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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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11201 | 2025-10-07 |
Kindlin-2-mediated hematopoiesis remodeling regulates triple-negative breast cancer immune evasion
2025-Feb-07, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0698
PMID:39918417
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研究论文 | 本研究揭示Kindlin-2通过重塑造血过程和调节PD-L1表达促进三阴性乳腺癌免疫逃逸的机制 | 首次发现Kindlin-2通过系统性调控造血过程影响肿瘤免疫微环境,并证实其与PD-L1表达的相关性 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究Kindlin-2在三阴性乳腺癌免疫逃逸中的作用机制 | 三阴性乳腺癌肿瘤模型和小鼠造血系统 | 肿瘤免疫学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq, 免疫组织化学 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 组织切片图像 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
11202 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptomics reveals novel chondrocyte and osteoblast subtypes and their role in knee osteoarthritis pathogenesis
2025-Feb-05, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02136-8
PMID:39904988
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研究论文 | 通过单细胞转录组技术揭示膝骨关节炎中新型软骨细胞和成骨细胞亚型及其在疾病进展中的作用机制 | 首次鉴定出三种新型软骨细胞亚型(Smoc2血管生成软骨细胞、Angptl7血管生成软骨细胞和Col1a1成骨软骨细胞),并阐明Angptl7软骨细胞通过FGF2-FGFR2信号通路促进血管生成的机制 | 研究基于双足绝经后小鼠模型,结果向人类临床应用的转化需要进一步验证 | 探究膝骨关节炎发病机制中软骨下骨重塑与软骨退变之间的相互作用 | 膝骨关节炎小鼠模型的骨软骨复合组织 | 单细胞转录组学 | 膝骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 双足绝经后膝骨关节炎小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11203 | 2025-10-07 |
A novel protein encoded by porcine circANKRD17 activates the PPAR pathway to regulate intramuscular fat metabolism
2025-Feb-05, Journal of animal science and biotechnology
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s40104-025-01153-5
PMID:39905551
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现circANKRD17编码的新型蛋白可通过PPAR通路调控猪肌肉脂肪代谢 | 首次发现circANKRD17具有编码能力并能产生新型571氨基酸蛋白,揭示了环状RNA通过编码蛋白调控脂质代谢的新机制 | 研究主要聚焦于circANKRD17,其他具有编码潜力的环状RNA功能尚未深入探索 | 探索环状RNA在脂质代谢中的调控机制 | 兰塘猪和长白猪的背最长肌组织及IMF细胞 | 生物信息学 | NA | circRNA-seq, Ribo-seq, 单细胞测序, 脂质组学分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 蛋白质组数据 | 未明确样本数量,涉及两个猪品种的比较研究 | NA | 环状RNA测序, 核糖体测序, 单细胞测序 | NA | NA |
11204 | 2025-10-07 |
A model-based factorization method for scRNA data unveils bifurcating transcriptional modules underlying cell fate determination
2025-Feb-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97424
PMID:39907554
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研究论文 | 本文提出了一种基于模型的单细胞RNA数据分解方法MGPfact,能够将复杂的发育轨迹分解为基因集的独立分叉过程 | 开发了能够将复杂发育轨迹分解为独立分叉过程的模型框架,支持基于相关特征的轨迹推断 | NA | 开发单细胞RNA测序数据的流形学习框架,解析细胞命运决定的生物学过程 | 单细胞RNA测序数据,包括小胶质细胞发育和肿瘤相关CD8 T细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基于模型的流形学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 239个数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
11205 | 2025-10-07 |
Deterministic genetic barcoding for multiplexed behavioral and single-cell transcriptomic studies
2025-Feb-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.88334
PMID:39908076
