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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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11241 | 2025-10-07 |
T-BET and EOMES sustain mature human NK cell identity and antitumor function
2023-07-03, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI162530
PMID:37279078
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研究论文 | 本研究揭示了T-BET和EOMES转录因子在维持成熟人类NK细胞身份和抗肿瘤功能中的关键作用 | 首次在未扩增的原代人类NK细胞中使用CRISPR/Cas9技术删除T-BET和EOMES,发现这些转录因子不仅启动NK细胞发育,还持续维持其成熟状态和功能特性 | 研究主要关注原代人类NK细胞,未涉及其他物种或疾病模型 | 探究T-BET和EOMES转录因子在成熟人类NK细胞稳态、功能和分子编程中的持续需求 | 未扩增的原代人类NK细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | CRISPR/Cas9基因编辑, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 原代人类NK细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11242 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA-Seq Mapping of Human Thymopoiesis Reveals Lineage Specification Trajectories and a Commitment Spectrum in T Cell Development
2020-06-16, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.05.010
PMID:32553173
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序绘制人类胸腺生成图谱,揭示T细胞发育过程中的谱系特化轨迹和承诺谱系 | 首次在人类出生后胸腺中发现CD34祖细胞包含从多谱系启动到逐渐T细胞承诺的连续状态谱系,识别了胸腺内浆细胞样树突细胞特化途径 | 仅分析了人类出生后胸腺样本,未涵盖胚胎发育阶段或其他物种的比较研究 | 解析人类T细胞发育过程中的谱系特化和承诺机制 | 人类出生后胸腺中的CD34祖细胞和分化细胞群体 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 人类出生后胸腺中的稀有CD34祖细胞和分化CD34细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11243 | 2025-02-06 |
Gal-3 activates Tyro3 to ameliorate ferroptosis of hippocampal neurons after traumatic brain injury
2025-Mar-11, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2024.102433
PMID:39902149
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研究论文 | 本文研究了创伤性脑损伤(TBI)后海马神经元的铁死亡机制,并探讨了Gal-3通过激活Tyro3来改善神经元铁死亡的作用 | 首次揭示了Tyro3在TBI后神经元铁死亡中的关键作用,并发现Gal-3通过激活Tyro3具有神经保护作用 | 研究主要基于动物模型,尚未在人类中进行验证 | 探讨TBI后海马神经元铁死亡的机制及其潜在治疗靶点 | 创伤性脑损伤后的海马神经元 | 生物信息学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
11244 | 2025-02-06 |
BRD4 Induces Esophageal Squamous Cell Carcinoma Progression via the Wnt/β-catenin Pathway
2025-Feb-04, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11043-0
PMID:39903433
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研究论文 | 本研究探讨了BRD4在食管鳞状细胞癌(ESCC)中的作用及其分子机制 | 首次全面探索BRD4在ESCC中的功能,并揭示了其通过Wnt/β-catenin信号通路促进ESCC进展的机制 | 未提及具体样本量,且未讨论BRD4在其他类型癌症中的潜在作用 | 研究BRD4在ESCC中的作用及其分子机制 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞 | 癌症研究 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
11245 | 2025-02-06 |
Single-cell omics in inflammatory bowel disease: recent insights and future clinical applications
2025-Feb-04, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-334165
PMID:39904604
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综述 | 本文综述了单细胞组学技术在炎症性肠病(IBD)研究中的应用及其未来临床应用的潜力 | 单细胞组学技术克服了传统批量分析的局限性,揭示了多细胞组织的复杂性,并发现了与疾病活动或并发症发展相关的新细胞类型和功能 | 尽管单细胞组学技术在IBD研究中显示出巨大潜力,但其在临床实践中的应用仍处于早期阶段,存在一定的局限性 | 探讨单细胞组学技术在炎症性肠病(IBD)研究中的应用及其未来临床应用的潜力 | 溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD) | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
11246 | 2025-02-05 |
Dynamic evolution of TCF3-PBX1 leukemias at the single-cell level under chemotherapy pressure
2025-Feb, HemaSphere
IF:7.6Q1
DOI:10.1002/hem3.70071
PMID:39901941
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研究论文 | 本文通过建立TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型,研究了化疗压力下急性淋巴细胞白血病(ALL)在单细胞水平的动态演化 | 首次在单细胞水平上揭示了TCF3-PBX1白血病在化疗后的克隆动态演化和表型多样性,并发现了与化疗耐药相关的信号通路 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类ALL中的适用性需要进一步验证 | 研究TCF3-PBX1白血病在化疗压力下的动态演化和耐药机制 | TCF3-PBX1条件性敲入小鼠模型和化疗后的白血病细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 下一代测序技术(NGS)和质谱流式细胞术 | 小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据和质谱流式细胞数据 | TCF3-PBX1白血病小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
11247 | 2025-10-07 |
GraphVelo allows for accurate inference of multimodal velocities and molecular mechanisms for single cells
2025-Jan-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.626638
