单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
11181	2024-08-05	M2 Macrophage Classification of Colorectal Cancer Reveals Intrinsic Connections with Metabolism Reprogramming and Clinical Characteristics 2024, Pharmacogenomics and personalized medicine DOI:10.2147/PGPM.S458798 PMID:39011168	研究论文	本文研究了结直肠癌中M2巨噬细胞的分类及其与代谢重编程和临床特征的内在联系	提出了一种独特的M2分类技术，并发现了代谢表型与免疫特征之间的关系	仍需进一步研究以确认所识别的基因特征在免疫与肿瘤代谢之间的关键作用	探讨结直肠癌中免疫细胞代谢演变的临床意义	M2巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的代谢变化	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和批量RNA测序	混合聚类模型	基因表达数据	分析了来自TCGA和GEO数据集的多组样本
11182	2024-08-04	Integration of spatial and single-cell data across modalities with weak linkage 2023-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.12.523851 PMID:36711792	研究论文	本文提出了一种新的跨模态数据集成方法MaxFuse，以解决单细胞和空间组学数据之间的弱链接问题	MaxFuse方法通过迭代共同嵌入、数据平滑和细胞匹配来实现高质量的数据集成，即使在信息关联性较弱的情况下也能保持高鲁棒性和准确性	目前的方法依赖于高度相关的先验“链接”特征，当相关特征稀少或缺乏信息时，现有方法会失败	研究目的在于提升单细胞和空间组学数据的跨模态集成能力	研究对象主要是单细胞测序和空间蛋白组学数据	数字病理学	NA	单细胞测序, 空间条形码技术	NA	多组学数据	通过对单细胞和空间真实多组学数据集的基准测试进行验证
11183	2024-08-05	Critical changes in hypothalamic gene networks in response to pancreatic cancer as found by single-cell RNA sequencing 2022-04, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2022.101441 PMID:35031523	研究论文	本研究探讨了胰腺癌对下丘脑基因网络的影响，特别是在癌症恶病质中的作用	首次利用单细胞RNA测序分析了下丘脑在胰腺癌引起的恶病质响应中的细胞类型特异性变化	研究仅在小鼠模型中进行，临床转化仍需更多研究	揭示胰腺癌导致的恶病质对下丘脑的分子影响	小鼠模型的下丘脑及其对胰腺癌的响应	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型的具体样本数量未在摘要中提供
11184	2024-08-05	Geometric Sketching Compactly Summarizes the Single-Cell Transcriptomic Landscape 2019-06-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.05.003 PMID:31176620	研究论文	本文介绍了一种通过几何素描来总结单细胞转录组特征的方法	提出了一种利用少量细胞数据增强单细胞数据分析的几何素描方法	研究中未提及的样本数量和其他细节的数据可能限制了结果的普遍适用性	探讨如何加速和增强单细胞转录组数据的分析	针对脐带血细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	涉及脐带血细胞的一个小子集
11185	2024-08-05	Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial 2019-06-19, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20188746 PMID:31217225	review	本文详细介绍了单细胞RNA-seq分析的最佳实践和工作流程	提供了独立比较研究的基础上的最佳实践推荐，并整合到工作流程中	未提及具体案例的样本大小和类型	为单细胞RNA-seq分析领域的新手提供工作流程教程	聚焦于单细胞RNA-seq分析的预处理和下游分析步骤	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	数据集、基因表达数据	NA
11186	2024-08-05	HSV-1 single-cell analysis reveals the activation of anti-viral and developmental programs in distinct sub-populations 2019-05-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.46339 PMID:31090537	研究论文	本文结合活细胞成像和单细胞 RNA 测序，揭示了 HSV-1 感染中不同亚群的抗病毒和发育程序的激活。	揭示了在 HSV-1 感染中，感染细胞的转录异质性并识别出转录上独特的亚群体。	研究主要集中在初级人类细胞的感染，可能无法完全适用于其他类型细胞或感染方式。	研究 HSV-1 感染过程中的单细胞水平的病毒和宿主转录异质性。	主要研究初级人类细胞在 HSV-1 感染下的反应。	数字病理学	NA	单细胞 RNA 测序和活细胞成像	NA	RNA 数据	NA
11187	2024-08-05	Imaging Mass Cytometry and Single-Cell Genomics Reveal Differential Depletion and Repletion of B-Cell Populations Following Ofatumumab Treatment in Cynomolgus Monkeys 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.01340 PMID:31281311	研究论文	该研究关注了在猕猴中使用Ofatumumab治疗后淋巴细胞亚群的变化	本研究首次揭示了Ofatumumab对B细胞亚群的不同消耗和再补充过程	该研究仅在猕猴模型中进行，可能不完全适用于人类	旨在研究Ofatumumab治疗对淋巴细胞亚群的影响及其潜在生物标志物	研究对象为接受Ofatumumab治疗的猕猴	数字病理学	多发性硬化症	影像质谱细胞测定、流式细胞术、免疫组化、原位杂交、单细胞转录组分析	NA	血液样本、淋巴组织样本	NA