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研究论文 | 开发了一种名为TaG-EM的遗传条形码方法,用于在单细胞转录组研究中实现细胞类型的正确定位和多路复用分析 | 通过在Gal4诱导型构建体中插入DNA条形码,实现了体内特定细胞群体的标记,并能通过单细胞测序读取条形码信息 | 方法主要应用于果蝇模型,在其他生物系统中的适用性需要进一步验证 | 开发一种能够将解剖学信息与转录组数据关联的遗传条形码技术 | 果蝇特定细胞群体 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,下一代测序 | NA | 单细胞转录组数据,DNA条形码序列 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11206 | 2025-10-07 |
Usp11 maintained the survival of marginal zone B cells under ionizing radiation by deubiquitinating DLL1 and JAG2
2025-Feb-04, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07377-7
PMID:39904982
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研究论文 | 本研究揭示Usp11通过去泛素化DLL1和JAG2维持边缘区B细胞在电离辐射下的存活 | 首次发现Usp11通过调控Notch配体DLL1和JAG2的泛素化水平来维持辐射后边缘区B细胞存活的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 阐明Usp11在辐射诱导损伤中的作用及相关机制 | Usp11基因敲除小鼠和野生型小鼠的边缘区B细胞 | 免疫学 | 辐射损伤 | 单细胞测序,免疫荧光,免疫组化,流式细胞术,Co-IP,泛素化实验,ELISA | 基因敲除小鼠模型 | 单细胞测序数据,流式数据,组织切片图像 | 未明确样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11207 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling reveals a reduced epithelial defense system, decreased immune responses and the immune regulatory roles of different fibroblast subpopulations in chronic atrophic gastritis
2025-Feb-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06150-w
PMID:39905493
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示慢性萎缩性胃炎中上皮防御系统减弱、免疫反应下降及不同成纤维细胞亚群的免疫调节作用 | 首次在单细胞水平系统揭示CAG病变中上皮细胞防御功能减弱、免疫细胞功能下降及CXCL11+APOE+成纤维细胞的免疫调节作用 | 样本量较小(仅3例CAG活检样本),需要更大样本验证发现 | 阐明慢性萎缩性胃炎发生的分子机制和细胞变化 | 慢性萎缩性胃炎患者活检组织及配对正常组织 | 单细胞转录组学 | 慢性萎缩性胃炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例CAG活检样本及配对正常组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11208 | 2025-10-07 |
CD4+ Effector Memory T Cells Related Marker Gene Signatures in Osteoporosis and Aging: Insight From Single-Cell Analysis and Mendelian Randomization
2025-Feb-04, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
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研究论文 | 通过单细胞分析和孟德尔随机化研究骨质疏松与衰老的关联机制 | 首次整合单细胞数据和孟德尔随机化方法,识别CD4+效应记忆T细胞作为骨质疏松与衰老的核心细胞亚群,并发现三个关键基因的因果关联 | 样本量有限,动物模型验证仍需进一步扩展 | 探究骨质疏松与衰老之间的关联及共享分子机制 | 骨质疏松患者、衰老个体和健康对照的外周血样本,以及大鼠骨质疏松模型 | 单细胞分析 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, RT-qPCR | NA | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据 | 骨质疏松患者、衰老个体和健康对照的外周血单细胞数据,大鼠骨质疏松模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11209 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of human blood eosinophils reveals plasticity and absence of canonical cell subsets
2025-Feb, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.16213
PMID:38934897
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
11210 | 2025-10-07 |
RGS10 Deficiency Alleviated Intestinal Mucosal Inflammation Through Suppression of Th1/Th17 Cell Immune Responses in Ulcerative Colitis
2025-01, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13869
PMID:39428350
