单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28099 篇文献，本页显示第 11241 - 11260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11241 | 2024-08-04 |
Improving cell type identification with Gaussian noise-augmented single-cell RNA-seq contrastive learning
2024-Jul-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad059
PMID:38242863
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研究论文 | 本研究提出了一种基于高斯噪声增强的单细胞RNA测序对比学习方法以提高细胞类型识别 | 提出了一种新的高斯噪声增强的对比学习方法(GsRCL)，用于细胞类型识别任务 | 未提及具体的局限性 | 旨在提高单细胞RNA测序数据分析中的细胞类型识别准确性 | 面向具有挑战性的细胞类型识别任务 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA | 大规模计算评估 |
| 11242 | 2024-08-05 |
Single-cell immune landscape of measurable residual disease in acute myeloid leukemia
2024-Jul-19, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2666-8
PMID:39034351
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研究论文 | 本研究揭示了急性髓性白血病中可测残留疾病的单细胞免疫景观 | 该论文利用单细胞RNA测序技术，创建了一个包含184,231个细胞的全面免疫景观，并发现MRD阳性和阴性CD8 T细胞在细胞毒性基因表达上的差异 | 本研究样本量较小，仅包含32名患者，可能影响结果的广泛适用性 | 研究可测残留疾病在急性髓性白血病中的免疫细胞特征及其转化机制 | 源自20名MRD阳性患者和12名MRD阴性患者的骨髓样本 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 32个样本（20个MRD阳性患者和12个MRD阴性患者） |
| 11243 | 2024-08-05 |
Integrating multi-omics data to analyze the potential pathogenic mechanism of CTSH gene involved in type 1 diabetes in the exocrine pancreas
2024-Jul-19, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad052
PMID:38050341
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研究论文 | 本研究整合多组学数据分析CTSH基因在1型糖尿病外分泌胰腺中的潜在致病机制 | 通过整合eQTL、GWAS和单细胞转录组数据，确定了与1型糖尿病相关的四个潜在致病基因 | 未提及具体的局限性 | 探讨CTSH基因在1型糖尿病发病机制中的作用 | 分析1型糖尿病患者与健康对照的胰腺组织中的基因表达 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 包含1型糖尿病患者和健康对照的胰腺组织样本 |
| 11244 | 2024-08-04 |
Identification of Immune Infiltration-related Molecular Features in Ovarian Cancer Patients and Experimental Validation of Immune Response Molecular Mechanisms through Integrated WGCNA, Machine Learning, and Single-cell Sequencing Analysis
2024-Jul-18, Recent patents on anti-cancer drug discovery
IF:2.5Q3
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研究论文 | 本研究通过综合的WGCNA、机器学习和单细胞测序分析，探讨卵巢癌患者的免疫浸润相关分子特征及其免疫响应机制。 | 揭示了AIDPS在卵巢癌患者中的临床意义，并确认抑制RPL31的表达能够显著影响卵巢癌细胞的增殖和迁移。 | 研究主要基于公共数据库数据，实际临床验证需进一步加强。 | 旨在揭开卵巢癌的免疫响应机制，并为免疫基础治疗提供理论基础和治疗策略。 | 卵巢癌患者的免疫浸润相关分子特征 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、机器学习、加权基因共表达网络分析（WGCNA） | CoxBoost+StepCox | 基因表达数据 | 使用来自公共数据库的相关卵巢癌数据集，具体样本数量未详 |
| 11245 | 2024-08-05 |
Unravelling infiltrating T-cell heterogeneity in kidney renal clear cell carcinoma: Integrative single-cell and spatial transcriptomic profiling
2024-Jun, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.18403
PMID:39031800
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研究论文 | 本文系统地探讨了肾透明细胞癌中浸润性T细胞的异质性 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组数据全面表征了浸润性T细胞的特征，并建立了基于ITSG的稳定预后模型 | 尚未提及特定的局限性 | 研究浸润性T细胞在肾透明细胞癌中的作用和异质性 | 浸润性和增殖中的T细胞亚群 | 数字病理学 | 肾透明细胞癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 12种KIRC治疗剂的预后相关数据 |
| 11246 | 2024-08-05 |
Cell Tree Rings: the structure of somatic evolution as a human aging timer
2024-06, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-023-01053-4
PMID:38172489
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序构建细胞谱系树，以反映个体的衰老状态和生物年龄 | 提出了通过细胞谱系树结构与生物时间进行关联的新方法，可能成为一种更基本的衰老时钟 | 单细胞变异体的检测是一个重大技术挑战 | 探讨体细胞突变与衰老机制的关系，从而改善衰老评估 | 人类外周血单核细胞中的体细胞突变 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 惩罚多重回归模型 | 基因序列数据 | 来自数千个细胞的样本 |
| 11247 | 2024-08-05 |
Migration Inhibition Factor Secreted by Peripheral Blood Memory B Cells Binding to CD74-CD44 Receptor Complex Drives Macrophage Behavior in Alzheimer's Disease
2024 Jan-Dec, American journal of Alzheimer's disease and other dementias
DOI:10.1177/15333175241238577
PMID:38491918
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研究论文 | 本研究探讨了外周血记忆B细胞分泌的迁移抑制因子如何影响阿尔茨海默病中的巨噬细胞行为 | 发现迁移抑制因子与巨噬细胞上的CD74-CD44受体复合物结合，影响巨噬细胞行为 | NA | 探究外周免疫系统在阿尔茨海默病中的作用，特别是记忆B细胞的影响 | 外周血记忆B细胞及其分泌的迁移抑制因子 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | scRNA-seq，免疫荧光及流式细胞术 | NA | 细胞数据 | NA |
| 11248 | 2024-08-05 |
Involvement of S100A6/S100A11 in T-Cell Immune Regulatory in HCC Revealed by Single Cell RNA-seq
2024 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment
IF:2.7Q3
DOI:10.1177/15330338241252610
PMID:38766816
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研究论文 | 本研究探讨了S100A6/S100A11在肝细胞癌（HCC）T细胞免疫调节中的作用 | 首次揭示S100A6/S100A11在HCC T细胞中的差异表达及其与NF-κB途径的相关性 | 未详细探讨其他S100家族蛋白对肝癌免疫的潜在影响 | 研究S100蛋白在肝细胞癌免疫细胞中的作用 | S100A6/S100A11在肝细胞癌及与乙型肝炎相关的HCC中的表达 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 分析了HCC及与乙型肝炎相关的HCC的单细胞RNA测序数据 |
| 11249 | 2024-08-04 |
Multi-omic approach identifies hypoxic tumor-associated myeloid cells that drive immunobiology of high-risk pediatric ependymoma
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107585
PMID:37694144
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研究论文 | 本研究识别了高风险儿童脊髓膜瘤中促免疫生物学的缺氧肿瘤相关髓系细胞 | 识别了八种不同的髓系衍生亚群，特别是缺氧髓系细胞，它们展示了髓系抑制细胞的特征 | 缺乏关于缺氧髓系细胞在其他肿瘤类型中的作用的研究 | 揭示脊髓膜瘤的免疫环境，以指导免疫治疗 | 高风险儿童脊髓膜瘤的免疫细胞环境和肿瘤亚型 | 数字病理学 | 脊髓膜瘤 | 单细胞测序（scRNAseq）、肿瘤基因表达去卷积、空间蛋白组学、单细胞细胞因子释放测定 | NA | 细胞数据 | 27个单细胞、299个肿瘤样本、54个空间蛋白组样本、12个单细胞细胞因子释放样本 |
| 11250 | 2024-08-05 |
A fibroblast-dependent TGFβ1/sFRP2 noncanonical Wnt signaling axis underlies epithelial metaplasia in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.02.551383
PMID:37577522
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研究论文 | 探讨了间质肺疾病中，成纤维细胞与上皮细胞之间相互作用的机制及其对肺上皮变性的影响 | 识别了通过sFRP2介导的TGFβ1-非经典Wnt信号通路在特发性肺纤维化中的新机制 | 本研究的样本大小和临床数据的多样性未在摘要中明确说明 | 研究成纤维细胞与上皮细胞在特发性肺纤维化中的相互作用及其机制 | 针对间质肺病患者的成纤维细胞和上皮细胞进行单细胞RNA测序分析 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 间质肺病患者的活检样本和正常供体的组织样本 |
| 11251 | 2024-08-05 |
Graphene oxide elicits microbiome-dependent type 2 immune responses via the aryl hydrocarbon receptor
2023-01, Nature nanotechnology
IF:38.1Q1
DOI:10.1038/s41565-022-01260-8
PMID:36509925
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研究论文 | 这项研究展示了石墨烯氧化物通过芳香烃受体影响微生物组和免疫反应 | 本研究揭示了石墨烯氧化物对肠道微生物组的调节作用及其通过芳香烃受体介导的免疫反应 | 未提及特定的实验条件或样本的长期效果 | 探索石墨烯氧化物与肠道微生物组及免疫系统相互作用的机制 | 成年斑马鱼及其无菌幼体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 成年斑马鱼和无菌幼体的细胞样本 |
| 11252 | 2024-08-05 |
Prediction of HLA genotypes from single-cell transcriptome data
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1146826
PMID:37180102
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研究论文 | 本文探讨如何从单细胞转录组数据中预测HLA基因型。 | 开发了多个计算HLA分型工具并展示了高准确性的基因型预测模型。 | 尚不清楚从单细胞数据直接预测HLA基因型的可行性。 | 评估和扩展现有HLA基因型预测工具的性能。 | 人类单细胞数据与标准分子基因分型的比较。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 组合模型 | 转录组数据 | NA |
| 11253 | 2024-08-05 |
Establishment of a high-resolution 3D modeling system for studying pancreatic epithelial cell biology in vitro
2019-12, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2019.09.005
PMID:31767167
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研究论文 | 本文建立了一种高分辨率的三维培养系统，用于研究胰腺上皮细胞生物学 | 本文首次建立了一种简单可重复的基于Matrigel的三维囊泡培养模型，可用于小鼠和人类胰腺前体的研究 | 尚未提及实验证明该系统在体内应用的有效性 | 研究胰腺上皮化和内分泌发育的机制 | 小鼠和人类的胰腺前体细胞 | 数字病理学 | 胰腺疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 三维囊泡培养模型 | 细胞文化数据 | NA |
| 11254 | 2024-08-05 |
Exploratory analysis of transposable elements expression in the C. elegans early embryo
2019-Nov-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3088-7
PMID:31757208
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研究论文 | 本研究分析了转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达情况 | 开发了一种生物信息学管道，能够特异性量化转座元件的表达，并探讨其与发育基因的相关性 | 未提及具体的实验验证数据 | 探讨转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达及其可能的功能 | 秀丽隐杆线虫早期胚胎中不同细胞类型的转座元件表达 | 数字病理学 | NA | sc-RNAseq | NA | RNA-seq数据 | 利用公共数据集，涉及多种细胞类型 |
| 11255 | 2024-08-05 |
Single cell transcriptome atlas of the Drosophila larval brain
2019-11-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.50354
PMID:31746739
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研究论文 | 本文介绍了果蝇幼虫大脑的单细胞转录组图谱 | 文章创新性在于建立了单细胞转录组图谱，并揭示了不同细胞类型对饥饿状态下的转录响应差异 | 研究仅限于果蝇幼虫的第一龄期大脑，可能不适用于其他发育阶段或物种 | 探索大脑细胞的多样性及其在饥饿情况下的转录变化 | 果蝇幼虫大脑的细胞类型和转录组 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 11256 | 2024-08-05 |
Systematic comparative analysis of single-nucleotide variant detection methods from single-cell RNA sequencing data
2019-11-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1863-4
PMID:31744515
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研究论文 | 本研究对七种单核苷酸变异(SNV)检测工具的性能进行了系统比较 | 本研究首次为scRNA-seq数据评估了不同SNV检测工具的性能 | 在低读深度和特定基因组环境下，灵敏度显著降低 | 评估单细胞RNA测序中SNV检测工具的性能 | 七种SNV检测工具，包括SAMtools、GATK管道等 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 模拟数据和scRNA-seq数据 | 涉及七种工具的比较 |
| 11257 | 2024-08-05 |
Subsets of mononuclear phagocytes are enriched in the inflamed colons of patients with IBD
2019-11-12, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-019-0322-z
PMID:31718550
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研究论文 | 本文分析了炎症性肠病（IBD）患者结肠组织中单核巨噬细胞亚群的富集情况 | 首次聚焦于炎症性肠病患者结肠中单核巨噬细胞的富集特征及其与疾病严重程度的相关性 | 未深入探讨这些免疫细胞与其他细胞在肠道微环境中的相互作用 | 研究单核巨噬细胞在IBD中的作用及其在结肠炎症中的富集情况 | IBD患者的结肠活检样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本 | 来自不同肠道位置和疾病严重程度的多种样本 |
| 11258 | 2024-08-05 |
Building gene regulatory networks from scATAC-seq and scRNA-seq using Linked Self Organizing Maps
2019-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006555
PMID:31682608
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研究论文 | 本文介绍了一种利用自组织映射（SOM）将scATAC-seq区域与scRNA-seq基因连接的新方法。 | 提出了一种新的方法克服了现有分析方法在处理高噪声和稀疏数据集时的挑战，并能够生成草图式的调节网络。 | 该方法可能仍依赖于特定的时间序列分析和细胞类型的多样性。 | 研究的目的是开发一种新的分析方法，以整合不同单细胞测定的数据。 | 研究对象为小鼠前B细胞分化过程中的基因表达和染色质数据。 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq 和 scRNA-seq | 自组织映射（SOM） | 基因组数据 | NA |
| 11259 | 2024-08-05 |
LAmbDA: label ambiguous domain adaptation dataset integration reduces batch effects and improves subtype detection
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz295
PMID:31038689
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研究论文 | 本文开发了一种独立于物种和数据集的迁移学习框架LAmbDA，旨在减少批次效应并改善细胞亚型检测 | LAmbDA框架能够在多个数据集和物种之间进行模型训练，解决了标记模糊的问题并提高了细胞亚型识别的准确性 | 研究主要集中在模拟数据和特定组织（如胰腺和大脑）上，可能在其他实际后台数据中的表现尚不明确 | 研究旨在开发一种新的方法，减少数据集间的系统偏差，并提高细胞亚型的分类精度 | 研究对象为不同物种和组织的单细胞RNA测序数据集中的细胞亚型 | 生物计算 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 前馈神经网络（Feedforward Neural Network） | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据集1: n/a; 模拟数据集2: n/a; 胰腺数据集: n/a; 大脑数据集: n/a |
| 11260 | 2024-08-05 |
Heterogeneity and plasticity in healthy and atherosclerotic vasculature explored by single-cell sequencing
2019-Oct-01, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvz185
PMID:31350876
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综述 | 文章探讨了通过单细胞测序研究健康和动脉粥样硬化血管中的异质性和可塑性。 | 提出了异质性和可塑性的定义，并通过单细胞测序探讨了血管中的新知识。 | 当前单细胞测序研究在重复次数、细胞数量和空间信息的丧失方面存在一些局限性。 | 研究单细胞测序在揭示血管异质性中的应用及其局限性。 | 研究了健康和动脉粥样硬化血管中的细胞异质性和可塑性。 | 数字病理学 | 动脉粥样硬化 | 单细胞测序（SCS） | NA | RNA序列数据 | 使用了不同数量的细胞，具体数量不详 |