单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30193 篇文献，本页显示第 1101 - 1120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2025-07-17 |
Unveiling new therapeutic targets for esophageal cancer treatment through single-cell transcriptomics: pH-responsive nanobubbles enhance the efficacy of 125I radiotherapy
2025-Jul-15, Journal of nanobiotechnology
IF:10.6Q1
DOI:10.1186/s12951-025-03552-2
PMID:40665303
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1102 | 2025-07-20 |
Tumor-intrinsic ENO1 inhibition promotes antitumor immune response and facilitates the efficacy of anti-PD-L1 immunotherapy in bladder cancer
2025-Jul-15, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-025-03464-x
PMID:40665335
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研究论文 | 该研究通过CRISPR cas9体内筛选和RNA测序技术，发现ENO1是调控抗PD-L1治疗效果的关键因子，并揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的作用机制 | 首次发现ENO1通过SPP1-ITGA4/ITGB1通路调控CD8 T细胞功能和肿瘤相关巨噬细胞极化，揭示了其在膀胱癌免疫逃逸中的关键作用 | 研究主要基于膀胱癌样本，其他癌症类型中的适用性需要进一步验证 | 探索膀胱癌免疫治疗抵抗机制并寻找新的治疗靶点 | 膀胱癌样本和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 膀胱癌 | CRISPR cas9筛选、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 临床膀胱癌样本（具体数量未明确说明） |
| 1103 | 2025-07-20 |
Integration of scRNA-seq and ST-seq identifies hyperproliferative RRM2+ cells features and therapeutic targets in gastric cancer
2025-Jul-15, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06847-y
PMID:40665360
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研究论文 | 本研究通过整合scRNA-seq和ST-seq技术，揭示了胃癌中高增殖性RRM2+细胞的特征及其治疗靶点 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组测序技术，揭示了RRM2+高增殖性细胞在胃癌发展中的关键作用，并筛选出新型治疗药物osalmid | 样本量相对较小（40个scRNA-seq样本和6个ST样本），且主要基于细胞和动物实验，临床转化需要进一步验证 | 探究胃癌中高增殖性细胞的分子特征及其治疗靶点 | 人类胃组织样本（包括正常和肿瘤组织） | 数字病理学 | 胃癌 | scRNA-seq, ST-seq | NA | RNA测序数据 | 40个scRNA-seq样本和6个ST样本 |
| 1104 | 2025-07-20 |
CD8+GZMK+CD27+CCR7+ T cells mobilized by splenic sympathetic nerves aggravate brain ischemia‒reperfusion injury via CCL19-positive endothelial cells
2025-Jul-14, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-025-01311-9
PMID:40659887
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研究论文 | 本研究探讨了脾交感神经活动通过动员特定T细胞亚群加剧脑缺血再灌注损伤的机制，并提出了一种新的治疗策略 | 发现了一种新型GZMK+CD8+CD27+CCR7+ T细胞亚群（Tsa细胞），并揭示了脾交感神经系统通过ADRB2信号和CCL19-CCR7趋化轴促进Tsa细胞动员和脑内浸润的机制 | 研究主要基于小鼠模型，在人体中的验证仍需进一步研究 | 阐明脾-脑-免疫轴在脑缺血再灌注损伤中的作用机制并探索潜在治疗策略 | 急性缺血性卒中患者和小鼠模型 | 神经免疫学 | 缺血性卒中 | 单细胞RNA测序、手术去神经术 | tMCAO小鼠模型 | 基因表达数据、临床数据 | 急性缺血性卒中患者样本和tMCAO小鼠模型 |
| 1105 | 2025-07-20 |
SIRT7 facilitates ferroptosis resistance of melanocytes via activating the SMAD3-ATF3-GPX4 signaling pathway in vitiligo
2025-Jul-12, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.07.020
PMID:40659088
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研究论文 | 本研究探讨了SIRT7通过激活SMAD3-ATF3-GPX4信号通路在白癜风中抵抗黑色素细胞铁死亡的机制 | 首次揭示了SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的保护作用及其通过SMAD3-ATF3-GPX4信号通路的调控机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类患者中进行临床验证 | 探究SIRT7在白癜风黑色素细胞铁死亡中的调控机制 | 白癜风患者的皮损周围皮肤和健康供体的黑色素细胞，以及黑色素细胞特异性Sirt7敲除小鼠 | 分子病理学 | 白癜风 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，基因干预和生化检测 | 黑色素细胞特异性Sirt7敲除小鼠模型 | 蛋白质表达数据，RNA测序数据 | 未明确说明样本数量，涉及白癜风患者和健康供体的皮肤样本，以及小鼠模型 |
| 1106 | 2025-07-20 |
Origin, functions, heterogeneity and associated diseases of B-1 cells
2025-Jul-10, Clinical immunology (Orlando, Fla.)