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研究论文 | 本研究揭示了RGS10通过调控Th1/Th17细胞分化在溃疡性结肠炎肠道黏膜炎症中的作用机制 | 首次发现RGS10在UC患者CD4 T细胞中高表达,并阐明其通过结合PTPN2调控STAT1/STAT3磷酸化影响Th1/Th17细胞分化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究RGS10在溃疡性结肠炎发病机制中的作用 | 溃疡性结肠炎患者样本和RGS10基因敲除小鼠 | 免疫学 | 溃疡性结肠炎 | qRT-PCR, Western blotting, 免疫组化, 免疫荧光, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 酶联免疫吸附试验, 免疫共沉淀 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞测序数据 | UC患者和健康对照样本,RGS10敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11211 | 2025-10-07 |
Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_13
PMID:39900764
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研究论文 | 介绍SciDAP平台如何简化单细胞测序数据分析流程 | 开发了基于通用工作流语言的便携可重复分析流程,为非计算背景的生物学家提供用户友好的单细胞数据分析方案 | 未提及平台性能的具体量化评估数据 | 解决单细胞测序数据分析的复杂性和可重复性问题 | 单细胞测序数据分析流程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 单细胞多组学测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | SciDAP | 基于通用工作流语言的计算分析平台 |
11212 | 2025-10-07 |
Improving doublet cell removal efficiency through multiple algorithm runs
2025, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2025.01.009
PMID:39911841
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研究论文 | 提出一种多轮双细胞去除策略,通过多次运行算法提高单细胞RNA测序数据中双细胞的去除效率 | 首次提出多轮双细胞去除策略,通过循环运行算法减少随机性,显著提升双细胞检测效果 | 未明确说明计算成本增加程度,且策略效果依赖于基础算法的性能 | 提高单细胞RNA测序数据分析中双细胞去除的效率和准确性 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | DoubletFinder, cxds, bcds, hybrid | 单细胞RNA测序数据 | 14个真实数据集、29个条形码标记数据集和106个合成数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11213 | 2025-10-07 |
InTraSeq: A Multimodal Assay that Uncovers New Single-Cell Biology and Regulatory Mechanisms
2024-Dec-09, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5284652/v1
PMID:39711533
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研究论文 | 本文介绍了一种新型多模态单细胞测序技术InTraSeq,能够同时测量单个细胞中的mRNA、表面标志物、细胞质蛋白和核蛋白 | 开发了能够同时测量细胞内mRNA和多种蛋白质(包括翻译后修饰和转录因子)的多模态单细胞测序技术 | NA | 开发和应用多模态单细胞测序技术以更全面地研究细胞功能和调控机制 | Th17细胞分化过程中的细胞状态和调控机制 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序,多模态单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据 | 超过85,000个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,多模态单细胞分析 | InTraSeq | 基于寡核苷酸条形码抗体的多模态单细胞测序技术 |
11214 | 2025-10-07 |
Biophysical model for joint analysis of chromatin and RNA sequencing data
2024-Dec, Physical review. E
DOI:10.1103/PhysRevE.110.064405
PMID:39916216
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研究论文 | 提出一种用于联合分析染色质和RNA测序数据的生物物理模型 | 开发了能够参数化多组学数据的染色质动力学和转录生物物理模型,并评估多组学数据相对于非配准单细胞测序的优势 | 模型主要应用于单细胞ATAC-seq数据,对其他模态数据的整合验证有限 | 开发联合分析染色质可及性和基因表达数据的计算方法 | 单细胞多组学测序数据和非配准单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学测序 | 生物物理模型 | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
11215 | 2025-10-07 |
The MRAP2 accessory protein directly interacts with melanocortin-3 receptor to enhance signaling
2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.06.622243
PMID:39574659
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研究论文 | 本研究证实MRAP2辅助蛋白通过与MC3R直接相互作用增强其信号传导功能 | 首次使用单分子下拉技术确认MC3R与MRAP2的相互作用,揭示了它们形成1:1异源二聚体的分子机制 | 研究主要在HEK293细胞系中进行,需要在更接近生理条件的模型中验证 | 阐明MRAP2对MC3R信号传导的调控机制及其在能量稳态中的作用 | 黑皮质素3受体(MC3R)及其辅助蛋白MRAP2 | 分子生物学 | 肥胖症 | 单分子下拉(SiMPull)、荧光光漂白分析、单核RNA测序、空间转录组学、结构同源建模、丙氨酸突变筛选 | NA | 分子相互作用数据、基因表达数据、信号传导数据 | HEK293细胞系、人类下丘脑神经元 | NA | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
