单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2025-04-25	Latent epigenetic programs in Müller glia contribute to stress and disease response in the retina 2025-Apr-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.014 PMID:39753128	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序数据，揭示了Müller胶质细胞中潜在的染色质可及性与基因表达的关系	发现了Müller胶质细胞中存在转录沉默但染色质可及的基因启动子，这些基因被称为'可塑性基因'，有助于细胞快速响应视网膜损伤	研究主要基于人类和小鼠的发育数据，可能不适用于其他物种或疾病状态	探究视网膜发育过程中细胞类型特异的染色质结构变化及其功能意义	人类和小鼠的视网膜Müller胶质细胞	表观遗传学	视网膜疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	人类和小鼠的视网膜样本
1102	2025-04-25	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-Apr-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	本文研究了谷胱甘肽（GSH）在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	揭示了GSH在细胞周期G1期退出和细胞重编程中的关键作用，并提出了一个模型解释其在伤口附近的细胞快速分裂和重编程中的机制	研究仅限于拟南芥根部细胞，未在其他植物或组织中验证	探究细胞周期在细胞重编程中的作用	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序和活体成像	NA	RNA测序数据和图像数据	拟南芥根部细胞样本
1103	2025-04-25	NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S8 expression and functional significance in non-small cell lung cancer 2025-Apr-21, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07638-5 PMID:40258810	研究论文	本研究探讨了NDUFS8在非小细胞肺癌(NSCLC)中的表达及其功能意义	揭示了NDUFS8作为线粒体复合物I的关键亚基在NSCLC中的促肿瘤作用，并展示了通过基因沉默或过表达对NSCLC细胞功能的影响	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究NDUFS8在NSCLC发生发展中的分子机制及其作为潜在治疗靶点的可能性	非小细胞肺癌细胞系、原代NSCLC细胞和小鼠移植瘤模型	肿瘤生物学	肺癌	shRNA沉默、CRISPR/Cas9基因敲除、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、细胞功能实验数据	多种NSCLC细胞系和裸鼠移植瘤模型
1104	2025-04-25	Deconvolution of cell types and states in spatial multiomics utilizing TACIT 2025-Apr-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58874-4 PMID:40258827	research paper	该文章介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于空间多组学数据中的细胞类型和状态去卷积	TACIT是一种无需训练数据的无监督算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记物识别多组学检测中的模糊细胞	尽管TACIT在五个数据集上表现优于现有无监督方法，但其在更广泛细胞类型和疾病中的应用仍需验证	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗大、易出错的问题	细胞类型和状态在空间多组学数据中的识别	空间生物学	炎症性腺体疾病	空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	空间多组学数据	5,000,000个细胞，51种细胞类型，来自三个生态位（脑、肠、腺体）
1105	2025-04-25	Stereopy: modeling comparative and spatiotemporal cellular heterogeneity via multi-sample spatial transcriptomics 2025-Apr-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58079-9 PMID:40258830	research paper	介绍了一个名为Stereopy的灵活框架，用于建模和分析多样本空间转录组学中的比较和时空模式，并提供交互式数据可视化	提出了一个包含通用容器、范围控制器和集成转换器的框架，专门用于多样本多模态数据的存储、管理和处理	未明确提及具体限制	探索和理解复杂生物系统中的细胞动态变化，特别是在不同条件、时间和空间下的异质性	多样本空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	未明确提及具体样本数量
1106	2025-04-25	CFTR acts as a potential therapeutic target for attention deficit-hyperactivity disorder 2025-Apr-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-98900-5 PMID:40258939	research paper	该研究探讨了CFTR基因在注意力缺陷多动障碍(ADHD)中的潜在作用，并通过斑马鱼模型验证了CFTR与ADHD症状的关联	首次发现CFTR基因变异与ADHD症状的共分离现象，并验证了CFTR调节剂对ADHD样行为的改善作用	研究样本仅限于两个近亲家族和斑马鱼模型，人类临床验证仍需进一步研究	探索CFTR基因在ADHD发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	CFTR基因变异携带者家族成员和斑马鱼模型	神经生物学	attention deficit-hyperactivity disorder	单细胞RNA测序、批量RNA测序、蛋白质组分析	斑马鱼基因敲除模型	基因序列数据、行为学数据、蛋白质表达数据	两个家族共6名成员及斑马鱼模型
1107	2025-04-25	Unravelling NK cell subset dynamics and specific gene signatures post-ibrutinib therapy in chronic lymphocytic leukaemia via single-cell transcriptomics 2025-Apr-21, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14166-0 PMID:40259256	research paper	通过单细胞转录组学揭示慢性淋巴细胞白血病患者接受ibrutinib治疗后NK细胞亚群的动态变化及其特异性基因特征	识别了三种不同的NK细胞亚群，并通过孟德尔随机化和共定位分析阐明了CLL_NK亚群的核心基因，构建了能预测免疫治疗反应的细胞亚群特异性新指数（CNI）	研究样本量有限，且仅针对特定治疗后的NK细胞变化，未涵盖其他治疗方式的影响	探究ibrutinib治疗后慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者NK细胞亚群及其关键基因的变化	慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者的NK细胞	单细胞转录组学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞转录组测序、孟德尔随机化分析、共定位分析、免疫浸润分析、药物敏感性分析	NA	单细胞转录组数据	来自MBL、ND-CLL、ibrutinib治疗后CR/PR患者及Richter综合征（RS）患者的外周血样本
1108	2025-04-25	Single-cell RNA sequencing reveals cellular and molecular heterogeneity in extensive-stage small cell lung cancer with different chemotherapy responses 2025-Apr-21, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03785-z PMID:40259334	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了广泛期小细胞肺癌在不同化疗反应下的细胞和分子异质性	首次全面揭示了治疗初期的广泛期小细胞肺癌患者在不同化疗反应下的细胞和分子异质性	样本量较小（仅9个样本），且PD_PE组仅有一个样本	探究广泛期小细胞肺癌对不同化疗反应的细胞和分子机制	9个治疗初期的广泛期小细胞肺癌样本	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	9个治疗初期的广泛期小细胞肺癌样本（PD_PE组1个，PD_TU组2个，PR_TU组6个）
1109	2025-04-25	Advances in tumor subclone formation and mechanisms of growth and invasion 2025-Apr-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06486-3 PMID:40259385	综述	本文综述了肿瘤亚克隆的形成机制、进化模型、分析方法及其临床意义	整合了人工智能、大数据分析和多组学技术，为肿瘤亚克隆研究提供了新视角	未提及具体实验数据或样本量，主要基于现有研究的综合分析	深入理解肿瘤亚克隆的形成机制及其在肿瘤异质性、进化和治疗抵抗中的作用	肿瘤亚克隆	精准肿瘤学	肿瘤	单细胞测序、液体活检、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA
1110	2025-04-25	Single-cell analysis of proximal tubular cells with different DNA content reveals functional heterogeneity in the acute kidney injury to chronic kidney disease transition 2025-Apr-21, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.03.025 PMID:40268163	研究论文	通过单细胞RNA测序分析不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞，揭示其在急性肾损伤向慢性肾病转变中的功能异质性	发现不同DNA含量的近端肾小管上皮细胞具有独特的转录组特征，特别是多倍体细胞在促纤维化信号中的关键作用，并确定SPP1作为多倍体细胞的关键枢纽	研究仅关注缺血再灌注损伤后的特定时间点（第3天和第14天），可能未涵盖AKI-to-CKD转变的完整动态过程	探究急性肾损伤向慢性肾病转变过程中近端肾小管上皮细胞的异质性及其作用机制	近端肾小管上皮细胞	单细胞分析	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	缺血再灌注损伤后第3天和第14天的近端肾小管上皮细胞
1111	2025-04-25	Construction of a deep learning model and identification of the pivotal characteristics of FGF7- and MGST1- positive fibroblasts in heart failure post-myocardial infarction 2025-Apr-19, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171 PMID:40258553	研究论文	本研究通过构建深度学习模型并识别FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞在心梗后心力衰竭中的关键特征，揭示了这些细胞在疾病发生中的作用	首次发现FGF7MGST1成纤维细胞在心梗后心力衰竭中的下调现象，并通过深度学习模型预测心力衰竭，同时利用孟德尔随机化分析验证了MGST1与心力衰竭的因果关系	研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据，人类样本验证不足	探究成纤维细胞异质性在心梗后心力衰竭中的作用机制	FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, hdWGCNA, 伪时间分析, 孟德尔随机化分析, qRT-PCR	深度学习模型	单细胞RNA测序数据	心梗后心力衰竭小鼠模型
1112	2025-04-25	COL1A1-positive endothelial cells promote gastric cancer progression via the ANGPTL4-SDC4 axis driven by endothelial-to-mesenchymal transition 2025-Apr-18, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217731 PMID:40254092	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和功能实验，揭示了COL1A1阳性内皮细胞通过ANGPTL4-SDC4轴促进胃癌进展的机制	首次建立了胃癌内皮细胞的单细胞图谱，并鉴定出COL1A1内皮细胞亚群在肿瘤进展和转移中的关键作用，揭示了其通过CEBPB上调驱动内皮-间质转化(EndoMT)的分子机制	研究样本量相对有限(97例)，且主要在细胞和分子水平验证，缺乏动物模型验证	阐明EndoMT在胃癌进展中的具体作用和机制，寻找潜在治疗靶点	胃癌患者样本中的内皮细胞(ECs)	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，ssGSEA，Monocle2，CellChat，多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据，批量RNA测序数据	6个胃癌单细胞RNA测序队列(共97例样本)
1113	2025-04-25	Study on the mechanism of action of the active ingredient of Calculus Bovis in the treatment of sepsis by integrating single-cell sequencing and machine learning 2025-Apr-18, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042184 PMID:40258762	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和机器学习，探讨了牛黄活性成分在治疗脓毒症中的作用机制	结合网络药理学和RNA测序技术，首次系统地研究了牛黄在脓毒症治疗中的潜在靶点和作用机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索牛黄活性成分治疗脓毒症的分子机制	牛黄活性成分及其与脓毒症相关基因的相互作用	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序、分子对接、分子动力学模拟	XGBoost, SVM, Decision Tree, KNN	基因表达数据	来自中国国家基因库数据库的脓毒症数据
1114	2025-04-25	Efficient boosting of Omicron-reactive memory B cells after breakthrough infection protects from repeated exposure 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112278 PMID:40264792	研究论文	研究探讨了突破性感染（BTIs）对SARS-CoV-2变种持续突变和免疫力下降的影响，特别关注抗原特异性记忆B细胞（MBCs）对新变种的响应	揭示了预先存在的Omicron特异性MBCs在预防二次Omicron感染中的关键作用，以及MBCs在长期免疫中的重要性	研究样本量较小（107名参与者），且仅针对接受灭活疫苗的个体	理解抗原特异性记忆B细胞对新SARS-CoV-2变种的响应机制，为未来疫苗接种策略提供依据	107名接种了灭活疫苗并经历一次或两次Omicron突破性感染的参与者	免疫学	COVID-19	流式细胞术、SARS-CoV-2抗原探针、单细胞RNA测序、B细胞受体（BCR）分析	NA	细胞、基因表达、BCR序列数据	107名参与者
1115	2025-04-25	Scalable image-based visualization and alignment of spatial transcriptomics datasets 2025-Apr-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101264 PMID:40267922	research paper	介绍了一个名为STIM的基于图像的计算框架，用于可视化和对齐高通量空间测序数据集	STIM基于ImgLib2和BigDataViewer框架，能够将计算机视觉技术应用于具有不规则测量间距和任意空间分辨率的测序数据	未明确提及具体限制	开发一个可扩展的基于图像的框架，用于可视化和对齐空间转录组学数据集	小鼠脑组织的13个连续切片和人类转移淋巴结的19个切片	digital pathology	NA	spatial transcriptomics	NA	image	13个小鼠脑组织切片和19个人类转移淋巴结切片
1116	2025-04-25	Desmosome mutations impact the tumor microenvironment to promote melanoma proliferation 2025-Apr-16, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02163-9 PMID:40240879	research paper	研究发现人类癌症中桥粒基因频繁发生遗传变异，尤其在皮肤黑色素瘤中突变率超过70%，并探讨了这些突变如何通过微环境影响黑色素瘤细胞增殖	首次揭示桥粒基因突变在皮肤黑色素瘤中的高频率发生，并证明这些突变通过改变角质形成细胞的微环境促进黑色素瘤细胞增殖	研究主要关注原发性黑色素瘤，未深入探讨转移性黑色素瘤中桥粒突变的影响	探究桥粒基因突变在癌症发生发展中的作用机制	人类癌症（特别是皮肤黑色素瘤）中的桥粒基因突变及其对肿瘤微环境的影响	肿瘤生物学	皮肤黑色素瘤	空间转录组学、蛋白质免疫荧光、共培养实验	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确样本数量，但涉及原发性黑色素瘤活检组织
1117	2025-04-25	Astrocytic Ryk signaling coordinates scarring and wound healing after spinal cord injury 2025-Apr-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2417400122 PMID:40208942	研究论文	本研究探讨了脊髓损伤后星形胶质细胞中Ryk信号在伤口愈合和瘢痕形成中的协调作用	首次揭示了Ryk受体在星形胶质细胞中的表达及其在脊髓损伤后伤口愈合过程中的关键调控作用	研究主要基于啮齿动物模型，人类样本验证有限	阐明脊髓损伤后伤口愈合的细胞机制并寻找潜在治疗靶点	脊髓损伤后的星形胶质细胞及其他相关细胞类型	神经科学	脊髓损伤	单细胞转录组分析、条件性基因敲除	基因敲除动物模型	基因表达数据、形态学数据	啮齿类动物模型和有限的人类脊髓样本
1118	2025-04-25	FAO-fueled OXPHOS and NRF2-mediated stress resilience in MICs drive lymph node metastasis 2025-Apr-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2411241122 PMID:40215279	研究论文	本研究探讨了肿瘤代谢重编程在淋巴结转移中的作用及其机制，发现脂肪酸氧化驱动的氧化磷酸化和NRF2介导的应激抵抗在转移起始细胞中起关键作用	首次通过单细胞RNA测序鉴定出具有干细胞特性的转移起始细胞，揭示了脂肪酸氧化驱动的氧化磷酸化和NRF2-SLC7A11轴在淋巴结转移中的关键作用	研究主要关注食管鳞状细胞癌，结果在其他癌症类型中的普适性尚不明确	探究肿瘤代谢重编程在淋巴结转移中的作用机制	转移起始细胞(MICs)和食管鳞状细胞癌(ESCC)	肿瘤代谢	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序、转录组分析、脂质组学、代谢组学	NA	RNA测序数据、代谢数据	未明确说明样本数量，但涉及单细胞RNA测序和多种组学分析
1119	2025-04-25	Two duplicated GhMML3 genes coordinately control development of lint and fuzz fibers in cotton 2025-Apr-14, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101281 PMID:39943690	研究论文	该研究通过基因编辑和互补实验揭示了GhMML3_D12及其复制基因GhMML3_A12在棉花纤维发育中的协同作用	发现GhMML3_D12及其复制基因GhMML3_A12以剂量依赖方式调控棉绒和绒毛纤维的发育，并构建了GhMML3调控纤维发育的基因网络模型	未明确GhMML3与其他调控基因之间的具体互作机制	阐明棉花纤维发育的遗传和分子机制	棉花纤维发育相关基因GhMML3_D12和GhMML3_A12	植物分子遗传学	NA	基因编辑(CRISPR-Cas9)、互补实验、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型棉花J668及其突变体nNSM和#mml3s的分离后代
1120	2025-04-25	Bifunctional chemokine-nanobody fusion protein enhances neutrophil recruitment to impede Acanthamoeba immune evasion 2025-Apr-12, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105685 PMID:40222104	research paper	本研究通过单细胞转录组测序和生物信息学分析，揭示了棘阿米巴角膜炎（AK）中的免疫逃逸机制，并开发了一种双功能趋化因子-纳米抗体融合蛋白以增强中性粒细胞招募，改善治疗效果	首次揭示了棘阿米巴通过减少中性粒细胞比例和抑制CXCL通路实现免疫逃逸的机制，并创新性地开发了具有双重功能的抗体-趋化因子融合蛋白	样本量较小（仅9例患者），且研究结果需要在更大规模的临床试验中进一步验证	研究棘阿米巴角膜炎的免疫逃逸机制并开发新型免疫治疗方法	棘阿米巴角膜炎患者角膜组织及动物模型	免疫治疗	棘阿米巴角膜炎	单细胞转录组测序、生物信息学分析、CellChat分析、纳米抗体筛选	NA	转录组数据	9例患者（3例AK，3例真菌性角膜炎，3例细菌性角膜炎）