PMID:39677753
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研究论文 | 提出基于图机器学习的方法GraphVelo,用于从单细胞数据中准确推断多模态速度和分子机制 | 通过图机器学习方法将RNA速度扩展到多模态数据,保留向量大小和方向信息,揭示基因、病毒与宿主细胞之间的定量非线性调控关系 | 需要依赖现有方法推断的RNA速度作为输入,对复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因可能仍有局限 | 开发能够从高通量单细胞快照数据中提取时间分辨信息的方法 | 单细胞数据,包括病毒-宿主相互作用组和多组学数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, 多组学分析 | 图机器学习 | 单细胞RNA测序数据,多模态数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,多组学 | NA | NA |
11248 | 2025-10-07 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Evolutionary Reconfiguration of Embryonic Cell Fate Specification in the Sea Urchin Heliocidaris erythrogramma
2025-Jan-06, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evae258
PMID:39587400
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析比较两种海胆胚胎发育过程,揭示进化过程中细胞命运决定机制的重构 | 首次在进化发育生物学中应用比较单细胞转录组时间序列分析,发现细胞命运决定与主要信号中心在进化过程中发生时空分离 | 研究主要基于转录组数据,需要后续实验验证调控相互作用的改变 | 探究海胆进化过程中胚胎发育机制的演化改变 | Heliocidaris erythrogramma和Lytechinus variegatus两种海胆的胚胎细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两种海胆物种的胚胎发育时间序列样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11249 | 2025-02-06 |
Biologically inspired heterogeneous learning for accurate, efficient and low-latency neural network
2025-Jan, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwae301
PMID:39758128
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研究论文 | 本文提出了一种受生物启发的异质学习机制,用于构建准确、高效且低延迟的神经网络 | 结合了自抑制突触和神经元异质性的神经科学发现,创新性地提出了具有增强学习和记忆能力的脉冲神经网络(SNN) | 未明确提及具体限制 | 追求与生物神经网络相媲美的准确性、效率和低延迟的人工神经网络 | 脉冲神经网络(SNN)及其在AI任务中的应用 | 机器学习 | 脑部疾病 | scRNA-seq | SNN | 单细胞RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
11250 | 2025-02-06 |
Dendritic cells type 1 control the formation, maintenance, and function of tertiary lymphoid structures in cancer
2024-Dec-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.27.628014
PMID:39763802
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研究论文 | 本文研究了在癌症中1型树突状细胞(cDC1)对三级淋巴结构(TLS)形成、维持和功能的关键作用 | 揭示了cDC1在肿瘤早期和进展阶段对TLS形成和维持的不同机制,并提出了cDC1靶向治疗作为增强TLS功能和抗肿瘤免疫的潜在策略 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类癌症患者中验证 | 探讨1型树突状细胞在癌症中三级淋巴结构形成和维持中的作用 | 非小细胞肺癌(NSCLC)小鼠模型 | 免疫学 | 肺癌 | 空间转录组学、多重成像 | 小鼠模型 | 图像、转录组数据 | 多种人类肿瘤样本及小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
11251 | 2025-10-07 |
Integration of bulk and single-cell RNA-seq reveals prognostic gene signatures in patients with bladder cancer treated with immune checkpoint inhibitors
2024-Dec-21, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03839-7
PMID:39708127
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA-seq数据,开发了膀胱癌免疫检查点抑制剂治疗的预后基因标志物 | 首次结合bulk和单细胞RNA-seq数据识别与膀胱癌免疫治疗预后相关的基因特征,并联合肿瘤突变负荷进行综合预后评估 | 研究依赖于公共数据集,需要进一步的前瞻性验证 | 开发可靠的生物标志物以改善膀胱癌免疫检查点抑制剂治疗的预后分层 | 接受免疫检查点抑制剂治疗的膀胱癌患者 | 生物信息学 | 膀胱癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, CIBERSORT分析 | 基因特征评分模型 | 基因表达数据 | 多个公共数据集(GSE176307, GSE135337)和两个独立验证数据集 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11252 | 2025-10-07 |
Decoding the muscle transcriptome of patients with late-onset Pompe disease reveals markers of disease progression
2024-Dec-03, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae249
PMID:39045638
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术,揭示了晚发型庞贝病肌肉转录组特征及疾病进展标志物 | 首次应用单核RNA测序技术研究LOPD患者骨骼肌细胞的转录异质性,并结合空间转录组学技术定位病理改变 | 样本量较小(8例患者和4例对照),需要更大规模研究验证发现 | 揭示晚发型庞贝病肌肉损伤的分子病理生理机制 | 晚发型庞贝病患者的肌肉活检样本和健康对照肌肉样本 | 数字病理学 | 庞贝病 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | RNA测序数据, 组织学图像 | 8例LOPD患者肌肉活检样本和4例健康对照肌肉样本 | NanoString | 单核RNA测序, 空间转录组学 | GeoMx | 单核RNA测序结合GeoMx空间转录组学平台 |
11253 | 2025-10-07 |
AnnoGCD: a generalized category discovery framework for automatic cell type annotation
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae166
PMID:39660254
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研究论文 | 提出了一种名为AnnoGCD的计算框架,用于单细胞RNA测序数据的自动细胞类型注释 | 结合广义类别发现和异常检测,能够在半监督设置下同时分类已知细胞类型和发现新细胞类型 | 仅在五个人类单细胞RNA测序数据集和一个小鼠模型图谱上进行了评估 | 开发自动细胞类型注释的计算框架 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督学习,广义类别发现,异常检测 | 单细胞RNA测序数据 | 五个人类数据集和一个小鼠图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11254 | 2025-10-07 |