11188	2024-08-05	Self-renewing resident cardiac macrophages limit adverse remodeling following myocardial infarction 2019-01, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-018-0272-2 PMID:30538339	研究论文	本研究表明，常驻心脏巨噬细胞在心肌梗死后的不良重塑中起到重要作用	通过命运追踪、联合动物实验和单细胞转录组学展示心脏巨噬细胞自我更新与血单核细胞输入的关系	本研究未探讨其他类型巨噬细胞在心脏修复中的潜在角色	探讨心脏巨噬细胞在心肌梗死后的功能分化及其自我更新能力	研究对象为心脏的常驻巨噬细胞及其与血单核细胞的相互作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	Cx3cr1基础系统	细胞	NA
11189	2024-08-05	Paired-cell sequencing enables spatial gene expression mapping of liver endothelial cells 2018-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4231 PMID:30222169	研究论文	本研究通过配对细胞测序技术实现肝脏内皮细胞的空间基因表达映射	首创性地结合配对细胞测序与空间基因表达映射，适用于低mRNA含量细胞的区域性分析	主要集中于肝脏内皮细胞，其他非实质性细胞的应用尚待验证	研究肝脏内皮细胞的空间基因表达模式	重点研究小鼠肝细胞与肝脏内皮细胞的配对	数字病理学	NA	配对细胞测序	NA	单细胞RNA测序	小鼠的肝细胞和肝脏内皮细胞对
11190	2024-08-05	Proliferation Drives Aging-Related Functional Decline in a Subpopulation of the Hematopoietic Stem Cell Compartment 2017-05-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.04.074 PMID:28538171	研究论文	本文探讨了造血干细胞功能衰退的分子基础，特别是与衰老相关的细胞增殖机制	发现了一群携带p53标志的衰老造血干细胞亚群，揭示了JAK2V617F驱动的增殖与p53介导的功能衰退之间的关系	研究主要集中在老鼠模型上，可能无法完全反映人类的衰老过程	探索造血干细胞老化的分子机制	老化的造血干细胞亚群	数字病理学	与衰老相关的疾病	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	使用了一组衰老小鼠的造血干细胞
11191	2024-08-05	Identification of Regulatory RNA-Binding Proteins Associated with Immune Infiltration in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma 2024-Aug-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300498 PMID:38912837	研究论文	本文分析了与喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的替代剪接事件和调节RNA结合蛋白	介绍了新的剪接位点使用变异分析软件和科学反卷积算法，以识别重要的免疫细胞和调节RNA结合蛋白	只使用了从公共数据库下载的数据，可能未涵盖所有相关生物样本	识别与人类喉鳞状细胞癌免疫浸润相关的调节RNA结合蛋白	研究对象包括20个喉癌及其旁癌组织样本	数字病理学	喉癌	RNA测序	NA	转录组数据	20个喉癌及旁癌组织样本和117个人喉癌样本
11192	2024-08-05	Dysregulated energy and protein homeostasis and the loss of GABAergic amacrine cells in aging retina 2024-Aug, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.109985 PMID:38945518	研究论文	本研究阐明了C57BL/6小鼠在衰老过程中的主要视网膜神经元的转录组变化	首次使用单细胞RNA测序技术分析了不同类型视网膜细胞在衰老过程中的独特变化	研究主要集中于C57BL/6小鼠，结果可能不适用于其他品系或物种	探讨衰老过程中视网膜细胞转录组的变化，以理解与衰老相关的视网膜退化机制	1.5-2个月和24-30个月大的C57BL/6小鼠的视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两组年龄小鼠(1.5-2个月与24-30个月)
11193	2024-08-04	Paris saponin VII inhibits triple-negative breast cancer by targeting the MEK/ERK/STMN1 signaling axis 2024-Jul-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.155746 PMID:38763012	研究论文	本研究探讨了Paris saponin VII对三阴性乳腺癌的治疗效果及其潜在机制	首次表明STMN1磷酸化的抑制可能是PSⅦ抗癌作用的机制	尚未进行临床试验验证	阐明PSⅦ对三阴性乳腺癌的治疗作用	研究对象为三阴性乳腺癌细胞及相关基因表达	数字病理学	乳腺癌	分子对接、分子动力学、西方印迹	NA	单细胞测序数据	4T1异种移植模型
11194	2024-08-04	Early human fetal lung atlas reveals the temporal dynamics of epithelial cell plasticity 2024-Jul-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50281-5 PMID:39003323	研究论文	该研究提供了发育中的人类肺脏的单细胞图谱	该研究通过对超过150,000个单细胞进行测序，揭示了人类胎肺的细胞谱系发展动态	该研究可能未涵盖所有潜在的细胞类型和发育阶段	研究人类胎肺的发展及其在发育缺陷和疾病状态下的功能变化	分析19个健康人类假腺性胎肺组织中的细胞发育轨迹	数字病理学	肺癌	单细胞测序和空间转录组学	NA	单细胞数据	19个健康人类胎肺组织样本
11195	2024-08-04	Unraveling the molecular architecture of autoimmune thyroid diseases at spatial resolution 2024-Jul-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50192-5 PMID:39003267	研究论文	本研究利用空间转录组技术探讨自身免疫性甲状腺疾病的分子结构及细胞异质性	首次识别出不同类型的细胞亚群及其在甲状腺中的分布，揭示了与甲状腺疾病相关的特定细胞损伤和纤维母细胞亚群	该研究的样本量和选取标准未明确说明，可能影响结果的普适性	研究自身免疫性甲状腺疾病的分子机制和细胞间相互作用	研究对象为自身免疫性甲状腺疾病患者的甲状腺组织样本	数字病理学	自身免疫性甲状腺疾病	空间转录组技术	NA	甲状腺组织样本	NA
11196	2024-08-05	Differential regulation by CD47 and thrombospondin-1 of extramedullary erythropoiesis in mouse spleen 2024-Jul-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92679 PMID:38979889	研究论文	本研究探讨了CD47和血小板蛋白-1在小鼠脾脏外髓造血中的差异调节作用	揭示了CD47在限制外髓造血方面的作用以及血小板蛋白-1对成人小鼠脾脏外髓造血的基线作用	该研究主要基于小鼠模型，是否适用于其他物种尚需进一步验证	研究CD47和血小板蛋白-1在小鼠脾脏外髓造血中的调节机制	小鼠脾脏细胞，特别是缺乏CD47和血小板蛋白-1的小鼠	数字病理学	NA	单细胞转录组和流式细胞术分析	NA	细胞	涉及小鼠脾脏细胞的实验
11197	2024-08-05	Altered tumor microenvironment heterogeneity of penile cancer during progression from non-lymphatic to lymphatic metastasis 2024-Jul, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70025 PMID:39003681	研究论文	本研究首次探讨了阴茎癌在从非淋巴转移到淋巴转移过程中肿瘤微环境异质性的变化	研究揭示了阴茎癌微环境中上皮细胞、成纤维细胞和内皮细胞之间的相互作用以及肿瘤进展和淋巴结转移中功能合作的重要性	研究样本量较小，仅涉及六名进行单细胞RNA测序的患者和七名进行整体RNA测序的患者	研究阴茎癌的肿瘤微环境如何随着从非淋巴转移到淋巴转移的进展而变化	六名阴茎癌患者的细胞，分别为四名淋巴转移患者（IV期）和两名非淋巴转移患者（I期）	数字病理学	阴茎癌	单细胞RNA测序和整体RNA测序	NA	细胞	六名患者的46,861个细胞和七名患者的RNA样本
11198	2024-08-05	Single-cell transcriptome profiling highlights the importance of telocyte, kallikrein genes, and alternative splicing in mouse testes aging 2024-06-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-65710-0 PMID:38926537	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠睾丸衰老过程中包头细胞和卡利克林基因的重要性	首次探讨了睾丸包头细胞和卡利克林基因在小鼠睾丸衰老中的作用，及其细胞类型特异性的可变剪接动态	本研究仅基于小鼠模型，未来需要在其他物种中验证结果	深入理解睾丸衰老过程中的转录组变化	年轻和老年小鼠的睾丸单细胞	数字病理	NA	转录组测序	NA	基因表达数据	43323个睾丸单细胞
11199	2024-08-05	Cbl and Cbl-b ubiquitin ligases are essential for intestinal epithelial stem cell maintenance 2024-Jun-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109912 PMID:38974465	研究论文	这篇文章展示了Cbl和Cbl-b泛素连接酶对肠上皮干细胞维持的重要性	揭示了Cbl家族泛素连接酶在调节肠上皮干细胞和分化之间平衡的作用	本研究主要集中在小鼠模型上，缺乏对人类肠上皮干细胞的验证	探讨Cbl和Cbl-b在肠上皮干细胞维持中的功能	Lgr5+肠干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、LacZ谱系追踪	NA	RNA数据	NA
11200	2024-08-05	SorLA restricts TNFα release from microglia to shape a glioma-supportive brain microenvironment 2024-May, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-024-00117-6 PMID:38499808	研究论文	本文探讨了SorLA在胶质瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞功能特性中的影响	揭示了SorLA在调节小胶质细胞释放TNFα中的作用，其对胶质瘤微环境及肿瘤进展有重要影响	本研究主要依赖于已发布的scRNA-seq数据和体外模型，可能限制了在临床背景下的直接适用性	研究SorLA如何影响胶质瘤微环境中的小胶质细胞功能	胶质瘤相关小胶质细胞和巨噬细胞（GAMs）	数字病理学	胶质瘤	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	NA