11216 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA transcriptomics in mice reveals embryonic origin of fibrosis due to maternal obesity
2024-Nov, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105421
PMID:39476533
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示母体肥胖通过抑制AMPK信号通路增强胚胎纤维化进程的机制 | 首次在胚胎期发现母体肥胖诱导的纤维化细胞群增加,并证实AMPK信号通路在其中的关键调控作用 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本中验证 | 探究母体肥胖导致子代组织纤维化的胚胎起源和分子机制 | C57BL/6J小鼠胚胎体细胞组织(E9.5、E11.5、E13.5时期) | 单细胞组学 | 纤维化疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 对照组和母体肥胖组小鼠胚胎组织(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11217 | 2025-10-07 |
NME4 suppresses NFκB2-CCL5 axis, restricting CD8+ T cell tumour infiltration in oesophageal squamous cell carcinoma
2024-10, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13838
PMID:39016535
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研究论文 | 本研究揭示了NME4通过调控NFκB2-CCL5轴抑制CD8+ T细胞在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中浸润的机制 | 首次发现NME4在肿瘤微环境中的免疫调节功能,并阐明其通过NFκB2-CCL5轴调控CD8+ T细胞浸润的新机制 | 临床样本中NME4表达与临床病理和预后的相关性有限,主要机制研究基于小鼠模型 | 探究NME4在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的免疫学作用及其分子机制 | 食管鳞状细胞癌患者样本、C57BL/6小鼠同源肿瘤模型、AKR小鼠ESCC细胞系 | 肿瘤免疫学 | 食管鳞状细胞癌 | 多重免疫组织化学、单细胞RNA测序、定量蛋白质组学、蛋白质微阵列筛选 | 同源肿瘤小鼠模型 | 组织切片图像、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据 | 食管鳞状细胞癌患者样本和小鼠模型样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11218 | 2025-10-07 |
FANCD2 as a ferroptosis-related target for recurrent implantation failure by integrated bioinformatics and Mendelian randomization analysis
2024-Oct, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70119
PMID:39400935
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研究论文 | 通过整合生物信息学和孟德尔随机化分析,研究铁死亡相关基因在复发性种植失败中的作用 | 首次结合生物信息学分析和孟德尔随机化方法系统研究DEFRGs在RIF中的表达和意义,发现FANCD2通过非经典铁死亡依赖途径参与RIF发病机制 | 研究样本量有限,需要进一步实验验证基因功能机制 | 探究铁死亡相关基因在复发性种植失败发病机制中的作用 | 复发性种植失败患者和健康个体的子宫内膜组织 | 生物信息学 | 生殖系统疾病 | 生物信息学分析,孟德尔随机化分析,单细胞RNA测序,机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
11219 | 2025-10-07 |
Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness
2024-Jul-11, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqae015
PMID:38985000
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析细胞因子处理的人类胰岛,揭示细胞应激与细胞因子反应性受损的关联 | 首次在单细胞水平揭示人类胰岛对细胞因子的整体反应较鼠类显著减弱,并发现核糖体蛋白高表达与细胞因子无反应性相关 | 供体死亡原因和胰岛分离方法可能影响实验结果,未评估应激相关基因表达可能限制研究结论的普适性 | 研究人类胰岛在细胞因子刺激下的基因表达变化及其与细胞应激的关系 | 人类胰岛细胞 | 单细胞组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未明确样本数量的人类胰岛细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
11220 | 2025-10-07 |
The dysfunction of CD8+ T cells triggered by endometriotic stromal cells promotes the immune survival of endometriosis
2024-07, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13786
PMID:38544333
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示子宫内膜异位症中CD8+ T细胞功能失调促进疾病免疫逃逸的机制 | 首次在单细胞水平系统描绘子宫内膜异位症的细胞图谱,发现子宫内膜基质细胞通过STAT1/PDCD1通路和代谢重编程诱导CD8+ T细胞功能失调的新机制 | 样本量较小(仅3例患者),需要更大规模研究验证发现 | 探究子宫内膜异位症的细胞异质性及CD8 T细胞在疾病进展中的作用 | 卵巢子宫内膜异位症患者组织样本及小鼠模型 | 单细胞组学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例卵巢子宫内膜异位症患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |