单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27667 篇文献，本页显示第 11221 - 11240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 11221 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis of Crohn's disease: Unveiling heterogeneity and evaluating ustekinumab outcomes
2024-Jul, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3715
PMID:38962887
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞RNA测序揭示克罗恩病的细胞复杂性，识别关键细胞群体及其转录组特征 | 揭示了克罗恩病中八种不同细胞类型及其重要的成纤维细胞和T细胞相互作用，为疾病机制和治疗靶点提供了新见解 | 未提及具体的样本大小和长期疗效评估 | 探究克罗恩病的细胞组成及其与健康对照的差异 | 克罗恩病患者与健康对照者的细胞组成 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 11222 | 2024-08-05 |
Exploring the role of CD8+ T cells in clear renal cell carcinoma metastasis
2024-Jul, FEBS open bio
IF:2.8Q3
DOI:10.1002/2211-5463.13819
PMID:38872260
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研究论文 | 本研究探讨了CD8+ T细胞在透明细胞肾细胞癌转移中的作用 | 首次将CD8 T细胞根据其基因特征分类为四个亚群，并发现其与预后差相关 | 缺乏临床样本的直接验证 | 揭示透明细胞肾细胞癌转移中CD8 T细胞的功能和特征 | 透明细胞肾细胞癌中的CD8 T细胞亚群 | 数字病理学 | 肾癌 | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | NA |
| 11223 | 2024-08-05 |
Combining single-cell and bulk RNA sequencing, NK cell marker genes reveal a prognostic and immune status in pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-07-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-65917-1
PMID:38951569
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研究论文 | 该研究探讨了NK细胞标记基因与胰腺导管腺癌患者的预后和免疫反应之间的关系 | 本研究首次通过构建NK细胞标记基因的签名预测胰腺癌患者的预后，并与免疫状态显示了强相关性 | 本研究的局限性在于样本主要依赖于公开数据库，可能存在选择偏倚 | 研究NK细胞在胰腺导管腺癌中的作用及其对患者预后的影响 | 研究胰腺导管腺癌患者中的NK细胞标记基因及其相关性 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和RNA测序 | Cox分析 | 基因表达数据 | 纳入7个NK细胞标记基因，验证了6个GEO数据集的预测能力 |
| 11224 | 2024-08-04 |
Advances in single-cell long-read sequencing technologies
2024-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae047
PMID:38774511
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综述 | 本文讨论了单细胞长读长测序技术的最新进展 | 提供了针对细胞复杂性来源的新见解，并强调了单细胞RNA异构体测序(scRiso-seq)的显著进展 | 主要集中在下游分析的实际考虑和操作挑战上 | 探讨单细胞测序技术在转录组和基因组研究中的应用 | 长读长测序技术在单细胞中的应用 | 数字病理学 | NA | 长读长测序 | NA | RNA和DNA序列 | NA |
| 11225 | 2024-08-05 |
Determination of permissive and restraining cancer-associated fibroblast (DeCAF) subtypes
2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.14.594197
PMID:38798565
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研究论文 | 本研究确定了与癌症相关的成纤维细胞亚型，特别是在胰腺导管腺癌中 | 开发了一个单样本分类器DeCAF，用于分类临床上限制性和允许性成纤维细胞亚型 | 虽然验证了DeCAF在多种肿瘤类型中的有效性，但对CAF亚型的临床相关性仍然不完全明确 | 研究与癌症相关的成纤维细胞亚型的临床相关性及其在多种肿瘤类型中的应用 | 不同肿瘤类型（如PDAC、间皮瘤、膀胱癌和肾细胞癌）中的CAF亚群体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 分类器 | 转录组数据 | 19个独立的总体转录组数据集 |
| 11226 | 2024-08-04 |
scRNA-seq Reveals Novel Genetic Pathways and Sex Chromosome Regulation in Tribolium Spermatogenesis
2024-03-02, Genome biology and evolution
IF:3.2Q2
DOI:10.1093/gbe/evae059
PMID:38513111
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研究论文 | 该研究揭示了赤面粉甲虫中生殖细胞发生的新遗传通路和性染色体调控机制 | 首次展示了棉果科昆虫中生殖细胞发生的特异性标记和分子通路 | 研究主要集中在非模式生物，可能缺乏与已知编码分子的直接比较 | 探索赤面粉甲虫的生殖细胞发生过程及其分子基础 | 研究对象为赤面粉甲虫的成年雄性睾丸中的细胞群体 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年雄性赤面粉甲虫的睾丸样本 |
| 11227 | 2024-08-05 |
Tyrosine Kinase Inhibition Activates Intratumoral γδ T Cells in Gastrointestinal Stromal Tumor
2024-01-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0061
PMID:37922405
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研究论文 | 本研究探讨酪氨酸激酶抑制对胃肠道间质瘤中γδ T细胞的影响 | 发现酪氨酸激酶抑制能够进一步刺激肿瘤内γδ T细胞，并揭示其在免疫疗法中的潜在靶向作用 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的生物反应 | 探讨酪氨酸激酶抑制对胃肠道间质瘤中γδ T细胞的作用机制 | 使用转基因小鼠模型研究γδ T细胞及其在胃肠道间质瘤中的作用 | 数字病理学 | 胃肠道间质瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 包括转基因小鼠模型和新鲜人类胃肠道间质瘤标本 |
| 11228 | 2024-08-04 |
ENGEP: advancing spatial transcriptomics with accurate unmeasured gene expression prediction
2023-12-21, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03139-w
PMID:38129866
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研究论文 | 本研究介绍了ENGEP，这是一个基于集成学习的工具，用于在空间转录组数据中预测未测量的基因表达 | ENGEP能够通过多个单细胞RNA测序数据集作为参考，准确预测未测量的基因表达，超越了当前的先进工具 | 本文未提及具体的限制 | 旨在提高空间转录组技术的基因表达预测能力 | 研究对象为空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 |
| 11229 | 2024-08-05 |
A time-resolved meta-analysis of consensus gene expression profiles during human T-cell activation
2023-12-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03120-7
PMID:38098113
|
研究论文 | 本文分析了不同T细胞群体在激活过程中的时间模式，以开发共识基因特征 | 本研究首次描述了不同T细胞群体的时间解析基因表达模式 | 研究未提及样本的具体来源和数量限制 | 本研究旨在识别和验证用于评估T细胞激活的生物标志物特征 | 研究对象为不同类型的激活T细胞 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 基因表达数据 | 包括521个基因和最多10个不同时间点的激活样本 |
| 11230 | 2024-08-04 |
Cytomulate: accurate and efficient simulation of CyTOF data
2023-11-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03099-1
PMID:37974276
|
研究论文 | 本文开发了一种可重复的准确的CyTOF数据模拟算法Cytomulate | Cytomulate在捕捉CyTOF数据特性和学习数据分布上优于现有方法 | 缺乏对现有分析工具的客观评估 | 为CyTOF数据的未来方法开发和评估提供基础 | CyTOF数据及其分析方法 | 数字病理学 | NA | CyTOF | NA | 数据分布 | NA |
| 11231 | 2024-08-05 |
Autophagy contributes to homeostasis in esophageal epithelium where high autophagic vesicle content marks basal cells with limited proliferation and enhanced self-renewal potential
2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.20.558614
PMID:37781581
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研究论文 | 本研究旨在定义自噬在食管上皮中的作用，特别是在稳态条件下。 | 揭示了高自噬小泡含量的食管基底细胞与有限的增殖能力和增强的自我更新潜力之间的关联。 | 本研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类生理状态。 | 探讨自噬在食管上皮稳态中的作用。 | 主要研究对象为食管基底细胞，特别是自噬小泡含量对其增殖和自我更新能力的影响。 | 数字病理学 | 食管疾病 | RNA测序，电子显微镜，流式细胞术 | NA | 组织样本，RNA | 使用了转基因小鼠及单细胞（sc）RNA测序分析 |
| 11232 | 2024-08-05 |
Sub-Cluster Identification through Semi-Supervised Optimization of Rare-Cell Silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad449
PMID:37498558
|
研究论文 | 本研究提出了SCISSORS框架，用于在单细胞RNA测序数据中识别稀有细胞类型的亚簇。 | SCISSORS通过轮廓评分评估簇的异质性，并通过多步骤半监督重聚类过程揭示异质簇中的稀有细胞，提供了一种高特异性标记基因的识别方法。 | 本研究可能受到现有聚类方法的局限，尤其是在分析和参数选择上可能影响结果的稳定性。 | 研究的目的是通过改进的聚类方法来提升稀有细胞类型的识别能力。 | 研究对象为使用单细胞RNA测序技术获得的生物异质样本中的细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督聚类 | 基因表达数据 | 数千到数百万个细胞 |
| 11233 | 2024-08-04 |
An information theoretic approach to detecting spatially varying genes
2023-06-26, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100507
PMID:37426750
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研究论文 | 本文采用信息论方法检测空间变异基因的表达模式 | 提出了一种新的算法Maxspin，以提高空间转录组技术的准确性和可扩展性 | 未提及具体的局限性 | 识别具有空间变异表达模式的基因 | 肾细胞癌样本中的空间转录组数据 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 空间转录组技术 | Maxspin | 空间转录组数据 | 肾细胞癌样本的空间转录组数据 |
| 11234 | 2024-08-05 |
Intracellular pH dynamics regulates intestinal stem cell lineage specification
2023-06-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39312-9
PMID:37353491
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研究论文 | 本文报告了细胞内pH动态对成人干细胞谱系特征的调节作用 | 发现细胞内pH梯度在小鼠小肠隐窝中存在，并与干细胞谱系特征关联 | 实验主要基于小鼠模型，可能对人类的适用性存在局限性 | 探讨细胞内pH动态在成人干细胞谱系特征中的作用 | 小鼠小肠中的隐窝干细胞及其谱系特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 11235 | 2024-08-05 |
ITGA3 acts as a purity-independent biomarker of both immunotherapy and chemotherapy resistance in pancreatic cancer: bioinformatics and experimental analysis
2023-Jun-04, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01122-z
PMID:37270717
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研究论文 | 该文章研究了ITGA3在胰腺癌中作为化疗和免疫治疗抗药性的生物标志物的作用 | 提出ITGA3作为与胰腺癌化疗和免疫治疗抗药性相关的独立生物标志物 | 不同癌症类型之间的异质性可能影响结果的普遍适用性 | 探讨整合素超家族基因在胰腺癌治疗抗药性中的作用 | 胰腺癌患者的整合素超家族基因及其与治疗抗药性的关联 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序、机器学习 | Cox回归模型 | 多组学数据 | 30个整合素超家族基因的组分析数据 |
| 11236 | 2024-08-04 |
Immunophenotypic characterization of leukemic stem cells in acute myeloid leukemia using single tube 10-colour panel by multiparametric flow cytometry: Deciphering the spectrum, complexity and immunophenotypic heterogeneity
2024-Aug, International journal of laboratory hematology
IF:2.2Q3
DOI:10.1111/ijlh.14250
PMID:38456256
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研究论文 | 本研究通过多参数流式细胞术对急性髓性白血病中的白血病干细胞进行免疫表型特征的全面分析。 | 提出了一种单管10色多参数流式细胞术面板，能够轻松、可重复地区分白血病干细胞和正常造血干细胞，并揭示了免疫表型的异质性。 | 研究中样本数量有限，且对不同亚群的区分可能受到样本特征的影响。 | 探讨急性髓性白血病中白血病干细胞的免疫表型特征及其异质性。 | 急性髓性白血病患者的骨髓抽取样本。 | 数字病理 | 急性髓性白血病 | 多参数流式细胞术（MFC）和单细胞测序 | NA | 生物样本（骨髓抽取样本） | 从255个样本中评估225个白血病干细胞和183个正常造血干细胞 |
| 11237 | 2024-08-04 |
SLC16A3 is a Prognostic Marker and Affects Immune Regulation in Bladder Cancer
2024-Jul-02, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
|
研究论文 | 本研究探讨了SLC16A3在膀胱癌中的表达及其预后标志物功能。 | 首次系统分析SLC16A3在膀胱癌中的作用及其与免疫调节的关系。 | 研究内容主要基于公共数据库，可能存在样本选择偏倚。 | 探讨SLC16A3在膀胱癌中的预后和免疫调节作用。 | 412名膀胱癌患者及3115个膀胱癌细胞样本。 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序、逆转录定量聚合酶链反应 | NA | 基因表达数据、细胞样本 | 412名膀胱癌患者和3115个膀胱癌细胞样本 |
| 11238 | 2024-08-04 |
Spatial heterogeneity and functional zonation of living tissues and organs in situ
2024-Jul-02, Journal of biochemistry
IF:2.1Q4
DOI:10.1093/jb/mvae049
PMID:38953373
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研究论文 | 介绍了活体组织和器官内的空间异质性和功能分区 | 利用最新的成像和转录组技术，揭示了器官内的分区及其生理作用 | 传统分析方法难以详细调查这些分区 | 深入理解器官中免疫系统的空间差异 | 各个器官的不同区域及其免疫系统 | 数字病理学 | NA | 活体成像、空间转录组学、单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 11239 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing in exploring the pathogenesis of diabetic retinopathy
2024-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1751
PMID:38946005
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综述 | 本综述总结了单细胞RNA测序在探索糖尿病视网膜病变病因中的应用 | 强调了通过单细胞RNA测序识别差异表达基因、关键细胞亚群体和复杂细胞间相互作用的创新点 | 缺乏对糖尿病视网膜病变的全面理解，尤其是涉及到的细胞多样性和分子异质性 | 研究糖尿病视网膜病变的发病机制 | 包括糖尿病视网膜病变患者、非人灵长类动物和小鼠模型 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 包括糖尿病视网膜病变患者及多个模型的研究 |
| 11240 | 2024-08-04 |
The Mohawk homeobox gene represents a marker and osteo-inhibitory factor in calvarial suture osteoprogenitor cells
2024-Jun-17, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06813-4
PMID:38886383
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研究论文 | 这篇文章探讨了Mohawk同源盒基因在颅缝骨祖细胞中的标记作用及抑制骨生成的功能 | 文章首次阐明了Mkx细胞在颅缝间充质中的祖先群体身份以及其作为抑制骨生成因子的作用 | 这项研究的局限性在于其主要基于小鼠模型，尚需在人类研究中验证相关发现 | 探讨Mohawk基因在颅缝细胞骨生成中的作用 | 研究对象为小鼠的颅缝间充质祖细胞 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠颅缝细胞的单细胞转录组数据 |