DOI:10.1016/j.clim.2025.110561
PMID:40651736
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综述 | 本文综述了B-1细胞的起源、生物学功能及其在人类疾病中的作用，并讨论了单细胞测序分析在理解B-1细胞异质性方面的进展 | 讨论了B-1细胞在特定病理生理特征下的异质性，部分通过单细胞测序分析阐明 | B-1细胞的起源尚未完全明确，存在两种假说 | 探讨B-1细胞的起源、功能及其在疾病中的作用 | B-1细胞 | 免疫学 | 自身免疫疾病、感染性疾病、炎症性疾病 | 单细胞测序分析 | NA | NA | NA |
| 1107 | 2025-07-20 |
Etiological basis for chronic pain genetic variation in brain and dorsal root ganglia cell types
2025-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.07.03.25330832
PMID:40630576
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research paper | 该研究通过整合GWAS数据和单细胞RNA测序数据，探索了慢性疼痛的遗传变异在脑和背根神经节细胞类型中的病因学基础 | 揭示了慢性疼痛相关变异在谷氨酸能神经元中的富集，特别是在前额叶皮层、海马CA1-3和杏仁核中，以及在hDRG中的hPEP.TRPV1/A1.2神经元亚型中的显著富集 | 样本量相对较小（特别是慢性疼痛患者的DRG样本仅有12例），可能限制了结果的普适性 | 探索慢性疼痛的遗传变异在脑和背根神经节细胞类型中的病因学基础 | 人类脑组织、背根神经节（hDRG）以及小鼠背角组织 | 遗传学 | 慢性疼痛 | GWAS, scRNA-seq, 单细胞染色质可及性分析 | NA | 基因组数据、RNA测序数据、染色质可及性数据 | GWAS数据涉及1,235,695个样本，慢性疼痛患者的DRG样本12例 |
| 1108 | 2025-07-20 |
Hair Bundle Degeneration is a Key Contributor to Age-Related Vestibular Dysfunction
2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.02.636113
PMID:39975332
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研究论文 | 该研究探讨了年龄相关前庭功能障碍(ARVD)的分子机制，重点关注了机械敏感毛细胞(HCs)的老化过程 | 揭示了前庭毛细胞老化过程中毛发束退化和机械转导功能下降是ARVD的关键因素，且这些变化先于毛细胞丢失 | 研究仅基于小鼠模型，人类样本数据缺乏 | 探究年龄相关前庭功能障碍的病因和分子机制 | 年轻和年老小鼠的前庭毛细胞 | 生物医学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA-seq转录组分析、成像技术、电生理记录 | NA | 转录组数据、图像数据、电生理数据 | 年轻和年老小鼠的前庭毛细胞样本 |
| 1109 | 2025-07-20 |
Paradigms, innovations, and biological applications of RNA velocity: a comprehensive review
2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf339
PMID:40668554
|
综述 | 本文全面回顾了RNA速度的范式、创新及其在生物学中的应用，为动态转录组研究提供了全面的指导 | 系统分类RNA速度模型为三类，并分析各类方法的原理、假设及计算策略，同时介绍超越经典剪接动力学的新兴扩展方法 | 讨论了模型假设、预处理程序和速度可视化方面的现有局限性 | 提供RNA速度领域的结构化概述，支持其在动态转录组研究中的有效实施 | RNA速度模型及其在发育生物学和疾病微环境中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | Velocyto, scVelo | 转录组数据 | NA |
| 1110 | 2025-07-20 |
Cardiac fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development in the murine heart via the collagen signaling pathway
2025-Jul-01, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.102305
PMID:40591485
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研究论文 | 本研究通过RNA染色和单细胞mRNA测序技术，揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌和冠状动脉血管发育的机制 | 首次系统性地揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类心脏发育中验证 | 探究心脏成纤维细胞在心肌和血管发育中的作用机制 | 小鼠心脏发育过程中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | RNA染色、单细胞mRNA测序(scRNA-seq)、白喉毒素A(DTA)消融系统 | NA | 基因表达数据 | 不同发育阶段的小鼠心脏组织 |
| 1111 | 2025-07-20 |
Multi-Omics Analysis and Real-World Data Validation of Serine Metabolism-Related Genes in Colorectal Cancer
2025-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70721
PMID:40660426
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和真实世界数据验证，探讨了丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的作用 | 首次在泛癌分析中系统研究了丝氨酸代谢相关基因的表达模式、遗传变异及其临床意义，并在结直肠癌中进行了深入验证 | 研究主要基于TCGA和GTEx数据库，可能受到样本来源和数量的限制 | 阐明丝氨酸代谢相关基因在结直肠癌中的表达模式及其临床意义 | 结直肠癌患者样本和泛癌分析数据 | 癌症代谢研究 | 结直肠癌 | 转录组学、基因组学、表观遗传学分析、单细胞RNA测序、免疫组织化学 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | TCGA和GTEx数据库样本，以及两个独立的真实世界结直肠癌队列 |
| 1112 | 2025-07-20 |
Bayesian inference of fitness landscapes via tree-structured branching processes
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf193
PMID:40662787
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research paper | 本文介绍了一种名为FiTree的树状多类型分支过程模型，用于从单细胞肿瘤突变树中学习适应性景观 | FiTree模型结合了上位适应性参数化和贝叶斯推断方案，能够统一癌症进展的概率图模型与群体遗传学 | NA | 研究肿瘤进化的适应性景观，为治疗策略提供依据 | 肿瘤的进化历史和突变效应 | computational biology | acute myeloid leukemia | single-cell sequencing | tree-structured multi-type branching process | mutation trees | NA |
| 1113 | 2025-07-20 |
Fast and scalable Wasserstein-1 neural optimal transport solver for single-cell perturbation prediction
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf253
PMID:40662778
|
research paper | 提出了一种基于Wasserstein-1（W1）对偶公式的新型求解器，用于单细胞扰动预测，解决了Wasserstein-2（W2）最优传输求解器在优化过程中的复杂性和收敛速度慢的问题 | 利用W1对偶公式简化了优化问题，避免了耗时的min-max优化，并通过对抗训练恢复传输映射，实现了比W2 OT求解器更快的速度和更高的可扩展性 | W1对偶求解仅揭示了传输方向，不直接提供唯一的最优传输映射，需要通过额外步骤恢复 | 开发一种快速且可扩展的Wasserstein-1神经最优传输求解器，用于单细胞扰动预测 | 单细胞数据分布 | machine learning | NA | Wasserstein-1 (W1) neural optimal transport solver | NA | single-cell RNA-seq data | NA |
| 1114 | 2025-07-20 |
Incorporating hierarchical information into multiple instance learning for patient phenotype prediction with single-cell RNA-sequencing data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf241
PMID:40662783
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research paper | 该论文提出了一种将层次信息整合到基于注意力的多实例学习框架中的新方法，用于单细胞RNA测序数据的患者表型预测 | 在基于注意力的多实例学习框架中整合了单细胞RNA测序数据的层次结构信息，提高了模型性能和可解释性 | 未明确提及具体局限性 | 改进患者表型预测方法，特别是利用单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据和患者表型数据 | machine learning | NA | scRNA-seq | attention-based MIL | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本量，但提到对有限样本量具有鲁棒性 |
| 1115 | 2025-07-20 |
Refinement strategies for Tangram for reliable single-cell to spatial mapping
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf194
PMID:40662790
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research paper | 本文改进了Tangram工具，以提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合的可靠性和一致性 | 通过基因子集训练、细胞过滤、正则化引入和邻域信息整合，提高了Tangram在细胞映射中的一致性 | 研究结果依赖于基因表达稀疏性，可能不适用于所有类型的数据集 | 提高单细胞RNA测序与空间转录组数据整合工具的可靠性和一致性 | Tangram工具及其在单细胞RNA测序与空间转录组数据整合中的应用 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, 空间转录组学 | Tangram | 基因表达数据 | 真实和模拟的小鼠数据集 |
| 1116 | 2025-07-20 |
Predicting fine-grained cell types from histology images through cross-modal learning in spatial transcriptomics
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf201
PMID:40662792
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research paper | 提出了一种跨模态统一表示学习框架（CUCA），用于从组织学图像中识别细粒度细胞类型 | 利用跨模态嵌入对齐范式，协调形态学和分子模态的嵌入空间，弥合图像模式与分子表达特征之间的差距 | 可能忽略了基因表达数据中的关键分子特征 | 通过组织学图像预测细粒度细胞类型，以深入了解肿瘤生物学 | 组织学图像和空间转录组学数据 | digital pathology | tumor | spatial transcriptomics | cross-modal unified representation learning framework (CUCA) | image, gene expression data | 三个数据集 |
| 1117 | 2025-07-20 |
Spatial transcriptomics deconvolution methods generalize well to spatial chromatin accessibility data
2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf268
PMID:40662813
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研究论文 | 本研究评估了五种空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性，并开发了一个模拟框架进行比较 | 首次系统评估RNA去卷积方法在染色质可及性数据上的表现，并开发了跨模态比较的模拟框架 | 在解析稀有细胞类型时，染色质可及性去卷积表现略逊于RNA去卷积 | 评估现有空间转录组去卷积方法在空间染色质可及性数据上的适用性 | 空间染色质可及性数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | NA | 空间染色质可及性分析、空间转录组分析 | Cell2location、RCTD | 空间多组学数据 | 基于模拟框架生成的数据集（具体数量未说明） |
| 1118 | 2025-07-20 |
Cancer stem cells: Bridging microenvironmental interactions and clinical therapy
2025-Jul, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70406
PMID:40665579
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综述 | 本文综述了癌症干细胞（CSCs）的生物学特性、分子调控机制及其与肿瘤微环境的复杂相互作用，并探讨了靶向CSCs的治疗策略及其临床转化挑战 | 系统整合了CSC的基础机制与临床转化研究，为理解肿瘤生物学和开发精准治疗策略提供了全面框架 | 未明确提及具体研究的样本量或实验数据限制 | 探讨癌症干细胞在肿瘤发生、转移、复发和治疗抵抗中的作用，并评估靶向CSCs的治疗策略 | 癌症干细胞（CSCs）及其与肿瘤微环境的相互作用 | 肿瘤生物学 | 癌症 | 多组学分析、谱系追踪、单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 1119 | 2025-07-20 |
The CXCL16/CXCR6 axis is linked to immune effector cell-associated neurotoxicity in chimeric antigen receptor (CAR) T cell therapy
2025-Jun-30, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01498-6
PMID:40588764
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研究论文 | 探讨CXCL16/CXCR6轴在CAR T细胞治疗中免疫效应细胞相关神经毒性综合征(ICANS)中的作用 | 首次发现CXCR6+ T细胞在ICANS中的富集及其与CXCL16表达髓系细胞的空间关联，为ICANS的发病机制提供了新的分子机制解释 | 样本量较小(n=11)，且部分数据来自单个死亡病例的尸检组织 | 阐明CAR T细胞治疗中ICANS的潜在分子机制 | 接受CAR T细胞治疗后发生ICANS的患者(n=11)及其对照样本 | 免疫治疗 | 神经毒性综合征 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、流式细胞术、多模态空间转录组学、免疫荧光 | NA | 外周血和脑脊液样本、尸检脑组织 | 11例ICANS患者(分级:1级3例，2级4例，3级1例，4级3例)及对照组样本 |
| 1120 | 2025-07-20 |
The Dual Molecular Identity of Vestibular Kinocilia: Bridging Structural and Functional Traits of Primary and Motile Cilia
2025-Jun-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.16.647417
PMID:40568142
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research paper | 该研究揭示了前庭毛细胞中动纤毛的双重分子特性，结合了初级纤毛和运动纤毛的结构与功能特征 | 首次定义了动纤毛作为一种独特细胞器，具有初级纤毛和运动纤毛的分子特征，并支持其作为毛束内主动力生成元件的新作用 | 动纤毛在结构和分子组成方面的定义仍不完全 | 阐明前庭毛细胞中动纤毛的结构、分子组成和功能特性 | 前庭毛细胞和耳蜗毛细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫染色、活体成像 | NA | 基因表达数据、影像数据 | 成年前庭和耳蜗毛细胞、斑马鱼和人类前庭毛细胞、牛蛙和小鼠壶腹嵴毛细胞 |