024-Aug-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2406842121
PMID:39093947
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和最优传输分析，重建了MCF10A细胞系中TGF-β诱导的上皮-间质转化（EMT）过程中不同细胞命运的历史轨迹，并识别了EMT过程中的多样性 | 使用最优传输分析重建单细胞谱系轨迹，并精确识别了EMT过程中基因表达上调的时间点，揭示了潜在的细胞周期调控靶点 | 研究依赖于TGF-β诱导的MCF10A细胞系，可能无法完全反映其他细胞类型或条件下的EMT过程 | 探索上皮-间质转化（EMT）过程中细胞命运的多样性和机制 | MCF10A细胞系 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序，最优传输分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | MCF10A细胞系中的单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 11319 | 2025-02-04 |
Benchmarking multi-omics integration algorithms across single-cell RNA and ATAC data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae095
PMID:38493343
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研究论文 | 本文对12种多组学整合方法在单细胞RNA和ATAC数据上的三种整合任务进行了基准测试，通过定性可视化和定量指标评估了这些方法在六个主要方面的表现 | 首次系统地对多种多组学整合方法在单细胞RNA和ATAC数据上的表现进行了全面的基准测试，并提供了针对特定场景和任务选择合适方法的指南 | 研究仅针对单细胞RNA和ATAC数据，未涵盖其他类型的单细胞多组学数据 | 评估和比较不同多组学整合方法在单细胞RNA和ATAC数据上的性能，为研究人员提供选择合适方法的指导 | 单细胞RNA和ATAC数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 单细胞RNA和ATAC数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 11320 | 2025-02-04 |
scMLC: an accurate and robust multiplex community detection method for single-cell multi-omics data
2024-01-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae101
PMID:38493339
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scMLC的单细胞多模态Louvain聚类框架，用于有效整合单细胞多组学数据进行细胞聚类 | scMLC通过构建多层次的单模态和跨模态细胞网络，捕捉模态特异性和一致性信息，并采用鲁棒的多重社区检测方法获得可靠的细胞聚类 | NA | 解决单细胞多模态测序数据整合和细胞聚类的挑战 | 单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞多模态测序技术 | Louvain聚类框架 | 单细胞多组学数据 | 七个真实数据集，同时测量基因表达和染色质可及性 | NA | NA | NA | NA |