单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27924 篇文献，本页显示第 11281 - 11300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11281 | 2024-08-05 |
Lymphoid tissues contribute to plasma viral clonotypes early after antiretroviral therapy interruption in SIV-infected rhesus macaques
2023-12-13, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adi9867
PMID:38091409
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研究论文 | 该研究探讨了淋巴组织在抗逆转录病毒治疗中断后早期对血浆病毒克隆类型的贡献 | 此研究首次揭示了淋巴组织在抗逆转录病毒治疗中断后，如何作为病毒来源对血浆病毒克隆类型的影响 | 样本量较小，仅有七只动物被研究，可能限制了结果的普遍性 | 更好地理解在抗逆转录病毒治疗中断后，病毒弹回的细胞和组织来源 | 研究对象为被感染的恒河猕猴 | 数字病理学 | HIV感染 | 病毒条形码测序、完整前病毒DNA测定、单细胞RNA测序、CODEX与RNAscope原位杂交 | NA | 组织和血液样本 | 七只恒河猕猴 |
| 11282 | 2024-08-05 |
Tppp3+ synovial/tendon sheath progenitor cells contribute to heterotopic bone after trauma
2023-Jul-21, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00272-x
PMID:37479686
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研究论文 | 这篇文章研究了滑膜/腱鞘祖细胞在创伤后异位骨形成中的作用 | 首次揭示了Tppp3+祖细胞在创伤后异位骨形成中的异常成骨分化 | 目前尚未完全理解特定细胞表型和驱动机制的复杂性 | 探讨滑膜/腱鞘祖细胞对异位骨形成的贡献及其机制 | 使用Tppp3诱导报告小鼠等模型研究滑膜/腱鞘祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞样本 | 使用了Tppp3报告小鼠及其他相关小鼠模型 |
| 11283 | 2024-08-05 |
Automated time-lapse data segmentation reveals in vivo cell state dynamics
2023-06-02, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adf1814
PMID:37267354
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研究论文 | 本文探讨了胚胎发育中的细胞状态动态和群体细胞行为。 | 创新点在于结合单细胞RNA测序数据和活体时间推移细胞追踪数据，定量映射细胞状态到胚胎上，并分析了细胞运动状态的时间平均模式。 | 限制在于个体胚胎的瞬时偏差可能影响整体细胞运动的对称性，未深入探讨这些偏差的具体影响。 | 研究胚胎发育过程中的细胞状态转变及其叠加效应。 | 以斑马鱼尾芽为研究对象，通过分析细胞基因表达和运动状态。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 时间推移数据 | 多个斑马鱼胚胎 |
| 11284 | 2024-08-05 |
Robust segregation of donor and recipient cells from single-cell RNA-sequencing of transplant samples
2023, Frontiers in transplantation
DOI:10.3389/frtra.2023.1161146
PMID:38993922
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研究论文 | 本文提出了一种新方法，通过单细胞RNA测序准确区分供体和受体细胞。 | 创新性地开发了一种新的两阶段基因型发现方法，对移植样本具有较强的鲁棒性，能够在更低的基因型比例下更准确地区分供体和受体细胞。 | 尚未提及文章的具体限制 | 旨在开发用于移植生物学背景下的单细胞RNA测序的生物信息学工具。 | 研究对象为移植样本中的单细胞，包括供体和受体细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 包括虚拟数据及实际的器官移植的单细胞RNA测序数据 |
| 11285 | 2024-08-05 |
A multicenter study benchmarking single-cell RNA sequencing technologies using reference samples
2021-09, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00748-9
PMID:33349700
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研究论文 | 本文比较了不同技术和实验室生成的单细胞RNA测序数据集 | 提出了在选择算法以实现准确生物解释方面的指导 | 尽管结果具有较高的可重复性，但可能在不同平台的算法选择上仍存在挑战 | 旨在优化单细胞RNA测序研究中的平台和软件选择 | 使用乳腺癌细胞和B细胞作为参考样本进行比较 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两个来源的细胞样本，包括乳腺癌细胞和B细胞 |
| 11286 | 2024-08-05 |
Gene Deconvolution Reveals Aberrant Liver Regeneration and Immune Cell Infiltration in Alcohol-Associated Hepatitis
2021-08, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.31759
PMID:33619773
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研究论文 | 本文通过基因解卷积揭示了与酒精相关性肝炎中异常的肝脏再生和免疫细胞浸润 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了慢性肝病中细胞组成的显著变化，尤其是在严重急性肝炎患者中 | 样本数量有限，可能影响结果的广泛性和适用性 | 探讨慢性肝病中肝细胞再生和免疫细胞浸润的差异性贡献 | 健康肝脏和慢性肝病患者的肝细胞及免疫细胞 | 数字病理学 | 酒精相关性肝炎 | RNA-seq | NA | RNA序列数据 | 有限数量的慢性肝病患者样本 |
| 11287 | 2024-08-05 |
Functionally Diverse Inflammatory Responses in Peripheral and Liver Monocytes in Alcohol-Associated Hepatitis
2020-Oct, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1563
PMID:33024916
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研究论文 | 本研究探讨了酒精相关肝炎中外周和肝脏单核细胞的功能多样性炎症反应 | 揭示了在酒精相关肝炎中不同单核细胞亚群对炎症反应的不同表达特征 | 研究可能未考虑其他慢性肝病与酒精相关肝炎的比较 | 研究酒精相关肝炎中单核细胞的炎症反应机制 | 酒精相关肝炎患者和健康对照的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 酒精相关肝炎患者和健康对照的外周血单核细胞 |
| 11288 | 2024-08-05 |
Lineage Tracing: Computational Reconstruction Goes Beyond the Limit of Imaging
2019-Feb-28, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.14348/molcells.2019.0006
PMID:30764600
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综述 | 本文介绍了计算生物学方法与传统谱系追踪的结合，以克服成像方法的局限性 | 提出了单细胞RNA测序谱系分析、DNA条形码或遗传伤痕分析等新颖的计算方法 | 成像基础的谱系追踪方法在可扩展性和缺乏分子信息方面存在限制 | 探讨细胞谱系追踪在生物过程研究中的应用 | 细胞及其后代的命运追踪 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序, DNA条形码 | NA | RNA序列数据 | 涉及多种细胞类型 |
| 11289 | 2024-08-05 |
CellFishing.jl: an ultrafast and scalable cell search method for single-cell RNA sequencing
2019-02-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1639-x
PMID:30744683
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研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序的新方法CellFishing.jl，用于搜索相似细胞和检测重要基因 | CellFishing.jl提供了一种高精度和高通量的细胞搜索方法，且速度明显快于现有最先进的软件 | NA | 提升单细胞RNA测序数据中细胞搜索的效率和精度 | 多个单细胞RNA测序数据集中的细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | NA | 超过一百万个细胞 |
| 11290 | 2024-08-05 |
IRIS-EDA: An integrated RNA-Seq interpretation system for gene expression data analysis
2019-02, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006792
PMID:30763315
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为IRIS-EDA的RNA-Seq数据分析集成工具，旨在简化基因表达数据的分析和解释。 | IRIS-EDA首次提供了根据FAIR数据原则加速提交数据和结果到NCBI的基因表达数据库的框架。 | NA | 开发一个用户友好的平台，以进行RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据的计算分析。 | RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据的基因表达分析。 | 数字病理学 | NA | RNA-Seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11291 | 2024-08-05 |
Dermal Condensate Niche Fate Specification Occurs Prior to Formation and Is Placode Progenitor Dependent
2019-01-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.11.034
PMID:30595537
|
研究论文 | 本文揭示了皮肤凝聚物前体的命运规范在形成之前发生，并且依赖于皮肤板的前体 | 研究确定了皮肤凝聚物的未聚集前体及其分子时序，为皮肤发育提供了新的见解 | 对细胞命运转变具体时序的理解仍然不够全面，可能需要进一步研究y | 研究皮肤凝聚物前体的命运规范及其发育轨迹 | 本文研究了皮肤凝聚物前体及其在发育过程中的角色 | 数字病理学 | NA | 3D和4D显微镜观察，单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 11292 | 2024-08-05 |
Single-Cell Analysis Reveals a Hair Follicle Dermal Niche Molecular Differentiation Trajectory that Begins Prior to Morphogenesis
2019-01-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2018.11.032
PMID:30595533
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研究论文 | 本文描述了在毛囊发育和再生过程中，毛囊真皮细胞的分子分化轨迹 | 文章通过单细胞RNA测序和体内方法揭示了毛囊真皮细胞在形态发生之前的转录状态序列 | 由于缺乏对没有组织学差异的细胞的定量分子区别的理解，分子和细胞事件的描绘仍然具有挑战性 | 研究毛囊发育过程中的细胞和分子事件 | 关注毛囊真皮凝聚体细胞的转录状态变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11293 | 2024-08-05 |
Trans-ethnic association study of blood pressure determinants in over 750,000 individuals
2019-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-018-0303-9
PMID:30578418
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研究论文 | 本研究重新解释了影响血压的遗传结构，识别了血压稳态的基因、组织、表型和药物环境 | 在全基因组关联研究中发现了208个新的常见血压SNP和53个罕见变异 | NA | 识别影响血压的基因及其在不同组织中的表达 | 分析了来自776,078参与者的血压临床表型及其基因组信息 | 数字病理学 | NA | 全基因组关联研究 | NA | 基因组数据 | 776,078名参与者 |
| 11294 | 2024-08-05 |
Transcriptional Programming of Normal and Inflamed Human Epidermis at Single-Cell Resolution
2018-10-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2018.09.006
PMID:30355494
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研究论文 | 本文报告了正常和发炎人类表皮的单细胞转录组编程 | 首次在单细胞分辨率下定义了表皮细胞转录程序的全球范围和组织 | 未提及具体的局限性 | 研究表皮分化的转录程序与皮肤病理之间的关系 | 92,889个人表皮细胞的转录组数据，来自9个正常和3个发炎的皮肤样本 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 92,889个细胞，来自9个正常与3个发炎的皮肤样本 |
| 11295 | 2024-08-05 |
A virus or more in (nearly) every cell: ubiquitous networks of virus-host interactions in extreme environments
2018-06, The ISME journal
DOI:10.1038/s41396-018-0071-7
PMID:29467398
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研究论文 | 本研究使用单细胞测序和环境宏基因组学，解析黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒-宿主关联结构 | 通过结合宏病毒组学和单细胞基因组学，展示了极端环境中病毒-宿主相互作用的网络，并发现大多数细胞中存在多种病毒类型 | 研究仅在黄石国家公园一个特定环境中进行，可能不适用于其他环境的病毒-宿主关系研究 | 探讨病毒和宿主之间在极端环境中广泛的相互作用 | 黄石国家公园热泉微生物群落中的病毒和宿主细胞 | 微生物组学 | NA | 单细胞测序，环境宏基因组学 | NA | 微生物组数据 | NA |
| 11296 | 2024-08-05 |
SIDEseq: A Cell Similarity Measure Defined by Shared Identified Differentially Expressed Genes for Single-Cell RNA sequencing Data
2017-Jun, Statistics in biosciences
IF:0.8Q4
DOI:10.1007/s12561-017-9194-z
PMID:30774736
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研究论文 | 本文介绍了一种新颖的相似性度量SIDEseq，用于评估单细胞RNA测序数据中的细胞间相似性 | SIDEseq通过整合所有DE基因列表信息，提供了一种全新的细胞相似性度量方法，能够从全局视角调查细胞间关系 | 研究中没有提及特定的局限性，可能未考虑全部类型的细胞异质性 | 探讨如何通过单细胞RNA测序数据识别细胞亚群体 | 人类卵巢癌scRNA测序数据和公共人类胚胎scRNA测序数据以及几个模拟数据集 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 多个数据集，包括人类卵巢癌和公共人类胚胎数据集 |
| 11297 | 2024-08-05 |
Single-cell analyses of transcriptional heterogeneity in squamous cell carcinoma of urinary bladder
2016-10-04, Oncotarget
DOI:10.18632/oncotarget.11803
PMID:27602771
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研究论文 | 本研究对膀胱鳞状细胞癌中的转录异质性进行了单细胞分析 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了膀胱鳞状细胞癌中细胞表达的异质性及其潜在机制 | 本研究主要集中在膀胱鳞状细胞癌中，可能不适用于其他癌症类型 | 探索膀胱鳞状细胞癌的细胞功能异质性及其机制 | 人类膀胱鳞状细胞癌及相应的生理正常上皮 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 单细胞样本，具体样本数量未提及 |
| 11298 | 2024-08-05 |
Partitioning and aggregating cross-tissue and tissue-specific genetic effects to identify gene-trait associations
2024-Jul-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-49924-4
PMID:38982044
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研究论文 | 本文提出了MTWAS框架，用于识别基因-性状关联并增强TWAS和GWAS的信息利用 | 引入了一种非参数插补策略来增强不可获取组织的信息，并基于扩展贝叶斯信息准则将eQTL分类为跨组织和特定组织的eQTL | 未提及具体的局限性 | 开发一种新的统计框架MTWAS，以识别基因-性状关联 | 对GTEx数据集的47个组织和其他数据集中的免疫细胞类型进行基因预测和分析 | 生物统计学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 84项UK Biobank GWAS研究和其他数据集的样本 |
| 11299 | 2024-08-04 |
Deep 3D histology powered by tissue clearing, omics and AI
2024-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02327-1
PMID:38997593
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研究论文 | 本文讨论了通过3D组织组织学技术综合理解组织和生物体生理及病理生理的重要性 | 提出了一种结合组织清理化学、标记和体积成像的新技术，以增强3D重建，并与分子技术协同作用 | 缺乏针对具体应用案例的实证数据支持 | 创建完整的三维细胞图谱，以全面理解组织和生物体的生理和病理 | 涉及组织样本和细胞的3D空间结构及其分子组成 | 数字病理学 | NA | 组织清理化学、体积成像 | 深度学习 | 细胞结构和分子数据 | NA |
| 11300 | 2024-08-05 |
Diversification of the VH3-53 immunoglobulin gene segment by somatic hypermutation results in neutralization of SARS-CoV-2 virus variants
2024-Jul, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202451056
PMID:38593351
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研究论文 | 该研究揭示了通过体细胞超突变，VH3-53免疫球蛋白基因片段的多样化如何导致对SARS-CoV-2病毒变异体的中和作用 | 文章创新性地展示了特定B细胞克隆的体细胞超突变如何增加单克隆抗体的中和范围 | 研究中对B细胞克隆扩增的机制缺乏深入分析 | 本研究旨在探讨COVID-19恢复患者的B细胞如何通过超突变生成能够中和病毒变异体的抗体 | 研究对象为从SARS-CoV-2恢复患者中获得的针对刺突蛋白特异性B细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 来自一名SARS-CoV-2恢复患者的B细胞样本 |