Exploring transcription modalities from bimodal, single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae179
PMID:39703422
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研究论文 | 本研究提出了一种椭圆参数化方法来分析双模态单细胞RNA测序数据,揭示了四种不同的转录模式 | 首次利用双模态单细胞RNA测序数据的二维形状信息,发现了四种可解释的转录模式 | 仅在细胞周期和结直肠癌两个数据集中进行了验证,需要更多数据集验证普适性 | 探索双模态单细胞RNA测序数据中的转录模式及其生物学意义 | 细胞周期数据集和结直肠癌数据集中的基因表达模式 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 椭圆参数化方法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11255 | 2024-11-15 |
Correction: Study on the mechanism of heterogeneous tumor-associated macrophages in three subtypes of breast cancer through the integration of single-cell RNA sequencing and in vitro experiments
2024-Nov-08, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-10053-2
PMID:39514125
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
11256 | 2025-10-07 |
ScRNA-seq and bulk RNA-seq identified NUPR1 as novel biomarkers related to CD4 + T cells infiltration for abdominal aortic aneurysm
2024-Nov-07, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-024-10050-5
PMID:39508893
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研究论文 | 本研究通过单细胞和bulk RNA-seq分析识别了与腹主动脉瘤CD4+T细胞浸润相关的生物标志物 | 首次发现NUPR1作为CD4+T细胞浸润相关的新型生物标志物,并验证其在血管平滑肌细胞中的表达和功能 | 研究主要基于GEO数据库数据,需要进一步临床验证 | 识别与腹主动脉瘤CD4+T细胞浸润相关的分子标志物 | 腹主动脉瘤患者样本和血管平滑肌细胞 | 生物信息学 | 腹主动脉瘤 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, qPCR, 免疫组化, 免疫荧光 | 加权基因共表达网络分析, CIBERSORT | RNA-seq数据, 基因表达数据 | GEO数据库中的腹主动脉瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
11257 | 2025-10-07 |
Ly6E on tumor cells impairs anti-tumor T-cell responses: a novel mechanism of tumor-induced immune exclusion
2024-Nov-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-024-03851-x
PMID:39487896
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤细胞表面Ly6E通过促进M2巨噬细胞积累导致CD8+ T细胞排斥的新机制 | 首次发现Ly6E通过调控M2巨噬细胞介导肿瘤免疫排斥的新机制 | 主要基于小鼠模型研究,人类临床验证仍需进一步开展 | 探究Ly6E在肿瘤微环境中调控免疫反应的分子机制 | 人类乳腺癌组织、肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 流式细胞术、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | 基因敲除和过表达小鼠模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 人类乳腺癌组织、多种肿瘤细胞系、小鼠肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
11258 | 2025-10-07 |
Screening and identification of susceptibility genes for cervical cancer via bioinformatics analysis and the construction of an mitophagy-related genes diagnostic model
2024-Sep-19, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05952-7
PMID:39294534
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研究论文 | 通过生物信息学方法筛选宫颈癌易感基因并构建线粒体自噬相关基因诊断模型 | 首次结合单细胞RNA测序数据和机器学习算法构建宫颈癌线粒体自噬相关基因的临床预后模型 | 未提及外部验证队列或模型泛化能力的详细评估 | 探索宫颈癌发病机制并改善早期诊断和治疗 | 宫颈癌患者和对照组的基因组数据 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 差异基因表达分析, 通路富集分析, 机器学习 | 临床预后模型 | 基因表达谱, 单核苷酸多态性数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11259 | 2025-10-07 |
Stem-like T cells in cancer and autoimmunity
2024-08, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.13356
PMID:38804499
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综述 | 本文综述了干细胞样T细胞在癌症和自身免疫疾病中的双重作用及其调控机制 | 系统阐述了干细胞样T细胞在肿瘤免疫和自身免疫中的相反作用,并探讨了微生物组和代谢对其调控的影响 | NA | 探讨干细胞样T细胞在癌症和自身免疫疾病中的功能及其临床意义 | 干细胞样T细胞 | 免疫学 | 癌症, 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序, 谱系追踪技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11260 | 2025-10-07 |
BANMF-S: a blockwise accelerated non-negative matrix factorization framework with structural network constraints for single cell imputation
2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae432
PMID:39242194
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研究论文 | 提出一种带有结构网络约束的分块加速非负矩阵分解框架BANMF-S,用于单细胞RNA测序数据的插补 | 通过构建基因-基因相似性网络和细胞-细胞相似性网络作为正则化项,并采用分块化策略通过分布式随机梯度下降加速优化 | NA | 解决单细胞RNA测序中的dropout事件问题,提高数据质量 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF), 随机梯度下降 | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |